专利名称：核酸、包含该核酸的探针以及利用该探针的筛选方法1.发明领域本发明涉及核酸、探针以及利用该探针的筛选方法，更具体而言，本发明涉及核酸、包含该核酸的探针以及利用该探针进行基因诊断的筛选方法。2.相关技术描述对于在染色体上定位人基因组以制作染色体图谱的基因定位方法，普遍实行利用人和啮齿类动物之间体细胞杂交或者染色体部分缺失的克隆图，分析其余的人特定染色体或者染色体的一部分的方法，以及将克隆基因用作Southern印迹探针的方法。近来，利用所谓原位杂交，将从基因组DNA克隆并标记的基因或DNA标志用作探针，在玻片上的染色体样本中直接形成分子杂交物，检测存在基因的部分，以便有效获得有关许多基因(例如人基因)的特定位置以及序列相互顺序的信息。对于原位杂交，一种方法是利用放射性同位素(主要为3H)标记DNA作为探针，通过放射自显影检测其位点，以及利用荧光显微镜检测标记DNA探针的荧光信号的方法。后者荧光原位杂交方法(以下记作FISH方法)的优点在于，不使用RI设备，操作程序简单，短时间内(2天)在染色体带上精确进行细微定位。目前，利用这些方法开发了可用于多种疾病/综合症的探针，进行临床诊断。例如，已知一种适用于多种染色体FISH方法的检查探针，针对具有微缺失的先天性畸形综合症。该探针检查靶疾病的基因，如果检查结果是阳性(即存在缺失等)，则作出确诊。例如，上述探针对普-威(Prader Willi)综合症有效，因为大约60％的患者带有缺失。如上所述，已经在该疾病基因的部分克隆中找到有用的探针。然而，还有自发性疾病，除疾病的身体表现和症状以外，尚未发现对其有效的检查和诊断方法。如果能够利用引起疾病的基因和/或同系物发现探针，其在基因诊断领域会很有益处。发明概述因此，本发明目的在于提供核酸、利用该核酸的有用探针以及利用该探针的筛选方法。
为达此目的，本发明人对有关先天性畸形综合症和基因的关系进行了多种研究，找到了探针以及利用本发明这种探针的筛选方法。
根据本发明的第一方面，该核酸是(a)包含序列表中No.1序列的1-39726位碱基序列所示的碱基序列的核酸，或者(b)其中1-39726位碱基序列的部分碱基序列缺失、置换或者添加，并具有80％碱基序列同源性的核酸。
此外，根据本发明的第二方面，核酸是(a)包含序列表中No.2序列1-8511位碱基序列所示的碱基序列的核酸，或者(b)其中1-8511位碱基序列的部分碱基序列缺失、置换或者添加，并具有80％碱基序列同源性的核酸。
根据本发明的第三方面，该探针包含本发明的第一或第二方面定义的核酸。
在优选实施方案中，本发明的探针用于诊断索托斯综合症(Sotossyndrome)。
根据本发明的第四方面，该肽片段是(a)包含序列表中No.3序列的1-309位氨基酸序列所示的氨基酸序列的肽片段，或者(b)其中No.3序列所示的部分氨基酸序列缺失、置换或者添加，并具有80％碱基序列同源性的肽片段。
根据本发明的第五方面，该肽片段是(a)包含序列表中No.4序列1-2696位氨基酸序列所示的氨基酸序列的肽片段，或者(b)其中No.4序列所示的部分氨基酸序列缺失、置换或者添加，并具有80％的碱基序列同源性的肽片段。
根据本发明的第六方面，该探针包含本发明的第四或第五方面定义的肽片段。
根据本发明，用于诊断索托斯综合症的探针，其特征在于，该探针包含人染色体5上的以下(a)或(b)(a)包含序列表中No.5序列的1-190位碱基序列所示的碱基序列的核酸，或者(b)其中1-190位碱基序列的部分碱基序列缺失、置换或添加，并具有80％的碱基序列同源性的核酸。
根据本发明，用于诊断索托斯综合症的探针，其特征在于，该探针包含人染色体5上的下列(a)或(b)(a)包含序列表中No.6序列的1-275位碱基序列所示的碱基序列的核酸，或者(b)其中1-275位碱基序列的部分碱基序列缺失、置换或添加，并具有80％的碱基序列同源性的核酸。
根据本发明，用于诊断索托斯综合症的探针，其特征在于，该探针包含人染色体5上的下列(a)和(b)之间的任何序列(a)包含序列表中No.5序列的1-190位碱基序列所示的碱基序列的核酸，以及(b)其中序列表中No.6序列的1-275位碱基序列的部分碱基序列的核酸。
