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大环内酯抗感染药物制作方法

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    大环内酯抗感染药物制作方法
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    本发明涉及扩大红霉素样抗生素清单的抗菌化合物更具体的,本发明涉及含有至少在C-13的取代基处修饰的红霉内酯核的大环内酯抗生素
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专利名称:大环内酯抗感染药物的制作方法 人们认识到获得对现在已知的抗生素化合物的抗性的微生物菌株数量递增,是对公众健康的一种威胁。随着这些化合物的使用激增,用于治疗各式各样微生物引起的病情的选择需要也越来越大。对于抗微生物化合物的更大需要超过了人类感染的治疗,并扩展到保存食物和其他易腐货物的需要。新的抗生素对于抗性植物和动物也是必需的,并且对会受到微生物腐蚀的物质提供保护。因此,清楚的需要扩大能提供多方面防御不良微生物活动的化合物的武库。1998年3月12日出版的WO98/09978(在此引入以供参考)公开了红霉素的修饰形式,它们在3-位没有克拉定糖,在大环内酯环的9-12位用各种方法衍生。类似的,1998年5月12日提交的美国专利号5,750,510(在此引入以供参考)公开了修饰的红霉素衍生物。天然存在的红霉素具有结构 其中R’可以是H或OH,R″可以是H或CH3。上述引用的专利文献中公开的所有化合物在大环内酯环的13位都具有乙基。本发明发现改变13位的取代基导致许多具有优异抗菌活性的化合物。发明公开本发明涉及含有修饰的天然结构的红霉内酯衍生物。本发明的所有化合物都至少在13位被修饰,在11和12位有一个环。因此,在一个方面,本发明涉及下式的化合物 其中Ra是H;取代或未取代的烷基(1-10C);取代或未取代的链烯基(2-10C);取代或未取代的炔基(2-10C);取代或未取代的芳基(4-14C);取代或未取代的芳烷基(5-20C);或ORa可被H替换; Rb是H或卤素;Rc是H或保护基团;Rd是甲基;未取代的烷基(3-10C);取代的烷基(1-10C);取代或未取代的链烯基(2-10C);取代或未取代的炔基(2-10C);取代或未取代的芳基(4-14C);取代或未取代的芳烷基(5-20C);取代或未取代的芳基链烯基(5-20C);取代或未取代的芳基炔基(5-20C);取代或未取代的酰氨基芳烷基(5-20C);取代或未取代的酰氨基芳基链烯基(5-20C);或取代或未取代的酰氨基芳基炔基(5-20C);Re是H或保护基团;L是亚甲基或羰基;T是-O-、-N(R)-、-N(OR)-、-N(NHCOR)-、-N(N=CHR)-、或-N(NHR)-,其中R是H或Ra如上定义,条件是当L是亚甲基时,T是-O-;Z和Y之一是H,另一个是OH或保护的OH,或氨基,单-或二烷基氨基,保护的氨基,或氨基杂环或Z和Y合起来是=O、=NOH或衍生的肟;包括任何其药物学上可接受的盐和任何立体异构形式,及其立体异构形式的混合物。
在另一个方面,本发明涉及含有式(1)-(3)的化合物的药物或防腐组合物,以及施用这些化合物治疗感染性疾病,或提供它们保存物质的方法。
附图简述

图1显示了本发明化合物的中间物的合成图。
图2显示了从这些中间物合成化合物的图解。
图3显示了从中间物(7)合成本发明化合物的另选图解。
图4a和4b显示了本发明化合物合成图。
图5显示了显示了本发明化合物(其中T是-O-)的合成图。
图6显示了红霉素的PKS后生物合成。在本发明中如图1所示使用了该途径。
图7显示了式(4)的中间化合物(其中Ra是甲基)的合成。
图8显示了式(6)的中间化合物及其10,11-脱水形式的合成。
图9显示了式(6)的中间化合物(脱水形式)(其中ORa被H替换)的合成。
图10说明了15-叠氮基红霉素A转化成15-酰氨基红霉素。
图11说明了15-酰氨基红霉素A转化成相应的15-酰氨基-6-O-烷基-酮内酯(ketolide)11,12-环氨基甲酸酯。
图12显示15-酰氨基-6-O-烷基-酮内酯11,12-环氨基甲酸酯的特别优选例的结构。在此,X可以是H或F。
图13说明15-乙烯基红霉素A转化成相应的15-乙烯基-6-O-烷基-酮内酯(ketolide)11,12-环氨基甲酸酯,以及在C2位的任选氟化。
图14说明芳基与15-乙烯基-6-O-烷基-酮内酯的乙烯基连结,形成15-(2-芳基乙烯基)酮内酯,以及任选的氢化形成15-(2-芳乙基)酮内酯。
图15显示15-(2-芳基乙烯基)-6-O-甲基-酮内酯11,12-环氨基甲酸酯和15-(2-芳基乙烯基)酮内酯11,12-环氨基甲酸酯的特别优选例的结构。在此,X可以是H或F。
图16显示通过烯烃置换合成15-乙烯基酮内酯。
实施本发明的方式可联合合成化学技术和与基因工程改造的微生物有关的微生物过程方便的合成本发明的化合物。简单说,在实施本发明的优选模式中,用重组表达系统提供了一种微生物宿主,优选本身不产生大环内酯抗生素的宿主,用于产生修饰的6-脱氧红霉内酯B(6-dEB),在某些情况下其表达系统将会通过在第一组件中的酮合成酶部分催化功能域的分裂而改变。对于Rd是甲基的取代基,用不具有酮合成酶部分分裂的功能域的宿主细胞。在6-dEB聚酮化合物合成酶(PKS)中的这一改变使得该PKS不能利用其天然起始单元,从而能在导致修饰的6-dEB的反应序列中包容合成的二酮化合物硫酯用于起始缩合产物,而不用与天然产生的二酮化合物竞争。因此,该重组宿主可提供一种合成的二酮化合物硫酯用于掺入得到的聚酮化合物中。将这一二酮化合物掺入得到的聚酮化合物,得到在13位具有可按需选择的取代基的聚酮化合物。制备该合成性聚酮化合物硫酯的优选方法在申请中的1999年1月27日提交的美国系列申请号60/117,384和2000年1月27日提交的09/492,733中列出,在此引入以供参考。
1997年1月28日出版的PCT申请WO97/02358和1999年1月28日出版的WO99/03986描述了在第一组件(KS1)中含有失活的酮合成酶(KS)结构域的6-dEBPKS的重组形式,和经修饰的含有该PKS表达系统的合适生物体,在此引入以供参考。
然后如需要,从重组修饰的生物体中分离并纯化出修饰的PKS表达得到的聚酮化合物,将其喂给红色糖多孢菌(Saccharopolyspora erythraea),它具有聚酮化合物后修饰功能,包括糖基化。其他修饰包括在6和/或12位羟基化。然后分离得到的修饰红霉素并进行化学修饰,获得本发明的化合物。WO98/09978和美国专利号5,750,510描述了提供这些修饰的合成方法,在此引入以供参考。
图1显示了合成本发明化合物的中间物的通用方法。
图2显示了从本发明的中间物合成化合物的方法。
得到的抗感染化合物在体外和体内对于一组代表性微生物都具有活性。因此,本发明的化合物展示了专一性上的充分多样性,覆盖所需的抗生素活性谱。
为了用于治疗感染性疾病,将本发明的化合物配制成合适的组合物,它将包括典型的赋形剂,如果化合物是盐,还包括药物学上可接受的平衡离子;如需要,还包括其他添加剂,如抗氧化剂、缓冲剂等,并施给动物或人。适用于这些化合物的制剂类型与一般的大环内酯抗生素的类似。可在例如Remington’sPharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,最新版中发现这些制剂。可用任何需要的途径(包括注射、口腔给药、透皮给药、透粘膜给药或任何组合)施用化合物。如需要,本发明的化合物还可与其他活性成分一起施用。
本发明的化合物具有上面提出的式(1)-(3),以及所示的这些化合物的任何立体异构形式。描述的具体的立体异构体是从上述合成的优选方法得到的,并在文中例证;然而,通过修改PKS的表达系统,或通过改变二酮化合物的手性,或通过合成化学转化,还可制备其他异构体。还可在取代基中存在附加的手性中心,如Rd和Rf。这些异构体可作为混合物施用,或可如本领域已知那样分离和利用各异构体。
式(1)-(3)的化合物的性质由取代基Ra-Re、L、T、Y和Z限定。下文列出了这些取代基的优选例。它们含有如下限定的基团“卤素”包括氟、氯、溴和碘,最优选是氟。
