保守的大肠杆菌免疫原制作方法_D·G·莫里尔专利（免疫原,大肠杆菌,保守）-早鸽网

保守的大肠杆菌免疫原制作方法

专利名称

保守的大肠杆菌免疫原制作方法
发明者

D·G·莫里尔, L·塞里诺, M·R·丰塔纳
公开日

2012年9月12日
申请日期

2010年7月7日
优先权日

2009年7月7日
申请人

诺华有限公司
文档编号

A61K39/02GK102666571SQ201080040619
关键字

免疫原大肠杆菌保守
权利要求

1.一种含大肠杆菌(E.coli)蛋白的分离或重组多肽，所述大肠杆菌蛋白选自下组orf353、细菌Ig样结构域(组I)蛋白(orf405)、流感抗原43(orfl364)、NodT-家族外膜因子脂蛋白流出转运子(orfl767)、gspK(orf3515)、gspj(orf3516)、tonB-依赖性铁载体受体(orf3597)、菌毛蛋白(orf3613)、upec-948、upec_1232、l型菌毛蛋白的A链前体(upec-1875)、yapH 同源物(upec-2820)和溶血素 A(recp_3768)2.如权利要求I所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽含有的氨基酸序列与SEQ ID NO 1-105有至少80%相同性，至少85%相同性，至少90%相同性，至少95%相同性，至少96%相同性，至少97%相同性，至少98%相同性，至少99%相同性或100%相同性3.如权利要求I所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽包含的氨基酸采用成对比对算法与SEQ ID NO 1-105中任一项比对时，从N末端向C末端的各X个氨基酸的移动窗口中具有至少X y个相同的匹配氨基酸，其中X为30而y为0. 754.一种含SEQ ID NO 1-105中任一项的至少10个连续氨基酸的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸是致免疫的5.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是orf353且包含SEQID NO 1-2的少于160个、少于150个、少于140个或少于130个氨基酸6.如权利要求5所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =211-218的氨基酸序列7.如权利要求5所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQID NO1-2的氨基酸21-1628.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是细菌Ig-样结构域(组I)蛋白(orf405)且包含SEQ ID NO 3_18的少于1410个、少于1400个、少于1390个或少于1380个氨基酸9.如权利要求8所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =219-307和683的氨基酸序列10.如权利要求8所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQID NO3-18 的氨基酸 595-100811.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是流感抗原43(orfl364)且包含SEQ ID NO 19-40的少于1040个、少于1030个、少于1020个或少于1010个氨基酸12.如权利要求11所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =308-350的氨基酸序列13.如权利要求11所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 19-40 的氨基酸 53-62014.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是NodT-家族外膜因子脂蛋白流出转运子(orfl767)且包含SEQ ID NO 41-47的少于450个、少于440个、少于430个或少于420个氨基酸15.如权利要求14所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =351-368的氨基酸序列16.如权利要求14所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 41-47 的氨基酸 15-45717.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是gSpK(orf3515)且包含SEQ ID NO 48-60的少于320个、少于310个、少于300个或少于290个氨基酸18.如权利要求17所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =369-384的氨基酸序列19.如权利要求17所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 48-60 的氨基酸 32-32520.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是gspJ(orf3516)且包含SEQ ID NO 61-71的少于180个、少于170个、少于160个或少于150个氨基酸21.如权利要求20的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =385-398的氨基酸序列22.如权利要求20的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO61-71的氨基酸16-18923.