根据本发明的第七方面，该筛选方法特征在于，利用本发明的第三、第四或第七至第十方面定义的探针。
根据本发明，在该筛选方法的优选实施方案中，利用至少一种选自原位杂交方法、Southern印迹方法、基于巨阵列(macroarray)的杂交方法以及碱基序列测定方法(双脱氧链终止方法等)中的方法进行筛选。
根据本发明，在该筛选方法的优选实施方案中，该原位杂交方法为荧光原位杂交方法。
附图简述本发明将参考附图进行描述，其中

图1显示物理图谱；图2显示NSD1的各种突变；图3显示一名患者的永生化成淋巴细胞系的直接序列测定结果；图4显示FISH分析结果；图5a显示序列表1的碱基序列；图5b是显示序列表1碱基序列的图5a的续图；图5c是显示序列表1碱基序列的图5b的续图；图5d是显示序列表1碱基序列的图5c的续图；图5e是显示序列表1碱基序列的图5d的续图；图5f是显示序列表1碱基序列的图5e的续图；图5g是显示序列表1碱基序列的图5f的续图；图5h是显示序列表1碱基序列的图5g的续图；图5i是显示序列表1碱基序列的图5h的续图；图5j是显示序列表1碱基序列的图5i的续图；图5k是显示序列表1碱基序列的图5j的续图；图5l是显示序列表1碱基序列的图5k的续图；图5m是显示序列表1碱基序列的图51的续图；图5n是显示序列表1碱基序列的图5m的续图；图6a显示序列表2的碱基序列；图6b是显示序列表2碱基序列的图6a的续图；图6c是显示序列表2碱基序列的图6b的续图；图6d是显示序列表2碱基序列的图6c的续图；图6e是显示序列表2碱基序列的图6d的续图；图7a显示序列表4的氨基酸序列；图7b是显示序列表4氨基酸序列的图7b的续图；图8显示序列表5的碱基序列；以及图9显示序列表6的碱基序列。
发明详述首先阐述本发明的核酸。本发明的核酸是(a)包含序列表中No.1序列的1-39726位碱基序列所示的碱基序列的核酸，或者(b)其中1-39726位碱基序列的部分碱基序列缺失、置换或者添加，并具有80％、优选90％、更优选95％碱基序列同源性的核酸。这样的核酸来源于人的染色体5的NSD1，并与NSD1的一部分互补。具体而言，该核酸与包含NSD1的外显子1、外显子2和内含子的基因组DNA互补。本发明的核酸也包括其中碱基序列1-39726位的部分碱基序列缺失、置换或添加，并具有80％、优选90％、更优选95％碱基序列同源性的核酸。即使该部分缺失、置换或添加，如下所述后者的核酸也可用作探针。
此外，本发明的核酸包含序列表中No.2序列的1-8511位碱基序列所示的碱基序列。该核酸来源于人的染色体5的NSD1，并与NSD1的一部分互补。具体而言，这是与包括NSD1的外显子1-23的cDNA互补的核酸。本发明的核酸也包括其中碱基序列1-8511位的部分碱基序列缺失、置换或添加，并具有80％、优选90％、更优选95％碱基序列同源性的核酸。
另外，No.2序列所示碱基序列对应的氨基酸序列如下。该氨基酸序列如序列表的No.4序列所示。No.1序列所示的碱基序列的翻译区，即对应于NSD1第二外显子的氨基酸序列如No.3序列所示。
根据本发明，该肽片段是(a)包含序列表中No.3序列1-309位氨基酸序列所示的氨基酸序列的肽片段，或者(b)其中No.3氨基酸序列所示的部分氨基酸序列缺失、置换或者添加，并具有80％、优选90％、更优选95％氨基酸序列同源性的肽片段。根据本发明，该肽片段也是(a)包含序列表中No.4序列1-2696位氨基酸序列所示的氨基酸序列的肽片段，或者(b)其中No.4氨基酸序列所示的部分氨基酸序列缺失、置换或者添加，并具有80％、优选90％、更优选95％氨基酸序列同源性的肽片段。该氨基酸序列可用于利用抗原抗体反应的免疫学检查。