“烷基”指饱和直链、支链或环烃基,含有特定数目的碳,并可含有一个或多个合适的杂原子;类似的,链烯基和炔基指直链或支链或环状烃类取代基,分别含有一个或多个双键或一个或多个三键,并含有一个或多个合适的杂原子。
“芳基”指芳族取代基,可能含有一个或多个杂原子,如苯基、萘基、喹啉基、或菲基。
“芳烷基”、“芳基链烯基”、或“芳基炔基”指取代基,其中芳基分别通过烷基、链烯基或炔基键合与被取代的基团连接。在芳烷基、芳基链烯基或芳基炔基中的碳数目也被限定。
“酰氨基芳烷基”、“酰氨基芳基链烯基”、或“酰氨基芳基炔基”指取代基,其中芳基分别通过酰氨基和烷基、链烯基或炔基键合与被取代的基团连接。在酰氨基芳烷基、酰氨基芳基链烯基或酰氨基芳基炔基中的碳数目也被限定。
因此,本文限定的取代基中包括“杂烷基”、“杂链烯基”、“杂炔基”、“杂芳基”、“杂芳烷基”等。合适的杂原子包括N、O和S。
所有前述取代基可以是未被取代或被进一步取代。典型取代基包括R、-OR、-SR、-NR2、-COR、-COOR、-CONR2、-OOCR、-NRCOR、-OCONR2、-CN、-CF3、-NO2、-SOR、-SO2R、卤素,其中各R分别是H或烷基、链烯基、炔基、芳基、芳烷基或如上定义的这些基团的杂形式。另外、烷基、链烯基和炔基可被芳基或杂芳基取代,它们本身还可被进一步取代。芳基和杂芳基还可被烷基、链烯基或炔基、或其他芳基或杂芳基取代。
“衍生的肟”是式=N-O-R,其中R不是H,并如上限定。
羟基的“保护基团”包括酰基、甲硅烷基等。在Greene,T.W.等,Protect Groupsin Organic Synthesis,第二版,John Wiley & Sons,Inc.(1991)中描述了合适的取代基,在此引入以供参考。
本发明包括如上限定的更优选的实施例。Rd优选是丁基、戊基、甲氧基乙氧基甲基、异丁基、甲基环己基、苯基、苄基、乙基苯基、3-(苄氧基)丙基、2-(嘧啶-2-基硫代)乙基、丙基、氟乙基、氯乙基、乙烯基、3-丁烯基或叠氮基乙基,更优选的是丙基、氟乙基、氯乙基、乙烯基、3-丁烯基或叠氮基乙基。1999年1月27日提交的美国专利号60/117,384和2000年1月27日提交的美国专利号09/492,733(都在此引入以供参考)描述了各种寡酮化合物硫酯,优选二酮化合物硫酯,可在C-13位掺入。可将文中所述的二酮化合物硫酯掺入本发明的化合物,并确定C-13位的优选Rd基团。
在另一个优选例中,Ra是H或低级C1-C3烷基,更优选的是甲基。Ra还优选芳基链烯基或芳基炔基,如3-芳基丙-2-烯基或3-芳基丙-2-炔基。在优选的芳基链烯基或芳基炔基实施例中优选的芳基是3-喹啉基、4-喹啉基、5-喹啉基、苯基、4-氟苯基、4-氯苯基、4-甲氧基苯基、6-喹啉基、6-喹噁啉基、6-氨基-3-喹啉基、或4-异喹啉基。
当T-L-O形成氨基甲酸酯环时,特别优选在氨基甲酸酯氮(R)、6-O位(Ra)、和13位(Rd)上取代基的组合。在第一个优选组合中,Ra优选芳烷基、芳基链烯基或芳基炔基;R优选H或取代或未取代的低级烷基;Rd优选取代或未取代的烷基。在这些化合物中,Ra更优选是芳丙基、芳基丙-2-烯基、或芳基丙-2-炔基;R更优选是氢或甲基;和Rd更优选是丙基、氟乙基或氯乙基。
在第二个优选组合中,Ra是H或取代或未取代的低级烷基;R优选芳烷基、芳基链烯基或芳基炔基;和Rd是取代或未取代的烷基。在这些化合物中,Ra更优选是甲基;R更优选是芳丙基、芳基丙-2-烯基或芳基丙-2-炔基;和Rd更优选是丙基、氟乙基或氯乙基。
在第三个优选组合中,当Rd是未取代的、能进一步衍生化的取代基(如链烯基或炔基或其他基团,如叠氮基烷基)时,优选Ra是氢或取代或未取代的低级烷基;R是H或取代或未取代的低级烷基;Ra更优选是H或甲基,R更优选是H。说明性的不饱和取代基,Rd更优选是乙烯基、炔丙基或丁烯基,和其他可衍生的取代基,包括叠氮基乙基。可用本发明的方法容易的衍生这些化合物,从不饱和取代基形成芳烷基、芳基链烯基或芳基炔基取代基,从叠氮基取代基形成酰氨基芳烷基、酰氨基芳基链烯基、或酰氨基芳基炔基取代基。
图12和15显示了优选的15-酰氨基酮内酯、15-乙烯基酮内酯和其他优选的芳基取代酮内酯。
另外,在化合物(1)的一个实施例中,T不是(N-R)。在另一个化合物(1)的实施例中,T-L-O不形成氨基甲酸酯环。
本发明化合物的合成如上所述,优选通过将合适的二酮化合物喂给经修饰的微生物(含有剔除了KS1的6-dEB PKS表达系统)或能在C-13位提供甲基的宿主细胞,然后将得到的聚酮化合物喂给红色糖多孢菌重组菌株(已经改变,不产生6-dEB),制备用于任何进一步化学合成的本发明的抗生素起始材料。可制备能羟基化6-和12-位或仅羟基化12-位的菌株。在后一种情况中,-H替换了-ORf。通过用含有突变的eryA1序列(编码失活的KS1结构域)的质粒转化产生高水平红霉素A的红色糖多孢菌菌株,获得了重组红色糖多孢菌K40-67。通过同源重组,现在得到的转化株不能产生作为底物聚酮化合物竞争物的6-dEB,而是在链霉菌或其他产聚酮化合物转化株产生的修饰聚酮化合物的6-位和12-位羟基化,3-位和5-位糖基化。如果大环内酯仅有12-位羟基化,而不需要6-位羟基化(ORf被H替换),可通过打断菌株K40-67中的eryF羟化酶基因来构建红色糖多孢菌菌株。另外,可使eryK基因失去功能,可容易产生化合物(1)-(3)的实施例。
式(1)-(3)的化合物的形成需要产生在12-位具有羟基的红霉内酯。起始物质可包括化合物(4)-(6)的任一个 产生红霉素的糖基化反应生成与本文式(4)中列出化合物类似的二糖基化形式。如果式(4)的化合物要从最初产物制备,那么需要保护克拉定糖环(与3位连结)的羟基,以适于大环内酯取代基的随后修饰。
本发明修饰的红霉素除了在C-13位修饰外,还在6位含有-OH,除非如上述ORa被H取代。为了最终构建式(1)、(2)和(3)的化合物(其中6位是ORa),提供了具有保护基团的式(I)(图1)的化合物,具有保护基团,形成Rc和Re的一个实施例。用合适的保护试剂这些保护是有效的,如乙酸酐、苯甲酸酐、氯甲酸苄酯、六甲基二硅氮烷、或三烷基甲硅烷基氯在非质子溶液中实现。合适的非质子溶剂包括二氯甲烷、氯仿、四氢呋喃、N-甲基吡咯烷酮、二甲亚砜(DMSO)、二甲基甲酰胺(DMF)等。还可用混合物。式(I)中两个糖羟基的保护可同时或先后进行。
除了保护两个糖残基的2’和4″羟基外,也必须保护大环内酯环9位的酮基。通常这是通过将酮基转化成衍生的肟实现的。式=NOR中R的特别优选例包括未取代或取代的烷基(1-12C)、取代或未取代的芳基(6-10C)、烷基(1-12C)、取代或未取代的杂芳基(6-10C)、烷基(1-12C)、和杂烷基(例如式CR’2OR的取代基,其中各R’,除了上述的R分别例证的那样,可与其他合起来形成环烷基环(3-12C))。优选衍生的肟是式=NOR,其中R是异丙氧基环己基。
9-酮基和2’和4″羟基受到保护后,可以通过与烷基化试剂在碱存在下反应,烷基化式(1)化合物的6-羟基。烷基化试剂包括烷基卤化物和磺酸酯。例如,烷基化试剂可包括甲苯磺酸甲酯、2-氟乙基溴、肉桂基溴、巴豆基溴、烯丙基溴、炔丙基溴等。在碱(如氢氧化钾、氢化钠、异丙醇钾、叔丁醇钾)和非质子溶剂存在下进行烷基化。
烷基化试剂的选择视要包括的取代基Ra的性质而定。如上所述,Ra可以是取代或未取代的烷基(1-10C)、取代或未取代的链烯基(2-10C)、或取代或未取代的炔基(2-10C)。特别优选的是未取代的烷基、链烯基或炔基,或这些基团的取代形式,其中取代基包括一个或多个卤素、羟基、烷氧基(1-6C)、氧代、SO2R(1-6C)、N3、CN和NR2,其中R是H、取代或未取代的烷基(包括环烷基)(1-12C)、取代或未取代的链烯基(包括环链烯基)(2-12C)、炔基(包括环炔基)(2-12C)、取代或未取代的芳基(6-10C),包括上述的杂形式。
特别优选的是甲基、烯丙基和乙基。
一旦完成了6-羟基的烷基化,糖基和大环内酯环可去保护。糖苷部分的去保护如Green,T.W.等,Protect Groups in Organic Synthesis,下文所述。类似的条件导致将衍生的肟转化成=NOH。如果未衍生的肟的形成不与去保护同时发生,可单独进行肟的转化。
