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一种利用pcr-rflp技术鉴别西花蓟马品系的方法

  • 专利名称
    一种利用pcr-rflp技术鉴别西花蓟马品系的方法
  • 发明者
    于毅, 国栋, 张安盛, 段惠生, 褚栋
  • 公开日
    2012年3月28日
  • 申请日期
    2011年11月17日
  • 优先权日
    2011年11月17日
  • 申请人
    山东省农业科学院植物保护研究所
  • 文档编号
    C12Q1/68GK102392075SQ20111036609
  • 关键字
  • 权利要求
    1.一种利用PCR-RFLP技术鉴别西花蓟马品系的方法,其特征在于,步骤如下(1)提取西花蓟马基因组DNA;(2)以西花蓟马基因组DNA为模板对其线粒体COI基因进行PCR扩增; PCR体系中,引物序列如下正义引物5,GGATCACCTGATATAGCATTCCC3,;SEQ ID NO. 1 反义引物5’ ACTGTAAATATATGATGAGCTCA3,;SEQ ID NO. 2(3)对步骤(2)制得的PCR产物用限制性内切酶EarI酶切,得酶切产物;(4)对步骤C3)制得的酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳分析,当PCR产物电泳图谱显示被测样品有两条不同长度的条带时,则该被检测样品为L型西花蓟马;当PCR产物电泳图谱显示被测样品有一条条带时,则为G型西花蓟马2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述PCR扩增体系为基因组 DNA 2 μ 1,20 μ M 引物 0.4 μ 1,5υ/μ 1 Taq 酶 0· 2 μ 1,IOXTaq Buffer 5μ 1, IOmMdNTP 0. 4 μ 1,ddH20 补至 20 μ 13.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述PCR扩增条件如下94°C,5min;进行35 个循环的 94°C 50sec,53°C 40sec,72°C 50sec ;72°C延伸 7min ;4°C,保温4.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤(3)中EarI酶切反应条件如下 37°C,2hr
  • 技术领域
    本发明涉及一种利用PCR-RFLP技术鉴别西花蓟马品系的方法,属于农业生物技术领域
  • 背景技术
  • 具体实施例方式
    下面结合实例及附图对本发明的内容做进一步的说明,但本发明所保护范围不限于此 实施例中所述G型西花蓟马于2011年采集于山东省,L型西花蓟马于2011年分别采集于山东省青岛市、威海市区以及荣成市;EarI内切酶购自New England Biolabs(NEB) 公司实施例1西花蓟马样品材料的分析(1)西花蓟马基因组DNA的提取将单头蓟马个体置于含60μ 1碱裂解液的0.2ml的离心管中,碱裂解液为 50mmol · I^1Tris-HCl (pH8. 0)、20mmol · L-1NaClUmmol · L-1EDTAU % SDS,用封口枪头充分研磨勻浆后,置于水浴锅65°C水浴15min,然后在95°C水浴IOmin后,制得西花蓟马基因组 DNA溶液(2)西花蓟马COI基因的PCR扩增以西花蓟马基因组DNA为模板对其COI基因进行PCR扩增,得PCR产物;所述PCR扩增体系为基因组DNA 3μ 1 ;20 μ M 弓丨物0. 5μ 1 ; 5U/y 1 Taq 酶0· 5μ 1 ; 10 X Taq Buffer 5μ 1 ;IOmM dNTP 1 μ 1 ;ddH20 补至 50 μ 1 ;扩增引物序列如下正义引物5,GGATCACCTGATATAGCATTCCC3,;SEQID NO. 1反义引物5,ACTGTAAATATATGATGAGCTCA3,;SEQID NO. 2PCR 扩增条件如下94 "C,5min ;进行;35 个循环的 94 "C 50sec, 53 "C 40sec, 72°C 50sec ;72°C延伸 7min ;4°C保温(3) PCR产物用2 %琼脂糖凝胶电泳检测,若检测有条带且长度均在620bp左右,将 PCR产物进行双向测序,得到序列如SEQ ID NO. 3或SEQ ID NO. 4所示(4)利用限制性内切酶酶切位点分析软件WatCut (该分析软件可登陆如下网址使用 http//watcut. uwaterloo. ca/watcut/watcut/template, php ? act = restriction ΠΜ),分析可得在片段179bp处两种类型西花蓟马有碱基差异,并且发现限制性内切酶 EarI (CTCTTC)经比对分析,采集于山东省青岛市、威海市区以及荣成市的L型西花蓟马具有SEQ ID N0. 3所示核苷酸序列,采集于山东省的G型西花蓟马具有SEQ ID N0. 4所示核苷酸序列
