专利名称：用于治疗癌症的针对cdcp1的抗体的制作方法用于治疗癌症的针对CDCP1的抗体本发明涉及用于治疗癌症的与CUB4(保藏号DSMACC2551)结合相同表位的针对人 CDCPl的抗体。人CDCP1((含有 CUB 域的蛋白 1、B345、CD318、SIMA135、TRASK ;SEQ ID N0:1 禾口具有突变R525Q (即SEQ ID NO 1的氨基酸位置525处用谷氨酰胺(Q)替换精氨酸(R))和 /或突变G709D (即SEQ ID NO 1的氨基酸位置709处用天冬氨酸(D)替换甘氨酸(G))的变体)是一种含有三个胞外CUB域的跨膜蛋白。发现此蛋白质在结肠和肺癌中过表达。其表达水平与癌瘤细胞的转移能力相关联。已经显示了它在癌细胞系中是酪氨酸磷酸化的 (W02002/004508 ；Scherl-Mostageer, M.等，Oncogene 20(2001)4402-8 ；Hooper, J. D.等， Oncogene 22 (2003) 1783-94 ；Perry, S. Ε.等，FEBS Lett. 581 (2007) 1137-42 ；Brown, Τ. Α., J. Biol. Chem. 279 (2004) 14772-14783 ；Ota, Τ.等，Nat. Genet. 36 (2004) 40-45)。已经报告了编码独特同等型的可变剪接转录物变体。WO 2002/004508 提及 CDCPl 为肿瘤相关抗原 B345。WO 2004/074481 提及 CDCPl 为转移性肿瘤细胞中表达的糖蛋白抗原SIMA135。W02005/042102提及CDCPl为牵涉卵巢癌的蛋白质。WO 2007/005502涉及靶向⑶CPl的用于治疗疾病的方法和组合物。US 2004/0053343(及 Conze，Τ.等，Ann. N. Y. Acad. Sci. 996 (2003) 222-6 和 Buhring，H. J.等，Stem Cells 22(2004)334-43)涉及用于鉴定的CDCPl抗体和/或某些细胞干细胞群。发明概述本发明的一个方面是用于治疗癌症的特异性结合人CDCPl的抗体，其特征在于 与CUB4(保藏号DSMACC2551)结合相同表位。本发明进一步包括用于治疗癌症的抗体，其特征在于与CUB4(保藏号 DSMACC2551)结合相同表位，且进一步的特征在于a)重链可变域是SEQ ID NO :7，且轻链可变域是SEQ ID NO :8，b)重链可变域是SEQ ID NO 15，且轻链可变域是SEQ ID N0:16，或c)重链可变域是SEQ ID NO 23，且轻链可变域是SEQ ID NO 24，或d)重链可变域是SEQ ID NO :31，且轻链可变域是SEQ ID NO 32，或或其人源化型式。本发明进一步包括用于治疗癌症的抗体，其特征在于与CUB4(保藏号 DSMACC2551)结合相同表位，且进一步的特征在于a)重链可变域包含 CDRHl 区 SEQ ID NO :9、CDRH2 区 SEQ ID NO :10、禾口 CDRH3 区 SEQ ID NO 11，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :12、CDRL2 区 SEQ ID NO :13、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :14，或b)重链可变域包含 CDRHl 区 SEQ ID NO :17、CDRH2 区 SEQ ID NO :18、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 19，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :20、CDRL2 区 SEQ ID N0:21、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :22，或4c)重链可变域包含 CDRHl 区 SEQ ID NO :25、CDRH2 区 SEQ ID NO :26、和 CDRH3 区 SEQ ID NO :27，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :28、CDRL2 区 SEQ ID N0:29、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :30ο本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于所述抗体是人IgGl亚类的。本发明的另一方面是一种用于治疗癌症的药物组合物，其包含特异性结合人 CDCPl的抗体，该抗体的特征在于与CUB4(保藏号DSMACC2551)结合相同表位。本发明的另一方面是特异性结合人CDCPl的抗体用于制备供治疗癌症用的药物中的用途，所述抗体的特征在于与CUB4(保藏号DSMACC2551)结合相同表位。本发明的另一方面是一种治疗患有癌症的患者的方法，其通过对需要此类治疗的所述患者施用特异性结合人CDCPl的抗体来进行，所述抗体的特征在于与CUB4(保藏号 DSMACC2551)结合相同表位。本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于a)重链可变域是SEQ ID NO 15，且轻链可变域是SEQ ID N0:16，或b)重链可变域是SEQ ID NO 23，且轻链可变域是SEQ ID N0:24，或c)重链可变域是SEQ ID NO :31，且轻链可变域是SEQ ID NO 32，或或其人源化型式。