专利名称：一种利用高通量测序技术发现新转录本的方法真核生物转录组的情况是非常复杂的，其中有大量的重叠转录本、转录的基因间区序列和大量的非编码RNA。过去十几年的研究转录组的技术有EST、芯片技术、SAGE、MPSS等。随着近几年测序技术的发展，新一代测序仪为主的RNA-Seq技术成为人们研究转录组的主要方法。RNA-Seq技术的最大特点就是它能够提供其他方法无法比拟的数据通量，其中包括大量的表达丰度非常低的转录本信息，能够尽可能的深度挖掘出转录组的信息，从而对整个转录组的情况得到更加全面的了解，在最大程度上揭示出转录情况的真实面貌。目前，根据不同的RNA提取方法，可以将RNA-seq技术分成两类:mRNA-Seq及rmRNA-seq技术。两项技术在实验流程上的主要差别在于，前者用Poly (T)寡聚核苷酸从总RNA中提取全部带Poly (A)尾的RNA，主要部分是编码基因所转录的mRNA ;而rmRNA-seq提取的是total RNA，除了编码基因转录的mRNA，还有一些IncRNA，snRNA等等。通过比较这两项技术的实验结果，不难发现一些新的未注释的转录本。针对其中表达丰度比较高的转录本，可以设计实验证实其功能，从而发现一些新的具有生物学意义的IncRNA, snRNA等坐寸ο
本发明对同 一样本分别采用mRNA-seq及rmRNA-seq技术获得转录组全基因组数据。结合NCBI上公开发表的全基因组注释信息，把测序获得的表达谱Tag定位到基因组上。比较基因组区域两种技术获得的表达谱数据，做统计分析找出有显著差异的区域(附图中显示了两种技术结果中差异的部分)。其中尚未注释的差异区域可能是新的转录本。针对其中表达丰度比较高的转录本，我们设计RT-PCR验证这些区域的生物学功能。图1两种技术检测到的基因组区域数目比较条形2rmRNA_seq技术检测到的550kb左右的非编码区


本发明旨在提供一种检测基因组中尚末注释的新转录本的方法。该方法对同一样本分别采用mRNA-seq及rmRNA-seq技术获得转录组全基因组数据。比较基因组区域两种技术获得的表达谱结果，做统计分析找出有显著差异的区域。针对其中表达丰度比较高差异区域，设计RT-PCR验证其生物学功能。此发明可以很好的应用于高通量筛选基因组中新转录本。