然后可脱肟并用本领域已知的标准方法转化成酮基。脱肟剂包括无机的硫氧化物,如亚硫酸氢钠、焦硫酸钠、硫代硫酸钠等。就此,可使用质子性溶剂,如水、甲醇、乙醇、异丙醇、三甲基硅烷醇和它们的混合物。一般说,在有机酸存在下进行脱肟反应。
过程中在该点或以后,式(4)的化合物被转化成下文进一步描述的式(5)或(6),或化合物(1)-(3)任一的化合物后,可进一步操作在6-羟基引入的基团。最初取代可方便的提供6-O-烯丙基(即O-CH2CH=CH2),它可进一步通过还原衍生化,得到6-O丙基化合物,或用四氧化锇处理,得到2,3-二羟基丙基化合物,它可进一步在各氧原子上酯化。还可用间氯过氧苯甲酸在非质子溶剂中氧化O-烯丙基衍生物,得到环氧化合物,它可用胺或含N的杂芳基化合物开环,得到含N的侧链的化合物,或可在Wacker条件下氧化,得到取代基O-CH2-C(O)-CH3,或可臭氧化得到醛。然后可将醛转化成肟,或与合适的胺反应,并在氢硼化合物还原剂的存在下还原,得到胺。还可通过与脱水试剂在非质子溶剂中反应将肟转化成腈。还可使O-烯丙基与芳基卤在Heck条件(Pd(II)或Pd(O),膦和胺或无机碱)下反应,得到3-芳基丙-2-烯基衍生物。然后用氢气和钯碳还原该衍生物,得到3-芳基丙基衍生物。如果最初取代基Ra是2-丙炔,可用类似反应改变侧链,包括芳基化。
为了将式(4)的化合物转化成式(1)的化合物,通过首先除去克拉定糖部分,用弱酸水溶液或去糖苷酶处理式(4)的化合物。合适的酸包括盐酸、硫酸、氯乙酸、三氟乙酸等的醇溶液。反应时间通常是0.5-24小时,温度是-10-35℃。在该反应过程中,如上所述保护留下的糖的2’基团,然后在去克拉定糖反应后去保护。然后将得到的大环内酯环3-位的羟基用改良的Swern氧化法氧化成酮。在该方法中,使用氧化剂,如N-氯琥珀酰亚胺-二甲硫醚或碳化二酰胺-二甲亚砜。通常,在氯化溶剂如二氯甲烷中,-10-25℃下在预形成的N-氯琥珀酰亚胺和二甲硫醚复合物中加入式(4)的化合物。搅拌0.5-4小时后,加入叔胺(如三乙胺),产生相应的酮,然后除去2’保护基团。
为了在2位卤化大环内酯(将Rb从H转化到卤素),用碱和亲电卤化剂(如全溴吡啶鎓或N-氟苯磺酸)处理式(6)的化合物(其中Rb=H)。在制备了3酮化合物后,可在任何时候卤化2位,优选在11,12环形成后。
可进一步操作C-13位的合适取代基,如乙烯基(vinyl)、次乙基(ethenyl)、丁烯基或叠氮基。例如,可用芳基乙酰氯衍生本发明化合物的酰胺基乙酸盐,在C-13位上(如图10所示)得到芳基氨基烷基。优选叠氮基的C13衍生在酮化合物形成前发生。链烯基如次乙基的衍生化可在酮化合物形成前或后发生,优选在11,12环形成之后,如图14和16所示。
为了获得式(5)的化合物,用脱水剂(如羰基二咪唑和碱)处理从式(4)去糖基化反应得到的化合物。
然后可从中间物(4)-(6)制备中间物(7)-(9)。 应注意12-羟基的存在是必需的。糖部分的羟基如上被保护,然后使得到的保护的化合物与六甲基二硅氮烷化钠和羰基二咪唑反应,进行脱水,获得10-11位的π键和12-羟基的衍生,在化合物(7)-(9)所示的大环内酯环中提供了官能团。图2说明了从化合物(4)到化合物(9)的第一步反应顺序。
化合物(7)-(9)与氨的水溶液反应得到式(1)-(3)的化合物(其中L是羰基,T是NH),如图2对于化合物(9)和(3)的第二步中所示。
使化合物(7)-(9)和式H2NR、H2NOR、H2NNHCOR、H2NN=CHR或H2NNHR(其中R是H或Ra)的化合物反应,得到相应的式(1)-(3)的化合物(其中T是如Rf取代基所述衍生的氮,包括-R、-OR、-NHCOR、-N=CHR或-NHR)。在图2中,Rf是H,因为使用了氨。这些是式(10)-(12)的化合物 其中Rf代表如上所述氮上的取代基。图3类似的描述了化合物(7)与H2NRf的反应,形成化合物(10)。制备是按照Baker等,J Org Chem(1988)532340描述的方法,在此引入以供参考。特别是,用式H2N-Rf的氨基化合物处理化合物(7),形成环状氨基甲酸酯,其中Rf如上所述。可如上所述对保护的2’-羟基去保护。
可用其他或另外的方法制备化合物(10)-(12),其中Rf不是H。
例如,式(10)-(12)的化合物(其中Rf是H)可与烷基化试剂(式R-卤素)反应,用烷基替换环上氮上的氢。
另外,在T的氮上不含作为取代基的酰基的化合物(10)-(12)可通过用酰基化试剂处理所述化合物(10)-(12)而形成,这些酰基化试剂选自R(CO)-卤素或(RCO)2O,得到化合物(7)-(9),其中T是-N-,Rf是-NH-COR。
用醛R-CHO(其中R如前定义)处理化合物(10)-(12)(其中Rf是-NH2),得到化合物(10)-(12)(其中Rf是-N=CHR)。
用烷基化试剂(具有式R-卤素,其中R如前定义)处理化合物(10)-(12)(其中Rf是-NH2),得到化合物(10)-(12)(其中Rf是R)。
当然,如果环形成的底物是式(4)的化合物,则得到式(3)的化合物;可进行修饰,将式(3)的化合物如上所述转化成式(1)和(2)的化合物。在这些情况下,酮基可被衍生的肟保护。这些修饰包括通过酸水解除去克拉定糖基;氧化3-羟基;和对保护的羟基和酮基去保护。
根据说明性图解4a(图4a)所示的另选方法,用稀释的无机酸或有机酸如前所述对中间化合物(I1)(是红霉素A的9-肟化合物)进行酸水解,以除去克拉定糖基,得到中间化合物(I2)。然后通过与合适的取代的肟保护试剂反应,将肟化合物(I2)转化成保护的肟化合物(I3),其中V是=N-O-R1(其中R1是保护基团)。然后优选用三甲基甲硅烷基保护基团保护(I3)的3和2’-羟基,得到化合物(I4)。然后如上所述烷基化化合物(I4),得到化合物(I5),首先如上所述对化合物(I5)脱肟,然后用说明性图解2中所述从化合物(4)制备化合物(3)的方法,将脱肟产物转化成化合物(I6)。图4b显示然后去除化合物(I6)的保护,用前述方法氧化成3-酮内酯衍生物,本发明的化合物(10),其中L是CO,T是-NRf。中间化合物I6也可以去保护并脱水,形成本发明化合物(11),如图4b中所述。
如前所述,在形成化合物(1)-(3)后可操作6-位的取代基。例如,可制备化合物(10)(其中Ra是-CH2-CH-N-ORh,Rh是H或C1-C3烷基、芳基取代的C1-C3烷基、或杂芳基取代的C1-C3烷基)。在该方法中,用臭氧处理化合物(10)(其中Ra是-CH2-CH=CH2),形成化合物(10)(其中Ra是-CH2-CH=O)。
进一步用羟胺化合物(具有式NH2-O-Rh,其中Rh如前定义)处理化合物(10)(其中Ra是-CH2-CH=O);并可任选的去保护,并分离得到所需化合物。在上述优选例中,Rf是H。
在本发明的另一个实施例中,是制备化合物(10)(其中Ra是-CH2-CH2-NH-Ri其中Ri和与其结合的原子形成3-10元取代或未取代的杂环烷基环)的一种方法。
该方法包括用胺化合物(具有式-NH2-Ri,其中Ri如前定义)还原氨化化合物(10)(其中Ra是-CH2-CH=O);并可任选的去保护,分离所需化合物。
用Baker等J Org Chem(1988)532340(在此引入以供参考)所述的方法从化合物(4)-(6)制备式(1)-(3)的化合物(其中L是羰基,T是-O-,或其中L是亚甲基,T是-O-)。通过与羰基二咪唑和六甲基二硅氮烷化钠反应,首先将式(4)-(6)的2’或2’,4″-保护的化合物转化成环状羧酸酯。
化合物(13)-(15)代表了化合物(1)-(3),其中L是亚甲基,T是-O- 图5中的说明性图解5显示了具有式(6)的化合物转化成具有式(1)的化合物。图11和13说明了红霉素转化成酮内酯。
为了制备式(4)-(6)或式(1)-(3)的化合物(其中Z和Y之一是H,另一个是OH或保护的OH或是为上述的氨基衍生物),羰基或肟或衍生的肟用合适的还原剂还原。还可通过烷基化获得取代的胺。
还提供了本发明化合物合成的新方法。
示范性实施例用不同取代基定义了式(1)、(2)和(3)的化合物。表1表明了本发明范围内的化合物,它们是对于式(1),其中Rb是H、F、Cl或Br,L是CO,Rc是H;
对于式(2),其中Rc是H,L是CO;和对于式(3),其中Rc是H,L是CO,Re是H;

实施例下面的实施例是为了说明而不是要限制本发明。
在说明性图解和前面的公开内容中可见化合物号和命名。
