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个人所得税是对在日本的居民和非居民的所得课征的一种税。
1、纳税人。日本个人所得税纳税人包括居民和非居民。居民是指在日本居住1年或1年以上的个人，应就其在日本境内外的全部所得课税。但居民如果无永久居住日本的意图而在日本设有住所或居民并连续居留日本未达5年者，则被视为非永久居民，应就其在日本来源所得，以及在日本境内支付或汇入日本的境外来源所得课税。个人在日本没有住所，且在日本居留未达1年者，称为非居民，就其在日本境内来源所得课税。
2、课税对象、税率。日本个人所得税的课税对象是各类所得，包括利息所得、分红所得、不动产所得、薪金所得、退职所得、事业所得、转让所得、山林所得、临时所得、其他所得等。所得扣除项目主要有：基础扣除、配偶扣除、抚养扣除、残疾人扣除、老人扣除、孤寡扣除、勤工俭学扣除、医疗费扣除、社会保险费扣除、人寿保险费扣除、损失保险费扣除、捐赠款扣除、小规模企业共济款扣除、杂项扣除等。其中，配偶扣除、抚养扣除、基础扣除等已从35万日元提高到38万日元。
个人所得税的起征点因基本生活扣除额等因素影响而有所变化，目前，夫妇带两个孩子的标准工薪家庭的个人所得税起征点为384.2万日元。
日本非居民纳税：因工作滞留在日本的时间不满1年的纳税人通常被视为非必恭必敬纳税人，该非居民纳税人必须按20%的比例税率缴纳工薪税，而不论工薪来源何处。如果该非居民纳税人作为本国居民在本国纳税，则不在日本缴纳工薪税。如果该国与日本订有税收协定，该国居民在日本停留时间不满183天，其雇主是非居民或外国公司，其工资不是由日本的分支机构支付，则可免除上述20%的税。非居民如不符合上述条件，则须缴纳20%的工薪税。当非居民来源于日本的营业所得属于在日本常设机构的劳务所得，或属于日本的不动产销售收入或租金，均要按居民的相同累进税率征税。非居民在日本设有常设机构，其个人营业所得与该常设机构有关，应缴纳个人居民税和个人事业税。
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