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是tonB-依赖性铁载体受体(orf3597)且包含SEQ ID NO 72-79的少于710个、少于700个、少于690个或少于680个氨基酸24.如权利要求23所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =399-425的氨基酸序列25.如权利要求23所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 72-79 的氨基酸 29-71326.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是菌毛蛋白(orf3613)且包含SEQ ID NO 80-81的少于180个、少于170个、少于160个或少于150个氨基酸27.如权利要求26所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =426-432的氨基酸序列28.如权利要求26所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 80-81 的氨基酸 25-18729.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是upec-948且包含SEQ ID NO 82-84的少于150个、少于140个、少于130个或少于120个氨基酸30.如权利要求29所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =493-499的氨基酸序列31.如权利要求29所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 82-84 的氨基酸 24-15132.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是upec-1232且包含SEQ ID NO 85-91的少于150个、少于140个、少于130个或少于120个氨基酸33.如权利要求32所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =500-506的氨基酸序列34.如权利要求32所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 85-91 的氨基酸 26-15135.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是I型菌毛蛋白A链前体(upec-1875)且包含SEQ ID NO 92-98的少于180个、少于170个、少于160个或少于150个氨基酸36.如权利要求35所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =507-515的氨基酸序列37.如权利要求35所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 92-98 的氨基酸 24-18738.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是yapH同源物(upec-2820)且包含SEQ ID NO 99-100的少于2640个、少于2620个、少于2600个或少于2580个氨基酸39.如权利要求38所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =516-638的氨基酸序列40.如权利要求38所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 99-100 的氨基酸 984-149541.如权利要求38所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 99-100 的氨基酸 1496-187642.如权利要求4所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽是溶血素A(recp-3768)且包含SEQ ID NO 101-105的少于1020个、少于1010个、少于1000个或少于990个氨基酸43.如权利要求42所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =433-492的氨基酸序列44.如权利要求42所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽至少包含SEQIDNO 101-105 的氨基酸 21-102445.如权利要求1-4中任一项所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽不含选自下组的全长蛋白orf353、细菌Ig样结构域(组I)蛋白(orf405)、流感抗原43 (orfl364)、NodT-家族外膜因子脂蛋白流出转运子(orfl767)、gspK(orf3515)、gspj(orf3516)、tonB-依赖性铁载体受体(orf3597)、菌毛蛋白(orf3613)、upec-948、upec-1232、I型菌毛蛋白的 A 链前体(upec-1875)、yapH 同源物(upec-2820)和溶血素 A(recp_3768)46.如权利要求1-4中任一项所述的分离或重组免疫原性多肽，其特征在于，所述多肽不含选自SEQ ID NO 1-105的氨基酸序列47.如权利要求1-46中任一项所述的分离或重组免疫原性多肽，其还包含佐剂48.编码权利要求1-46中任一项所述免疫原性多肽的多核苷酸49.如权利要求48所述的多核苷酸，其特征在于，所述多核苷酸与选自SEQIDNO106-210的核酸序列具有80%的序列相同性50.一种大肠杆菌细胞，其含有编码权利要求1-45中任一项所述免疫原性多肽的质粒51.