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Neutrokine-α和Neutrokine-α剪接变体制作方法

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    Neutrokine-α和Neutrokine-α剪接变体制作方法
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    本发明涉及一种新的已被称为Neutrokine-α的细胞因子另外,已鉴别了一种Neutrokine-α的表观剪接变体,称为Neutrokine-αSV在具体的实施方案中,本发明提供了编码Neutrokine-α和Neutrokine-αSV多肽的核酸分子在另外的实施方案中,还提供了Neutrokine-α和Neutrokine-αSV多肽,以及载体,宿主细胞,以及生产它们的重组方法相关技术人肿瘤坏死因子(TNF-α)和(TNF-β,或淋巴毒素)是一大类别的多肽介体的相关成员,该类别包括干扰素,白细胞介素和生长因子,统称为细胞因子(Beutler,B.和Cerami,A.免疫学分析研究7625-655(1989))对细胞因子受体进行序列分析已阐述了一些膜蛋白的亚家族(1)Ig超家族,(2)血细胞生成素(细胞因子受体超家族),和(3)肿瘤坏死因子(TNF/神经生长因子(NGF)受体超家族(参考TNF超家族,见于Gruss和Dower,血液85(12)3378-3404(1995)和Aggarwal和Natarajan,Eur.Cytokine Netw7(2)93-124(1996))TNF/NGF受体超家族含有至少10种不同的蛋白质(Gruss和Dower,如前)这些受体的配体已经鉴别属于至少二种细胞因子超家族(Gruss和Dower,如前)肿瘤坏死因子(TNF-α和TNF-β的混合物)最初是由于它们的抗肿瘤活性而发现的,然而现在识别它们是具有多种生物活性的多效细胞因子,包括具有使一些转化的细胞系程序性死亡,介导细胞的活化和增殖,且在免疫调节和炎症中也起重要作用已知的TNF配体超家族的成员包括TNF-α,TNF-β(淋巴毒素-α),LT-β,OX40L,Fas配体,CD30L,CD27L,CD40L,和4-IBBLTNF配体超家族的配体是酸性的,在胞外域中具有大约20%(12%-36%范围)序列同源的类TNF分子,并主要呈现具有三聚体/多多聚体复合物的生物活性形式的膜结合形式TNF配体超家族的可溶形式目前只鉴别有TNF,β-LT,和Fas配体(参见Gruss,H和Dower,S.k.,血液85(12)3378-3404(1995),以它们的全部并入参考这些蛋白质包含于细胞增殖,活化和分化的调节中,包括通过编程性细胞死亡或细胞毒性控制细胞的存活或死亡(Armstage,R.J.,Curr.OpinImmund.b407(1994)和Smith,C.A.,细胞75959(1994).肿瘤坏死因子-α(TNF-α,也称为恶液质素;后文称为“TNF”)最初是通过单核细胞和巨噬细胞对外毒素或其它刺激子应答而分泌的,是一种可溶的17 KD蛋白质亚单位的同源三聚体(Smith,R.A.等,生物化学杂志2626951-6954(1987)).也已阐述了一种TNF的膜结合的26 KD的前体形式(kriegIer,M等,细胞5345-53(1988))所累积的研究结果表明TNF是一种具有多效生物活性的调节性细胞因子这些活性包括抑制脂蛋白脂肪酶合成(“恶液质素”活性(Beutler,B.等,自然316552(1985),激活多形核白细胞(Klebanoff,S.J.等,免疫学杂志1364220(1986);Perussia,B等,免疫学杂志138765(1987)),抑制细胞生长或刺激细胞生长(Vilcek,J.等,J.Exp.Med.163632(1986);Sugarman,B.J.等,科学230943(1985);Lachman.L.B.等,免疫学杂志1382913(1987)),对某些转化的细胞的细胞毒性作用(Laehman,L.B.等,如前;Darzynkiewicz,Z.等,癌症研究4483(1984),抗病毒活性(Kohase,M.等,细胞45659(1986);Wong,G.H.W.等,自然323819(1986),刺激骨再吸收(Bertolini,D.R.等,自然319516(1986);Saklatvala,J.,自然322547(1986),刺激胶原酶和前列腺素F2产生(Dayer,J.-M.等,J.Exp.Med.1622163(1985);和免疫调节活性,包括激活T细胞(Yokota,S.等,免疫学杂志140531(1988),激活B细胞(Kehrl.J.H.等,J.Exp.Med.160786(1987)),激活单核细胞(Philip,R.等,自然32386(1986),激活胸腺细胞(Ranges,G.E.等,J.Exp.Med.1671472(1988)),及刺激主要组织相容性复合体(MHC)I类和II类分子在细胞表面表达(Couins,T.等,美国科学院院报83446(1986);Pujol-Borrel,R.等,自然326304(1987))注意到TNF具有促炎症作用,导致组织损伤,如诱导血管内皮细胞上促凝作用(Pober,J.S.等,免疫学杂志1361680(1986),提高嗜中性白细胞和淋巴细胞的黏附(Pober,J.S.等,免疫学杂志1383319(1987)),及刺激从巨噬细胞,嗜中性白细胞和血管内皮细胞中释放血小板激活因子(Camussi,G.等,J.Exp.Med.166;1390(1987).最近的研究结果是关于TNF在许多感染(Cerami.A等,现代免疫学928(1988)),免疫失调,致瘤性病理,如伴随一些恶性肿瘤的恶液质(Oliff,A等,细胞50555(1987)),及在自身免疫病理学和移植物对宿主病理学(Piguet,P.F.等,J Exp.Med.1661280(1987))中的病理作用TNF与癌症和感染病理学的关系通常涉及宿主的分解代谢状态癌症患者的一个主要问题是体重下降,一般与厌食有关持续消耗下去的结果导致已知的“恶病质”(Kern,K.A.等,J.Parent.Enter.Nutr.12286-298(1988)).恶病质包括进行性体重下降,厌食,和恶性肿瘤生长导致持久侵蚀体质因此恶病质状态与明显的病态相关,且与多数癌症死亡率相关,许多研究已推测TNF是癌症感染性病理中和其它分解代谢状态中的恶病质的一种重要介体TNF被认为在革兰氏阴性脓毒和内毒性休克的病理生理结果中起作用(Michie,H.R.等,Br.J.Surg.76670-671(1989);Debets,J.M.H等,Second Vienna Shock Forum,P463-466(1989);Simpson,S.Q.等Crit.Care.Clin 527-47(1989),包括发热,身体不适,厌食和恶液内毒素是一种潜在的单核细胞/巨噬细胞激活剂,刺激TNF(Kornbluth,S.K.等,免疫学杂志1372585-2591(1986))和其它细胞因子的产生和分泌由于TNF能模拟许多内毒素的生物活性,被认为是与内毒素相关疾病的临床现象相关的主要介体TNF和其它单核细胞衍生的细胞因子介导对内毒素的代谢性和神经激素性应答(Micdhie,H.R.等,N.Eng.J.Med.3181481-1486(1988))将内毒素施用于人志愿者,产生具有类似流行性感冒症状的急性疾病,这些症状包括发热,心动过速,代谢率和应激激素释放增加(Revhauy,A.等,Arch.Surg.123162-170(1988))也已发现在患有革兰氏阴性脓毒的患者体内循环TNF水平提高(Waage,A.等,Lancet1355-357(1987));Hammerle,A.F等,Second Vienna Shock Forum p.715-718(1989);Debets,J.M.H.等Crit.Core.Med.17489-497(1989);Colandra T.等,J.Infec.Dis.161982-987(1990)).旨在中和TNF水平的被动免疫治疗对革兰氏阴性脓毒和内毒血症具有令人满意的作用,如上述基于在这些病理状态中TNF产生增加及TNF水平提高Cerami等(EPO专利公开0212 489,1987年3月4日)揭示了针对鉴别为恶液质素的“调节剂”(稍后发现与TNF相同)的抗体这种抗体可用于诊断性免疫分析和治疗细菌感染中的休克Rubrn等(EPO专利公开0218 868,1987年4月22日)揭示了人TNF的单克隆抗体,分泌这种抗体的杂交瘤,生产这种抗体的方法,及在TNF的免疫分析中这种抗体的使用Yone等(Epo专利公开0288088,1988年10月26日)揭示了抗TNF抗体包括mAbs,及它们在病理尤其Kawasaki’s病理和细胞感染的免疫分析诊断中的作用具有Kawasakis病理(小儿急性发热性粘膜与皮肤的淋巴结综合征;Kawasaki,T.,Auergg 16178(1967);Kawasaki,T.,Shonica(Pediatrics)26935(1985)的患者体液含有的TNF水平提高,这与病理进程相关(Yone等,如前)其它研究人员阐述了特异于重组人TNF的mAbs,其在体外具有中和活性(Liang,C-M.