关于上述核酸的纯化和分离方法如下所述。无特别限制的情况下，上述核酸可通过以下方法纯化并分离。该核酸包括NSD1的外显子1和2，根据以下方法通过亚克隆名为RP1-118m12的PAC克隆而获得。首先，纯化PAC DNA。然后利用Midi-Prep柱(Qiagen，Chatsworth，CA)分离纯化的PAC DNA，利用限制性内切酶例如Sau3AI进行部分消化。再根据厂家说明书(Stratagene，La Jolla，CA)制备SuperCosl粘粒载体，并利用T4DNA连接酶与消化的PAC DNA连接。利用Gigapack IIIgold extract(Stratagene)包装连接反应产物，转染至XL1-Blue MR宿主细胞。利用PCR，通过STS定位方法(STS content mapping)构建基因组序列。从而获得本发明的核酸。
此外，利用本领域技术人员公知的任何方法确定DNA的碱基序列。例如，可利用末端终止方法等确定碱基序列。
本发明探针的使用方法为，直接或利用PCR方法扩增上述核酸，通过印迹固化到聚合物膜上，然后进行杂交。按照常见方式杂交，不特别限于但可包括，例如Southern印迹方法、原位杂交方法、基于微阵列的方法以及碱基序列测定方法。从快速、准确筛选的观点来看，优选原位杂交方法。原位杂交方法有荧光原位杂交方法(以下称作FISH方法)、放射性同位素原位杂交方法等。从无需RI设备的观点来看，优选FISH方法。FISH方法一般在玻片上制备染色体样本，与标记探针杂交，然后直接通过显微镜研究。
用于本发明探针杂交的支持介质可为薄膜、粉末、微粒物质、凝胶、小珠、纤维、玻璃、悬浮液、乳浊液等。其可填充到合适的柱子中使用。其中，优选薄膜，例如硝酸纤维素膜或尼龙膜。
阐述用于本发明探针的标记的例子。可以利用本领域技术人员公知的标记。该标记不特别限于但包括，例如放射性原子(如32P、35S等)、生物素基团、亲和素基团、酶、荧光标记等。就利用抗原-抗体系统而言，标记可包含抗原，这也在本发明范围内。
本发明的核酸与正常染色体5的一部分互补结合。然而，如果染色体5异常，即缺失异常，本发明的核酸不与这种异常染色体5结合。如果利用上述特性将本发明的核酸用作探针，可以确定染色体5的异常。因此，本发明的探针还可用作索托斯综合症的诊断探针，60％的索托斯综合症患者具有染色体5的缺失。
本发明用于诊断索托斯综合症的探针，包含人染色体5上的下列(a)或(b)(a)包含序列表中No.5序列的1-190位碱基序列所示的碱基序列的核酸，或者(b)其中1-190位碱基序列的部分碱基序列缺失、置换或添加，并具有80％的碱基序列同源性的核酸。
本发明用于诊断索托斯综合症的探针，包含人染色体5上的下列(a)或(b)(a)包含序列表中No.6序列的1-275位碱基序列所示的碱基序列的核酸，或者(b)其中1-275位碱基序列的部分碱基序列缺失、置换或添加，并具有80％的碱基序列同源性的核酸。
本发明用于诊断索托斯综合症的探针，包含人染色体5上的下列(a)和(b)之间的任何序列(a)包含序列表中No.5序列的1-190位碱基序列所示的碱基序列的核酸，以及(b)其中序列表中No.6序列的1-275位碱基序列的部分碱基序列的核酸。
为此使用的这些探针取决于本发明人的发现，其中碱基序列发生缺失，其处于索托斯综合症患者染色体5上序列表中No.5和6序列之间。因此，序列5的碱基序列本身可用作探针，序列6的碱基序列本身可用作探针。此外，由于索托斯综合症患者没有处于正常人上述序列5和6之间的序列，因此其中的任何序列都可用来诊断索托斯综合症。探针的碱基长度取决于筛选方法，没有特别限制，为5kb或5kb以上。特别地，优选5-15kb，更优选7-12kb。
虽然正常人存在上述序列5和6的序列，但是因为索托斯综合症患者染色体的一个拷贝缺失，因此可以根据这些事实进行基因诊断。
提供以下实施例阐述而非意在限制本发明。
以下实施例意在阐述本发明的实施方案，在不背离本发明权利要求书所要求的精神和范围的情况下，当然可能适当地改变本发明。
实施例1索托斯综合症(SS，OMIM 117550)，亦称大脑性巨人症，是神经性疾病，特征在于出生前-儿童期过度发育及骨龄超前、颅骨宽大的独特面相、肢端肥大外形及下颌突出、偶然的脑异常及发作、以及智力迟钝。