  • 专利详情
  • 全文pdf
  • 权力要求
  • 说明书
  • 法律状态
专利名称:一种利用pcr-rflp技术鉴别西花蓟马品系的方法西花蓟马(Frankliniellaoccidentalis),其属于缨翅目(Thysanoptera)蓟马科(Thripidae)花蓟马属(Frankliniella),最初起源于美国西部,20世纪80年代开始迅速扩散至全球各大洲,目前已在69个国家和地区有报道,是当今世上对作物危害最严重的世界性害虫之一(Kirk,2001 ;Kirk and Terry,2003)。该害虫不仅取食寄主植物汁液,在果实表明形成伤痕,降低果品质量,而且能以持久性的方式传播番茄斑萎病毒病(TSWV)和凤仙花坏死斑病毒(INSV) (Kritzman A,2002)。并且,传播的病毒所造成的经济损失远远大于其本身所造成的损失。我国农业部于1996年将其列为进境地植物检疫潜在性害虫。Brunner等Q010)基于mtCOI基因序列发现世界各地西花蓟马种群存在2个遗传支系,并建议将这2个遗传支系定义为2个生态型(ecotypes),而Rugman-Jones等Q010) 建议将其定义为2个种。为了论述方便,本专利文件中分别将其称为G型和L型。资料表明,G型和L型西花蓟马在产卵量、寄主适应性、生境适应性、抗药性等生物学方面存在差异 (deKogel et al.,1997 ;Brdsgaard,1994 ;Brunner et al.,2010 ;Rugman-Jones et al., 2010)。因此准确区分两种类型,对于进一步研究其入侵机制和生物学具有重要的理论意义与参考价值。目前,两种类型西花蓟马从形态学上无法明确的区分,仅可以从分子遗传学角度区分。Rugman-Jones等OOIO)基于rDNA 28s设计了一组引物,通过PCR扩增,检测PCR 产物的多态性来区分两种类型。此方法区分了美国原产地两种类型的西花蓟马。PCR-RFLP (限制性片段长度多态性聚合酶链反应)技术,又称为CAPS技术 (Cleaved Amplilfed Polymorphism kquences),它实质上是 PCR 技术与 RFLP 技术结合的一种方法。它的基本原理是先利用已知位点的DNA序列资源(基因数据库、基因组或cDNA 克隆及克隆的RAPD条带等)设计一套特异性的PCR引物(19 27bp),然后用这些引物扩增该位点上的某一 DNA片段,接着用一种专一性的限制性内切酶切割所得扩增产物,凝胶电泳分离酶切片段,染色并进行RFLP分析。该技术揭示的是特异PCR片段的限制性长度变异的信息。PCR-RFLP是一类共显性分子标记,其优点是避免了 RFLP分析中膜转印这一步骤,又能保持RFLP分析的精确度-能够揭示单个碱基的差异。另外,由于很多限制性内切酶均可与DNA扩增片段酶切,所以检测到多态性机会较大(赵淑清,2000)。PCR-RFLP技术已经广泛应用于植物、动物、微生物以及昆虫的物种检测与鉴定、遗传分化鉴定等方面(王孝宣,2003 ;张婷,2005 ;马玉红,2006 ;滕齐辉,2006)。利用该技术已区分和鉴定出了西花蓟马、美棘蓟马、烟蓟马和棕榈蓟马等物种(MoritZ,2000 ;Brunner, 2002 ;Toda and Komazaki,2002)。PCR-RFLP技术同样适用于物种以下介元的区分。周建峰等Q003)运用PCR-RFLP方法分析了 3个亚种线粒体DNA的DNA5/6区段,利用3种内切酶,区分了 3个鲤鱼亚种。但利用PCR-RFLP技术构建区分西花蓟马两个品系的方法目前还未见报道。
本发明针对现有技术的不足,提供一种利用PCR-RFLP技术鉴别西花蓟马品系的方法。术语解释G型西花蓟马目前将组成西花蓟马入侵种主体的西花蓟马品系称为温室系 (greenhouse strain),本专利文件中称其为G型西花蓟马。L型西花蓟马因该品系最早发现与新西兰的羽扇豆上,并表现出与温室系差异明显的生物学特性,故将其称为羽扇豆系(lupin strain),本专利文件中称其为L型西花蓟马。一种利用PCR-RFLP技术鉴别西花蓟马品系的方法,步骤如下(1)提取西花蓟马基因组DNA;(2)以西花蓟马基因组DNA为模板对其线粒体COI基因进行PCR扩增;PCR体系中,引物序列如下正义引物5,GGATCACCTGATATAGCATTCCC3,;SEQID NO. 1反义引物5,ACTGTAAATATATGATGAGCTCA3,;SEQID NO. 2(3)对步骤⑵制得的PCR产物用限制性内切酶EarI酶切,得酶切产物;(4)对步骤(3)制得的酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳分析,当PCR产物电泳图谱显示被测样品有两条不同长度的条带时,则该被检测样品为L型西花蓟马;当PCR产物电泳图谱显示被测样品有一条条带时,则为G型西花蓟马。