本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于a)重链可变域包含 CDRHl 区 SEQ ID NO :9、CDRH2 区 SEQ ID NO :10、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 11，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :12、CDRL2 区 SEQ ID NO :13、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :14，或b)重链可变域包含 CDRHl 区 SEQ ID NO :17、CDRH2 区 SEQ ID NO :18、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 19，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :20、CDRL2 区 SEQ ID N0:21、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :22，或c)重链可变域包含 CDRHl 区 SEQ ID NO :25、CDRH2 区 SEQ ID NO :26、和 CDRH3 区 SEQ ID NO :27，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :28、CDRL2 区 SEQ ID N0:29、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :30ο优选地，所述抗体的特征在于所述抗体是人IgGl亚类的。本发明进一步包括包含所述抗体的药物组合物。本发明进一步包括依照本发明的所述抗体用于制备供治疗癌症用的药物的用途。本发明进一步包括一种治疗患有癌症的患者的方法，其通过对需要此类治疗的所述患者施用所述抗体来进行。本发明提供了编码依照本发明的抗体的核酸。本发明进一步提供了含有依照本发明的核酸且能够在原核或真核宿主细胞中表达所述核酸的表达载体和含有此类载体的用于重组生成依照本发明的抗体的宿主细胞。本发明进一步包括包含依照本发明的载体的原核或真核宿主细胞。本发明进一步包括一种用于生成依照本发明的重组抗体的方法，其特征在于在原核或真核宿主细胞中表达依照本发明的核酸，并自所述细胞或细胞培养物上清液回收所述抗体。本发明进一步包括通过此类重组方法获得的抗体。现在已经令人惊讶地发现了，与结合⑶CPl的其它表位的⑶CPl抗体，如例如 CUB1(保藏号DSM ACC2569)相比，以与CUB4 (保藏号DSM ACC2551)结合相同表位为特征的特异性结合CDCPl的抗体特别可用于治疗癌症。发明详述CUB4 抗体指来自 DE 10242146 (EP 1396501, US 7，δ41, O3O)的具有保藏号 DSM ACC2551的保藏抗体，其具有重链可变域(VH)SEQ ID NO :7和轻链可变域(VL)SEQ ID NO :8ο所述CUB4抗体特异性结合人CDCPl。(编号为DSM ACC2551 (DSMZ)的保藏由 Eberhard-Karls-University Tiibingen, Univcrsitatsklinikum Tubingen, Geissweg 3, 72076Tubingen 做出)。本发明包括用于治疗癌症的特异性结合人⑶CPl的抗体，其特征在于与CUB4(保藏号DSMACC2551)结合相同表位。本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于重链可变域是SEQ ID NO -J,且轻链可变域是SEQ ID NO :8，或其人源化型式。本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于重链可变域是SEQ ID NO: 15，且轻链可变域是SEQ ID NO :16，或或其人源化型式。本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于重链可变域是SEQ ID NO 23，且轻链可变域是SEQ ID NO :24，或或其人源化型式。本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于重链可变域是SEQ ID NO 31，且轻链可变域是SEQ ID NO :32，或或其人源化型式。本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于重链可变域包含CDRHl 区 SEQ ID NO :9、CDRH2 区 SEQ ID NO :10、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 11，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO 12、CDRL2 区 SEQ ID NO 13、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :14，或本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于重链可变域包含CDRHl 区 SEQ ID NO :17、CDRH2 区 SEQ ID NO :18、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 19，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :20、CDRL2 区 SEQ ID NO :21、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :22，或本发明进一步包括依照本发明的抗体，其特征在于重链可变域包含CDRHl 区 SEQ ID NO :25、CDRH2 区 SEQ ID NO :26、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 27，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :28、CDRL2 区 SEQ ID NO :29、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :30。术语“抗体”涵盖各种形式的抗体结构，包括但不限于完整的抗体和抗体片段。优选地，依照本发明的抗体是人源化抗体、嵌合抗体、或进一步遗传工程化改造的抗体，只要依照本发明的特征性特性得到保留。“抗体片段”包含全长抗体的一部分，优选地其可变域， 或至少其抗原结合位点。抗体片段的例子包括双抗体、单链抗体分子、和自抗体片段形成的多特异性抗体。