等,生物化学生物生理学研究综述137847-854(1986);Medger,A.等,杂交瘤6305-311(1987);Hirai,M.等,免疫学方法杂志9657-62(1987);Mouer,A.等,细胞因子2162-169(1990))这些mAbs中有一些用于对人TNF的表位作图及开发酶免疫分析(Fendly等,如前;Hirai等,如前;Mouer等,如前),以及助于纯化重组TNF(Bringman等,如前)然而,这些研究不能提供生产在体内有诊断或治疗作用的TNF中和抗体的基础,因为免疫原性,缺失特异性和/或药物适应性所致TNF的中和抗血清或mAbs以示出在除了男人之外的哺乳动物中,可消除不利的生理变化及防止在进行内毒血症和菌血症的实验性致死研究之后死亡此作用已例如在啮齿动物致死性分析及灵长目动物病理模型系统中证实(Mathison,J.C.等临床研究杂志811925-1937(1988);Beutler,B.等,科学229869-871(1985);Tracey,K.J.等,自然330662-664(1987);Shimamoto,Y.等,免疫学通信17311-318(1988);Silva,A.T.等,感染性疾病杂志162421-427(1990);Opal,S.M.等,感染性疾病杂志1611148-1152(1990);Hinshaw,L.B.等,Circ.Shock 30279-292(1990)).应注意在人体内用抗TNF mAb进行治疗的试验受到限制,但示出令人满意的治疗结果,例如在治疗关节炎和脓毒中.例如参见Elliott,M.J.等,Baillieres Clin.Rheumotol 9633-52(1995);Feldmann M.等,Ann.N.Y.Acad.Sci.USA 766272-8(1995);Poll,T.等,休克31-12(1995);Wheny等,Crit.Care.Med.21s436-40(1993);Tyacey,K.J.等,Crit.Care.Med.21S415-22(1993)哺乳动物发育依赖于细胞的增殖和分化,以及通过编程性细胞死亡而发生程序细胞死亡L.Walker等,Methods Achiev.Exp.Pathol.1318(1988)细胞程序死亡在识别自身抗原的免疫胸腺细胞的破坏中起关键作用此正常消除过程失常可引起自身免疫性疾病(Gammon等,现代免疫学12193(1991)).Itoh等(细胞66233(1991))阐述了一种细胞表面抗原,是介导细胞程序死亡且包含于T细胞克隆缺失中的Fas/CD95Fas在活化的T细胞,B细胞,嗜中性粒细胞中表达,及除了在活化的T细胞,B细胞和嗜中性粒细胞之外在成年鼠的胸腺,肝,心和肺及卵巢中表达在单克隆Ab与Fas交联的试验中,细胞程序性死亡是诱导的(Yonehare等,实验方法杂志1691747(1989);Trauth等,科学245301(1989)),另外,有单克隆Ab与Fas结合在一定条件下刺激T细胞这样一个实例(Alderson等,实验方法杂志1782231(1993))Fas抗原是45Kd的相关MW的细胞表面蛋白人和鼠的Fas基因已经由Watanabe-Fukunaga等(免疫学杂志1481274(1992))和Itoh等(细胞66233(1991))克隆由这些基因编码的蛋白质均是与神经生长因子/肿瘤坏死因子受体超家族具有结构同源性的跨膜蛋白,该超家族包括二种TNF受体,低亲和性神经生长因子受体和CD40,CD27,CD30和OX40最近已经阐述了Fas配体(Suda等,细胞751169(1993))氨基酸序列表明Fas配体是属于TNF家族的II型跨膜蛋白因此,FAS配体多肽包含3个主要结构域在氨基末端的短胞内域,在羧基末端的较长胞外域,连接这二个结构域的亲水性跨膜域Fas配体在脾细胞和胸腺细胞中表达,与T细胞介导的胞毒性相一致纯化的Fas配体具有40Kd的MW近年来已证实Fas/Fas配体之间的相互作用是在T细胞活化之后的细胞程序性死亡所需的(Ju等,自然373444(1995);Brunner等,自然373441(1995)).T细胞的活化诱导细胞表面的二种蛋白质随后配体和受体之间的相互作用导致细胞程序性死亡这支持了在正常免疫应答期间由Fas/Fas配体之间的相互作用而诱导的细胞程序性死亡这一可能的调节作用因此,需要提供参与病理症状中类似于TNF的细胞因子这类新的细胞因子可用于生产结合这些类TNF细胞因子的新抗体或其它拮抗剂,以诊断及治疗与类TNF细胞因子相关的疾病发明概述根据本发明的一个实施方案,提供了一种新的Neutrokine-α多肽的胞外域,和一种新的Neutrokine-αSV多肽的胞外域,以及其有生物活性的和诊断或治疗用途的片段,类似物和衍生物根据本发明的另一实施方案,提供了编码人Neutrokine-α或Neutrokine-αSV的分离的核酸分子,包括mRNA,DNA,cDNA,基因组DNA,以及其有生物活性的和诊断或治疗用途的片段和衍生物本发明提供的分离的核酸分子包含或由一种多核苷酸组成,该多核苷酸编码结构上与TNF和相关的细胞因子相似,且具有相似生物作用和活性的细胞因子及其表观剪接变体此细胞因子称为Neutrokine-α,且本发明包括的Neutrokine-α多肽具有至少一部分图1A和1B(SEQ ID NO2)所示氨基酸序列,或具有至少一部分由在1996年10月22日保藏在ATCC中,保藏号为97768的cDNA克隆(HNEDU15)编码的氨基酸序列通过对保藏的Neutrokine-α克隆测序确定的核苷酸序列,示于图1A和1B(SEQ ID NO1),其含有编码285个氨基酸残基的完整多肽的开放读框,该285个氨基酸包括N末端甲硫氨酸,大约46个氨基酸残基的推导的胞内域,大约26个氨基酸残基的推导的跨膜域,大约213个氨基酸的推导的胞外域,且推导此完整的蛋白质的分子量大约为31KDa如其它II型跨膜蛋白一样,可溶形式的Neutrokine-α包括裂解自跨膜域的所有或部分胞外域,及包含缺失跨膜域的完整Neutrokine-α多肽的多肽,即连于胞内域的胞外域Neutrokine-α的表观剪接变体称为Neutrokine-αSV,且本发明包括的Neutrokine-αSV包含或由图5A和5B(SEQ ID NO19)所示氨基酸序列的至少一部分,或由1998年12月10日保藏在ATCC中保藏号为203518的cDNA克隆HDPMC52编码的氨基酸序列的至少一部分组成通过对保藏的Neutrokine-αSV克隆进行测序确定的核苷酸序列示于图5A和5B(SEQ ID NO18),其含有一编码266个氨基酸的完整多肽的开放读框,该266个氨基酸包括N末端甲硫氨酸,大约46个氨基酸的推定的胞内域,大约26个氨基酸的推定的跨膜域,大约194个氨基酸的推定的胞外域,且推导此完整的蛋白质的分子量大约29KDa与其它II型跨膜蛋白一样,可溶形式的Neutrokine-αSV包括裂解自跨膜域的所有或一部分胞外域,和包含缺失跨膜域的完整Neutrokine-αSV多肽的多肽,即连于胞内域的胞外域因此本发明的一个实施方案提供了一种分离的核酸分子,其包含或由具有选自以下一组核苷酸序列的多核苷酸组成(a)编码全长Neutrokine-α多肽的核苷酸序列,该多肽具有图1A和1B所示(SEQ ID NO2)的或由ATCC保藏号97768的保藏物所含的cDNA克隆编码;(b)编码Neutrokine-α多肽推定的胞外域的核苷酸序列,该胞外域具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示的73-285位氨基酸序列,或由ATCC保藏号97768的保藏物所含的cDNA克隆编码;(c)编码具有Neutrokine-α功能活性(即生物活性)的(b)多肽的片段的核苷酸序列;(d)编码一种多肽的核苷酸序列,该多肽包含Neutrokine-α胞内域(推定为图1A和1B(SEQ ID NO2)的大约1-46位连续氨基酸残基),或由ATCC保藏号97768的保藏物所含的cDNA克隆编码;(e)编码一种多肽的核苷酸序列,该多肽包含Neutrokine-α跨膜域(推定为图1A和1B(SEQ ID NO2)的大约47-72位连续氨基酸残基),或由ATCC保藏号97768的保藏物所含的cDNA克隆编码;(f)编码具有胞外域和胞内域但缺失跨膜域的可溶性Neutrokine-α多肽的核苷酸序列;和(g)互补于以上(a),(b),(c),(d),(e)或(f)中任何核苷酸序列的核苷酸序列本发明的其它实施方案包括分离的核酸分子,其包含或由多核苷酸组成,该多核苷酸具有与以上(a),(b),(c),(d),(e)(f)或(g)中任何核苷酸序列有至少80%,85%或90%相同性,优选至少95%,96%,97%,98%或99%相同性的核苷酸序列,或者该多核苷酸在严格杂交条件下与以上(a),(b),(c),(d),(e)(f)或(g) 