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骨骼肌氯离子通道基因突变体及其应用制作方法

  • 专利名称
    骨骼肌氯离子通道基因突变体及其应用制作方法
  • 发明者
    王金明, 王俊, 汪建, 杨焕明
  • 公开日
    2014年1月15日
  • 申请日期
    2012年6月20日
  • 优先权日
    2012年6月20日
  • 申请人
    深圳华大基因科技有限公司
  • 文档编号
    C12N15/12GK103509801SQ201210205445
  • 关键字
  • 权利要求
    1.一种分离的编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸,其特征在于,与SEQ ID NOI相比,所述核酸具有选自下列的至少一种突变c.2655_2656insC、c.1616C>T、c.2057_2058delAC 以及 c.313C>T, 优选地,所述核酸具有 c.2655-2656insC 和 c.16I6OT,或 c.2057_2058delAC 和c.313C>T的组合突变, 任选地,所述核酸为DNA2.一种分离的多肽,其特征在于,与SEQ ID NO2相比,所述分离的多肽具有选自下列的至少一种突变p.Ser886Glnfs*26、p.Thr539Ile> p.Tyr686Xfs*l 以及 p.Argl05Cys, 优选地,所述多肽具有 P.Ser886Glnfs*26 和 p.Thr539Ile,或 p.Tyr686Xfs*l 和p.Argl05Cys的组合突变, 任选地,所述多肽是由权利要求1所述的核酸编码的3.一种筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的方法,其特征在于,包括以下步骤 从所述生物样品提取核酸样本; 确定所述核酸样本的核酸序列; 所述核酸样本的核酸序列或其互补序列与SEQ ID NO1相比,具有选自c.2655_2656insC、c.1616C>T、c.2057-2058delAC 以及 c.313C>T 的至少一种突变是所述生物样品易感先天性肌强直疾病的指示, 任选地,所述生物样品为选自人体血液、皮肤、毛发和肌肉的至少一种, 任选地,所述核酸样本为全基因组DNA4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,从所述生物样品提取核酸样本进一步包括 从所述生物样品提取RNA样本,优选所述RNA样本为mRNA ;以及 基于所述RNA样本,通过反转录反应,获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括 针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及 对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,任选地,采用选自Hiseq2000、S0LiD、454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序, 任选地,针对所述核酸样本,构建核酸测序文库进一步包括 利用骨骼肌氯离子通道外显子特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增;以及 针对所得到的扩增产物,构建所述核酸测序文库, 任选地,所述骨骼肌氯离子通道外显子特异性引物具有如SEQ ID NO3-32所示的核苷酸序列6.一种筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的系统,其特征在于,包括 核酸提取装置,所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本; 核酸序列确定装置,所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连,用于对所述核酸样本进行分析,以便确定所述核酸样本的核酸序列;判断装置,所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连,以便基于所述核酸样本的核酸序列或其互补序列与SEQ ID NO1相比,是否具有选自c.2655_2656insC、c.1616C>T、 c.2057_2058delAC以及c.313C>T的至少一种突变,判断所述生物样品是否易感先天性肌强直疾病7.根据权利要求6所述的系统,其特征在于,所述核酸提取装置进一步包括RNA提取单元,所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA样本;以及反转录单元,所述反转录单元与所述RNA提取单元相连,用于对所述RNA样本进行反转录反应,以便获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本8.根据权利要求6所述的系统,其特征在于,所述核酸序列确定装置进一步包括文库构建单元,所述文库构建单元用于针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及测序单元,所述测序单元与所述文库构建单元相连,用于对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,任选地,所述文库构建单元进一步包括PCR扩增模块,所述PC R扩增模块中设置有骨骼肌氯离子通道外显子特异性引物,以便利用骨骼肌氯离子通道外显子特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增,任选地,所述骨骼肌氯离子通道外显子特异性引物具有如SEQ ID NO3-32所示的核苷酸序列,任选地,所述测序单元包括选自HISEQ2000、SOLiD,454和单分子测序装置的至少一种9.一种用于筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的试剂盒,其特征在于,含有 适于检测骨骼肌氯离子通道基因突变体的试剂,其中与SEQ ID NO1相比,所述骨骼肌氯离子通道基因突变体具有选自c.2655_2656insC、c.1616C>T、c.2057_2058delAC以及 c.313C>T的至少一种突变10.根据权利要求9所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂为核酸探针