scFv抗体例如记载于Huston，J. S. ,Methods in Enzymol. 203 (1991) 46-88。 另外，抗体片段包含具有结合CDCPl WVh域或域的特征(即能够与域或Vh域一起装配成功能性抗原结合位点，并且由此提供依照本发明的抗体的特性)的单链多肽。如本文中所使用的，术语“单克隆抗体”或“单克隆抗体组合物”指单一氨基酸组成的抗体分子的制备物。术语“人源化抗体”或“抗体的人源化型式”指其中的框架和/或“互补决定区”(CDR)已经进行过修饰以包含与亲本免疫球蛋白的CDR相比不同物种的免疫球蛋白的CDR(例如CDR3)的抗体。在一个优选的实施方案中，将小鼠CDR(例如CDR3)嫁接入人抗体的框架区中以制备“人源化抗体”(参见例如Riechmann，L.等，Nature332 (1988) 323-327 ； R Neuberger, M. S.等，Nature 314(1985)268-270)。如本文中所使用的，术语“单克隆抗体”或“单克隆抗体组合物”指单一氨基酸组成的抗体分子的制备物。术语“嵌合抗体”指通常通过重组DNA技术制备的包含来自小鼠的可变区，即结合区和自不同来源或物种衍生的恒定区的至少一部分的单克隆抗体。包含小鼠可变区和人恒定区的嵌合抗体是特别优选的。此类大鼠/人嵌合抗体是包含编码大鼠免疫球蛋白可变区的DNA区段和编码人免疫球蛋白恒定区的DNA区段的所表达免疫球蛋白基因的产物。本发明所涵盖的“嵌合抗体”的其它形式是那些其中类别或亚类已经自初始抗体的类别或亚类修饰或改变的。此类“嵌合”抗体又称为“类别转换抗体”。用于生成嵌合抗体的方法牵涉本领域现在公知的常规重组DNA和基因转染技术(参见例如Morrison，S. L.等，Proc. Natl. Acad Sci. USA 81(1984)6851-6855 ；US 5，202，238 和 US 5,204,244)。人CDCP1((含有CUB域的蛋白1、B345、CD318、SIMA135、TRASK;SEQID NO :1 禾口具有突变R525Q (即SEQ ID NO 1的氨基酸位置525处用谷氨酰胺(Q)替换精氨酸(R))和 /或突变G709D (即SEQ ID NO 1的氨基酸位置709处用天冬氨酸(D)替换甘氨酸(G))的变体)是一种含有三个胞外CUB域的跨膜蛋白。发现此蛋白质在结肠和肺癌中过表达。其表达水平与癌瘤细胞的转移能力相关联。已经显示了它在癌细胞系中是酪氨酸磷酸化的 (W02002/004508 ；Scherl-Mostageer, M.等，Oncogene 20(2001)4402-8 ；Hooper, J. D.等， Oncogene 22 (2003) 1783-94 ；Perry, S. Ε.等，FEBS Lett. 581 (2007) 1137-42 ；Brown, Τ. Α., J. Biol. Chem. 279 (2004) 14772-14783 ；Ota, Τ.等，Nat. Genet. 36 (2004) 40-45)。已经报告了编码独特同等型的可变剪接转录物变体。除非另有规定，术语“Kabat编号方式”或“依照Kabat的编号方式”或“EU索引” 定义为使用如在Kabat 等(Sequences of Proteins of Immunological Interest,第 5 版， Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991))巾白勺 EU 索引为例如IgG抗体中的残基编号。如本文中所使用的，“特异性结合人⑶CP1”指特异性结合人⑶CPl抗原的抗体。 结合亲和力是1. 0X10_8mOl/l或更低的KD值的，优选地1. OxlO^mol/l或更低的KD值的。 用标准的结合测定法，诸如表面等离振子共振技术(Biacore )来测定结合亲和力。如此， 如本文中所使用的，“特异性结合人CDCPl的抗体”指以KD1.0X10_8mol/l或更低(例如 KDl. 0xl(T8mol/l 至 1. 0xl(T13mol/l，优选地 KDl. 0xl(T9mol/l 至 1. 0xl(T12mol/l)的结合亲和力结合人CDCPl抗原的抗体。本发明进一步包括特异性结合人⑶CPl的抗体，其特征在于重链可变域是SEQ ID NO 15，且轻链可变域是SEQ ID NO 16，或其人源化型式。本发明进一步包括特异性结合人⑶CPl的抗体，其特征在于重链可变域是SEQ ID NO :23，且轻链可变域是SEQ ID NO :24，或其人源化型式。本发明进一步包括特异性结合人⑶CPl的抗体，其特征在于重链可变域是SEQ ID NO :31，且轻链可变域是SEQ ID NO 32，或其人源化型式。本发明进一步包括特异性结合人⑶CPl的抗体，其特征在于重链可变域包含CDRHl 区 SEQ ID NO :9、CDRH2 区 SEQ ID NO :10、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 11，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO 12、CDRL2 区 SEQ ID NO 13、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :14。本发明进一步包括特异性结合人⑶CPl的抗体，其特征在于重链可变域包含CDRHl 区 SEQ ID NO :17、CDRH2 区 SEQ ID NO :18、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 19，且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :20、CDRL2 区 SEQ ID NO :21、和 CDRL3 区 SEQ ID NO :22。本发明进一步包括特异性结合人⑶CPl的抗体，其特征在于重链可变域包含CDRHl 区 SEQ ID NO :25、CDRH2 区 SEQ ID NO :26、和 CDRH3 区 SEQ ID NO 27,且轻链可变域包含 CDRLl 区 SEQ ID NO :28、CDRL2 区 SEQ ID NO :29、禾口 CDRL3 区 SEQ ID NO :30。术语“表位”意指人CDCPl中能够特异性结合抗体的蛋白质决定子。