中的多核苷酸杂交其杂交的多核苷酸在严格条件下不与具有只由A残基或只由T残基组成的核苷酸序列的多核苷酸杂交本发明的另一实施方案提供了一种分离的核酸分子,其包含或由具有选自以下一组核苷酸序列的多核苷酸组成;(a)编码全长Neutrokine-αSV多肽的核苷酸序列,该多肽具有图5A和5B(SEQID NO19)所示完整氨基酸序列,或具有由在1998年12月10日保藏的ATCC保藏号203518的保藏物所含的cDNA,克隆编码;(b)编码Neutrokine-αSV多肽推定的胞外域的核苷酸序列,该胞外域具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示73-266位氨基酸序列或由在1998年12月10日保藏的ATCC保藏号203518的保藏物所含的cDNA克隆编码;(c)编码包含Neutrokine-αSV胞内域(推定为图5A和5B(SEQ ID NO19)的大约1-46位连续氨基酸残基)的多肽的多核苷酸序列,胞内域或由1998年12月10日保藏的ATCC保藏号203518的保藏物所含的cDNA克隆编码;(d)编码包含Neutrokine-αSV跨膜域(推定为图5A和5B(SEQ ID NO19)的大约47-72位连续氨基酸残基)的多肽的多核苷酸序列,跨膜域或由1998年12月10日保藏的ATCC保藏号203518的保藏物所含的cDNA克隆编码;(e)编码可溶性Neutrokine-αSV多肽的核苷酸序列,该多肽具有胞外域和胞内域但无跨膜域;和(f)互补于以上(a),(b),(c),(d),或(e)中任何核苷酸序列的核苷酸序列本发明的其它实施方案包括分离的核酸分子,其包含或由多核苷酸组成,该多核苷酸具有与以上(a),(b),(c),(d),(e)或(f)中任何核苷酸序列具有至少80%,85%或90%相同性,优选至少95%,96%,97%,98%或99%相同性的核苷酸序列,或者该多核苷在严格杂交条件下与以上(a),(b),(c),(d),(e)或(f)中的多核苷酸杂交其杂交的多核苷酸在严格杂交条件下不与具有只由A残基或只由T残基组成的核苷酸序列的多核苷酸杂交在一个实施方案中,Neutrokine-α的表观剪接变体包含或由图5A和5B(SEQ ID NO19)所示序列Gly142-Leu266氨基酸的,或由1998年12月10日保藏在ATCC中保藏号为203518的cDNA克隆HDPMC52编码的氨基酸序列的至少一部分组成在其它实施方案中,本发明的核酸分子包含或由多核苷酸组成,该多核苷酸编码具有以上(a),(b),(c),(d),(e)(f)或(g)中氨基酸序列的Neutrokine-α或Neutrokine-αSV的携带表位部分的氨基酸序列本发明的另一核酸实施方案涉及一种分离的核酸分子,其包含或由多核苷酸组成,该多核苷酸编码Neutrokine-α或Neutrokine-αSV多肽的氨基酸序列,所述多肽具有含有至少1个但不超过50个,优选不超过40个,更优选不超过30个,最优选不超过20个氨基酸添加,取代和/或缺失的氨基酸序列当然,尤为优选的是编码Neutrokine-α或Neutrokine-αSV多肽的氨基酸序列的多核苷酸的氨基酸序列含有不超过10,9,8,7,6,5,4,3,2,或1或1-100,1-50,1-25,1-20,1-15,1-10或1-5个氨基酸添加,取代和/或缺失,优选保守取代本发明还涉及重组载体,其包括本发明分离的核酸分子,还涉及含有重组载体的宿主细胞,以及生产这种载体和宿主细胞的方法,以及用它们通过重组技术生产Neutrokine-α多肽的方法根据本发明的另一实施方案,提供了一种通过重组技术生产这种多肽的方法,包括在促进所述多肽表达的条件下,培养含有本发明Neutrokine-α或Neutrokine-αSV核酸序列的重组原核和/或真核宿主细胞,随后回收所述多肽本发明还提供了分离的Neutrokine-α多肽,其包含或由选自以下一组的氨基酸序列组成(a)具有图1A和1B所示完整氨基酸序列(即SEQ ID NO2的1-285位),或由ATCC保藏号97768的保藏物所含的cDNA质粒编码的全长Neutrokine-α多肽的氨基酸序列;(b)具有SEQ ID NO2所示完整氨基酸序列除外N末端甲硫氨酸(即SEQ ID NO2的2-285位氨基酸序列)的全长Neutrokine-α多肽的氨基酸序列;(c)具有Neutrokine-α功能活性(即生物活性)的(b)多肽的片段;(d)Neutrokine-α多肽推定的胞外域的氨基酸序列,该胞外域具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示73-285位氨基酸序列,或由ATCC保藏号97768的保藏物所含的cDNA克隆编码;(e)编码Neutrokine-α多肽的核苷酸序列,具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示134-285位氨基酸序列;(f)Neutrokine-α多肽胞内域的氨基酸序列(推定的图1A和1B(SEQ ID NO2)的大约1-46位连续氨基酸),该胞内域或由ATCC保藏号97768的保藏物所含的cDNA质粒编码;(g)Neutrokine-α跨膜域氨基酸序列(推定的图1A和1B(SEQ ID NO2)中大约47-72位连续氨基酸残基),此跨膜域或由ATCC保藏号97768的保藏物所含的cDNA质粒编码;(h)具有胞外域和胞内域但无跨膜域的可溶性Neutrokine-α多肽的氨基酸序列,其中所述这些结构域如上所限定;和(i),(a),(b),(c),(d),(e),(f),(g)或(h)多肽的片段本发明的多肽还包括与以上(a),(b),(c),(d),(e),(f),(g),(h)或(i)氨基酸序列具有至少80%,优选至少85%或90%,更优选至少95%,96%,97%,98%或99%相同性的氨基酸序列的多肽,以及具有与以上氨基酸序列有至少80%,85%,或90%,更优选至少95%相似性的氨基酸序列的多肽本发明另外的实施方案涉及一种多肽,其包含或由具有以上(a),(b),(c),(d),(e),(g),(g),(h)或(i)中所述氨基酸序列的Neutrokine-α多肽的携带表位部分的氨基酸序列组成本发明的Neutrokine-α多肽包括这种多肽的具有至少4个,至少5个,至少6个,至少7个,至少8个,优选至少9个,至少10个,至少11个,至少12个,至少13个,至少14个,至少15个,至少20个,至少25个,至少30个,至少40个,至少50个,更优选至少大约30-50个氨基酸的一部分,当然任何长度的直至包括本发明多肽全部氨基酸序列的携带表位的多肽也包括在本发明内本发明尤其优选的实施方案涉及核酸分子,其包含或由一种多核苷酸组成,该多核苷酸具有的核苷酸序列与编码Neutrokine-α多肽的多核苷酸序列有至少80%,85%,90%相同性,优选具有至少95%,96%,97%,98%,99%,或100%相同性,Neutrokine-α多肽具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示134-285位氨基酸序列本发明优选的实施方案涉及包含或由多核苷酸组成的核酸分子,该多核苷酸具有的核苷酸序列与编码Neutrokine-α多肽的多核苷酸序列具有至少90%相同性,Neutrokine-α多肽具有图1A和1B(SEQ IDNO2)所示134-285位氨基酸序列本发明更为优选的实施方案涉及包含或由多核苷酸组成的核酸分子,该多核苷酸具有的核苷酸序列与编码Neutrokine-α多肽的多核苷酸序列具有至少95%相同性,Neutrokine-α多肽具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示134-285位氨基酸序列本发明更为优选的实施方案涉及包含或由多核苷酸组成的核酸分子,该多核苷酸具有的核苷酸序列与编码Neutrokine-α多肽的多核苷酸序列具有至少96%相同性,Neutrokine-α多肽具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示134-285位氨基酸序列另外,本发明更为优选的实施方案涉及包含或由多核苷酸组成的核酸分子,该多核苷酸具有的核苷酸序列与编码具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示134-285位氨基酸序列的Neutrokine-α多肽的多核苷酸序列具有至少97%相同性另外,本发明更为优选的实施方案涉及包含或由多核苷酸组成的核酸分子,该多核苷酸具有的核苷酸序列与编码具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示134-285位氨基酸序列的Neutrokine-α多肽的多核苷酸序列具有至少98%相同性另外,更为优选的实施方案是涉及包含或由多核苷酸组成的核酸分,该多核苷酸具有的核苷酸序列与编码具有图1A和1B(SEQID