一种含orf405蛋白的片段的免疫原性多肽,其特征在于,所述片段含有相对大肠杆菌orf405的缺失，该缺失使所述片段的溶解度相比全长蛋白有提高，且其中所述片段与大肠杆菌orf405在对象内引起的免疫应答基本相似52.如权利要求51所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述缺失包括假拟的氨基末端易位体结构域53.如权利要求51所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述orf405蛋白对应于SEQIDNO 642的氨基酸序列54.如权利要求51-53中任一项所述的免疫原性多肽,其特征在于，所述片段具有orf405蛋白的少于1200个氨基酸、少于1100个氨基酸、少于1000个氨基酸、少于950个氨基酸、少于900个氨基酸、少于850个氨基酸、少于800个氨基酸、少于750个氨基酸、少于700个氨基酸、少于650个氨基酸、少于600个氨基酸、少于590个氨基酸或少于580个氨基酸55.如权利要求51-54中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述orf405氨基酸序列包含 (a)选自SEQID NO 3-18的氨基酸序列； (b)与SEQID NO 3-18相比有1-10个单氨基酸改变； (c)与SEQID NO 3-18中任一项具有至少85%的序列相同性；和/或 (d)采用成对比对算法与SEQID NO 3-18中任一项比对时，从N末端向C末端的各x个氨基酸的移动窗口中具有至少X y个相同的匹配氨基酸，其中X为30而y为0. 7556.如权利要求51-55中任一项所述的免疫原性多肽,其特征在于,所述免疫原性多肽片段是分离、纯化或重组的57.如权利要求51-56中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，还包括佐剂58.编码权利要求51-55中任一项所述免疫原性多肽的多核苷酸59.一种包含编码权利要求51-55中任一项所述免疫原性多肽的质粒的宿主细胞60.一种含流感抗原43(orfl364)蛋白的片段的免疫原性多肽，其特征在于，所述片段相对大肠杆菌流感抗原43(orfl364)含有缺失，该缺失使所述片段的溶解度相比全长蛋白有提高，且其中所述片段与大肠杆菌流感抗原43(orfl364)在对象内引起的免疫应答基本相似61.如权利要求60所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述缺失包括羰基末端￠-桶状结构域62.如权利要求60所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述流感抗原43(orf1364)蛋白对应于SEQ ID NO 652的氨基酸序列63.如权利要求60-62中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述片段具有流感抗原43(orfl364)蛋白的少于950个氨基酸、少于900个氨基酸、少于850个氨基酸、少于.800个氨基酸、少于750个氨基酸、少于700个氨基酸、少于650个氨基酸、少于600个氨基酸、少于550个氨基酸、少于500个氨基酸、少于450个氨基酸、少于440个氨基酸或少于.430个氨基酸64.如权利要求60-63中任一项所述的免疫原性多肽,其特征在于,所述流感抗原.43(orfl364)氨基酸序列包含 (a)选自SEQID NO 19-40的氨基酸序列； (b)与SEQID NO 19-40相比有1-10个单氨基酸改变；(C)与SEQ ID NO 19-40中任一项具有至少85%的序列相同性；和/或 (d)采用成对比对算法与SEQ ID NO 19-40中任一项比对时，从N末端向C末端的各X个氨基酸的移动窗口中具有至少X y个相同的匹配氨基酸，其中X为30而y为0. 7565.如权利要求60-64中任一项所述的免疫原性多肽,其特征在于,所述免疫原性多肽片段是分离、纯化或重组的66.如权利要求60-65中任一项所述的免疫原性多肽,其特征在于,还包括佐剂67.编码权利要求60-64中任一项所述免疫原性多肽的多核苷酸68.—种包含编码权利要求46-64中任一项所述免疫原性多肽的质粒的宿主细胞69.一种含含yapH同源物(upec-2820)蛋白的片段的免疫原性多肽，其特征在于，所述片段相对大肠杆菌yapH同源物(upec-2820)含有缺失，该缺失使所述片段的溶解度相比全长蛋白有提高，且其中所述片段与大肠杆菌yapH同源物(upec-2820)在对象内引起的免疫应答基本相似70.如权利要求69所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述yapH同源物(upec-2820)蛋白对应于 SEQ ID NO 644, SEQ ID NO 646，SEQ ID NO 648 或 SEQ ID NO 650 的氨基酸序列71.如权利要求69或70所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述片段具有yapH同源物(upec-2820)蛋白的少于2500个氨基酸、少于2000个氨基酸、少于1750个氨基酸、少于1500个氨基酸、少于1400个氨基酸、少于1300个氨基酸、少于1200个氨基酸、少于1100个氨基酸、少于1000个氨基酸、少于900个氨基酸、少于850个氨基酸、少于800个氨基酸、少于750个氨基酸、少于700个氨基酸、少于650个氨基酸、少于600个氨基酸、少于550个氨基酸、少于500个氨基酸、少于450个氨基酸、少于400个氨基酸或少于390个氨基酸72.