表位通常由分子诸如氨基酸或糖侧链的化学活性表面聚集构成，并且通常表位具有特定的三维结构特征，及特定的电荷特征。构象性和非构象性表位的区别之处在于在存在变性溶剂的情况中丧失对前一种，而不是后一种的结合。如本文中所使用的，术语“与CUB4(保藏号DSMACC2551)结合相同表位”指结合 ⑶CPl上抗体CUB4(保藏号DSM ACC2551)结合的相同表位的本发明的抗⑶CPl抗体。可以使用本领域中已知的技术来测定本发明的抗CDCPl抗体的表位结合特性。在体外竞争结合抑制测定法中通过表面等离振子共振(SPR)于25°C测定抗体CUB4(保藏号DSM ACC2551) 抑制测试抗体对CDCPl结合的能力，从而测量CDCPl抗体(参见图幻。与CUB4结合相同表位的抗体的结合受到抑制，并且在添加测试抗体后没有检出结合信号。(例如，测试抗体的注射时间(=0秒)后100秒，结合信号不比注射时的信号高；以RU(相对单位)测量信号)(例如CDCP1-004、CDCP1-012、CDCP1-015，参见图3a)。与CUB4结合不同表位的抗体的结合不受抑制，并且在添加测试抗体后检出结合信号(例如CUBl和CUB3，参见图3b)(例如，注射时间(=0秒)后100秒，结合信号比注射时的信号高；以RU(相对单位)测量信号)。^ !以fflil BIAcore 11] (Pharmacia Biosensor AB, Uppsala, Sweden) ^ijf g, 如记载于例如实施例2的。如本文中所使用的，“可变域”(轻链可变域(VL)、重链可变域(VH))意为直接牵涉抗体结合抗原的轻链和重链域对之每种。轻链和重链可变域具有相同的一般结构，并且每个域包含通过三个“高变区”(或互补决定区，CDR)连接的其序列广泛保守的四个框架(FR) 区。框架区采用β-片层构象，而⑶R可以形成连接β-片层结构的环。每条链中的⑶R 通过框架区保持其三维结构，并且与来自另一条链的CDR—起形成抗原结合位点。抗体的重链和轻链CDR3区在依照本发明的抗体的结合特异性/亲和力中发挥特别重要的作用，并且因此提供本发明的别的目的。在本文中使用时，术语“抗体的抗原结合部分”指抗体中负责抗原结合的氨基酸残基。抗体的抗原结合部分包含来自“互补决定区”或“CDR”的氨基酸残基。术语本发明的抗体的“抗原结合部分”可以含有6个互补决定区(CDR)，其以不同程度促成结合位点对抗原的亲和力。存在着三个重链可变域⑶R (⑶RHl、⑶RH2和⑶Rro)和三个轻链可变域 ⑶R(⑶RLl、⑶RL2和⑶RU)。通过与汇编的氨基酸序列数据库比较来确定⑶R和框架区(FR)的范围，在所述数据库中已经依照序列间的可变性限定那些区域。“框架”或“FR”区是与如本文中所限定的高变区残基不同的那些可变域区。因此，抗体的轻链和重链可变域包含自N至C端的域FRi、⑶R1、FR2、⑶R2、FR3、⑶R3、和FR4。 CDR禾口 FR 区依照 Kabat 等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第 5 版， Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991)白勺t示} 义和/或那些来自“高变环”的残基来确定。如本文中所使用的，术语“核酸”或“核酸分子”意图包括DNA分子和RNA分子。核酸分子可以是单链或双链，但是优选的是双链DNA。如本申请内所使用的，术语“氨基酸”意指天然存在的羧基α-氨基酸的组，包括丙氨酸(三字母代码ala，单字母代码A)、精氨酸(arg，R)、天冬酰胺(asn，N)、天冬氨酸 (asp, D)、半胱氨酸(cys，C)、谷氨酰胺(gln，Q)、谷氨酸(glu，Ε)、甘氨酸(gly，G)、组氨酸 (his, H)、异亮氨酸(ile，I)、亮氨酸(leu，L)、赖氨酸(lys，K)、甲硫氨酸(met，Μ)、苯丙氨酸(phe，F)、脯氨酸(pro，P)、丝氨酸(ser，S)、苏氨酸(thr，Τ)、色氨酸(trp，W)、酪氨酸 (tyr，Y)、和缬氨酸(val，V)。依照本发明的抗体的特征在于恒定区是人起源的，且优选的是人IgGl亚类的。 恒定区包括抗体的重链和轻链恒定区。重链恒定区包含以N端至C端方向的抗体重链恒定域1 (CHl)、抗体铰链区(HR)、抗体重链恒定域2 (CH2)、和抗体重链恒定域3 (CH3)；和任选地在IgE亚类抗体的情况中抗体重链恒定域4 (CH4)。轻链恒定区包含抗体轻链恒定域 (CL)。抗体轻链恒定域(CL)可以是κ (卡帕)或λ (拉姆达)。此类恒定链是现有技术公知的，并且例如由 Kabat，E.，Α.，描述(参见例如 Johnson，G.和 Wu，T.，Τ.，Nucleic Acids Res. 28(2000)214-218)。例如，有用的IgGl亚类人重链恒定区包含氨基酸序列SEQ ID NO 3。例如，有用的人轻链恒定区包含κ轻链恒定区的氨基酸序列SEQ ID NO :4;另一个有用的人轻链恒定区包含λ轻链恒定区的氨基酸序列SEQ ID NO :5。抗体的“Fe部分”不直接牵涉抗体对抗原的结合，但是展现出各种效应器功能。“抗体的Fc部分”是熟练技术人员公知的术语，并且基于木瓜蛋白酶对抗体的切割限定。根据其重链恒定区的氨基酸序列，抗体或免疫球蛋白分成类IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且这些中的数种可以进一步分成亚类(同种型)，例如IgGl、IgG2、IgG3、和IgG4、IgAljP IgA2。 依照重链恒定区，免疫球蛋白的不同类分别称作α、δ、ε、Y、和μ。抗体的Fc部分直接牵涉ADCC(抗体依赖性细胞介导的细胞毒性)和基于补体激活、Clq结合和Fc受体结合的⑶C(补体依赖性细胞毒性)。补体激活(⑶C)是通过补体因子Clq结合大多数IgG抗体亚类的Fc部分启动的。虽然抗体对补体系统的影响依赖于某些条件，但是对Clq的结合是由Fc部分中的限定结合位点引起的。此类结合位点是现有技术中已知的，并且例如由Boackle，R.J.等，Nature 282(1979)742-743 ； Lukas, Τ. J.等，J. Immunol. 127 (1981) 2555-2560 ；Brunhouse, R.禾口 Cebra，J. J.， Mol. Immunol. 