同一法人的两家公司合并流程及税务相关问题？

企业合并，当事各方应按下列规定处理：

1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。

2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。

3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。

三、企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：

(一)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。

(二)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。

(三)企业重组后的连续12个月内 不改变重组资产原来的实质性经营活动。

(四)重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。

(五)企业重组中取得股权支付的原主要股东 ，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。

四、企业重组符合本通知第五条规定条件的，交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理：

企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：

1.合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。

2.被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。

3.可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。

4.被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。

营业税，免税。

《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》公告2011年第51号。纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。

增值税，免税。

《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》公告2011年第13号。纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。

契税，免税。

《财政部国家税务总局关于企业改制重组若干契税政策的通知》财税[2008]175号规定：　两个或两个以上的企业，依据法律规定、合同约定，合并改建为一个企业，且原投资主体存续的，对其合并后的企业承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。

土地增值税，免税。

《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》财税字〔1995〕48号。 在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。

印花税，免税。

《财政部国家税务总局关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》财税[2003]183号。以合并或分立方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花; 企业改制前签订但尚未履行完的各类应税合同，改制后需要变更执行主体的，对仅改变执行主体、其余条款未作变动且改制前已贴花的，不再贴花;企业因改制签订的产权转移书据免予贴花。

以上内容就是相关的回答，如果两个公司满足一定的条件，就是可以进行合并的，虽然两个公司属于同一个法人，但是满足这些条件也可以进行合并，在办理公司合并的时候公司可能会发生一些变化，这个需要进行处理。