在这些实施例中,在方法的第一通用步骤中,通过重组链霉菌宿主细胞的发酵制备了6-脱氧红霉内酯B(6-dEB)衍生化合物。
产生15-甲基-6-脱氧红霉内酯B和14,15-脱氢-6-脱氧红霉内酯B的发酵需要喂给发酵细胞合成的二酮化合物中间物。在实施例1中描述了这些合成的二酮化合物的制备。这些合成的二酮化合物是6-脱氧红霉内酯B合成酶(DEBS)的底物,该酶由于DEBS的组件1的酮合成酶结构域中的突变,不能作用于它的天然底物(丙酰CoA)。用天蓝色链霉菌(Streptomyces coelicolor)CH999中的质粒pJRJ2制备了该重组DEBS。美国专利号5,672,491中描述了天蓝色链霉菌CH999,在此引入以供参考。美国专利申请号09/181,833(在此引入以供参考)中描述了天蓝色链霉菌CH999的衍生物,天蓝色链霉菌K39-02,它经过基因修饰,含有ptpA基因,也可用于该目的。
质粒pJRJ2编码eryAI、eryAII和eryAIII基因;质粒中所含的eryAI基因含有KS1无效突变。KS1无效突变防止野生型基因产生的6-脱氧红霉内酯B的形成,除非提供外源底物。PCT出版物号99/03986和97/02358和1996年7月5日提交的美国专利申请号08/675,817;1997年7月17日提交的08/896,323和1999年5月14日提交的09/311,756(均在此引入以供参考)中描述了质粒pJRJ2和用该质粒制备新颖13-取代的红霉素的方法。可用发明人G.Ashley等2000年1月27日提交的PCT专利申请号PCT/US00/02397和美国专利申请号09/492,733(都要求了1999年提交的美国专利申请60/117,384的优先权,在此引入以供参考)提供的方法制备外源底物,并包括所述的化合物。还可使用除了ery基因外的PKS基因;合适的基因包括含有竹桃内酯和巨霉素PKS基因的KS1无效突变,如1999年10月8日提交的美国专利申请号60/158,305,1999年10月28日提交的09/428,517和1999年10月22日提交的PCT专利申请号US99/24478(分别在此引入以供参考)描述的那些。
实施例2中描述了天蓝色链霉菌CH999/pJRJ2和天蓝色链霉菌CH999/pCK7的发酵。可通过筛选分离发酵得到的6-脱氧红霉内酯产物。
然后将分离的产物加到红色糖多孢菌菌株的发酵肉汤中,产生本发明的其他有用的中间化合物。红色糖多孢菌菌株催化6-dEB衍生化合物的生物合成,以及糖残基与6-dEB衍生化合物的3和5位结合。这些菌株还含有功能性eryK基因产物,并可在12位羟基化6-dEB衍生化合物。菌株的不同在于是否产生功能性eryF基因产物。如果产生,生成的化合物在6位羟基化。如果不产生,就产生6-脱氧红霉素A衍生物。在实施例3中描述了这些红色糖多孢菌发酵,并从发酵肉汤中分离了红霉素A衍生化合物。
然后在本发明其他中间化合物的化学合成中将分离的产物用作中间物。对于含有6-羟基的红霉素A衍生物中间物,实施例4-6描述了烷基化该化合物,产生本发明的6-O-烷基中间物。这些反应的图解如图7所示。
实施例1二酮化合物硫酯的制备该实施例描述了用于制备喂给重组链霉菌宿主细胞的N-乙酰半胱胺硫酯(NAcS),来制备15-甲基和14,15-脱氢-6-脱氧红霉内酯B中间化合物的方法。在1999年1月27日提交的美国临时专利申请号60/117,384中也描述了下文描述的合成方案,在此引入以供参考。
因此,使(4S)-N-[(2S,3R)-2-甲基-3-羟基己酰基]-4-苄基-2-噁唑烷酮(制备方法D)和N-乙酰半胱胺(制备方法B)反应,制备了(2S,3R)-2-甲基-3-羟基己酸酯NAcS(制备方法E),用于制备15-甲基-6-脱氧红霉内酯B中间物。而N-乙酰半胱胺是从N,S-二乙酰半胱胺(制备方法A)制备的。(4S)-N-[(2S,3R)-2-甲基-3-羟基己酰基]-4-苄基-2-噁唑烷酮(制备D)是用(4S)-N-丙酰基-4-苄基-2-噁唑烷酮(丙酰基-NOx;制备方法C)制备的。
用类似方法,使(4S)-N-[(2S,3R)-2-甲基-3-羟基-4-戊酰基]-4-苄基-2-噁唑烷酮(制备方法F)和N-乙酰半胱胺(制备方法B)反应,制备了(2S,3R)-2-甲基-3-羟基-4-戊酸酯NAcS(制备方法G),后者用于制备14,15-脱氢-6-脱氧红霉内酯B中间物。(4S)-N-[(2S,3R)-2-甲基-3-羟基-4-戊酰基]-4-苄基-2-噁唑烷酮(制备D)是用(4S)-N-丙酰基-4-苄基-2-噁唑烷酮(丙酰基-NOx;制备方法C)制备的。
A.N,S-二乙酰半胱胺在1升3-颈圆底烧瓶(装有磁性搅棒、2个加样漏斗和pH电极)中加入半胱胺盐酸盐(50.0克)。加入水(300毫升),在冰上冷却搅拌好的溶液。加入8N NaOH,将pH调节到8.0。将乙酸酐(125毫升)置于一个加样漏斗,将8N KOH(350毫升)置于另一个加样漏斗。在半胱胺溶液中滴加乙酸酐,同时加入8N KOH,将反应pH维持在8+/-1。加完乙酸酐后,用1N HCl将pH调节到7.0,在冰上搅拌混合物75分钟。加入固态NaCl至饱和,用400毫升一份的CH2Cl2抽提溶液4次。合并有机抽提物,用MgSO4干燥,过滤,减压浓缩得到68.9克(97%产率)的淡黄色油,在4℃放置后结晶。
B.N-乙酰半胱胺N,S-二乙酰半胱胺(42.64克)置于2升圆底烧瓶中,其中装有磁性搅棒,溶于1400毫升水。用N2清洗烧瓶,混合物冷冻在冰浴中。加入氢氧化钾(49.42克),在惰性气氛下在冰上搅拌混合物2小时。用6N HCl将pH调节到7,加入固态NaCl至饱和。用500毫升一份CH2Cl2抽提混合物7次。合并有机抽提物,用MgSO4干燥,过滤,减压浓缩得到30.2克(96%产率)的产物。即将使用前蒸馏该物质,熔点138-140℃/7毫米汞柱。
C.(4S)-N-丙酰基-4-苄基-2-噁唑烷酮(丙酰基-NOx)在装有500毫升加样漏斗和搅棒的干燥1升三颈圆底烧瓶中装有20克(4S)-4-苄基-2-噁唑烷酮,用反口橡皮塞加盖,用氮气吹扫。用插管加入无水THF(300毫升),在-78℃干冰/异丙醇浴中冷却得到的溶液。在加样漏斗中用插管加入78毫升正丁基锂(1.6M的己烷溶液),以缓慢液流加到反应物中。用针筒迅速加入蒸馏过的丙酰氯(熔点77-79℃)8.0毫升。在干冰/异丙醇浴中搅拌反应物30分钟。
从冰浴中取出反应物,温至>0℃,并用50毫升饱和NH4Cl水溶液淬灭。在旋转蒸发器上将混合物浓缩成浆液。用250毫升一份的乙醚抽提浆液3次。合并有机抽提物,各用50毫升饱和NaHCO3水溶液和盐水洗涤,用MgSO4干燥,过滤并浓缩得到黄色油。该物质放置时结晶。用冷(-20℃)己烷研磨结晶一次,得到21.0克(80%产率)白色晶状物质,熔点41-43℃。
APCI-MSm/z=234(MH+),178,117.1H-NMR(360 MHz,CDCl3)δ7.2-7.4(5H,m);4.67(1H,m,H4);4.14-4.22(2H,m,H5);3.30(1H,dd,J=3,13Hz,苄基);2.89-3.03(2H,m,H2′);2.77(1H,dd,J=9,13,苄基);1.20(3H,t,J=7Hz,H2′)。
D.(4S)-N-[(2S,3R)-2-甲基-3-羟基己酰基]-4-苄基-2-噁唑烷酮在装有500毫升加样漏斗、低温温度计和搅棒的干燥2升三颈圆底烧瓶中装有19.84克N-丙酰基-噁唑烷酮,用反口橡皮塞加盖,用氮气吹扫。用插管加入无水二氯甲烷(100毫升),在干冰/异丙醇浴中冷却得到的溶液至-65℃。在加样漏斗中用插管加入100毫升三氟甲磺酸二丁基硼(1.0M的二氯甲烷溶液),将其以缓慢液流加到反应物中。用针筒滴加三乙胺,反应温度保持在-10℃。此后,将反应物移至冰浴中,0℃搅拌30分钟。此后,将反应物移至干冰/异丙醇浴中,冷却到-65℃。用针筒迅速加入丁醛(8.6毫升),搅拌反应物30分钟。
将反应物转移到冰浴中,在加样漏斗中加入100毫升1M磷酸盐水溶液,pH7.0(磷酸盐溶液由等摩尔量的磷酸一和二氢钾组成)。尽快加入磷酸盐溶液,同时将反应温度保持在10℃以下。然后在加样漏斗中尽快加入300毫升甲醇,同时将反应温度维持在10℃以下。最后在加样漏斗中加入300毫升2∶1甲醇∶30%过氧化氢。将其滴加并确保温度维持在10℃以下。加完后,搅拌反应物1小时。然后,在旋转蒸发器上除去溶剂,直到剩余浆液。用500毫升一份的乙醚抽提浆液4次。各用250毫升饱和碳酸氢钠水溶液和盐水洗涤合并的有机抽提物,然后用MgSO4干燥抽提物,过滤并浓缩得到淡黄色油。在SiO2上用2∶1己烷∶乙酸乙酯(产物Rf=0.4)层析该物质得到22.0克(85%产率)无色油状标题化合物。