16 (1979) 907-917 ；Burton, D. R.等，Nature 288 (1980) 338-344 ； Thommesen, J. Ε.等，Mo 1 · Immuno 1 · 37 (2000) 995-1004 ； Idusogie，Ε· Ε·等， J.Immunol. 164(2000)4178-4184 ；Hezareh, Μ.等，J.Virology 75 (2001) 12161-12168 ； Morgan, Α.等，Immunology 86 (1995) 319-324 ;EP 0307434 描述。此类结合位点是例如 L234、L235、D270、N297、E318、K320、K322、P331 和 P329 (依照 Kabat, Ε. A.的 EU 索引的编号方式，参见下文)。亚类IgGl、IgG2和IgG3的抗体通常显示补体激活及Clq和C3结合， 而IgG4不激活补体系统，而且不结合Clq和C3。依照本发明的抗体包含自人起源衍生的Fc部分，且优选地人恒定区的所有其它部分。如本文中所使用的，术语“自人起源衍生的Fc部分”意指作为IgGl、IgG2、IgG3或 IgG4亚类的人抗体的Fc部分，优选地来自人IgGl亚类的Fc部分、来自人IgGl亚类的突变Fc部分(优选地具有L234A+L235A方面的突变)、来自人IgG4亚类的Fc部分或来自人 IgG4亚类的突变Fc部分(优选地具有S228P方面的突变)的Fc部分。最优选的是人IgGl 亚类(参见例如SEQ IDNO 3)、具有突变L234A和L235A的人IgGl亚类、人IgG4亚类(参见例如SEQID NO 6)、或具有突变的人IgG4亚类的人重链恒定区。术语“抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC) ”指在存在效应细胞的情况中通过依照本发明的抗体来裂解人靶细胞。优选地，通过在存在效应细胞，诸如新鲜分离的PBMC或来自血沉棕黄层的纯化的效应细胞，如单核细胞或天然杀伤(NK)细胞或永久生长NK细胞系的情况中用依照本发明的抗体来处理CDCPl表达细胞的制备物来测量ADCC。术语“补体依赖性细胞毒性(⑶C) ”意指通过补体因子Clq与大多数IgG抗体亚类的&部分的结合启动的过程。通过在所谓的结合位点处限定的蛋白质-蛋白质相互作用引起Clq与抗体的结合。此类Fc部分结合位点是现有技术中已知的(参见上文)。此类Fc 部分结合位点例如以氨基酸 L2;34、L235、D270、^97、E318、K320、K322、P33Un P329 (依照 Kabat的EU索引编号)为特征。亚类IgGl、IgG2、和IgG3的抗体通常显示包括Clq和C3 结合的补体激活，而IgG4不激活补体系统，而且不结合Clq和/或C3。单克隆抗体的细胞介导的效应器功能可以通过工程化改造其寡糖组分来增强， 如记载于 Umana，P.等，Nature Biotechnol. 17 (1999) 176-180，及 US6, 602，684 的。IgGl 型抗体(最常使用的治疗性抗体)是在每个CH2域中具有Asn297处的保守的N连接的糖基化位点的糖蛋白。两个附着于Asn297的复合双触角寡糖掩埋于CH2域间，这形成与多肽主链的广泛接触，并且其存在对于抗体介导效应器功能诸如抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)是至关重要的(Lifely，Μ. R.等，Glycobiology 5(1995)813-822 ； Jefferis, R.等，Immunol. Rev. 163(1998)59—76 ；Wright, Α.禾口 Morrison， S. L. ，Trends Biotechnol. 15(1997)26-32)。Umana，P.等 Nature Biotechnol. 17 (1999) 176-180 和 WO 99/54342显示了 β (1，4)-N-乙酰葡糖胺转移酶III ( “&ιΤΙΙΙ”)(即一种催化两分型寡糖形成的糖基转移酶)在中国仓鼠卵巢(CHO)细胞中的过表达显著提高抗体的体外ADCC活性。Asn297碳水化合物的组成改变或其消除还影响与Fc γ R和C1 q的结 ^ (Umana, P.等，Nature Biotechnol. 17(1999) 176-180 ；Davies, J.等，Biotechnol. Bioeng. 74(2001) 288-294 ；Mimura, Y.等,J. Biol. Chem. 276 (2001)45539-45547 ； Radaev, S.等,J. Biol. Chem. 276(2001) 16478-16483 ；Shields, R. L.等，J. Biol. Chem. 276 (2001) 6591-6604 ；Shields, R. L.等，J. Biol. Chem. 277 (2002) 26733-26740 ； Simmons, L. C.等，J. Immunol. Methods 263(2002) 133-147)。例如在WO 2005/044859, WO 2004/065540, W02007/031875, Umana, P.等，Nature Biotechnol. 17(1999) 176-180，WO 99/154342, WO 2005/018572, WO 2006/116260, WO 2006/114700, WO 2004/065540, WO 2005/011735, W02005/027966, WO 1997/028267， US 2006/0134709， US 2005/0054048, US2005/0152894, WO 2003/035835 和 WO 2000/061739中，或者例如在 Niwa，R.等，J. Immunol. Methods 306(2005) 151-160 ；Shinkawa, Τ.等， J. Biol. Chem. 278 (2003) 3466-3473 ；WO 03/055993 和 US 2005/0249722 中报告了增强单克隆抗体的细胞介导的效应器功能的方法。因此，在本发明的一个实施方案中，依照本发明的抗体在Asn297处用糖链糖基化 (若它包含IgGl或IgG3亚类的Fc部分)，由此所述糖链内的岩藻糖量是65%或更低(依照Kabat的编号方式)。