虽然大多数病例为单个发生的，但也已知该疾病有偶尔的亲-子传播。估计SS患者具有3.9％的良性/恶性肿瘤的风险。首先，从de novot(5；8)(q35；q24.1)患者的5q35断点通过定位克隆分离NSD1基因。该基因编码2,696个氨基酸，具有SET、PHD指状和PWWP结构域，并与核受体(NRs)相互作用。在直接测序检验的38名SS患者中，在NSD1检测到4个de novo点突变(10.5％)，包括一个无义突变(1310C->A，S437X)、一个单碱基缺失(3536delA)、一个单碱基插入(5998insT)和一个拼接供体位点突变(6135+1G->A)。此外，在可以获得其分裂中期和/或分裂间期细胞而供FISH研究的30名SS患者中，鉴定出涉及NSD1的20个亚显微缺失(66.7％)。总体来说，估计77％的SS患者具有NSD1突变。此结果表明，NSD1的单倍体不全性导致索托斯综合症，NSD1在人的生长和大脑发育中具有重要作用。
接收了一名女孩(患者BP)，患有与de novo相互易位(46，XX，t(5；8)(q35；q24.1))有关的索托斯综合症(SS)。由于另一种易位[t(5；15)(q35；q24.1)]以及涉及5q35的缺失[del(5)(q35.1qter)]分别与SS或SS样外形有关，5q35区可能带有SS的基因座位。为此克隆了5q35断点。首先关注FGFR4，因为其定位于5q35-qter，已知其基因家族的突变与某些颅面及生长异常有关。然后分离包括FGFR4的PAC克隆(RP1-251c21)，并通过FISH分析确认其包括5q35断点。此后构建包括该断点的基于BAC/PAC/粘粒的物理图谱，以确认该断点附近的其它基因(图1a)。FISH分析表明，RP1-118m12及其粘粒亚克隆(c2b，c4D，c6A和c6B)横跨该断点(图1b)。通过物理图谱内的草图(draft)/完整序列(AC027314为CTC-286c20，AC008570为CTC-549a4)鉴定另一个基因JAZ(Genbank登录号XM 012279)。测序了12名患者的JAZ编码区，但均未发现核苷酸的改变。利用对应于c6B的部分基因组序列(AC02314)进行BlastN检索，鉴定小鼠Nsd1基因的同源序列。因为编码核受体(NR)结合蛋白质的Nsd1可能与转录调节有关，其人类直向同源物(Ortholog)NSD1成为引人注目的候选基因，并被分离。分离的NSD1具有8,088-bp开放阅读框架，由至少23个外显子组成(Genbank登录号AF395588)。
断点位于NSD1之内，因为利用c6B的FISH分析，在患者的der(5)和der(8)染色体上都产生分裂信号，并且每个信号的强度几乎相等(图1a和b)。图1a显示物理图谱，其中粗黑线表示BAC/PAC粘粒克隆，红线和蓝线分别表示利用FISH分析的包括5q35断点的克隆，以及完整基因组序列。箭头表示候选基因。图1b显示利用粘粒c6B对患者BP染色体的FISH分析，其中红色和黄色箭头分别表示正常染色体5以及衍生的染色体5和8的信号。设计40套引物，扩增该基因的全部编码区。通过直接测序，分析总共38名无关的正常SS患者的基因组DNA。
然后，在包括患者BP的39名患者中的4名患者中鉴定出四个不同的NSD1点突变(图2，表1)。图2显示NSD1的基因组结构以及在索托斯综合症患者中检测的突变。特定区域以彩色框显示，其中淡蓝色为NR-相互作用结构域(NID-L)，粉红色为NR-相互作用结构域(NID+L)，蓝色为PHD指状结构域，绿色为PWWP结构域，红色为SET结构域。突变包括外显子5的一个无义突变(1310C->A，S437X)、外显子5的一个单碱基缺失(3536delA)、外显子19的一个单碱基插入(5998insT)以及内含子20中拼接供体位点的一个碱基置换(6151+1G->A)。由于其确认为父子关系的各自亲代中没有该变化，这四个突变均为de novo类型。预测无义突变TCA(Ser)->TAA(终止)导致NSD1蛋白质在437位氨基酸处截短(S437X)。