APCI-MSm/z 306(MH+);1H-NMR(360MHz,CDCl3)δ7.2-7.4(5H,m,苯基);4.71(1H,m,H4);4.17-4.25(2H,m,H5);3.96(1H,m,H3′);3.77(1H,dq,J=2.5,7Hz,H2′);3.26(1H,dd,J=4,13Hz,苄基);2.79(1H,dd,J=9,13Hz,苄基);1.5-1.6(2H,m,H4′);1.3-1.5(2H,m,H5′);1.27(3H,d,J=7Hz,2′-Me);0.94(3H,t,J=7Hz,H6′)。
E(2S,3R)-2-甲基-3-羟基己酸酯N-乙酰半胱胺硫酯在130℃/7毫米汞柱下蒸馏N-乙酰半胱胺,得到室温下无色的液体。用反口橡皮塞密封装有500毫升加样漏斗和搅棒的干燥1升三颈圆底烧瓶,用氮气吹扫。然后用针筒装入10.7毫升N-乙酰半胱胺,用插管加入400毫升无水THF。用MeOH/冰浴冷却混合物。用针筒滴加正丁基锂(64毫升1.6M己烷),形成白色沉淀。搅拌30分钟后,用针筒滴加三甲基铝(51毫升2.0M己烷)。加入三甲基铝后反应物变澄清,并搅拌另30分钟。在该时期后,将20.5克(0.068摩尔)的(4S)-N-[(2S,3R)-2-甲基-3-羟基己酰基]-4-苄基-2-噁唑烷酮置于一层氮气下,并溶于100毫升无水THF;然后用插管以缓慢液流将该溶液转移到反应物中。得到的反应混合物变成黄绿色,并搅拌1小时。当薄层层析分析不再见到起始物质时(约1小时),反应完成。
用足量饱和草酸处理反应物,用pH试纸得到中性反应物(约90毫升)。然后在旋转蒸发器上除去溶剂,得到白色浆液。用250毫升一份的乙醚抽提浆液6次。合并有机抽提物,并用盐水洗涤,用MgSO4干燥,过滤并浓缩得到淡黄色油。在SiO2上用1∶1己烷∶EtOAc快速层析纯化硫酯产物,直到洗出4-苄基-2-噁唑烷酮。此时,将溶剂系统切换到100%EtOAc,得到二酮化合物硫酯的纯组分。合并产物组分,浓缩,得到14.9克(89%产率)的标题化合物。该化合物是实施例2中的丙基二酮化合物硫酯。
APCI-MSm/z 248(MH+);1H-NMR(360MHz,CDCl3)δ5.8(brs,1H);3.94(dt,1H),3.46(m,2H),3.03(dt,2H),2.71(dq,1H),1.97(s,3H),1.50(m,2H),1.37(m,2H),1.21(d,3H),0.94(t,3H)F.(4S)-N-[(2S,3R)-2-甲基-3-羟基-4-戊酰基]-4-苄基-2-噁唑烷酮在装有500毫升加样漏斗、低温温度计和搅棒的干燥的2升三颈圆底烧瓶中加入20.0克丙酰噁唑烷酮A,用反口橡皮塞密封,用氮气吹扫。加入无水二氯甲烷(100毫升),在甲醇/冰浴中冷却得到的溶液至-15℃。通过加样漏斗以缓慢液流加入三氟甲磺酸二丁基硼(100毫升1.0M的二氯甲烷溶液),该速率将反应温度保持在低于3℃。用针筒滴加二异丙基乙基胺(17.9毫升),再将内部温度保持在低于3℃。然后将反应用干冰/异丙醇浴冷却到-65℃。用针筒经5分钟加入丙烯醛。在加完后搅拌反应物30分钟。
然后将反应物转移到冰浴中,在加样漏斗中加入120毫升(0.1摩尔)1M pH7.0的磷酸盐溶液(磷酸溶液由等摩尔量的一元和二元磷酸盐构成)。尽快加入磷酸盐溶液,同时维持反应温度低于10℃。然后尽快在加样漏斗中加入400毫升甲醇,同时将反应温度维持在10℃以下。最后,在加样漏斗中加入400毫升2∶1甲醇∶30%过氧化氢(滴加,保持温度在10℃以下)。搅拌反应物1小时。用旋转蒸发器除去溶剂,剩下浆液。用500毫升一份乙醚抽提浆液4次。合并有机抽提物,各用250毫升饱和碳酸氢钠和盐水洗涤,然后用MgSO4干燥,过滤并浓缩得到淡黄色油。用己烷研磨引起结晶。加入己烷从乙醚中重结晶,得到13.67克(55%产率)的产物。
1H-NMR(360MHz,CDCl3)δ7.2-7.4(m,5H);5.86(ddd,1H),5.35(dt,1H),5.22(dt,1H),4.71(m,1H),4.51(m,1H),4.21(m,2H),3.89(dq,1H),3.26(dd,1H),2.80(dd,1H),1.25(d,3H)。
G.(2S,3R)-2-甲基-3-羟基-4-戊烯酯N-乙酰半胱胺硫酯在130℃/7毫米汞柱下蒸馏N-乙酰半胱胺,在室温下得到无色液体。用反口橡皮塞密封装有500毫升加样漏斗和搅棒的干燥、1升三颈圆底烧瓶,用氮气冲洗。然后在烧瓶中用针筒装入7.5毫升N-乙酰半胱胺,用插管加入500毫升无水THF。然后用MeOH/冰浴冷却反应物。用针筒滴加丁基锂(44毫升1.6M的己烷溶液)。随着正丁基锂的加入,形成白色沉淀。搅拌30分钟后,用针筒滴加35.5毫升(0.071摩尔)三甲基铝(2.0M己烷溶液)。反应物在加入三甲基铝后变澄清,再搅拌30分钟。在氮气下加入来自制备方法F的(4S)-N-[(2S,3R)-2-甲基-3-羟基-4-戊酰基]-4-苄基-2-噁唑烷酮,溶于50毫升无水THF,然后将该溶液以缓慢液流用插管转移到反应物中。得到的反应混合物变成黄绿色,搅拌1小时。当用薄层层析看不到起始物质时(约30分钟),判断反应完成。
加入足量饱和草酸(约60毫升),用pH试纸测试得到中性反应物。然后用旋转蒸发器除去溶剂,得到白色浆液。用250毫升乙醚一份抽提浆液6次。合并有机抽提物,用盐水洗涤,用MgSO4干燥,过滤,浓缩得到淡黄色油。然后在SiO2上用快速层析纯化硫酯。用1∶1己烷∶乙酸乙酯淋洗,直到噁唑烷酮洗出。此时,淋洗液换成100%EtOAc,洗出纯产物组分。合并组分并浓缩,得到7.7克(71%产率)的标题化合物产物。该产物在实施例2中称为乙烯基二酮化合物硫酯。
1H-NMR(360MHz,CDCl3)δ5.82(ddd,1H),5.78(br s,1H),5.32(dt,1H),5.21(dt,1H),4.47(m,1H),3.45(m,2H),3.04(m,2H),2.81(dq,1H),1.96(s,3H),1.22(d,3H)。
实施例2红霉内酯的制备A.15-甲基-6-脱氧红霉内酯B(化合物P、Rd=丙基)在1997年7月17日提交的美国专利申请号08/896,323和1996年7月5日提交的08/675,817(分别在此引入以供参考)中描述了天蓝色链霉菌CH999/pJRJ2。质粒pJRJ2编码DEBS的突变形式,其中组件1(KS1)的酮合成酶结构域通过诱变被灭活(KS1°)。喂给含有该质粒的天蓝色链霉菌菌株实施例1的(2S,3R)-2-甲基-3-羟基己酸-N-乙酰半胱胺(制备方法E,丙基二酮化合物)产生15-甲基-6-脱氧红霉内酯B。
融化1毫升小瓶CH999/pJRJ2工作细胞库,将小瓶内容物加到250毫升有挡板的烧瓶中的50毫升接种培养液1中。烧瓶置于维持在30±1℃和175±25RPM的温箱/摇床中48±10小时。然后将50毫升培养物加到2.8升有挡板的烧瓶中,该烧瓶中含有500毫升接种培养液1。该烧瓶在30±1℃和175±25RPM下在温箱/摇床中培养48±10小时。将该500毫升培养物等分在10个2.8升的有挡板烧瓶中,各含有500毫升接种培养液1。然后所有烧瓶如前述培养。
用100升生产培养液1在121℃灭菌45分钟,准备了150升发酵罐。培养后,将所有10升烧瓶合并在5升无菌培养瓶中,无菌加到150升发酵罐中。将发酵罐控制在30℃,加入2.5N H2SO4和2.5N NaOH控制在pH6.5,以搅拌速度(500-700RPM)、空气流速(10-50LPM)和/或背压控制(0.1-0.4巴),保持溶解氧≥80%空气饱和度。间歇加入Antifoam B的50%溶液控制泡沫。
在24±5小时,加入(2S,3R)-2-甲基-3-羟基己酰基-N-乙酰基半胱胺(丙基二酮化合物,实施例1的制备方法E)至最终浓度为1克/升。丙基二酮化合物是通过以1∶4(二酮化合物比DMSO)溶于二甲亚砜制备的,然后过滤灭菌(0.2微米,尼龙滤膜)。15-甲基-6-脱氧红霉内酯B(15-甲基-6dEB)的产生在第7日停止,收集发酵物。在Alpha Laval AS-26离心机中,以20,500g离心发酵肉汤。产物主要在离心液中;丢弃离心的细胞团块。