如权利要求69-71中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述yapH同源物(upec-2820)氨基酸序列包含 (a)选自SEQID NO 99-100的氨基酸序列； (b)与SEQID NO =99-100相比有1-10个单氨基酸改变； (c)与SEQID NO =99-100中任一项具有至少85%的序列相同性；和/或 (d)采用成对比对算法与SEQID NO =99-100中任一项比对时，从N末端向C末端的各X个氨基酸的移动窗口中具有至少X y个相同的匹配氨基酸，其中X为30而y为0. 7573.如权利要求69-72中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述免疫原性多肽片段是分离、纯化或重组的74.如权利要求69-73中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，还包括佐剂75.编码权利要求69-72中任一项所述免疫原性多肽的多核苷酸76.—种包含编码权利要求69-72中任一项所述免疫原性多肽的质粒的宿主细胞77.一种含溶血素A(reCp3768)蛋白的片段的免疫原性多肽，其特征在于，所述片段含有相对大肠杆菌溶血素A(reCp3768)的缺失，该缺失使所述片段的溶解度相比全长蛋白有提高，且其中所述片段与大肠杆菌溶血素A (recp3768)在对象内引起的免疫应答基本相似78.如权利要求77所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述缺失包括膜插入和孔形成所需的氨基末端疏水性结构域(疏水性a -螺旋区)，转录后乙酰化之后孔形成活性所需的结构域和羧基末端信号序列79.如权利要求77所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述溶血素A(recp3768)蛋白对应于SEQ ID NO 640的氨基酸序列80.如权利要求77-79中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述片段具有溶血素A(recp3768)蛋白的少于1000个氨基酸、少于950个氨基酸、少于900个氨基酸、少于850个氨基酸、少于800个氨基酸、少于750个氨基酸、少于700个氨基酸、少于650个氨基酸、少于600个氨基酸、少于550个氨基酸、少于500个氨基酸、少于450个氨基酸、少于400个氨基酸、少于390个氨基酸、少于380个氨基酸、少于350个氨基酸、少于300个氨基酸、少于250个氨基酸、少于240个氨基酸、少于230个氨基酸或少于220个氨基酸81.如权利要求77-80中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述溶血素A(recp3768)氨基酸序列包含 (a)选自SEQID NO 101-105的氨基酸序列； (b)与SEQID NO =101-105相比有1-10个单氨基酸改变； (c)与SEQID NO =101-105中任一项具有至少85%的序列相同性；和/或 ⑷采用成对比对算法与SEQ ID NO 101-105中任一项比对时，从N末端向C末端的各X个氨基酸的移动窗口中具有至少X y个相同的匹配氨基酸，其中X为30而y为0. 7582.如权利要求77-81中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，所述免疫原性多肽片段是分离、纯化或重组的83.如权利要求77-82中任一项所述的免疫原性多肽，其特征在于，还包括佐剂84.编码权利要求77-81中任一项所述免疫原性多肽的多核苷酸85.—种包含编码权利要求77-81中任一项所述免疫原性多肽的质粒的宿主细胞86.一种分离或重组多肽，其包含大肠杆菌含Sell重复蛋白(upec-5211)87.如权利要求86所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽含有的氨基酸序列与SEQ ID NO =653-655有至少80%相同性，至少85%相同性，至少90%相同性，至少95%相同性，至少96%相同性，至少97%相同性，至少98%相同性，至少99%相同性或100%相同性88.如权利要求86所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽包含的氨基酸采用成对比对算法与SEQ ID NO =653-655中任一项比对时，从N末端向C末端的各x个氨基酸的移动窗口中具有至少X y个相同的匹配氨基酸，其中X为30而y为0. 7589.一种含SEQ ID NO 653-655中任一项的至少10个连续氨基酸的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸是致免疫的90.如权利要求89所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽含有SEQIDNO653-655的少于480个、少于470个、少于460个、少于450个、少于425个、少于400个、少于350个、少于200个或少于250个氨基酸91.如权利要求90所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述至少10个连续氨基酸包含选自SEQ ID NO =656-675的氨基酸序列92.如权利要求86-89中任一项所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽不含全长大肠杆菌含Sell重复蛋白(upec-5211)93.如权利要求86-89中任一项所述的分离或重组多肽，其特征在于，所述多肽不含选自SEQ ID NO =653-655的氨基酸序列94.如权利要求86-93中任一项所述的分离或重组免疫原性多肽，其特征在于，还包含佐剂95.编码权利要求86-93中任一项所述免疫原性多肽的多核苷酸96.如权利要求95所述的多核苷酸，其特征在于，所述多核苷酸与编码SEQIDNO653-655之一的核酸序列具有80%的序列相同性97.一种大肠杆菌细胞，其含有编码权利要求86-93中任一项所述免疫原性多肽的质粒
技术领域

