pik3ca基因突变检测液相芯片制作方法_余刚专利（pikca,基因突变,液相）-早鸽网

一种pik3ca基因突变检测液相芯片制作方法

专利名称

一种pik3ca基因突变检测液相芯片制作方法
发明者

余刚, 李国强, 秦会娟, 许嘉森
公开日

2011年11月9日
申请日期

2010年4月23日
优先权日

2010年4月23日
申请人

广州益善生物技术有限公司
文档编号

C12Q1/68GK102234685SQ201010160769
关键字

pikca 基因突变液相检测
权利要求

1.一种PIK3CA基因突变检测液相芯片，其特征是，主要包括有(A)针对PIK3CA基因的突变位点，分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对每种 ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物组成，所述tag序列选自SEQ ID NO. 1 SEQ ID NO. 10中的序列；所述特异性引物是针对Exon 9Codon542 的、来源于SEQ ID NO. 11或其反向互补序列中的碱基序列、和来源于SEQ ID NO. 12或其反向互补序列中的碱基序列；针对于Exon 9 Codon545的、来源于SEQ ID NO. 13或其反向互补序列中的碱基序列、和来源于SEQ ID NO. 14 SEQ ID NO. 17中一种以上的碱基序列，或来源于其反向互补序列中的一种以上的碱基序列；和/或针对Exon 20 Codon1047的、来源于SEQID NO. 18或其反向互补序列中的碱基序列、和来源于SEQ ID NO. 19 SEQ ID NO. 20 中一种以上的碱基序列，或来源于其反向互补序列中的一种以上的碱基序列；上述特异性引物的3’端的最后3位碱基中的一个碱基为突变位点，所述特异性引物的Tm值在52 58°C之间；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID N0. 71 SEQ ID N0. 80中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C)用于扩增出具有Exon9和/或Exon 20的相应突变位点的PIK3CA基因目标序列的扩增引物2.根据权利要求1所述的PIK3CA基因突变检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为当特异性引物来源于SEQ ID NO. 11 SEQ ID NO. 17或其反向互补序列时，针对Exon 9的扩增引物为SEQ ID NO. 81 SEQ ID NO. 82 ；当特异性引物来源于SEQ ID NO. 18 SEQ ID NO. 20或其反向互补序列时，针对Exon 20的扩增引物为SEQ ID NO. 83 SEQ ID NO. 843.根据权利要求1所述的PIK3CA基因突变检测液相芯片，其特征是，所述特异性引物为针对 Exon9 Codon542 野生型的 SEQ ID NO. 21 或 SEQ ID NO. 22，以及 Codon542 突变型 E542K 的 SEQ ID NO. 23 或 SEQ ID NO. 24 ；和 / 或针对 Exon9 Codon545 野生型的 SEQ ID NO. 25或SEQ IDN0. 26，以及突变型中的E545K突变位点的SEQ ID NO. 27或SEQ ID NO. 28、 EM5G 突变位点的 SEQ ID NO.四或 SEQ ID NO. 30、EM5A 突变位点的 SEQ ID NO. 31 或 SEQ IDN0. 32、和 / 或 EMOT 突变位点的 SEQ ID NO. 33 或 SEQ ID NO. 34 ；和 / 或针对 Exon 20 Codonl047野生型的SEQID NO. ；35或SEQ ID NO. 36，以及突变型中的H1047R突变位点的SEQ ID NO. 37 或 SEQ IDN0. 38、和 / 或 H1047L 突变位点的 SEQ ID NO. 39 或 SEQ ID NO. 404.根据权利要求1所述的PIK3CA基因突变检测液相芯片，其特征是，所述特异性引物为针对 Exon 9 Codon542 野生型的 SEQ ID NO. 51 或 SEQ ID NO. 52，以及 Codon542 突变型 E542K 的 SEQ ID NO. 53 或 SEQ ID NO. 54 ；和 / 或针对 Exon 9 Codon545 野生型的 SEQ ID NO. 55或SEQ IDN0. 56，以及突变型中的K45K突变位点的SEQ ID NO. 57或SEQ ID NO. 58、 EM5G 突变位点的 SEQ ID NO. 59 或 SEQ ID NO. 60、EM5A 突变位点的 SEQ ID NO. 61 或 SEQ ID NO. 62、禾口 / 或 E545D 突变位点的 SEQ ID NO. 63 或 SEQ ID NO. 64 ；禾口 / 或针对 Exon 20 Codonl047野生型的SEQID NO. 65或SEQ ID NO. 66，以及突变型中的H1047R突变位点的SEQ ID NO. 67 或 SEQ IDN0. 68、和 / 或 H1047L 突变位点的 SEQ ID NO. 69 或 SEQ ID NO. 705.根据权利要求1-4任一所述的PIK3CA基因突变检测液相芯片，其特征是，所述 anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列6.根据权利要求5所述的PIK3CA基因突变检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂序列为5-10个T
技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及PIK3CA基因突变检测液相芯片
背景技术

专利详情
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权力要求
说明书
法律状态

专利名称：一种pik3ca基因突变检测液相芯片的制作方法PI3Ks(phosphatidylinositol3-kinases)是一组蛋白的多聚体，这些多聚体分为三类(ClassI、II和III)。I类(Class I)蛋白可包括两个亚单位IA和IB。IA是由一个 PllO催化亚单位和一个p85调节亚单位组成的异源二聚体。PIK3CA基因是编码IA类的 PllOa催化亚单位。PI3Ks可由生长因子受体酪氨酸激酶(RTK)激活。PII的活化可产生多种生物学效应，包括调节细胞增殖、存活和细胞周期调控等方面。PIK3CA点突变的位点在多个外显子中都有发现，但主要是发生在“激酶”和“螺旋” 两个结构域(the kinase and helical domains)。其中最常见的突变是外显子9 (Exon 9) 的E542K和E545K,和外显子20 (Exon 20)的H1047R,如下表本发明公开了一种PIK3CA基因突变检测液相芯片，其主要包括有(A)针对PIK3CA基因的突变位点，分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列能相应地与所选的tag序列互补配对；用于扩增出具有Exon 9和/或Exon 20的相应突变位点的PIK3CA基因目标序列的扩增引物。本发明所提供的检测方法与测序法的吻合率高达100％。所制备的PIK3CA基因突变检测液相芯片具有非常好的信号-噪声比，并且所设计的探针以及anti-tag序列之间基本上不存在交叉反应，可实现同一位点多种突变型和多种突变位点的并行检测。

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