NO2)所示134-285位氨基酸序列的Neutrokine-α多肽的多核苷酸序列具有至少99%相同性本发明还涵盖了融合于异源多核苷酸序列的以上多核苷酸序列由这些多核苷酸和核酸分子编码的多肽也包含在本发明内本发明进一步提供了分离的Neutrokine-αSV多肽,其包含或由选自以下一组的氨基酸序列组成(a)全长Neutrokine-αSV多肽的氨基酸序列,该多肽具有图5A和5B所示完整氨基酸序列(即SEQ ID NO19的1-266位氨基酸),或由1998年12月10日保藏在ATCC中保藏号为203518的cDNA克隆编码;(b)全长Neutrokine-αSV多肽的氨基酸序列,该多肽具有SEQ ID NO19所示除N末端甲硫氨酸之外的完整氨基酸序列(即SEQ ID NO19的2-266位氨基酸);(c)Neutrokine-αSV多肽的推定胞外域的氨基酸序列,该胞外域具有图5A和5B(SEQ ID NO19)所示73-266位氨基酸序列,或由1998年12月10日保藏在ATCC中保藏号为203518的cDNA克隆编码;(d)Neutrokine-αSV多肽胞内域的氨基酸序列,该胞内域推定是图5A和5B(SEQ ID NO19)所示大约1-46位连续氨基酸残基,或由1998年12月10日保藏在ATCC No.203518的cDNA克隆编码;(e)Neutrokine-αSV跨膜域的氨基酸序列,该跨膜域推定是图5A和5B(SEQ ID NO19)所示大约47-72位连续氨基酸残基,或由1998年12月10日保藏在ATCC No.203518的cDNA克隆编码;(f)可溶性Neutrokine-αSV多肽的氨基酸序列,该多肽具有胞外域和胞内域但无跨膜域,其中每个结构域如上所限定;和(g)以上(a),(b),(c),(d),(e),或(f)多肽的片段本发明的多肽还包括具有与以上(a),(b),(c),(d),(e),(f)或(g)所述序列有至少80%,优选至少85%或90%,更优选至少95%,96%,97%,98%或99%相同性的氨基酸序列的多肽,以及具有与上述序列有至少80%,85%或90%相似性,优选至少95%相似性的氨基酸序列的多肽本发明另一实施方案涉及一种多肽,该多肽包含或由Neutrokine-α SV多肽的携带表位部分的氨基酸序列组成,该多肽具有以上(a),(b),(c),(d),(e),(f)或(g)中所述氨基酸序列具有本发明Neutrokine-αSV多肽的携带表位部分的氨基酸序列的肽或多肽,包括这种多肽的具有至少4个,至少5个,至少6个,至少7个,至少8个,优选至少9个,至少10个,至少11个,至少12个,至少13个,至少14个,至少15个,至少20个,至少25个,至少30个,至少40个,至少50个,更优选至少30-50个氨基酸的一部分,当然任何长度的直至包括本发明多肽全部氨基酸序列的携带表位的多肽也包括在本发明内本发明的一些非限制性的实施方案涉及一种多肽,其具有Neutrokine-α或Neutrokine-αSV多肽的携带表位部分的氨基酸序列,该Neutrokine-α或Neutrokine-αSV多肽具有以上(a),(b),(c),(d),(e),(g),(g),(h)或(i)中所述氨基酸序列在其它实施方案中,本发明提供了分离的抗体,其特异性(即唯一地)结合具有以上(a),(b),(c),(d),(e),(g),(g),(h)或(i)中所述氨基酸序列的Neutrokine-α或Neutrokine-αSV多肽本发明还提供了分离抗体的方法,该抗体特异地(即唯一地)结合具有以上所述氨基酸序列的Neutrokine-α或Neutrokine-αSV多肽这种抗体如下所述用于诊断或治疗本发明还提供了药物组合物,其包含可溶的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽,尤其人Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽,和/或抗Neutrokine-α抗体和/或抗Neutrokine-αSV抗体,它们可以用于,例如治疗,预防,预后和/或诊断肿瘤和肿瘤转移,细菌感染,病毒及其它寄生虫感染,免疫缺陷,炎症,淋巴腺疾病,自身免疫疾病,移植物对宿主疾病,刺激外周耐受性,破坏一些转化的细胞系,介导细胞活化,存活和增殖,以介导免疫调节和炎症应答,及增强或抑制免疫应答在一些实施方案中,施用本发明可溶性的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽或其激动剂,以治疗,预防,预后和/或诊断免疫缺陷疾病(例如X连锁重度联合免疫缺损(SCID),常染色体SCID,腺苷脱氨酶缺损(ADA缺损),X连锁血中丙球蛋白过少(XLA),Bruton’s病,先天性血中丙球蛋白过少,X连锁小儿血中丙球蛋白过少,获得性血中丙球蛋白过少,成年发作血中丙球蛋白过少,晚期发作血中丙球蛋白过少,反常的血中丙球蛋白过少,血丙球蛋白过少,小儿暂时性血丙球蛋白过少,非特异的血中丙球蛋白过少,血中丙球蛋白过少,普通可变性免疫缺陷(CVID)(获得性),Wiskott-Aldrich综合征(WAS),X连锁高IgM免疫缺陷,非X连锁高IgM免疫缺陷,选择性IgA缺陷,IgG亚类缺陷(有或无IgA缺陷),具有正常或增高水平IgS的抗体缺陷,胸腺瘤免疫缺陷,Ig重链缺失,K链缺损,B细胞淋巴增殖性疾病(BLPD),选择性IgM免疫缺陷,隐性血中丙球蛋白过少(Swiss型),网状细胞发育不全,新生儿嗜中性白细胞减少症,重度先天性白细胞减少,胸腺淋巴组织发育不全一发育不全或发育异常免疫缺陷,运动失调性毛细血管扩张,短肢侏儒,X连锁淋巴增殖综合征(XLP),Nezolf联合IgS免疫缺陷综合征,嘌呤核苷磷酸化酶(PNP)缺损,MHC II类缺损(Bare淋巴细胞综合征),和重度联合免疫缺损),或与免疫缺陷相关的疾病在一特异的实施方案中,施用本发明的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽或多核苷酸,或它们的激动剂,以治疗,预防,预后和/或诊断普通可变性免疫缺陷在一特异的实施方案中,施用本发明的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽或多核苷酸,或它们的激动剂,以治疗,预防,预后和/或诊断X连锁血中丙球蛋白过少症在另一特异的实施方案中,施用本发明的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽或多核苷酸,或它们的激动剂,以治疗,预防,预后和/或诊断重度联合免疫缺陷(SCID)在另一特异的实施方案中,施用本发明的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽或多核苷酸,或它们的激动剂,以治疗,预防,预后和/或诊断Wiskott-Aldrich综合征在另一特异的实施方案中,施用本发明的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽或多核苷酸,或它们的激动剂,以治疗,预防,预后和/或诊断X连锁高IgM水平的Ig缺陷在另一实施方案中,施用Neutrokine-α拮抗剂和/或Neutrokine-αSV拮抗剂(例如抗Neutrokine-α抗体),以治疗,预防,预后和/或诊断自身免疫疾病(例如风湿性关节炎,系统性红斑狼疮,原发性血小板减少性紫癜,自身免疫性溶血性贫血,抗磷脂(antiphospholipid)综合征,皮炎,过敏性脑脊髓炎,心肌炎,复发性多软骨炎,风湿性心脏病,肾小球肾炎(例如IgA肾病),多发性硬化,神经炎,眼色素层炎眼病,紫癜(如Henloch-Scoenlein紫癜),Reiter′s病,Stiff-Man综合征,自身免疫性肺炎,格林巴利综合征,胰岛素依赖型糖尿病,和自身免疫性眼炎,自身免疫性甲状腺疾病,甲状腺功能减退(即Hashimoto′s甲状腺疾病),Goodpasture′s综合征,天疱疮,受体自身免疫性如(a)Grave′s病,(b)Myasthenia