还在1000升发酵罐(700升工作体积)中完成了该过程。接种过程与上述过程相同,除了150升发酵罐装有接种培养液1,而1000升发酵罐装有生产培养液1。将发酵罐控制在30℃,pH6.5(加入2.5-5N H2SO4和2.5-5N NaOH),以搅拌速度(140-205RPM)、空气流速(100-200LPM)和/或背压控制(0.2-0.5巴),保持溶解氧≥70%空气饱和度。按需要加入Antifoam B的50%溶液控制泡沫。在24±5小时,在1000升发酵罐中加入外消旋的2-甲基-3-羟基己酰基-N-丙酰基半胱胺(300克)。在第4.6日如上所述离心收集发酵物。
该方法中使用的培养液包括下列接种培养液1

用高压灭菌器121℃灭菌60分钟。
灭菌后添加1)每升1毫升50毫克/毫升的硫链丝菌肽的100%DMSO溶液,无菌过滤。
2)每升1毫升100%Antifoam B硅乳液(J.T.Baker),高压灭菌。
3)40毫升500克/升的葡萄糖,无菌过滤。
生产培养液1


121℃在发酵罐中灭菌45分钟。
生产培养液1灭菌后添加1)每升1毫升50毫克/毫升的硫链丝菌肽的100%DMSO溶液,无菌过滤。
2)每升1毫升100%Antifoam B硅乳液(J.T.Baker),高压灭菌。
离心后,过滤离心液。滤液(约700升)通过含有20升HP20树脂(Mitsubishi)的Amicon Moduline柱(20×350厘米)。在加样时流速是4升/分钟,压降小于8psi。加样后,用20升水,然后用40升30%甲醇洗涤树脂。用100%甲醇洗脱15-甲基-6dEB。收集4个12升组分,其中组分2、3和4含有全部可检测的15-甲基-6dEB。用36.7升水稀释合并的15-甲基-6dEB产物,得到75升澄清溶液。将该溶液直接加到含有HP20SS树脂(Mitsubishi)的5升Amicon Vantage柱上。以1升/分钟上柱。用20升65%甲醇、20升70%甲醇、20升80%甲醇和最终20升100%甲醇洗脱柱。收集全部16×5升组分。合并80%组分和最后的70%组分(25升)并蒸发至干。将得到的剩余物溶于1升100%甲醇中,过滤,蒸发,在真空炉中40℃干燥。该过程得到33克固态产物,含有93%的15-甲基-6dEB。
B.14,15-脱氢-6-脱氧红霉内酯B(化合物P,Ra=H,Rd=烯丙基)当根据上述产生15-甲基-6-脱氧红霉内酯B的制备方法A制备时,含有该质粒的、并喂给实施例1的(2S,3R)-2-甲基-3-羟基-4-戊酸NAc半胱胺硫酯(制备方法G)的天蓝色链霉菌菌株,产生14,15-脱氢-6-脱氧红霉内酯B。
C.14-去甲-6-脱氧红霉内酯B(化合物P,Ra=H,Rd=甲基)类似的,当根据实施例2A描述的方法制备时,用天蓝色链霉菌CH999/pCK7宿主,不用二酮化合物硫酯产生了14-去甲-6-脱氧红霉内酯B。
实施例3红霉素的制备将实施例2中制备方法A-C产生的6-dEB衍生化合物用红色糖多孢菌的重组菌株转化成红霉素衍生物。为了产生同时具有6和12羟基的红霉素,使用的红色糖多孢菌菌株是K40-67或K39-14V。用pWHM3-衍生的质粒(含有突变的eryAl序列,编码失活的KS1结构域)转化能产生高水平红霉素A的红色糖多孢菌菌株,建立了该菌株。通过同源重组,使得到的转化株不能产生6-脱氧红霉内酯B。因此喂给dEBl类似物不会遇到6-位羟基化的竞争。为了产生仅具有12-羟基的红霉素衍生物,所用的红色糖多孢菌是K39-07。通过打断eryF羟化酶基因从菌株K40-67构建了该菌株;这破坏了羟基化6-位类似物的能力。在基本相同的条件下如下所述发酵这两种菌株。
15-甲基-红霉素A根据下面的方法产生了15-甲基-红霉素A融化1毫升小瓶的K39-14V工作细胞库,将小瓶内容加到250毫升有挡板的烧瓶中的50毫升接种培养液2中。烧瓶置于维持在34±1℃和175±25RPM的温箱/摇床中48±10小时。然后将50毫升培养物加到2.8升有挡板的烧瓶中,该烧瓶中含有500毫升接种培养液2。该烧瓶在34±1℃和175±25RPM下在温箱/摇床中培养48±10小时。将500毫升培养物等分在10个2.8升的有挡板烧瓶中,烧瓶中各含有500毫升接种培养液2。然后所有烧瓶如前述培养。
用100升生产培养液2在121℃灭菌45分钟,准备了150升发酵罐。培养后,将所有10个烧瓶合并在5升无菌培养瓶中,并无菌的加到150升发酵罐中。将发酵罐控制在34℃,pH7.0(加入2.5N H2SO4和2.5N NaOH),以搅拌速度(500-700RPM)、空气流速(15-50LPM)和/或背压控制(0.1-0.4巴),保持溶解氧≥80%空气饱和度。加入Antifoam B的50%溶液控制泡沫。
在24±5小时,开始以每小时58-60毫升加入15%糊精(w/v)。加入期间不断混合糊精溶液。在24±5小时,将25克15-甲基-6dEB(实施例2中的制备A)加入发酵罐。将25克15-甲基-6dEB(实施例2中的制备A)溶于400-600毫升100%乙醇中并过滤(0.2微米,尼龙滤膜),制备了15-甲基-6dEB。15-甲基-6dEB向15-甲基-红霉素A的转化在60±10小时后停止,收集发酵物。在Alpha Laval AS-26离心机中,以20,500g离心发酵肉汤。产物主要在离心液中;丢弃离心的细胞团块。
该方法中使用的培养液包括下列接种培养液2


用高压灭菌器121℃灭菌60分钟。
灭菌后添加每升1毫升100%Antifoam B(J.T.Baker),高压灭菌。
生产培养液2

121℃在发酵罐中灭菌45分钟。
含有34克靶分子的离心过的发酵肉汤(127升)通过装填在Amicon P350Moduline 2层析柱上的18.3升HP20吸着剂。在4升/分钟加样中,发现压降小于5psi。加样后,用20升去离子水,然后用40升30%甲醇洗涤树脂。用54升100%的甲醇洗脱15-甲基-红霉素A。用Buchi旋转蒸发器(R-152)蒸发合并的产物。将固体溶于最少量的100%甲醇,过滤并蒸发滤液至干。这得到123克含有30%重量的15-甲基-红霉素A的物质。用1升40℃丙酮抽提80克的该30%物质。过滤丙酮抽提液,在20升旋转蒸发烧瓶的内表面上干燥滤液。用9∶1己烷∶丙酮在40℃抽提固体3次。合并有机抽提物,蒸发至干,得到32克固体,富集的(68%)15-甲基-红霉素A。将丙酮/己烷抽提得到的合并产物溶于1升甲醇(在其中加入等量水)。将甲醇溶液加到已用50%甲醇洗涤并平衡的HP20SS层析柱(Kontes)上。柱的尺寸是4.8×115厘米。对于15-甲基-红霉素A的柱负荷是11克/升。用50%(0.8升)和60%(8升)的甲醇水溶液洗涤柱。用70%(8升)、80%(16升)和85%(8升)甲醇水溶液洗脱靶分子。收集1升组分。合并组分11-29,蒸发并在真空炉中干燥,得到23克93%纯度的产物。
该物质作为下列实施例中化学衍生法的起始材料。用该方法还产生了下列化合物14-去甲红霉素A(Rd=Me);14,15-脱氢-红霉素A(Rd=烯丙基);14-去甲-6-脱氧-红霉素A;14,15-脱氢-6-脱氧-红霉素A;和15-甲基-6-脱氧-红霉素A。当用于制备3-去克拉定糖-3-氧代-衍生物时,红霉素A衍生物不和红霉素C衍生物分开;而是用红霉素A和红霉素C化合物的混合物作为化学衍生的起始材料。
抽提和纯化这些产物的方法如下通常,加入NaOH将发酵肉汤调至pH8.0,加入乙醇(0.1升/1升肉汤)。离心澄清肉汤,以2-4毫升/平方厘米-分钟的流速加到XAD-16树脂(Rohm和Haas)柱(1公斤XAD/1克红霉素类似物)上。用2柱体积的20%(v/v)乙醇水溶液洗涤加样树脂,用丙酮从柱上洗脱出红霉素同类物,以1/2柱体积收集组分。用薄层层析(乙酸乙酯∶己烷1∶1)和HPLC/MS鉴定含有红霉素类似物的组分。
合并含有红霉素类似物的丙酮组分,减压除去挥发物。用乙酸乙酯抽提得到的水相混合物。用饱和NaHCO3和盐水溶液洗涤乙酸乙酯抽提物,用硫酸钠或硫酸镁干燥,过滤,减压浓缩至干。将粗物质溶于二氯甲烷,加到硅胶短柱上,用二氯甲烷∶甲醇(96∶4 v/v)洗涤,直到洗出液不再是黄色。所需的物质以二氯甲烷∶甲醇∶三乙胺(94∶4∶2 v/v)洗脱,收集组分。用薄层层析鉴定含有红霉素的组分,收集并减压浓缩。用二氯乙烷/己烷重结晶该物质。