在另一个实施方案中，所述糖链内的岩藻糖量是在5%和65%之间，优选地在20%和40%之间。依照本发明的“Asr^97”意指位于Fc区中的约第297位的氨基酸天冬酰胺。基于抗体的次要序列变异，Asn297也可以位于第297位上游或下游的一些氨基酸(通常不超过士3个氨基酸)，即第294位和第300位之间。在一个实施方案中， 依照本发明的糖基化抗体，IgG亚类是人IgGl亚类的、具有突变L234A和L235A的人IgGl 亚类的或IgG3亚类的。在又一个实施方案中，N-羟乙酰神经氨酸(NGNA)的量是或更小和/或N端α-1，3-半乳糖的量是所述糖链内的或更小。优选地，糖链显示了附着于 CHO细胞中重组表达的抗体的Asn297的N连接聚糖的特征。术语“糖链显示了附着于CHO细胞中重组表达的抗体的Asn297的N连接聚糖的特征”意指依照本发明的抗体的Asn297处的糖链与未修饰的CHO细胞中表达的相同抗体的糖链，例如如那些在WO 2006/103100中报告的糖链具有相同的结构和糖残基序列(除了岩藻糖残基外)。如本申请内所使用的，术语“NGNA”意指糖残基N-羟乙酰神经氨酸。在Asn297处发生人IgGl或IgG3的糖基化，作为以多至两个Gal残基为末端的核心岩藻糖化双触角复合寡糖糖基化。Kabat，E.A.等，kquences of Proteins of Immunological Interest,第 5 版，Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)及 Brueggemann, Μ.等，J. Exp. Med. 166(1987) 1351-1361 ； Love，Τ. W.等，Methods Enzymol. 178 (1989) 515-527 详细报告了 IgGl 或 IgG3 亚类的人重链恒定区。根据末端Gal残基的量，这些结构称为G0、Gl(a-l，6-或α _1，3_)、或G2聚糖残基(Raju, Τ. S.，Bioprocess Int. 1 (2003)44-53)。抗体 Fc 部分的 CHO 型糖基化例如由 Routier, F. H.，Glycoconjugate J. 14 (1997) 201-207 描述。在非糖修饰的 CHO 宿主细胞中重组表达的抗体在Asn297处通常以至少85%的量进行岩藻糖化。抗体的经修饰的寡糖可以是杂合的或复合的。优选地，两分型、还原的/非岩藻糖化的寡糖是杂合的。在另一个实施方案中，两分型、还原的/非岩藻糖化的寡糖是复合的。依照本发明，“岩藻糖的量”意指通过MALDI-T0F质谱术测量的，并以平均值计算的，相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如复合的、杂合的和高甘露糖结构)的总和，Asn297处糖链内所述糖的量(参见例如W02008/077M6)。岩藻糖的相对量是通过 MALDI-T0F,含有岩藻糖的结构相对于经N-糖苷酶F处理的样品中鉴定的所有糖结构(例如分别为复合的、杂合的及寡和高甘露糖结构)的百分比。优选地，通过重组手段来生成依照本发明的抗体。此类方法是现有技术中普遍已知的，并且包括在原核和真核细胞中的蛋白质表达，随后分离抗体多肽，并且通常纯化至药学可接受纯度。对于蛋白质表达，通过标准的方法将编码轻链和重链或其片段的核酸插入表达载体中。在合适的原核或真核宿主细胞，如CHO细胞、NSO细胞、SP2/0细胞、HEK293细胞、COS细胞、酵母、或大肠杆菌细胞中实施表达，并且自细胞(上清液或裂解后的细胞)回11收抗体。抗体的重组生成是现有技术中公知的，并且例如记载于综述文章Makrides， S. C. , Protein Expr. Purif. 17 (1999) 183-202 ；Geisse, S. φ, Protein Expr. Purif. 8(1996) 271—282 ；Kaufman, R. J.，Mol. Biotechnol. 16(2000) 151 — 160 ；Werner, R. G.，Drug Res. 48 (1998) 870-880。抗体可以存在于整个细胞中，在细胞溶胞物中，或者为部分纯化的或基本上纯的形式。通过标准的技术，包括碱/SDS处理、CsCl分带、柱层析、琼脂糖凝胶电泳、和本领域中公知的其它技术(参见 Ausubel，F.等编 Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing and Wiley Interscience, New York(1987))来实施纯化以消除其它细胞组分或其它污染物，例如其它细胞核酸或蛋白质。例如，Barnes, L. Μ.等，Cytotechnology 32(2000) 109-123 ；及 Barnes，L. Μ.等， Biotech. Bioeng. 73^001061-270 描述了 NSO 细胞中的表达。例如，Durocher, Y.等， Nucl. Acids. Res. 3(K2002)E9 描述了瞬时表达。Orlandi，R.等，Proc. Natl. Acad, ki. USA 86(1989)3833-3837 ；Carter, P.等，Proc. Natl. Acad. ki. USA 89(1992)4285-4289; 及 Norderhaug，L.等，J. Immunol. Methods 204(1997)77-87 描述了可变域的克隆。 Schlaeger, Ε. -J.禾口 Christensen, K.,于 Cytotechnology 30 (1999) 71-83 及 Schlaeger, Ε. -J.，于 J. Immunol. Methods 194(1996) 191-199 描述了一种优选的瞬时表达系统(HEK 293)。适合于原核生物的控制序列例如包括启动子，任选地操纵基因序列，和核糖体结合位点。已知真核细胞利用启动子、增强子和多腺苷酸化信号。在将核酸放置在与另一种核酸序列的功能性关系中时，它是“可操作连接的”。例如，若前序列或分泌前导的DNA以参与多肽分泌的前蛋白表达，则它与多肽的DNA可操作连接；若启动子或增强子影响序列的转录，则它与编码序列可操作连接；或者若核糖体结合位点定位为使得便于翻译，则它与编码序列可操作连接。