所述PCR扩增体系为基因组DNA 2μ 1,20μΜ 引物 0·4μ l,5U/y 1 Taq 酶 0·2μ l,10XTaq Buffer 5 μ 1,IOmM dNTP 0· 4 μ 1,ddH20 补至 20 μ 1 ;所述PCR 扩增条件如下94°C,5min ;进行;35 个循环的 94°C 50sec,53°C 40sec, 72°C 50sec ;72°C延伸 7min ;4°C,保温。所述步骤(3)中EarI酶切反应条件如下37°C,2hr0上述步骤(1)可参照(Frohlich,D.R.,I. Torres-Jerez, I. D. Bedford, P. G. Markham, and J.K. Brown. 1999. A phylogeographical analysis of the Bemisia tabaci species complex based on mitochondrial DNA markers.Mol.Ecol.8 1683-1691.)中的方法进行操作。有益效果1、本发明所述的限制性内切酶为常用的限制性内切酶,为筛选两种类型西花蓟马提供了简便稳定的酶切标记。2、本发明所述的PCR引物用于扩增西花蓟马线粒体COI基因,为鉴定西花蓟马,提供了简便稳定的分子标记,解决了区分两种类型西花蓟马的关键技术。3、本发明从分子水平探索了两种类型西花蓟马线粒体COI基因的不同,探索建立了两种类型西花蓟马的鉴别技术,为今后的两种类型西花蓟马的种群动态鉴定、生物学以及入侵机制的研究奠定了基础。 图1是PCR产物经EarI酶切后的电泳图;其中1,未酶切的G型西花蓟马PCR产物;2_5,EarI内切酶酶切G型西花蓟马PCR 产物;6-8,EarI内切酶酶切L型西花蓟马的PCR产物,M, IOObp DNAMarker0实施例2一种利用PCR-RFLP技术鉴别西花蓟马品系的方法,步骤如下(1)西花蓟马基因组DNA的提取将单头蓟马个体置于含60μ 1碱裂解液的0.2ml的离心管中,碱裂解液为 50mmol · I^1Tris-HCl (pH8. 0)、20mmol · L-1NaClUmmol · L-1EDTAU % SDS,用封口枪头充分研磨勻浆后,置于水浴锅65°C水浴15min,然后在95°C水浴IOmin后,制得西花蓟马基因组 DNA溶液。(2)西花蓟马COI基因的PCR扩增以西花蓟马基因组DNA为模板对其COI基因进行PCR扩增,得PCR产物;所述PCR扩增体系为基因组DNA 2 μ 1,20 μ M 弓I 物 0.4 μ 1,5U/μ ITaq 酶 0.2 μ 1,IOXTaq Buffer 2μ 1,IOmM dNTP 0· 4 μ 1,ddH20 补至 20 μ 1 ;扩增引物序列如下正义引物5,GGATCACCTGATATAGCATTCCC3,;SEQID NO. 1反义引物5,ACTGTAAATATATGATGAGCTCA3,;SEQID NO. 2PCR 扩增条件如下94 "C,5min ;进行;35 个循环的 94 "C 50sec, 53 "C 40sec, 72°C 50sec ;72°C延伸 7min ;4°C保温。(3) PCR产物进行EarI酶切酶切体系如下10 X NEB缓冲液2μ 1 ;PCR产物5μ 1 ;EarI内切酶0. 5μ 1 ;灭菌双蒸水至15 μ 1。反应条件如下37°C温育2小时。经限制性内切酶EarI酶切后,得酶切产物;(4)将酶切产物用2%的琼脂糖凝胶电泳分离,EB染色后在紫外凝胶成像仪上成像,观察其多态性。结果发现,L型西花蓟马的COI片段被切开,而G型西花蓟马的COI片段没有被切开。结果如图1所示。


本发明涉及一种利用PCR-RFLP技术鉴别西花蓟马品系的方法,步骤如下(1)提取西花蓟马基因组DNA;(2)以西花蓟马基因组DNA为模板对其线粒体COI基因进行PCR扩增;(3)对步骤(2)制得的PCR产物用限制性内切酶EarI酶切,得酶切产物;(4)对步骤(3)制得的酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳分析。本发明所述的限制性内切酶为常用的限制性内切酶,为筛选两种类型西花蓟马提供了简便稳定的酶切标记,同时探索建立了两种类型西花蓟马的鉴别技术,为今后的两种类型西花蓟马的种群动态鉴定、生物学以及入侵机制的研究奠定了基础。



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