缺失(3536delA)在nt 3651-3653处产生过早的终止密码子，插入(5998insT)也在nt 6022-6024处产生过早的终止密码子。预测拼接位点突变(6151+1G->A)跳过外显子20，产生较短cDNA，导致只在外显子19后增加9个氨基酸的截短蛋白质。通过对患者的永生类淋巴母细胞系进行RT-PCR以及直接测序，确认较短cDNA缺失外显子20(图3)。图3a显示RT-PCR分析结果，其中黑色和红色箭头分别表示正常的471-bp产物和异常的329-bp产物。此外，符号Pt为患者24，符号Wt为正常对照，符号+为使用逆转录酶，符号-为不使用逆转录酶。图3b中，上面的线表示外显子19、20和21，小红圈表示拼接供体位点处的突变。329bp产物的序列分析表明跳过外显子20，导致移框以及外显子21的第10个密码子处产生新的终止密码子。尽管外显子5或外显子23中鉴定出其它5个碱基置换(3个同义和2个非同义改变)，其在正常对照中也常见，可能为多态性，即单核苷酸多态性(SNPs)(表1)。令人吃惊的是，39名患者中有29名在这5个SNP位点均显示纯合形式。这些资料有力提示，存在涉及NSD1的缺失，而12名正常对照个体的数据符合Hardy-Weinberg平衡。对于可得到其分裂中期和/或分裂间期细胞的30名患者，利用RP1-118m12为探针，FISH分析检测到其中20名(66.7％)有缺失(图4)，其中红色和黄色箭头分别表示正常染色体5上的信号，而缺失染色体5上没有信号。FISH分析连同点突变数据(4/38)提示，此组中77％的SS患者具有NSD1突变(表1)。鉴定的改变都是导致蛋白质截短的缺失(半合子)或杂合突变。因此，很可能NSD1的单倍体不全性(haploinsufficency)是索托斯综合症的主要原因。
NSD1是双功能核蛋白质，充当核受体辅阻遏物，并通过与NRs的配基-结合结构域相互作用而充当共活化物。人SD1具有两个不同的NR-相互作用结构域(称为NID-L和NID+L)，以及其它保守的结构域，例如SET(su(var)3-9，enhancer-of-zestem trutgirax)、PWWP(脯氨酸-色氨酸-脯氨酸)及PHD(植物同源结构域蛋白质)的指状结构域。SS患者中观察到的两个蛋白质截短(PT)突变(S437X和3536delA)，可能导致PHD-I、PHD-II、PWWP-II、SET以及PHD-II结构域丢失。单碱基插入(5998insT)和拼接位点突变(6151+1G＞A)可能丢失SET和PHD-III结构域(图2)。这些发现提示，SS患者中涉及的蛋白质截短的SET和PHD-III结构域的微小缺失对该蛋白质的功能极其重要。
PHD指状结构域可与其它蛋白质相互作用，并与染色质的调节有关。
最近，从与t(5；11)(q35；p15.5)有关的儿童急性骨髓性白血病(AML)分离出NSD1-来源的嵌合蛋白质，其中NSD1在其内含子5处融合NUP98。推测患者BP的染色体断裂位于内含子2。因此可以提示，两种病症之间的突变类型不同，即组成型蛋白质截短突变与形成融合基因的体细胞突变。
在核苷酸水平，NSD1与从Wolf-Hirschhorn综合症(WHS)的165-kc微小缺失区分离的WHSC1(NSD2)具有75％的同源性。WHS(OMIM 194190)的特征在于多种畸形、严重的生长停滞、智力缺陷以及4p的半合子缺失(单倍体不全性)。此外，NSD2通过t(4；14)融合IgH基因时，导致一种多发性骨髓瘤。可能两种基因(NSD1和NSD2)对人的生长、大脑发育以及细胞生长都很重要。
由于在一个母亲和两个女儿、两个兄弟以及三个亲属(单卵双生女孩及其兄弟)中记述了SS，可以认为SS是遗传上异种的，因此假定为常染色体隐性遗传。还记述了另一患者，为de novo t(3；6)(p21；p21)、mos dup(20)(p11.2-p12.1)[12/66]以及t(2；12)(q33.3；q15)mat。因此，提示另一SS位点带有染色体断点或裂片。