一般而言，“可操作连接的”意指所连接的DNA序列是连续的，并且在分泌前导的情况中，是连续的且在读码框中。然而，增强子不必是连续的。通过在方便的限制性位点处的连接来实现连接。若不存在此类位点，则依照常规的实践使用合成的寡核苷酸衔接头或接头。通过常规的免疫球蛋白纯化规程，诸如例如蛋白A-kpharose、羟磷灰石层析、凝胶电泳、透析、或亲和层析来自培养液适当地分离单克隆抗体。容易使用常规规程将编码单克隆抗体的DNA和RNA分离并测序。杂交瘤细胞可以充当此类DNA和RNA的来源。一旦分离，可以将DNA插入表达载体中，然后将所述表达载体转染入在其它情况中不生成免疫球蛋白蛋白质的宿主细胞诸如HEK 293细胞、CHO细胞、或骨髓瘤细胞中，以获得重组单克隆抗体在宿主细胞中的合成。如本文中所使用的，表述“细胞”、“细胞系”、和“细胞培养物”可互换使用，并且所有此类名称包括后代。如此，词语“转化体”和“经转化的细胞”包括原代主题细胞和自其衍生的培养物，而不管传递的次数。还应当理解，由于有意或无意的突变，所有后代在DNA内容上可能不是正好相同的。包括具有如在初始转化细胞中筛选的相同功能或生物学活性的变体后代。在意图独特名称的情况中，它从上下文看会是清楚的。如本文中所使用的，术语“转化”指将载体/核酸转移入宿主细胞中的过程。若使用没有难以应付的细胞壁屏障的细胞作为宿主细胞，则例如通过磷酸钙沉淀法来实施转染，如 Graham，F. L.和 van der Eb, A. J. ,Virology 52 (1973) 456-467 所描述的。然而，也可以使用其它用于将DNA导入细胞中的方法，诸如通过核注射或者通过原生质体融合来进行。若使用原核细胞或含有坚固细胞壁构造的细胞，则例如一种转染方法是使用氯化钙进行的钙处理，如 Cohen, S. N.等，PNAS. 69(1972)2110-2114 所描述的。如本文中所使用的，“表达”指将核酸转录成mRNA的过程和/或随后将转录的 mRNA(又称为转录物)翻译成肽、多肽、或蛋白质的过程。转录物和编码的多肽统称为基因产物。若多核苷酸是自基因组DNA衍生的，则真核细胞中的表达可以包括mRNA的剪接。“载体”指将插入的核酸分子转移入宿主细胞中和/或在宿主细胞间转移的核酸分子，特别是自我复制的。该术语包括主要在将DNA或RNA插入细胞(例如，染色体整合)方面发挥功能的载体、主要在DNA或RNA复制方面发挥功能的复制载体、和在DNA或RNA的转录和/或翻译方面发挥功能的表达载体。还包括提供超过一种功能的载体，如所描述的。“表达载体”指在导入合适的宿主细胞中时可以被转录和翻译成多肽的多核苷酸。 “表达系统”通常指包含能发挥功能以产生期望的表达产物的表达载体的合适的宿主细胞。本发明的一个方面是包含依照本发明的抗体的药物组合物。本发明的另一方面是依照本发明的抗体用于制造药物组合物的用途。本发明的又一方面是用于制造包含依照本发明的抗体的药物组合物的方法。在另一方面，本发明提供了含有与药用载体一起配制的依照本发明的抗原结合蛋白的组合物，例如药物组合物。已经证明了与其它抗⑶CPl抗体，如例如CUBl抗体(来自DE 10242146 (EP 1396501,US 7，541，030)的具有保藏号DSMACC2569的保藏抗体)相比，所述以与CUB4(保藏号DSMACC2551)结合相同表位为特征的特异性结合人CDCPl的抗体特别可用于治疗癌症。因此，本发明的一个方面是用于治疗癌症的所述药物组合物。本发明的另一方面是依照本发明的抗体用于制造供治疗癌症用的药物的用途。本发明的另一方面是治疗患有癌症的患者的方法，其通过对需要此类治疗的所述患者施用依照本发明的抗体来进行。如本文中所使用的，“药用载体”包括生理学相容的任何和所有溶剂、分散介质、涂层材料、抗细菌剂和抗真菌剂、等张剂和吸收延迟剂，等等。优选地，载体适合于静脉内、肌肉内、皮下、胃肠外、脊柱或表皮施用(例如通过注射或输注)。可以通过本领域中已知的多种方法来施用本发明的组合物。如熟练技术人员会领会的，施用的路径和/或模式会随期望的结果而变化。为了通过某些施用路径来施用本发明的化合物，可能有必要用某种材料包被化合物，或者与某种材料共施用化合物以阻止其失活。例如，可以将化合物在合适的载体，例如脂质体或稀释剂中对受试者施用。药学可接受稀释剂包括盐水和水性缓冲溶液。药用载体包括无菌水溶液或分散体和供临场制备无菌可注射溶液或分散体用的无菌粉剂。对药学活性物质使用此类介质和药剂是本领域中已知的。如本文中所使用的，短语“胃肠外施用”意指通常通过注射进行的与肠和表面施用不同的施用模式，并且包括但不限于静脉内、肌肉内、动脉内、鞘内、囊内、眶内、心内、皮内、 腹膜内、经气管、皮下、表皮下、关节内、囊下、蛛网膜下、脊柱内、硬膜外和胸骨内注射和输注。如本文中所使用的，术语“癌症”可以是例如肺癌、非小细胞肺(NSCL)癌、细支气管肺泡细胞肺癌、骨癌、胰腺癌、皮肤癌、头或颈癌、皮肤或眼内黑素瘤、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛区癌、胃癌(stomach cancer)、胃癌(gastric cancer)、结肠癌、乳腺癌、子宫癌、 输卵管癌、子宫内膜癌、宫颈癌、阴道癌、外阴癌、何杰金(Hodgkin)氏病、食管癌、小肠癌、 内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、前列腺癌、 膀胱癌、肾或输尿管癌、肾细胞癌、肾盂癌、间皮瘤、肝细胞癌、胆癌(biliary cancer)、中枢神经系统(CNS)新生物、脊柱轴肿瘤、脑干胶质瘤、多形性成胶质细胞瘤(glioblastoma multiforme)、星形细胞瘤、神经鞘瘤(schwanoma)、室鼓膜瘤(印endymona)、髓母细胞瘤、 脑脊膜瘤、鳞状细胞癌、垂体腺瘤、淋巴瘤、淋巴细胞性白血病，包括任何上述癌症的顽固性型式、或一种或多种上述癌症的组合。优选地，此类癌症是乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、肺癌或前列腺癌，且更优选地肺癌。优选地，此类癌症的进一步特征在于CDCPl表达或过表达。更优选地，此类癌症的进一步特征在于过表达。这些组合物还可以含有佐剂诸如防腐剂、湿润剂、乳化剂和分散剂。可以通过灭菌规程，见上文，及通过包括各种抗细菌剂和抗真菌剂，例如对羟基苯甲酸酯、三氯叔丁醇、 酚、山梨酸等来确保阻止微生物的存在。