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李东
从业6年
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所在地区:广州市
咨询解答:111
lncRNA,全称“长链非编码RNA”(long non-coding RNA),是近年来RNA方向的研究热门。
以前只是各种听说,没正儿八经地做过lncRNA的测序分析。最近接到新任务,所以来了解了解,本人实在健忘,所以记下lncRNA的基础信息。
lncRNA特点?
1)长度在200-100000nt之间的RNA分子;
2)具有mRNA样结构,有polyA尾巴和启动子样结构;
3)不编码蛋白。
在生信分析中,往往会去除
有蛋白编码家族的转录本;
去除有编码能力的RNA来筛选lncRNA;(工具:CPAT,CNCI,CPC,PLEK)
为什么lncRNA要采用链特异性建库?
熟悉lncRNA测序的朋友们肯定知道,lncRNA测序多采用链特异性建库。其原因为:
1)lncRNA的来源是具有链特异性的;
2)lncRNA来源就是编码蛋白(mRNA)基因的反义链,是传说中的天然反义lncRNA(NAT-antisense lncRNA);如果是普通非链特异性建库,那么序列是来自mRNA,还是NAT-antisence LncRNA就难以区分了;
3)链特异性建库可更准确地统计转录本的数量和确定基因的结构,准确区分获得的转录本来自基因组哪条链。
2022-05-04 20:51:54
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