本发明涉及针对病原性大肠杆菌(Escherichia coli)菌株的免疫
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专利名称：保守的大肠杆菌免疫原的制作方法通常将大肠杆菌菌株分类为共生性或致病性，并将致病性菌株再细分为肠部或肠外菌株。致病性大肠杆菌在参考文献I中有更详细的讨论，其分成多种不同致病型，即用一组共同的毒力因子导致共同疾病的一组大肠杆菌菌株。菌株的致病型分型是常规技术，可用基因分型或表型分型进行。近期一项基于基因分型的致病型分型法[2]采用DNA微阵列。肠部菌株中，已知至少6种充分描述的致病型肠致病性(EPEC)、肠出血性(EHEC)、肠凝聚性(EAEC)、肠侵染性(EIEC)、肠产毒性(ETEC)和扩散粘附性(DAEC)。大肠杆菌的肠外致病性菌株(或‘ExPEC’菌株[3，4])包括尿致病性(UPEC)菌株、新生儿脑膜炎(NMEC)菌株和败血症相关菌株(SEPEC)。ExPEC是尿道感染的最常见病因，也是人类新生儿脑膜炎和新生儿败血症的主要原因之一，可引起严重并发症和死亡。其他类型的肠外感染包括骨髓炎，肺部、腹内、软组织和血管内器械相关的感染。人以外的另一种ExPEC致病型是禽致病性(APEC)，导致家禽肠外感染。以前的ExPEC疫苗大多数基于细胞裂解物或细胞结构物。S0LC0UR0VAC 包括10种不同的热灭活细菌，包括6种ExPEC菌株。UR0-VAX0M 是口服片剂疫苗，包含18种选定大肠杆菌菌株的冻干细菌裂解物。百特疫苗公司(Baxter Vaccines)开发了基于来自6_10种不同菌株的菌毛的UTI疫苗。医学免疫公司(MedImmune)基于FimH粘附素复合物开发了名为MEDI 516的产品。相反，参考文献5和6公开了来自ExPEC菌株的具体免疫原，其可用作针对NMEC和UPEC菌株的明确疫苗的基础。但是，仍需要提供保护抵御广泛的肠部和肠外大肠杆菌菌株的疫苗。大肠杆菌是多功能性(versatile)微生物，其适应新的小生境(niche)并导致多种疾病的能力有所提高。适应性、毒力和定居因子可变化以使微生物适应不同的组织和宿主。因此，潜在的抗原承受高度选择压力，其结果是不同菌株间可能具有序列差异。可获自ncbi.nlm.nih.gov网站的基因组(genomes)栏目下的基因组数据库中列有21种致病性和非致病性大肠杆菌的基因组，其蛋白质少则仅为4，126种，多则可达5，339种。但是，这种罗列没有指出在致病性大肠杆菌的主要部分中保守性的有哪些，在这样保守性的蛋白质中的保守区域是哪些，或者数千种潜在蛋白质中哪些蛋白质可用于疫苗中以产生充分的免疫应答来保护抵御致病性大肠杆菌，这需要筛选大量蛋白质以鉴定最佳的候选物。本发明的一个目的在于提供其它的且更好的抗原用于针对致病性大肠杆菌的免疫，且更具体地，针对肠部致病型(例如，EAEC, EIEC、EPEC和ETEC菌株)以及ExPEC致病型的免疫
参考文献5所公开的许多抗原中，其一标注为‘orf353’(该文献中的SEQ ID705和706)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的‘orf236’，来自大肠杆菌CFT073菌株的‘C0368’和来自大肠杆菌536菌株的ecp_0248。参考文献5所公开的另一此类抗原标注为细菌Ig-样结构域(组1，Group I)蛋白(也标注为‘orf405’，SEQ ID 809和810)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的‘orf284’，来自大肠杆菌CFT073菌株的‘C0415’和来自大肠杆菌536菌株的ecp_0367。参考文献5公开的另一此类抗原标注为流感(Flu)抗原43蛋白(也标注为‘orfl364’，SEQ ID 2727和2728)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的‘orf 1109’，来自大肠杆菌CFT073菌株的‘cl273’和来自大肠杆菌536菌株的ecp_3009。