  • 技术领域
    [0001]本发明涉及骨骼肌氯离子通道基因突变体及其应用具体地,本发明涉及分离的编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸、分离的多肽、筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的方法、筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的系统以及用于筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的试剂盒
  • 具体实施方式
    `
  • 专利摘要
    本发明涉及分离的编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸、分离的多肽、筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的方法、筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的系统以及用于筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的试剂盒。其中,分离的编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸,与SEQ?ID?NO1相比,具有选自下列的至少一种突变c.26552_656insC、c.1616C>T、c.2057_2058delAC以及c.313C>T。通过检测这些新突变体在生物样品中是否存在,可以有效地检测生物样品是否易感先天性肌强直疾病。
  • 发明内容
  • 专利说明
    骨骼肌氯离子通道基因突变体及其应用
  • 专利详情
  • 全文pdf
  • 权力要求
  • 说明书
  • 法律状态
骨骼肌氯离子通道基因突变体及其应用的制作方法[0002]先天性肌强直(myotonia congenital, MC)是以骨骼肌强直和肥大为主要临床表现的一种遗传性肌病,多数在出生时或儿童早期即发病,少数至青春期发病。发病率为.0.3~0.6/10万,即全中国大约有3000-6000名MC患者。依遗传方式不同,MC可分为Thomsen病(常染色体显性遗传)和Becker病(常染色体隐性遗传),均由骨骼肌氯离子通道(CLC-1)异常引起。而CLC-1是由骨骼肌氯离子通道基因(CLCNl)编码的,位于人类7号染色体长臂3区5带(7q35),有23个外显子,编码988个氨基酸。迄今为止,已有近130种突变位点被发现,散布于整个CLCNl上,无高发热点区,但也有近1/3先天性肌强直患者未发现突变。[0003]因而,目前对先天性肌强直疾病的研究仍有待深入。
[0004]本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此,本发明的一个目的在于提出先天性肌强直疾病的致病基因CLCNl上的新突变。[0005]本发明是基于发明人的下列工作而完成的:发明人通过目标区域捕获测序的方法确定了先天性肌强直疾病的致病基因上的新突变。[0006]根据本发明的第一方面,本发明提出了一种分离的编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸。根据本发明的实施例,与SEQ ID NO:1相比,该核酸具有选自下列的至少一种突变:.c.2655_2656insC、c.1616C>T、c.2057_2058delAC 以及 c.313C>T。根据本发明的实施例,发明人确定了多个骨骼肌氯离子通道基因的新突变体,这些新突变体与先天性肌强直疾病的发病密切相关,从而通过检测这些新突变体在生物样品中是否存在,可以有效地检测生物样品是否易感先天性肌强直疾病。
[0007]根据本发明的第二方面,本发明提出了一种分离的多肽。根据本发明的实施例,与SEQ ID N0:2相比,该分离的多肽具有选自下列的至少一种突变:p.Ser886Glnfs*26、p.Thr539Ile、p.Tyr686Xfs*l以及p.Argl05Cys。根据本发明的一些具体示例,该多肽是由前述分离的编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸编码的。通过检测生物样品中是否表达该多肽,可以有效地检测生物样品是否易感先天性肌强直疾病。
[0008]根据本发明的第三方面,本发明提出了一种筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的方法。根据本发明的实施例,该筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的方法包括以下步骤:从生物样品提取核酸样本;确定核酸样本的核酸序列;该核酸样本的核酸序列或其互补序列与SEQ ID NO:1相比,具有选自c.2655_2656insC、c.1616C>T、 c.2057_2058delAC以及c.313C>T的至少一种突变是生物样品易感先天性肌强直疾病的指示。通过根据本发明实施例的筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的方法,可以有效地筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品。