但是，上述数据表明大多数(多达77％)的SS患者具有NSD1突变。索托斯综合症NSD1缺陷的发现将促进SS的诊断，并将明了对人智力迟钝和生长异常机制的理解。
物理图谱构建如前所述，利用STSs通过PCR筛选人PAC文库RPCI-1，-3。从横跨断点的PAC制备粘粒亚克隆。利用Midi-PrepTM柱(Qiagen，Chatsworth，CA)分离纯化的PAC DNA，利用Sau3AI进行部分消化。根据厂家说明书(Stratagene，La Jolla，CA)制备SuperCos1粘粒载体，并利用T4DNA连接酶与消化的PAC DNA连接。利用Gigapack III goldextract(Stratagene)包装连接反应产物，转染至XL1-Blue MR宿主细胞(Stratagene)。参考草图/完整的基因组序列，利用PCR借助于STS定位(STS content mapping)构建重叠群(contig)。利用Midi-PrepTM柱提取BAC/PAC/粘粒DNA。利用BAC的T7/SP6引物或者粘粒的T7/T3引物从克隆-末端序列得到新的STSs。使用2μgBAC/PACDNA或者1μg粘粒DNA为模板以及40pmol引物，利用ABI PrismTMBigDye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit(PEApplied Biosystems，Foster，CA)进行测序反应。
通过96℃ 10秒、50℃ 5秒以及60℃ 4分钟，50次循环，进行测序循环。
FISH分析利用BAC/PAC/粘粒DNA，对SS患者和正常对照的分裂中期染色体和/或分裂间期细胞进行FISH分析。利用SpectrumGreenTM-11-dUTP或SpectrumOrangeTM-11-dUTP(Vysis，Downers Grove，IL)通过切口平移标记克隆的DNA，76℃变性10分钟。将探针-杂交混合物(10μl)作用于染色体上，37℃温育16小时，然后如前所述洗涤。利用配备带单波长激发滤光片的四片滤光器(a quad filter set)的ZeissAxioskop显微镜(84000，Chroma Technology Corp.，Brattleboro，VT)，进行荧光显微摄影。利用冷的CCD照相机(TEA/CCD-1317-G1，Princeton Instruments，Trenton，NJ)以及IPLab/MAC软件(Scanalytics，Inc.，Fairfax，VA)采集并合并图像。
患者及亲代样本在得到通知同意后，从单一发生的索托斯综合症患者的外周血白细胞或类淋巴母细胞系提取DNA。还从几个病例的亲代采集了样本。除一名患者(日本-巴基斯坦人)以外，所有患者都是日本人出身。实验方案经Ethical Committee for Gene Research of NagasakiUniversity School of Medicine批准。
突变分析利用PCR扩增包括编码区的22个NSD1外显子(外显子2-23)。在包含1×PCR缓冲液(含1.5mM MgCl2)、0.2mM每种dNTP、1μM每种引物以及2.5U TaqGold聚合酶(PE Applied Biosystems)的50μl体积中进行PCR，95℃ 30秒、50℃ 30秒、72℃ 1分钟，循环35次。
利用QIAquick PCR纯化试剂盒(Qiagen，Chatsworth，CA)纯化PCR产物，用BigDye Terminator化学法通过如前所述标准程序(PEApplied Biosystems)进行双链测序。
RT-PCR分析利用Trizol试剂(Gibco-BRL，Gaithersburg，MD)，从患者及正常对照建立的类淋巴母细胞系制备总RNA。