参考文献5公开的另一此类抗原标注为NodT-家族外膜因子脂蛋白流出转运子蛋白(也标注为‘orfl767’，SEQ ID 3533和3534)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的‘orf 1488’，来自大肠杆菌CFT073菌株的‘cl765’和来自大肠杆菌536菌株的ecp_1346。参考文献5公开的另一此类抗原标注为gspK通用分泌途径蛋白(也标注为‘orf3515’，SEQ ID 7029和7030)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的 ‘orf3332’，来自大肠杆菌CFT073菌株的‘c3702’和来自大肠杆菌536菌株的ecp_3039。参考文献5公开的另一此类抗原标注为gspj通用分泌途径蛋白(也标注为‘orf3516’，SEQ ID 7029和7030)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的‘orf3333’和来自大肠杆菌536菌株的ecp_3040。参考文献5公开的另一此类抗原标注为tonB-依赖性铁载体受体(tonB-dependent siderophore receptor,也标注为 ‘orf3597，，SEQ ID 7193 和7194)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的‘orf3415’，来自大肠杆菌CFT073菌株的‘c3775’和来自大肠杆菌536菌株的ecp_3121。参考文献5公开的另一此类抗原标注为菌毛蛋白(也标注为‘orf3613’，SEQ ID 7225和7226)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株 IHE3034 的 ‘orf3431’ 和来自大肠杆菌 CFT073 菌株的 ‘c3791’。W02008/020330 公开的另一此类抗原标注为溶血素A蛋白(也标注为‘recp3768’，SEQ ID 3)，也称为来自大肠杆菌CFT073菌株的‘C3570’和来自大肠杆菌536菌株的ecp_3827。来自大肠杆菌UPEC的‘upec948’蛋白也称为来自大肠杆菌CFT073菌株的‘c0975’。参考文献6公开的来自大肠杆菌UPEC的‘upecl232’蛋白(SEQ ID 138)也称为来自大肠杆菌CFT073菌株的‘C1275’。参考文献6公开的另一此类抗原标注为I型菌毛蛋白，A链前体(也标注为‘upecl875’，SEQ ID 221)，也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的‘orf 1642’和来自大肠杆菌CFT073菌株的‘C1936’。参考文献6公开的另一此类抗原标注为YapH同源蛋白(也标注为‘upec2820’，SEQ ID 307)，也称为来自大肠杆菌CFT073菌株的‘c2895’。参考文献5、参考文献6、W02008/020330和其它参考文献公开来自NMEC菌株IHE3034或UPEC菌株的序列，本发明的某些方面基于已在包括APEC、UPEC, EAEC, EIEC、EPEC和ETEC菌株在内的其它致病型中鉴定出的以下蛋白的变体ExPEC ‘orf353’，细菌Ig-样结构域(组I)蛋白，流感抗原43蛋白，NodT-家族外膜因子脂蛋白流出转运子蛋白，gspK通用分泌途径蛋白，gspj通用分泌途径蛋白，tonB-依赖性铁载体受体,菌毛蛋白，‘upec948’蛋白，‘upecl232’，l型菌毛蛋白，A链前体和YapH同源蛋白。与参考文献5的公开不同，这些变体可对治疗肠致病型特别有用。