[0009]根据本发明的第四方面,本发明提出了一种筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的系统。根据本发明的实施例,该筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的系统包括:核酸提取装置,该核酸提取装置用于从生物样品提取核酸样本;核酸序列确定装置, 该核酸序列确定装置与核酸提取装置相连,用于对核酸样本进行分析,以便确定核酸样本的核酸序列;判断装置,该判断装置与核酸序列确定装置相连,以便基于核酸样本的核酸序列或其互补序列与SEQ ID NO:1相比,是否具有选自c.2655_2656insC、c.1616C>T、 c.2057_2058delAC以及c.313C>T的至少一种突变,判断生物样品是否易感先天性肌强直疾病。利用该系统,能够有效地实施前述筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的方法,从而可以有效地筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品。
[0010]根据本发明的第五方面,本发明提出了一种用于筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的试剂盒。根据本发明的实施例,该用于筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的试剂盒包括:适于检测骨骼肌氯离子通道基因突变体的试剂,其中与SEQ ID N0:1相比,骨骼肌氯离子通道基因突变体具有选自c.2655_2656insC、c.1616C>T、c.2057_2058delAC以及c.313C>T的至少一种突变。利用根据本发明的实施例的试剂盒,能够有效地筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品。
[0011]本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出,部分将从下面的描述中变得明显,或通过本发明的实践了解到。



[0012]本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解,其中:
[0013]图1:显示了根据本发明实施例的筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的系统及其组成部分的示意图,其中,A为根据本发明实施例的筛选易感先天性肌强直疾病的生物样品的系统的示意图,B为根据本发明实施例的核酸提取装置的示意图,C为根据本发明实施例的核酸序列确定装置的示意图;
[0014]图2:显示了根据本发明实施例的对患者I的骨骼肌氯离子通道基因突变位点的 Sanger测序验证峰图;以及
[0015]图3:显示了根据本发明实施例的对患者2及其父母的骨骼肌氯离子通道基因突变位点的Sanger测序验证峰图,其中,A为患者2与其母亲的突变位点Sanger测序验证峰图,B为患者2与其父亲的突变位点Sanger测序验证峰图。

[0016]下面详细描述本发明的实施例,所述实施例的示例在附图中示出,其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。[0017]骨骼肌氯离子通道基因突变体
[0018]根据本发明的第一方面,本发明提出了一种分离的编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸。根据本发明的实施例,与SEQ ID NO:1相比,该核酸具有选自下列的至少一种突变:c.2655_2656insC、c.1616C>T、c.2057_2058delAC 以及 c.313C>T,优选地,该核酸具有 c.2655_2656insC 和 c.1616C>T,或 c.2057_2058delAC 和 c.313C>T 的组合突变。在本文中所使用的表达方式“编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸”,是指与编码骨骼肌氯离子通道突变体的基因相对应的核酸物质,即核酸的类型不受特别限制,可以是任何包含与骨骼肌氯离子通道突变体的编码基因相对应的脱氧核糖核苷酸和/或核糖核苷酸的聚合物,包括但不限于DNA、RNA或cDNA。根据本发明的一个具体示例,前面所述的编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸为DNA。根据本发明的实施例,发明人确了多个骨骼肌氯离子通道基因的新突变体,这些新突变体与先天性肌强直疾病的发病密切相关,从而通过检测这些新突变体在生物样品中是否存在,可以有效地检测生物样品是否易感先天性肌强直疾病,也可以通过检测这些突变体在生物体中是否存在,可以有效地预测生物体是否易感先天性肌强直疾病。
[0019]这些编码骨骼肌氯离子通道突变体的核酸,是本申请的发明人通过目标区域捕获测序的方法,针对多个患者样本进行测序,确定的先天性肌强直疾病的致病基因上的新突变。
[0020]需要说明的是,骨骼肌氯离子通道基因即CLCN1,定位于人类7号染色体长臂3区 5带(7q35),有23个外显子,cDNA序列(来自NCBI的Genbank,登录号为NM_000083.2)如下所示:
[0021]

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