如下说明了通用方法(i)14-去甲红霉素在每10升发酵肉汤中加入1升乙醇。离心肉汤,上清液以100毫升/分钟的流速通过0.6升XAD(柱的尺寸为17厘米×6.5厘米)。加样后,用1.5升20%(v/v)乙醇水溶液洗涤柱。然后用丙酮洗脱所需物质。减压浓缩含有该物质的组分,直到除去挥发物,用乙酸乙酯抽提水相剩余物。用饱和碳酸氢钠溶液、盐水洗涤乙酸乙酯层,用硫酸镁干燥,减压浓缩得到粗抽提物。
将粗物质(0.6克)溶于二氯甲烷,重力滤过在6厘米直径的砂芯漏斗中的3厘米硅胶垫。用400毫升二氯甲烷,然后用400毫升二氯甲烷∶甲醇∶三乙胺(90∶10∶2v/v)洗脱物质,以每40毫升收集组分。用薄层层析(乙醚∶甲醇∶NH4OH90∶8∶2v/v,Rf~0.35和二氯甲烷∶甲醇95∶5 v/v,Rf~0)鉴定含有红霉素的组分,减压浓缩。从二氯甲烷/己烷中重结晶该物质。
(ii)15-甲基-红霉素将8升乙醇加到约80升发酵肉汤中。离心肉汤,上清液以230毫升/分钟通过2.5升XAD。加样后,用1升水和5升20%(v/v)的乙醇水溶液洗涤柱。然后用丙酮洗脱所需物质。减压浓缩含有该物质的组分,直到除去挥发物,用乙酸乙酯抽提水相剩余物。用饱和碳酸氢钠溶液、盐水洗涤乙酸乙酯层,用硫酸镁干燥并减压浓缩得到粗抽提物。
将粗物质(8.3克)溶于二氯甲烷,重力滤过9厘米直径的砂芯漏斗中的3厘米硅胶垫。用200毫升二氯甲烷,然后用600毫升二氯甲烷∶甲醇(96∶4v/v),然后用900毫升二氯甲烷∶甲醇∶三乙胺(89∶9∶2 v/v)洗脱物质,并收集40毫升组分。用薄层层析(乙醚∶甲醇∶NH4OH 90∶8∶2 v/v,Rf~0.4,二氯甲烷∶甲醇95∶5,Rf~0.05)鉴定含有红霉素的组分,减压浓缩。该物质重新进行上述过程,直到它适合重结晶。
(iii)14-去甲-6-脱氧-红霉素在2个10升发酵中各加入1升乙醇。离心肉汤,合并上清液,总计约22升。然后使合并的肉汤以170毫升/分钟流速通过1升XAD(柱尺寸23.5厘米×6.5厘米(内径))。加样后,用2升20%(v/v)乙醇水溶液洗涤柱。然后用丙酮洗脱所需物质。减压浓缩含有该物质的组分,直到除去挥发物,用乙酸乙酯抽提水相剩余物。用饱和碳酸氢钠溶液、盐水洗涤乙酸乙酯层,用硫酸镁干燥,减压浓缩得到粗抽提物。
(iv)15-甲基-6-脱氧-红霉素在3个各含有10升肉汤的发酵罐中各加入1升乙醇。离心肉汤,上清液以130毫升/分钟流速通过1.25升XAD(柱尺寸40厘米×6.5厘米)。然后用3升20%(v/v)乙醇水溶液洗涤柱。然后用丙酮洗脱所需物质。减压浓缩含有该物质的组分,直到除去挥发物,用乙酸乙酯抽提水相剩余物。用饱和碳酸氢钠溶液、盐水洗涤乙酸乙酯层,用硫酸镁干燥,减压浓缩得到粗抽提物。
将粗物质(2.8克)溶于二氯甲烷,重力滤过6厘米直径的砂芯漏斗中的3厘米硅胶垫。用400毫升二氯甲烷∶甲醇(96∶4v/v),然后用400毫升二氯甲烷∶甲醇∶三乙胺(89∶9∶2 v/v)洗脱物质,并以每40毫升收集组分。用薄层层析(乙醚∶甲醇∶NH4OH 90∶8∶2 v/v,二氯甲烷∶甲醇95∶5)鉴定含有红霉素的组分,减压浓缩。该物质需要用硅胶层析进一步纯化。
实施例46-O-甲基-14-去甲红霉素A,即式(4)其中Ra=Me,Rd=Me,Rc=H,Re=H的合成A.14-去甲红霉素A9-肟将14-去甲红霉素A(0.621克,80%纯度)、羟胺(0.5毫升50%水溶液)和乙酸(0.2毫升)的异丙醇(2毫升)溶液置于50℃22小时。用氯仿/乙醇(3/2)抽提,用碳酸氢钠、盐水洗涤,用MgSO4干燥。过滤并真空蒸发得到白色固态粗产物(0.65克),在下一步转化中直接使用。
B.14-去甲红霉素A-9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟在上述粗14-去甲红霉素A9-肟(0.65克)和1,1-二异丙氧基-环己酮(0.95毫升)的二氯甲烷(2毫升)溶液中加入吡啶鎓对甲苯磺酸盐(PPTS)(0.333克)的二氯甲烷(2毫升)溶液。搅拌过夜后,抽提(氯仿/乙醇3∶2)混合物,洗涤(NaHCO3-H2O,盐水),并干燥(MgSO4)。过滤和真空浓缩后,加甲苯和异丙醇反复蒸发粗产物,得到0.74克产物,在下一步反应中直接使用。
C.2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-14-去甲红霉素A-9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟在14-去甲红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(0.74克)的二氯甲烷(6毫升)溶液中0℃加入三甲基甲硅烷基咪唑(0.33毫升)和三甲基甲硅烷基氯(0.18毫升)的二氯甲烷(2毫升)溶液。5分钟搅拌后,加入乙酸乙酯,洗涤(NaHCO3-H2O,盐水)并干燥(MgSO4)。在硅胶(10∶1己烷∶丙酮,1%三乙胺)上快速层析,得到白色固态纯产物(0.50克)。质谱显示[M+H+]=1020。
D.6-O-甲基-2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-14-去甲红霉素A-9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟用0.3毫升2M甲基溴的乙醚溶液处理2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-14-去甲红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(0.3克,0.29毫摩尔)的1∶1二甲亚砜/四氢呋喃(DMSO/THF)(1.4毫升)溶液,冷却到10℃。用注射泵经6小时加入1M叔丁醇钾的THF(0.6毫升)溶液和DMSO(0.6毫升)的混合物。然后用乙酸乙酯稀释反应物,用饱和NaHCO3、盐水洗涤,用MgSO4干燥,过滤并真空蒸发得到白色固态粗产物(0.29克)。质谱显示[M+H+]=1034。
E.6-O-甲基-14-去甲红霉素A9-肟在环境温度下搅拌6-O-甲基-2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-14-去甲红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(0.29克)、乙酸(3.6毫升)、乙腈(6毫升)和水(3毫升)的混合物。加甲苯蒸发混合物至干,得到白色固态粗产物(0.24克),在下一步中不经进一步纯化直接使用。
F.6-O-甲基-14-去甲红霉素A将6-O-甲基-14-去甲红霉素A 9-肟(0.24克)、亚硫酸氢钠(0.45克,85%纯度)、水(3毫升)、乙醇(3毫升)和甲酸(0.07毫升)的混合物置于85℃8小时。用1N NaOH将反应物调至pH8,用乙酸乙酯抽提。用盐水洗涤有机抽提物,用MgSO4干燥,过滤并浓缩得到白色固态粗产物(0.2克)。质谱显示[M+H+]=735。
实施例56-O-甲基-14,15-脱氢红霉素A,即式(4)其中Rd=-CH=CH2,Ra=Me,Rc=H,Re=H的合成A.14,15-脱氢红霉素A9-肟用1.97毫升50%羟胺水溶液处理14,15-脱氢红霉素A(1.984克,47%纯度,1.2毫摩尔)的6毫升2-丙醇悬液,搅拌直到溶解。加入乙酸(0.62毫升),混合物在50℃搅拌25小时。在环境温度下冷却后,加入饱和NaHCO3,真空浓缩混合物,除去异丙醇。用250毫升一份的CHCl3抽提得到的水相混合物3次。合并有机抽提物,用饱和NaHCO3、水和盐水洗涤,然后用MgSO4干燥,过滤并浓缩得到0.92克产物。
B.14,15-脱氢红霉素A-9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟将来自(A)的肟(0.92克)溶于6.2毫升CH2Cl2中,用1,1-二异丙氧基-环己烷(1.23克)和吡啶鎓对甲苯磺酸盐(PPTS)(0.464克)在环境温度下处理15小时。用160毫升CH2Cl2稀释混合物,然后依次用饱和NaHCO3、水和盐水洗涤。用MgSO4干燥有机相,过滤并蒸发得到棕色浆液。在硅胶(甲苯到1∶1甲苯/丙酮+1%Et3N的梯度)上层析得到0.998克产物。