Grave,和(c)胰岛素抗性,自身免疫性溶血性贫血,自身免疫性血小板性紫癜,抗胶原抗体schleroderma,结缔组织疾病,多肌炎/皮肌炎,恶性贫血,原发性Addison′s病,不孕症,肾小球肾炎如原发性肾小球肾炎和IgA肾病,大疱性天疱疮,Siogren′s综合征,糖尿病,和类肾上腺素药物抗性(包括哮喘或胆囊纤维化的肾上腺素类药物抗性),慢性活动性肝炎,原发性胆囊硬化,其它内分泌腺失调,白癜风,脉管炎,MI后,心切开术综合征,风疹,特异性皮炎,哮喘,炎症性肌病,和其它炎症,granulamatous,退化,和萎缩)或与自身免疫疾病相关的疾病在一特异的优选实施方案中,用本发明的抗Neutrokine-α抗体和/或抗Neutrokine-αSV抗体和/或其它拮抗剂治疗,预防,预后和/或诊断风湿性关节炎在另一特异的优选实施方案中,用抗Neutrokine-α抗体和/或抗Neutrokine-αSV抗体和/或抗Neutrokine-αSV抗体和/或其它的拮抗剂治疗,预防,预后和/或诊断系统性红斑狼疮在另一优选实施方案中,用抗Neutrokine-α抗体和/或抗Neutrokine-αSV抗体和/或其它拮抗剂治疗,预防,预后和/或诊断原发性血小板性紫癜在另一优选的实施方案中,用本发明的抗Neutrokine-α抗体和/或抗Neutrokine-αSV抗体和/或其它拮抗剂治疗,预防,预后和/或诊断IgA肾病在一优选的实施方案中,用抗Neutrokine-α抗体和/或抗Neutrokine-αSV抗体治疗,预防,预后和/或诊断与以上疾病和功能失调相关的自身免疫性疾病,和功能失调和/或病变本发明进一步提供了一种组合物,其包含Neutrokine-α或Neutrokine-αSV多核苷酸,Neutrokine-α或Neutrokine-αSV多肽,和/或抗Neutrokine-α抗体或抗Neutrokine-αSV抗体,施用于体外的细胞,来自体内的细胞,体内的细胞,或多细胞生物体在优选的实施方案中,本发明的组合物包含Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多核苷酸,以在宿主机体内表达Neutrokine-α多肽和/或Neutrokine-αSV多肽,从而治疗疾病在一更优选的实施方案中,本发明的组合物包含Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多核苷酸,以在宿主机体内表达Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽,从而治疗免疫缺陷性疾病或与免疫缺陷相关的疾病尤为优选的是在病人体内表达以治疗与Neutrokine-α或Neutrokine-αSV基因异常内源性活性相关的功能失调,(例如通过增加B细胞数或提高B细胞寿命而增强异常B细胞功能的表达)本发明还提供了一种筛选方法,以鉴别能增强或抑制由Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV诱导的细胞应答的化合物,该方法包括表达Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV的细胞与侯选的化合物相接触,分析细胞应答,并与标准细胞应答相比较,标准应答是在没有候选化合物的情况下分析的;从而细胞应答高与标准应答表明此化合物是一激动剂,细胞应答低于标准应答表明此化合物是一拮抗剂在另一实施方案中,提供了一种鉴别Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV受体的方法,以及用这种受体筛选分析激动剂和拮抗剂的方法该分析包括确定候选化合物对Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV结合Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV受体的影响特别地,此方法包括将Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV受体与本发明的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽及候选化合物相接触,并确定由于存在候选化合物,Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽与Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV受体的结合是提高还是降低拮抗剂可用于预防败血症休克,炎症,脑疟,HIV病毒活化,移植物/宿主排斥,骨再吸收,风湿性关节炎,恶病质(消耗性或营养不良性),免疫系统功能失调,淋巴瘤,和自身免疫性功能失调(例如风湿性关节炎和系统性红斑狼疮)本发明人还揭示了Neutrokine-α不仅在单核细胞系表达,也在肾,肺,外周血细胞,骨髓,T细胞淋巴瘤,B细胞淋巴瘤,活化的T细胞,骨癌,平滑肌,巨噬细胞,和脐带血组织中表达本发明人进一步揭示Neutrokine-αSV呈现只在原始树状细胞中高表达这些组织和细胞的一些失调,如肿瘤和肿瘤转移,细菌,病毒和其它寄生虫感染,免疫缺陷(如慢性可变性免疫缺陷),败血症休克,炎症,脑虐,HIV病毒活化,移植物/宿主排斥,骨再吸收,风湿性关节炎,自身免疫性疾病(如风湿性关节炎,和系统性红斑狼疮),和恶液质(消耗性或营养不良性)可以确信在取自具有这种失调的个体一些组织(如骨髓)或体液(如血清,血浆,尿,浸液或脑脊液)中可检测到明显较高或较低水平的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV基因表达,“标准”Neutrokine-α或Neutrokine-αSV基因表达水平即是在取自无这种失调的个体的组织或体液中的表达水平因此,本发明提供了在诊断疾病期间所用的诊断方法,包括(a)分析在个体细胞或体液中Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV基因表达水平;(b)将此表达水平与标准Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV基因表达水平相对比,对比结果比标准水平高或低表明疾病的存在本发明的其它实施方案涉及一种治疗需要提高或保持体内Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV活性水平的个体的方法,包括对这种个体施用一种组合物,该组合物包含治疗有效量的本发明的分离的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽或它们的激动剂本发明的另一实施方案涉及一种治疗需要降低体内Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV活性水平的个体的方法,包括对这种个体施用一种组合物,该组合物包含治疗有效量的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV拮抗剂用于本发明的优选的拮抗剂是Neutrokine-α特异性抗体和/或Neutrokine-αSV特异性抗体附图简述以下附图举例说明本发明的实施方案,而不限制本发明权利要求范围图1A和1B示出Neutrokine-α的核苷酸(SEQ ID NO1)和推导的氨基酸(SEQ ID NO2)序列1-46位氨基酸代表推定的胞内域,47-72位氨基酸代表推定的跨膜域(下划双线处),73-285位氨基酸代表推定的胞外域(其余的序列)潜在的天冬酰胺连接的糖基化位点在图1A和1B中用黑体的天冬酰胺符号(N)在Neutrokine-α氨基酸序列中表示,编码Neutrokine-α核苷酸序列中天冬酰胺残基的第一个核苷酸上有黑体的#号潜在的N连接的糖基化序列发现在Neutrokine-α氨基酸序列的以下位置N124-Q127(N-124,S-125,S-126,Q-127)和N242-C245(N-242,N-243,S-244,C-245)Neutrokine-α,Neutrokine-αSV,TNF-α,TNF-β,LT-β,和密切相关的Fas配体之间高度相同的区域(图2示出这些序列的对比)在图1A和1B中下划线这些区域不是限制性的,在图1A和1B中标记作保守的结构域(CD)-I,CD-II,CD-III,CD-IV,CD-V,CD-VI,CD-VII,CD-VIII,CD-IX,CD-X,和CD-XI图2A和2B示出Neutrokine-α(SEQ ID NO2)和Neutrokine-αSV(SEQ ID NO19),和TNF-α(图2A和2B中“TNF-α”,GenBank No.Z15026;(SEQ ID NO3),TNF-β(图2A和2B中“TNF-β”,GenBank No.Z15026;SEQ ID NO4),淋巴毒素-β(图2A和2B中“LT-β”,GenBank No.L11016;SEQ ID NO5),和FAS配体(图2A和2B中“FASL″,GenBankNo.U1182I;SEQ IDNO6)的氨基酸序列之间相同的区域,其通过“MegAlign”程序确立,该程序是称作“DAN*STAR″计算机程序的一部分与共有序列匹配的残基用阴影表示图3示出Neutrokine-α氨基酸序列分析用所述计算机程序的默认参数对SEQ ID NO2的氨基酸序列进行推定,示出α区,β区,转角区和卷曲区;亲水性和疏水性;两亲区;柔性区;抗原指数和表面概率在“抗原指数-Jameson-Wolf″图中,指明了Neutrokine-α的高抗原性区域的位置,该区即从中可获得本发明携带表位肽的区域抗原性多肽包括SEQ ID NO2的大约Phe115~Leu147,Ile150~Tyr163,Ser171~Phe194,Glu223~Tyr246,Ser271~Phe278图3中的数据也以表形式在表1中示出列用“残基”,“位置”和罗马数字I-XIV标记列的标记指图3和表1中所示氨基酸序列的以下特征“残基”指SEQ ID NO2和图1A和1B的氨基酸残基;“位置”指SEQ ID