利用随机六聚体以及SuperscriptTMRT-PCR第一链合成系统(Gibco-BRL)，按照厂家规程进行反转录。使用引物NSD1PT1F5’-ATTTGTGAATGAGTATGTGG-3’(nt 5898-5917)以及NSD1RT1R5’-CTAAAACACTCATCTTCTCG-3’(nt 6349-6368)，退火温度48℃，进行35个循环，利用PCR扩增cDNA。PCR产物直接测序。
Genbank登录号人NSD1，AF395588；NSD2，XM 055926；FGFR4，XM 030308；JAZ，XM 012279；小鼠Nsd1，NM 008739；BAC克隆CTC-286c20，AC027314，CTC-549a4，AC008570。
表1索托斯综合症患者中鉴定的NSD1突变以及NSD1的SNPs
SNP，单核苷酸多态性；*，由FISH数据估计实施例2接下来，利用包含序列表的序列5和6的探针，检测受试者是否为索托斯综合症患者。利用与实施例1相同的方法进行FISH分析。
具体地，利用RPCI-11 147K7和RPCI-11 1006E8进行FISH分析。可以容易地从基因组数据库中获得RPCI-11 147K7和RPCI-11 1006E8。
其结果为，60％的索托斯综合症患者中确认有缺失。因此，人们发现利用此探针可以进行基因诊断。
最后，可按类似方法，可以类似的方式利用FISH分析确诊患者是否患有索托斯综合症，其中将本发明有关NSD1区的核酸用作探针。
本发明的核酸和利用该核酸的探针具有有利作用，可用于基因诊断和基因治疗。
特别地，根据本发明利用荧光原位杂交，不使用RI设备，操作程序简单，更为出色的一点是短时间(2天)内在染色体带上精确进行详细定位，故也可用于快速、安全的基因诊断。
序列表<110>head of university of nagasaki<120>核酸、包含该核酸的探针以及利用该探针的筛选方法<130>U2001P165<160>4<210>1<211>39726<212>核酸<213>人类染色体<400>1tttgatgatg ggttctgcct ttgccatttc agacacattt tctataaatc aagctagctg 60aatctacagc tctggagggt tttttttttt ttttttttga gacagaatct cgctctgtca 120cccaggctgg agtgcactga tgtgatcttg ggtcactgca acctctgcct cccggcttca 180agagattctc ctacctaagc ctgccaagta gctgggatta caggcgtgca ccaccacgct 240cagctaattt ttgtagtttt agtagagagg ggatttcgcc atattggcca ggctggtttc 300aaactcctga cctcaagtga tctgcccacc tcggcctccc aaagtgctgg gattacaggc 360gtgagccacc agacctggcc tctgggtttt tttttttttt tttgagacag agccttacta 420tgtcacccag gctggagtgc agtggcgcga tctcagctca ctgcaacctc cgcctcccgg 480gttcaagcga ttcttctgtc tcagcctccc gagtagctgg gactacaggt gcccgccacc 540acgcccagct aatttttgta tttttagtag agacagggtt tcaccgtgtt agccgggatg 600gtcttgatct cctgaccttg tgatctgccc gctttggcct cccaaagtgc tgggattaca 660ggcgtgagcc accgtgtccg gccaacgccc agctaatttt ttgtagagat gaggtttcgt 720tgcccagtct ggtcttcaac tcctgccctc cagtgatcca 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