还可能期望将等张剂，诸如糖、氯化钠等纳入组合物中。另外，可以通过包括延迟吸收的药剂诸如单硬脂酸铝和明胶来引起可注射药物形式的吸收延迟。不管选择的施用路径，通过本领域技术人员已知的常规方法来将本发明的化合物 (其可以以合适的水合形式使用)和/或本发明的药物组合物配制成药学可接受剂量形式。可以改变活性成分在本发明的药物组合物中的实际剂量水平，从而获得对于实现特定患者的期望的治疗响应、组成、和施用模式有效的，而对患者无毒的活性成分量。选定的剂量水平会取决于多种药动学因素，包括所采用的本发明的特定组合物的活性、施用路径、施用时间、所采用的特定化合物的排泄速率、治疗的持续时间、与所采用的特定组合物组合使用的其它药物、化合物和/或材料、所治疗的患者的年龄、性别、重量、状况、一般健康和先前的医学史等医学领域公知的因素。组合物必须是无菌的，而且是流体的，其程度使得组合物通过注射器可投递。在水夕卜，载体优选地是等张缓冲盐水溶液。可以例如通过使用涂层材料诸如卵磷脂、在分散体的情况中通过维持所要求的粒度、及通过使用表面活性剂来维持适当的流动性。在许多情况中，优选在组合物中包含等张剂(例如糖、多元醇诸如甘露醇或山梨醇、和氯化钠)。提供以下实施例、序列表和图以帮助理解本发明，其实际范围在所附权利要求书中列出。应当理解，可以在不背离本发明的精神的前提下对所列规程做出修饰。序列表的描述SEQ ID NO 1 人 CDCPlSEQ ID NO 2 包含胞外域(ECD)的人CDCPl片段SEQ ID NO 3 来自人起源的IgGl重链恒定区SEQ ID NO 4 来自人起源的κ轻链恒定区SEQ ID NO 5 来自人起源的λ轻链恒定区14SEQ ID NO 6 来自人起源的IgG4重链恒定区SEQ ID NO 7 重链可变域 VH，CUB4(保藏号 DSMACC2551)SEQ ID NO 8 轻链可变域 VL，CUB4(保藏号 DSMACC2551)SEQ ID NO 9 重链 CDRH1，单抗 CDCP1-004SEQ ID NO 10 重链 CDRH2，单抗 CDCP1-004SEQ ID NO 11 重链 CDRH3，单抗 CDCP1-004SEQ ID NO 12 轻链 CDRLl，单抗 CDCP1-004SEQ ID NO 13 轻链 CDRL2，单抗 CDCP1-004SEQ ID NO 14 轻链 CDRL3，单抗 CDCP1-004SEQ ID NO: 15 重链可变域 VH，单抗 CDCP1-004SEQ ID NO: 16 轻链可变域 VL，单抗 CDCP1-004SEQ ID NO 17 重链 CDRH1，单抗 CDCP1-012SEQ ID NO 18 重链 CDRH2，单抗 CDCP1-012SEQ ID NO 19 重链 CDRH3，单抗 CDCP1-012SEQ ID NO 20 轻链 CDRLl，单抗 CDCP1-012SEQ ID NO 21 轻链 CDRL2，单抗 CDCP1-012SEQ ID NO 22 轻链 CDRL3，单抗 CDCP1-012SEQ ID NO 23 重链可变域 VH，单抗 CDCP1-012SEQ ID NO 24 轻链可变域 VL，单抗 CDCP1-012SEQ ID NO 25 重链 CDRH1，单抗 CDCP1-015SEQ ID NO 26 重链 CDRH2，单抗 CDCP1-015SEQ ID NO 27 重链 CDRH3，单抗 CDCP1-015SEQ ID NO 28 轻链 CDRL1，单抗 CDCP1-01510SEQ ID NO 29 轻链 CDRL2，单抗 CDCP1-015SEQ ID NO 30 轻链 CDRL3，单抗 CDCP1-015SEQ ID NO 31 重链可变域 VH，单抗 CDCP1-015SEQ ID NO 32 轻链可变域 VL，单抗 CDCP1-015附图简述
图1抗⑶CPl抗体CUB4和CUBl在人肺癌H322M异种移植物中的体内肿瘤生长抑制。图2用固定化的CUB4抗体、⑶CPl的胞外域(EOT)、和别的抗⑶CPl测试抗体(例如CUBl和CUB3)的表面等离振子共振(SPR-)技术(BIAcore )的示意性测定法形式。图3固定化的CUB4抗体、CDCPl的胞外域(ECD)和抗CDCPl抗体CUBl和CUB3的 Biacore传感图(χ轴=时间；y轴=以相对单位(RU)计的响应)图 3a 显示了 CDCP1-004、CDCP1-012 和 CDCP1-015 抗体结合 CDCPl 上与 CUB4 抗体相同的表位。图3b 显示了 CUBl和CUB3抗体结合CDCPl上与CUB4抗体不同的另一表位。图4依照本发明的⑶CPl抗体结合人⑶CPl胞外域(⑶CPl-E⑶)和人⑶CPl-E⑶ 的亚域
图5在HCT 116细胞中刺激⑶CPl磷酸化图6在MDAMB-231细胞中刺激⑶CPl内在化和磷酸化
实施例实施例1抗⑶CPl抗体CUB4的体内肿瘤生长抑制及与CUBl抗体比较研究名称CDCP1_PZ_H322M_002实施本体内研究以比较特异性抗CDCPl抗体CUB4与结合另一表位的抗体，如例如 CUBl的功效。H322M非小细胞肺癌细胞最初自NCI保藏中心获得，并在扩充后保藏于Roche细胞库，Penzbergo将肿瘤细胞系常规地在补充有10%胎牛血清和2mML_谷氨酰胺的RPMI 1640培养基中于37°C在水饱和的气氛中于5% C02培养。使用传代4来进行细胞移植。将人非小细胞肺癌细胞系H322M与Matrigel —起皮下接种(5xl06个细胞)入小鼠的右体侧中。动物处理在细胞移植后17天在随机化当天开始。以10mg/kg的指定剂量i. p. q7d 施用抗体，直至研究终止第62天。还在同一天施用相应的媒介物。施用体积是10ml/kg。组处理组1:媒介物处理组2:鼠 CUB4 10mg/kg i. p.；处理组3:鼠 CUBl 10mg/kg i. p.；TGI (以％计的肿瘤生长抑制)下表显示了肿瘤生长抑制的数值，其基于均值和中值分别对每组和时间点以 100-平均值(T_处理[第X天]-τ_处理[基线])/平均值(Τ_参照[第X天]-τ_参照 [基线])*100计算。TGI计算的参照选择为组“媒介物”。图1中也显示了结果。表1 肿瘤生长抑制(TGI)


本公开内容涉及用于治疗癌症的与CUB4(保藏号DSMACC2551)结合相同表位的针对人CDCP1的抗体。