NO2和图1A和1B内相应残基的位置;Iα区-Garnier-Robson;IIα区-Chou-Fasman;IIIβ区-Garnier-Robson;IVβ区-Chou-Fasman;V转角区-Garnier-Robson;VI转角区-Chou-Fasman;VII卷曲区-Garnier-Robson;VIII亲水性图-Kyte-Doolittle;IX疏水性图-Hopp-Woods;Xα两亲区-Eisenberg;XIβ两亲区-Eisenberg;XII柔性区-Karplus-Schulz;XIII抗原指数-Jameson-Wolf;和XIV表面概率图-Emini图4A,4B和4C示出被称为HSOAD55(SEQ ID NO7),HSLAH84(SEQ ID NO8)和HLTBM08(SEQ ID NO9)的本发明相关的人cDNA克隆,与从保藏在ATCC No.97768的人cDNA克隆中确定的Neutrokine-α核苷酸序列的序列对比图5A和5B示出Neutrokine-αSV蛋白的核苷酸序列(SEQ IDNO18)和推导的氨基酸序列(SEQ ID NO19)1-46位氨基酸代表推定的胞内域,47-72位氨基酸代表推定的跨膜域(下划双线),73-266位氨基酸代表推定的胞外域(其余部分序列)潜在的天冬酰胺连接的糖基化位点在图5A和5B中用黑体的天冬酰胺符号(N)在Neutrokine-αSV氨基酸序列中标记,在编码Neutrokine-αSV核苷酸序列中天冬酰胺残基的第一个核苷酸之上以黑体#号标出潜在的N连接的糖基化序列发现在Neutrokine-αSV氨基酸序列中的以下位置N124~Q127(N124,S125,S126,Q127),和N223~C226(N223,N224,S225,C226)抗原性多肽包括SEQ ID NO19氨基酸序列的大约Pro32~Leu47,Glu116~Ser143,Phe153-Tyr173,Pro218-Tyr227,Ala232-Gln241,Ile244-Ala249,和Ser252-Val257Neutrokine-α,Neutrokine-αSV,TNF-α,TNF-β,LT-β,和密切相关的Fas配体之间高度相同性区域(这些序列的对比示于图2)在图1A和1B中下划线处(Neutrokine-α和Neutrokine-αSV的)这些保守的区域在图5A和5B中标记为保守域(CD)-I,CD-II,CD-III,CD-V,CD-VI,CD-VII,CD-VIII,CD-IX,CD-X,和CD-XINeutrokine-αSV不含有图1A和1B
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专利名称:Neutrokine-α和Neutrokine-α剪接变体的制作方法中所述的CD-IV序列。Neutrokine-α多肽序列(SEQ ID NO2)与APRIL,TNF-α,LT-α的序列对比示于图7A。在图7A中,示出β折叠区,其如下述在图7A中描述。图6示出Neutrokine-αSV氨基酸序列分析,用所述计算机程序的默认参数推定SEQ ID NO19的氨基酸序列的α区,β区,转角区和卷曲区;亲水性和疏水性;两亲区;柔性区;抗原指数和表面概率。Neutrokine-α蛋白的高抗原性区域的位置在“抗原性指数-Jameson-Wolf”图中示出,该区域即是从中可获得本发明携带表位肽的区域。抗原性多肽包括但非限于包含SEQ ID NO19的氨基酸序列的以下氨基酸的多肽约Pro32-Leu47,约Glu116-Ser143,约Phe153-Tyr173,约Pro218-Tyr227,约Ser252-Thr258,约Ala232-Gln241,约Ile244-Ala249,约Ser252-Val257。图6所示数据可以类似于表1所示数据的表格形式代表。这种代表图6所示精确数据的表格可用DNA*STAR计算机序列分析程序包的MegAligh组分,设立默认参数而产生。这与用于产生图3和图6的程序相同。图7ANeutrokine-α的氨基酸序列,及其推定的配体结合域与APRIL,TNF-α,LT-α的配体结合域的序列对比(具体地,人APRIL多肽(SEQ ID NO20;ATCC保藏号No.AF046888)的115-250位氨基酸残基,TNF-α(SEQ ID NO3;GenBankNo.Z15026)的88-233位氨基酸残基,和LT-α(也称作TNF-β,SEQ IDNO4)的62-205位氨基酸残基;GenBankNo.Z15026)。示出Neutrokine-α的推定的跨膜区,且Neutrokine-α的裂解位点用斜体字表示。下划线的序列(A-H)代表推定的β折叠区域。
图7BNeutrokine-αmRNA表达。用Neutrokine-α开放读框作探针,在得自一系列人组织类型和所选择的癌细胞系的聚(A)+RNA印迹(Clonetech)上,进行Northern杂交分析。检测到一个2.6Kb的Neutrokine-αmRNA在胎盘,心脏,肺,胎肝,胸腺和胰腺中高水平表达。此2.6Kb的Neutrokine-αmRNA也在HL-60和K562细胞系中检测到。
图8A和8B在通过IFN-γ激活人单核细胞后,Neutrokine-α的表达提高。图8A在体外培养的单核细胞上,Neutrokine-α蛋白表达的流式细胞计量分析。纯化的细胞在有或无IFN-γ(100U/ml)的情况下培养3天。然后将细胞用Neutrokine-α特异性mAb(2E5)(实线)或同种型匹配的对照(IgG1)(点划线)染色。用在三个独立的试验中纯化自三个不同供体的单核细胞获得可比结果。图8B制备Neutrokine-α特异性TagMan引物,并用于确定在未刺激的及IFN-γ(100U/ml)处理的单核细胞中,Neutrokine-αmRNA的相对表达水平。TagMan引物的核苷酸序列如下(a)探针5′-CCA CCA GCT CCA GGA GAA GGC AAC TC-3′(SEQ ID NO24);(b)5′扩增引物5′-ACC GCG GGA CTG AAA ATC T-3′(SEQID NO25);和(c)3′扩增引物5′-CAC GCT TAT TTC TGC TGTTCT GA-3′(SEQ ID NO26)。
图9A和9BNeutrokine-α是一种潜在的B淋巴细胞刺激剂。图9A在标准B淋巴细胞联合刺激分析中,利用金黄色葡萄球菌cowan 1(SAC)作引导剂,确定Neutrokine-α的生物活性。单用SAC产生1427±316的背景计数。所报道的数值是在三份孔中所得结果的平均值±偏差。用纯化自稳定的CHO转染体和瞬时转染的HEK293T细胞的重组Neutrokine-α获得相似结果。图9B用Neutrokine-α和其与抗IgM联合刺激扁桃体B细胞的增殖。如用SAC进行分析所述进行生物分析,除了各个孔用山羊抗人IgM抗体预先包被,抗体浓度为10μg/ml PBS.
图10A和10BNeutrokine-α受体在正常人外周血单核细胞和肿瘤细胞系中的表达。图10A人外周血成核细胞得自正常志愿者,并通过密度梯度离心分离。细胞用生物素酰化的Neutrokine-α染色,随后用PE缀合的链亲和素和FITC或PerCP偶联的特异于CD3,CD20,CD14,CD56和CD66b的mAbs染色。在Becton DickinsonFACScan上用CellQuest软件分析细胞。数据代表4个独立试验之一。图10BNeutrokine-α与组织细胞细胞系U-937和骨髓瘤细胞系IM-9的结合。
图11A,11B,和11C在BALB/cAn NCR小鼠体内施用Neutrokine-α的体内效应。图11A将福尔马林固定的脾用石腊包埋,并将5微米的切片用苏木精和伊红染色(上面一组)。下面一组是取自相同动物的切片,该动物用抗CD45R(B220)mAb染色,并用辣根过氧化物酶偶联的兔抗鼠Ig(小鼠吸附的)和底物四盐酸二氨基联苯胺(DAB)显色。玻片用Mayer′s苏木精负染。CD45R(B220)表达细胞呈褐色。图11B用PE-CD45R(B220)和FITC-ThB(LybD)染色的正常(左侧一组)和Neutrokine-α处理的(右侧一组)的流式细胞计量分析。图11C在正常和Neutrokine-α处理的小鼠中血清IgM,IgG和IgA的水平。详细描述本发明提供了分离的核酸分子,其包含编码Neutrokine-α多肽的多核苷酸,该多肽具有图1A和1B(SEQ ID NO2)所示氨基酸序列,此序列是通过对cDNA克隆测序而确定的。图1A和1B所示的核苷酸序列(SEQ ID NO1)是通过对HNEDU15克隆测序而得的,该克隆在1996年10月22日保藏在美国典型培养物保藏中心(ATCC),保藏号ATCC No.97768,ATCC位于弗吉尼亚州马纳萨斯市大学道20110-2209,邮编10801。保藏的克隆包含于pBluescriptSK(-)质粒(Stratagene,La Jolla,CA)中。