C.2’,4″-二(O-三甲基甲硅烷基)-14,15-脱氢红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟在冰上,在惰性气氛下冷却14,15-脱氢红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(998毫克,9.96)的CH2Cl2(11.25毫升)溶液,并用三甲基氯硅烷(0.24毫升)和1-三甲基甲硅烷基咪唑(0.44毫升)的溶液处理。30分钟后,用250毫升乙酸乙酯稀释反应物,依次用饱和的NaHCO3、水和盐水洗涤。用MgSO4干燥有机相,过滤并蒸发得到1.002克产物。
D.2’,4″-二(O-三甲基甲硅烷基)-6-O-甲基-14,15-脱氢红霉素A-9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟将2’,4″-二(O-三甲基甲硅烷基)-14,15-脱氢红霉素A 9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(1.00克,20.7毫摩尔)的9.69毫升1∶1四氢呋喃/二甲亚砜的溶液冷却至10℃,并用0.97毫升2.0M甲基溴的乙醚溶液在惰性气氛下处理。缓慢加入二甲亚砜(1.94毫升)和1.0M叔丁氧钾的四氢呋喃(1.94毫升)的混合物。用薄层层析(硅胶,10∶1甲苯/丙酮)监测反应,在加入1.6摩尔当量的碱后判断完成。用200毫升乙酸乙酯和70毫升饱和NaHCO3稀释反应物。将混合物转移到分液漏斗中。用850毫升乙酸乙酯和280毫升饱和NaHCO3稀释,然后用水和盐水依次洗涤。用MgSO4干燥有机相,滤过硅藻土并蒸发,得到21.2克粗6-O-甲基-2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-14,15-脱氢红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟。不经纯化使用。
E.6-O-甲基-14,15-脱氢红霉素A9-肟用5.3毫升乙酸处理6-O-甲基-2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-14,15-脱氢红霉素A 9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(1.0克)的9.8毫升2∶1乙腈/水的溶液,在环境温度下搅拌8小时。真空浓缩混合物,然后在加入甲苯后重复浓缩,得到0.797克粗6-O-甲基-14,15-脱氢红霉素A9-肟。
F.6-O-甲基-14,15-脱氢红霉素A将6-O-甲基-14,15-脱氢红霉素A9-肟(0.797克)和亚硫酸氢钠(85%,1.02克)的7.5毫升1∶1乙醇/水溶液置于惰性气氛下。滴加甲酸(0.186毫升),80℃搅拌混合物3小时。冷却到环境温度后,用6N NaOH将反应物调至pH10,用150毫升一份的乙酸乙酯抽提3次。合并有机抽提物,依次用饱和NaHCO3、水和盐水洗涤。用MgSO4干燥有机相,过滤并蒸发得到0.68克适用于进一步转化的6-O-甲基-14,15-脱氢红霉素A。
实施例66-O-甲基-15-甲基红霉素A,即式(4)其中Rd=丙基,Ra=Me,Rc=H,Re=H的合成A.15-甲基红霉素A9-肟用20.5毫升50%羟胺水溶液处理15-甲基红霉素A(20.0克,85%纯度,22.6毫摩尔)的40毫升2-丙醇悬液,搅拌直到溶解。加入乙酸(6.41毫升),混合物在50℃搅拌15小时。冷却到环境温度后,加入饱和NaHCO3,真空浓缩混合物,除去异丙醇。用250毫升一份的CHCl3抽提得到的水相混合物3次。合并有机抽提物,用饱和NaHCO3、水和盐水洗涤,然后用MgSO4干燥,过滤并浓缩得到20.5克粗产物。用LC/MS分析得到94∶6的E和Z肟的混合物,[M+H+]=764。
B.15-甲基红霉素A-9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟将上述肟(20.5克)溶于55毫升CH2Cl2中,用1,1-二异丙氧基-环己烷(27.3毫升)和吡啶鎓对甲苯磺酸盐(9.8克)在环境温度下处理15小时。用160毫升CH2Cl2稀释混合物,然后依次用饱和NaHCO3、水和盐水洗涤。用MgSO4干燥有机相,过滤并蒸发得到棕色浆液。在硅胶(梯度从2∶1到3∶2己烷/丙酮+1%Et3N)上层析得到18.0克产物。
C.2’,4″-二(O-三甲基甲硅烷基)-15-甲基红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟在冰上,在惰性气氛下冷却15-甲基红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(9.00克,9.96毫摩尔)的25毫升CH2Cl2溶液,并用三甲基氯硅烷(1.89毫升)和1-三甲基甲硅烷基咪唑(3.65毫升)的8毫升CH2Cl2溶液处理。30分钟后,用250毫升乙酸乙酯稀释反应物,依次用饱和NaHCO3、水和盐水洗涤。用MgSO4干燥有机相,过滤并蒸发。用硅胶层析(梯度从己烷到10∶1己烷/丙酮+1%Et3N)纯化粗产物,得到7.8克产物。
D.6-O-甲基-2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-15-甲基红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟将2’,4″-二(O-三甲基甲硅烷基)-15-甲基红霉素A 9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(21.7克,20.7毫摩尔)的41.4毫升四氢呋喃的溶液冷却至10℃,并用41.4毫升二甲亚砜和20.7毫升2.0M甲基溴的乙醚溶液在惰性气氛下处理。以约20毫升每小时的速率加入二甲亚砜(41.4毫升)和1.0M叔丁醇钾的四氢呋喃(41.4毫升)溶液。用薄层层析(硅胶,10∶1甲苯/丙酮)监测反应,在加入1.6摩尔当量的碱后判断完成。用200毫升乙酸乙酯和70毫升饱和NaHCO3稀释反应物。将混合物转移到分液漏斗中。用850毫升乙酸乙酯和280毫升饱和NaHCO3稀释,然后用水和盐水依次洗涤。用MgSO4干燥有机相,滤过硅藻土并蒸发,得到21.2克粗6-O-甲基-2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-15-甲基红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟。不经纯化使用。
E.6-O-甲基-15-甲基红霉素A9-肟用55毫升水和67毫升乙酸处理6-O-甲基-2’,4″-二-O-三甲基甲硅烷基-15-甲基红霉素A9-[O-(1-异丙氧基环己基)]肟(21.2克)的110毫升乙腈溶液,在环境温度下搅拌8小时。真空浓缩混合物,然后在加入甲苯后重复浓缩,得到19.7克6-O-甲基-15-甲基红霉素A9-肟。
F.6-O-甲基-15-甲基红霉素A将6-O-甲基-15-甲基红霉素A9-肟(19.7克)和亚硫酸氢钠(85%,23.1克)的280毫升1∶1乙醇/水的溶液置于惰性气氛下。滴加甲酸(3.75毫升),80℃搅拌混合物4.5小时。冷却到环境温度后,用饱和NaHCO3处理反应物,用400毫升一份乙酸乙酯抽提3次。合并有机抽提物,依次用饱和NaHCO3、水和盐水洗涤。用MgSO4干燥有机相,过滤并蒸发得到15.1克适用于进一步转化的6-O-甲基-15-甲基红霉素A。
实施例75-O-(2’-乙酰基脱氧糖胺基)-10,11-脱水-3-脱氧-3-氧代-6-O-甲基-14-去甲红霉内酯A(式(6)的脱水形式,Ra=Me,Rd=Me,Rc=Ac,Rb=H)的合成
A.5-O-脱氧糖胺基-6-O-甲基-14-去甲红霉内酯A在环境温度下搅拌6-O-甲基-14-去甲红霉素A(77毫克)、0.073毫升的12N HCl和水(2毫升)的混合物3小时。用8N KOH将混合物调至
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