因此，本发明提供了这些变体及其用于免疫患者抵御大肠杆菌感染的应用。此外，本公开包括所有大肠杆菌致病型的各所述蛋白-细菌Ig-样结构域(组I)蛋白(orf405)、流感抗原43 (orf 1364)、NodT-家族外膜因子脂蛋白流出转运子(orf 1767)、gspK(orf3515)、gspj(orf3516)、tonB-依赖性铁载体受体(orf3597)、菌毛蛋白(orf3613)、upec-948、upec-1232、I 型菌毛蛋白的 A 链前体(upec-1875)、yapH 同源物(upec-2820)、溶血素 A(recp-3768)和含 Sell 重复蛋白(sell repeat-containingprotein，Upec-5211)-的片段，所述片段在多种菌株中为保守性，因此可在对象中提供免疫应答来提供针对多种菌株的保护。本发明所用多肽本发明提供多肽，其包含的氨基酸序列衍生自orf353、细菌Ig-样结构域(组I)蛋白(orf405)、流感抗原43 (orf 1364)、NodT-家族外膜因子脂蛋白流出转运子(orf 1767)、gspK (orf3515)、gspj (orf3516)、tonB-依赖性铁载体受体(orf3597)、菌毛蛋白(orf3613)、upec-948、upec_1232、l 型菌毛蛋白的 A 链前体(upec-1875) >yap H 同源物(upec-2820)、溶血素A (recp-3768)和含Sell重复蛋白(upec-5211),本文对上述各蛋白均有更详细描述。orf353 蛋白参考文献5公开的来自大肠杆菌NMEC的‘orf353’蛋白(SEQ ID 705和706)也称为来自大肠杆菌NMEC菌株IHE3034的‘orf236’，来自CFT073的‘c0368’来自536的ecp—0248。按本发明所述使用时，orf353蛋白可采取多种形式。优选的orf353序列与SEQID NO 1-2 有 50%或更高的相同性(例如，60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更高)。这包括变体(例如等位基因变体、同源物、直向同源物、旁系同源物、突变体等。其它优选的orf353序列包含来自SEQ ID 1_2的至少n个连续氨基酸，其中n为7或更多(例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更多)。优选片段包含orf353的表位或免疫原性片段。其它优选片段缺少SEQ ID NO 1-2的C-末端和/或N-末端的一个或多个氨基酸(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个)。示例性片段为在下列序列比对中鉴定出的保守片段SEQ ID NO。鉴定出多个致病型大肠杆菌菌株中大肠杆菌蛋白orf353、细菌Ig-样结构域(组1)蛋白(orf405)、流感抗原43(orf1364)、NodT-家族外膜因子脂蛋白流出转运子(orf1767)、gspK(orf3515)、gspJ(orf3516)、tonB-依赖性铁载体受体(orf3597)、菌毛蛋白(orf3613)、upec-948、upec-1232、1型菌毛蛋白的A链前体(upec-1875)、yap H同源物(upec-2820)、溶血素A(recp-3768)和含Sel 1重复蛋白(upec-5211)的同源物，以及在所述蛋白质中具有的在所有大肠杆菌中保守的区域。提供对应所述保守区域的片段，特别是免疫原性片段如线性B表位。此外，本申请提供细菌Ig-样结构域(组1)蛋白(orf405)的变体、yapH同源物(upec2820)的变体和溶血素A(recp3768)两个不同片段的变体，所述变体的溶解度比天然蛋白高，其中所述变体仍能在对象中引起与相应天然蛋白基本相似的免疫应答。

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