本发明还提供了分离的核酸分子,其包含编码Neutrokine-αSV多肽的多核苷酸,该多肽具有图5A和5B(SEQ ID NO19)所示氨基酸序列,此序列是通过对cDNA克隆测序而确定的。图5A和5B所示的核苷酸序列(SEQ ID NO18)是通过对HDPMC52克隆测序而得的,该克隆在1998年12月10日保藏在美国典型培养物保藏中心(ATCC),保藏号ATCC No.203518。保藏的克隆包含于pBluescript SK(-)质粒(Stratagene,La Jolla,CA)中。
本发明的Neutrokine-α和Neutrokine-αSV多肽与TNF-α,TNF-β,LT-β,Fas配体,APRIL和LT-α的人mRNAs的翻译产物呈序列同源(见图2A,2B和7A)。如上所示,TNF-α被认为是在细胞毒性,坏死,细胞程序性死亡,共同刺激,增殖,淋巴管形成,免疫球蛋白类别转换,分化,抗病毒活性,和调节粘着分子及其它细胞因子和生长因子中起作用的一个重要细胞因子。
核酸分子除非特别指出,所有通过对本文中DNA分子测序而确定的核苷酸序列是用自动DNA测序仪(如Model 373型,Applied Brosystems,Inc,Foster City,CA)确定的,且由本文确定的DNA分子编码的多肽的所有氨基酸序列是通过翻译以上确定的DNA序列而推定的。因此,本领域已知如同通过这种自动方法确定的任何DNA序列一样,在此确定的任何核苷酸序列可存在一些误差。自动方法确定的核苷酸序列典型地与测序的DNA分子的真正核苷酸序列有至少大约90%,更典型地有至少大约95%~99.9%的相同性。真实序列可更精确地通过其它方法确定,包括本领域熟知的人工DNA测序法。本领域也已知,与真正序列相比,确定的核苷酸序列中一个单一的插入或缺失,将导致在核苷酸翻译中移码,由此从这种插入或缺失的那一点开始,由确定的核苷酸序列编码的推定的氨基酸序列将完全不同于由测序的DNA分子编码的真实氨基酸序列。
核酸分子或多核苷酸的“核苷酸序列”,就DNA分子或多核苷酸而言是脱氧核糖核苷酸序列,就RNA分子或多核苷酸而言是相应的核糖核苷酸序列(A,G,C和U),其中特异的脱氧核糖核苷酸序列中的每个胸苷(T)脱氧核糖核苷酸由核糖核苷酸尿苷(U)置换。
利用本文所提供的信息,如图1A和1B中的核苷酸序列,编码Neutrokine-α多肽的本发明的核酸分子可用标准克隆和筛选方法获得,如用mRNA作起始物克隆cDNA的方法。如本发明所示,图1A和1B所述核酸分子(SEQ ID NO1)是在衍生自嗜中性粒细胞的cDNA文库中发现的。相应于Neutrokine-αcDNA一部分的表达序列标记也发现在肾,肺,外周血白细胞,骨髓,T细胞淋巴瘤,B细胞淋巴瘤,活化的T细胞,胃癌,平滑肌,巨噬细胞,和脐带血组织中。另外,用图5A和5B中提供的核苷酸信息,编码Neutrokine-αSV多肽的本发明的核酸分子可用标准克隆和筛选方法获得,如用mRNA作起始物克隆cDNA的方法。如本发明所示,图5A和5B所示核酸分子(SEQ ID NO18)是在衍生自原始树状细胞的cDNA文库中发现的。
ATCC保藏号97768的Neutrokine-α质粒HNEDU15含有一个编码有大约285个氨基酸残基的蛋白质的开放读框,一个大约46个氨基酸的推定的胞内域(图1A和1B(SEQ ID NO2)的大约1-46位氨基酸残基),一个大约26个氨基酸的推定的跨膜域(图1A和1B(SEQ ID NO2)中大约47-72位下划线的氨基酸残基),一个大约213个氨基酸的推定的胞外域(图1A和1B(SEQ ID NO2)中大约73-285位氨基酸);推导的分子量为大约31KDa。图(1A和1B(SEQ ID NO2)中所示Neutrokine-α多肽与人TNF-α有大约20%相似性和大约10%相同性,TNF-α在GenBank中登记号为No.339764。
ATCC保藏号203518的Neutrokine-αSV质粒HDPMC52含有一个编码大约有266个氨基酸残基的蛋白质的开放读框,一个大约46个氨基酸的推定的胞内域(图5A和5B(SEQ ID NO19)中大约1-46位氨基酸残基),一个大约26个氨基酸的推定的跨膜域(图5A和5B(SEQ ID NO19)中大约47-72位下划线的氨基酸残基),一个大约194个氨基酸的推定的胞外域(图5A和5B(SEQ ID NO19)中大约73-266位氨基酸残基);推导的分子量为大约29KDa。图5A和5B(SEQ ID NO19)所示Neutrokine-αSV多肽与在GenBank中登记号为339764的人TNF-α有大约33.9%相似性和大约22.0%相同性。
熟练技术人员知道,由于如上所述测序可能存在误差,分别包含大约285和266个氨基酸的,由保藏的cDNA编码的真实完整的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽有时可稍短。特别地,确定的Neutrokine-α和Neutrokine-αSV编码序列含有一个普通的第二个甲硫氨酸密码子,其可作为开放读框翻译的起始密码子,该密码子位于图1A和1B(SEQ ID NO18)所示64-66位核苷酸。更一般地,真正开放读框可在推定自图1A和1B(SEQ ID NO1)和图5A和5B(SEQ ID NO18)所示N末端第一个或第二个甲硫氨酸密码子的±20个氨基酸,尤其±10个氨基酸的范围内的任何位置。应进一步意识到,本文所述多肽结构域是由计算机分析确定,因此,根据用于鉴别各种结构域的分析标准,Neutrokine-α和Neutrokine-αSV多肽的胞外域,胞内域和跨膜域的准确位置可以有所不同。例如,图1A和1B(SEQ ID NO2)和图5A和5B(SEQID NO19)中Neutrokine-α和Neutrokine-αSV胞外域的准确位置根据所用限定结构域的标准可有轻微变化(例如,位置可以“移动”大约1-20个残基,尤其大约1-5个残基)。在这种情况下,跨膜域的终端和胞外域的起点在鉴别以上所示位置中疏水氨基酸序列的基础上加以推定,如图3和6及表1所示。如下所述,本发明进一步提供了具有各种缺失自完整多肽N末端和/或C末端的各种残基的多肽,包括缺失一或多个本文所述胞外域N末端氨基酸的多肽,其构成可溶形式的Neutrokine-α和Neutrokine-αSV多肽的胞外域。
本发明的核酸分子和多核苷酸可以是RNA形式,如mRNA,或DNA形式,包括通过克隆或合成产生而获得的cDNA和基因组DNA。此DNA可以是双链或单链的。单链DNA或RNA可以是编码链,也称为有义链,或可以是非编码链,也称作反义链。
“分离”的核酸分子是指从其天然环境中分离出的核酸分子(DNA或RNA)。例如,本发明载体中包含的重组DNA分子被认为是分离的。分离的DNA分子另外例如包括保持在异源宿主细胞中的重组DNA分子,或溶液中纯化(部分或基本纯化的)DNA分子。分离的RNA分子包括本发明DNA分子的体内或体外RNA转录物。然而,包含在克隆中的核酸,或分离或移自细胞或细胞裂解物的染色体(如核型“染色体涂片”)在本发明中不是分离的,所述克隆是未与文库中其它成员(如含有此克隆及其它文库成员的同源溶液形式)分离的文库(如基因组或cDNA文库)成员。如本发明进一步所述,根据本发明的分离的核酸分子可以是天然,重组或合成产生的。
本发明分离的核酸分子包括DNA分子,此DNA分子包含或由具有图1A和1B(SEQ ID NO1)所示核苷酸序列的147-149位的起始密码子的开放读框(ORF)组成。另外,本发明分离的核酸分子包括的DNA分子包含或由基本不同于以上所述序列,但由于遗传密码的简并性,仍编码Neutrokine-α蛋白的序列组成。当然,遗传密码是本领域熟知的。因此,本领域技术人员可常规产生上述简并的变体。在另一实施方案中,本发明提供的分离的核酸分子包含或由编码Neutrokine-α多肽的序列组成,Neutrokine-α多肽具有由ATCC保藏号97768的质粒中包含的cDNA编码的氨基酸序列。优选地,此核酸分子包含或由编码多肽的胞外域或多肽的成熟或可溶多肽序列组成,该多肽由ATCC保藏号97768的质粒中的cDNA编码。
本发明的分离的核酸分子还包括这样的DNA分子,其包含具有图5A和5B(SEQ ID NO18)所示核苷酸序列的1-3位的起始密码子的开放读框(ORF)。另外,本发明分离的核酸分子包括的DNA分子包含或由基本不同于以上所述序列,但由于遗传密码的简并性,仍编码Neutrokine-αSV多肽的序列组成。当然,遗传密码是本领域熟知的。因此,本领域技术人员可常规生产上述简并变体。在另一实施方案中,本发明提供的分离的的核酸分子包含或由编码Neutrokine-αSV多肽的序列组成,Neutrokine-αSV多肽具有由ATCC保藏号203518的质粒中包含的cDNA编码的氨基酸。优选地,此核酸分子包含或由编码多肽胞外域或成熟可溶多肽序列的序列组成,该多肽由ATCC保藏号203518的质粒中包含的cDNA编码。
本发明进一步提供的核酸分子包含或由图1A和1B(SEQ IDNO1)所示核苷酸序列,或包含于ATCC No.97768的质粒中的Neutrokine-αcDNA的核苷酸序列,或具有互补于以上序列之一的序列的核苷酸序列组成。另外,本发明提供的分离的核酸分子包含或由图5A和5B(SEQ ID NO18)所示核苷酸序列,或包含于ATCC No.203518的质粒中的Neutrokine-αSV cDNA的核苷酸序列,或具有互补于以上序列之一的序列的核苷酸序列组成。这种分离的分子尤其DNA分子,具有包括但非限于作为通过与染色体原位杂交进行基因作图的探针,及例如通过Northern或Western印迹分析,检测人组织中Neutrokine-α和Neutrokine-αSV的表达等作用。
在一个实施方案中,本发明的多核苷酸包含或由SEQ ID NO22所示序列组成。SEQ ID NO22所示序列从得自GenBank的一些重叠小鼠EST序列(AI 182472,AA 422749,AA 25047和AI 122485)构建。对EST序列进行对比产生SEQ ID NO22所示类Neutrokine-α多核苷酸序列。得自SEQ ID NO22翻译的氨基酸序列如SEQ IDNO23所示。SEQ ID NO22和SEQ ID NO23所示序列的片段,变体和衍生物也涵盖在本发明内。
在另一实施方案中,本发明的多核苷酸包含或由SEQ ID NO27所示序列,和/或编码SEQ ID NO28所示氨基酸序列的序列,其片段,变体和衍生物组成。这些多核苷酸也涵盖在本发明内。例如,本发明的一些实施方案涉及的多核苷酸包含或由编码一多肽序列的序列组成,此多肽序列与SEQ ID NO28的68-219位氨基酸有至少80%,85%,90%,92%,95%,96%,97%,98%或99%相同性。得自SEQ ID NO27翻译的氨基酸序列如SEQ ID NO28所示。包含或由SEQ ID NO28的氨基酸序列组成的多肽和SEQ ID NO28所示序列的片段,变体和衍生物也包涵在本发明内。例如,本发明的一些实施方案涉及的多肽包含或由与SEQ ID NO28的68-219位氨基酸具有至少80%,85%,90%,92%,95%,96%,97%,98%或99%相同性的多肽序列组成。具有SEQ ID NO27所示序列的核酸分子是通过RT-PCR经二种简并引物从cyanomologous猴(即Macaea irus)PBMC中获得。简而言之,总RNA通过用Trizol(购自Life Technologies,Inc,Rockville,MD)根据生产商的指导制备自cyanomologous猴PBMC。然后,用寡-dT引物从cyanomologous猴PBMC制备物中用标准方法合成单链的cDNA。Neutrokine-α特异性引物基于鼠和人Neutrokine-α分子(分别为SEQ ID NO22和1)之间的保守区域进行设计。然后通过PCR用cDNA模板组合以下两种简并的寡核苷酸引物产生cyanomologous猴Neutrokine-α核酸分子。5′引物5′-TAC CAG ITG GCI GCC ITG CAA G-3′(SEQID NO35)和3′引物5′-GTI ACA GCA GTT TIA IIG CAC C-3′(SEQ ID NO36)。在简并的引物序列中(SEQ ID NO35和36),“I″代表脱氧肌苷或二脱氧肌苷。
在另一实施方案中,本发明的多核苷酸包含或由SEQ ID NO29所示序列,和/或编码SEQ ID NO30所示氨基酸序列的序列,其片段,变体和衍生物组成。这些多核苷酸也涵盖在本发明范围内。例如,本发明的一些实施方案涉及的多核苷酸包含或由编码与SEQ IDNO30所示序列68-219氨基酸有至少80%,85%,90%,92%,95%,96%,97%,98%或99%相同性的多肽序列的序列组成。得自SEQ IDNO29翻译的氨基酸序列如SEQ ID NO30所示。包含或由SEQ IDNO30所示氨基酸序列,和SEQ ID NO29和SEQ ID NO30所示序列的片段,变体和衍生物也涵盖在本发明内。例如,本发明的一些实施方案涉及的多肽包含或由与SEQ ID NO30的68-219位氨基酸有至少80%,85%,90%,92%,95%,96%,97%,98%或99%相同性的多肽序列。具有SEQ ID NO29所示序列的核酸分子是通过RT-PCR,用两种简并引物从猕猴PBMC中获得的。简而言之,总RNA通过用Trizol(购自Life Technologies,Inc,Rockviue,MD),根据生产商的指导,从猕猴PBMC中制备。然后,用寡dT引物从猕猴PBMC制备物中,用标准方法合成单链cDNA。Neutrokine-α特异性引物是基于鼠和人Neutrokine-α分子(分别为SEQ ID NO22和1)之间的保守区域进行设计。然后,猕猴Neutrokine-α核酸分子是通过PCR,用cDNA模板组合以下两种简并的寡核苷酸引物产生。5′引物5′-TAC CAG ITG GCI GCC ITG CAA G-3′(SEQ IDNO35)和3′引物5′-GTI ACA GCA GTT TIA IIG CAC C-3′(SEQID NO36)。在简并的引物的序列中(SEQ ID NO35和36),“I″代表脱氧肌苷或二脱氧肌苷。
本发明还提供了一种核酸分子,其具有与SEQ ID NO1和SEQID NO18的延伸部分相关的核苷酸序列,所述核苷酸序列已从以下相关的cDNA克隆中确定HSOAD 55(SEQ ID NO7),HSLAH84(SEQ ID NO8),和HLTBM08(SEQ ID NO9)。
本发明进一步涉及编码本文所述核苷酸序列一部分的核酸分子,以及该分离的核酸分子的片段。在一实施方案中,本发明提供了具有代表SEQ ID NO1的一部分的核苷酸序列的多核苷酸,该部分由SEQ ID NO1的1-1001位核苷酸组成。在另一实施方案中,本发明提供了具有代表SEQ ID NO18的一部分的核苷酸序列的多核苷酸,该部分由SEQ ID NO18的1-798位核苷酸组成。
本发明进一步涉及本文所述核酸分子(即多核苷酸)的片段。具有例如以下核苷酸序列的核酸分子片段是指长度为至少15个,优选至少20或25个,更优选至少30个,最优选至少40,50,100,150,200,250,300,325,350,375,400,450,或500个核苷酸,所述核苷酸序列例如是ATCC保藏号97768的质粒中包含的cDNA的核苷酸序列,编码由ATCC保藏号97768的质粒中包含的cDNA编码的多肽序列的核苷酸序列,SEQ ID NO1的核苷酸序列,编码SEQ ID NO2的多肽序列的核苷酸序列,ATCC保藏号203518的质粒中包含的cDNA的核苷酸序列,SEQ ID NO18的核苷酸序列,编码SEQ IDNO20多肽序列的核苷酸序列,或它们的互补链。这些片段有许多用途,包括但非限于如本文所述的诊断探针和引物。当然,较大的片段如长度为501-1500个核苷酸的片段根据本发明也是有用的,该片段相当于大多数(如果不是全部)以下核苷酸序列ATCC保藏号97768的质粒中包含的cDNA的核苷酸序列,SEQ ID NO1的核苷酸序列,ATCC保藏号203518的质粒中包含的cDNA的核苷酸序列,和SEQ ID NO18的核苷酸序列。本发明优选的核酸片段包括编码一种多肽的核酸分子,该多肽包含或由图1A和1B(SEQ IDNO2)和图5A和5B(SEQ ID NO19)中分别示出的Neutrokine-α和/或Neutrokine-αSV多肽的携带表位部分组成,并见以下详述。由这些多核苷酸片段编码的多肽也涵盖在本发明内。
具有例如以下核苷酸序列的核酸分子片段是指长度至少为15个,优选至少20或25个,更优选至少30个,最优选至少40,50,100,150,200,250,300,325,350,375,400,450或500个核苷酸,所述核苷酸序列例如是SEQ ID NO21的核苷酸序列,SEQ ID NO22的核苷酸序列,SEQ ID NO27的核苷酸序列,SEQ ID NO29的核苷酸序列,编码SEQ ID NO23的多肽序列的核苷酸序列,编码SEQ ID NO28的多肽序列的核苷酸序列,编码SEQ ID NO30的多肽序列的核苷酸序列或它们的互补链。这些片段有许多用途,包括包括但非限于如本文所述用作诊断探针和引物。当然,较大的片段如长度为501-1500个核苷酸的片段根据本发明也是有用的,此片段相当于以下大多数(如果不是全部)核苷酸序列SEQ ID NO21的核苷酸序列,SEQ ID NO22的核苷酸序列,SEQ ID NO27的核苷酸序列,SEQ ID NO29的核苷酸序列,编码SEQ ID NO23的多肽序列的核苷酸序列,编码SEQ ID NO28的多肽序列的核苷酸序列,编码SEQ ID NO30的多肽序列的核苷酸序列,或它们的互补链。由这些多核苷酸片段编码的多肽也涵盖在本发明内。
本发明的Neutrokine-α多核苷酸片段的代表性片段例如包括包含或由SEQ ID NO1的或其互补链或ATCC保藏号97768的cDNA的大约1-50,51-100,101-146,147-200,201-250,251-300,301-350,351-400,401-450,451-500,501-550,551-600,600-650,651-700,701-750
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