新品种、植物品种的鉴别方法以及使水稻个体早熟的方法[0002]将属于同一生物种，但因遗传结构不同而在某种性状上与其他群体不同的群体称为品种。也就是说，即使是同种的植物，根据品种不同，其栽培的难易性、抗病虫害能力、产量、品质等也会不同。因此，对于农作物，特别是水稻、麦类等主要作物，为了得到更优良的品种，自古以来在不断进行品种改良，近年来，不仅种苗公司，连国家、省等官方机构也在积极地进行品种改良。[0003]随着近年来核酸分析技术等的进步，拟南芥、水稻、小麦等各种植物的基因已被破解，公开了所得到的基因信息。利用这些公开的基因信息，广泛进行了基于基因重组法的导入外源种的基因的品种改良。例如，公开了一种Hdl基因及导入Hdl基因的转基因植物的选育方法等(例如，参考专利文献I。)，该Hdl基因是编码具有增加植物感光性功能的源自植物的蛋白质。但是，基于基因重组法的品种改良，虽然具有能够导入通常不可能杂交的远缘种所具有的性状的优点，但存在对于其安全性的验证尚不够充分的问题。[0004]因此，以水稻为首的食用植物，大多为通过非基因重组法而进行培育的新品种。例如，专利文献2已公开一种方法，其通过非基因重组法用源自外源的有用染色体片段置换的情况下，通过控制导入的源自外源品种的染色体片段置换区，不改变原品种具有的优良性状，选育出具有目标性状的新品种。同样地，在专利文献2中，记载了通过用于选育该新品种的方法，仅将含有哈巴达克的Hdl基因的区域导入越光的水稻品种越光H3号(A ^ b3)。[0005]特别是在水稻中 ，可栽培地域更加广阔的越光备受期待。越光的口味比其他品种更好，受到消费者的喜欢。因此种米农户即使在不适合栽培越光的地域也愿意栽培越光。但是，在南部地域栽培越光的情况下，出穗期过早，无法期待得到充足的产量。而且，由于在出穗期持续高温，导致口味下降。另一方面，在北部地域栽培越光的情况下，会晚熟，即使能够出穗，也由于低温而使得灌浆不佳，无法收获稻米。[0006]现有技术文献[0007]专利文献[0008]专利文献1:日本专利3660967号公报
[0009]专利文献2:日本专利4409610号公报


[0010]本发明要解决的技术问题
[0011]根据本发明人等的研究结果可知，越光大致仅适合栽培在从日本北纬35.5度至38.5度的范围内。如果是可在北纬38.5度更北的地域栽培的越光，那么在例如北海道等以往不能栽培的地域也能够收获越光。
[0012]本发明的目的在于提供一种在北部地域也能够栽培的水稻新品种，以及提供一种使水稻个体早熟的方法。
[0013]解决技术问题的技术手段
[0014]本发明人等为了解决上述问题进行了深入研究，结果发现通过将水稻品种哈巴达克的第3染色体上存在的特定区域的染色体片段和水稻品种哈巴达克的第6染色体上存在的特定区域的染色体片段置换到水稻品种越光上，即使在以往的区域以北的区域进行栽培可充分地使其早熟，从而完成了本发明。
[0015]即，本发明提供下述内容:
[0016](I)品种权申请号为第25587号的水稻品种越光籽(力U ) 6号(Oryza sativaL.cultivar Koshihikari_kazusa6gou)；
[0017](2)—种后代个体，其是选自由上述(I)所述的品种的个体及上述(I)所述品种的个体的后代个体所组成的组中的两个个体杂交得到的；
[0018](3)—种水稻品种的鉴别方法，该方法用于鉴别某种水稻个体是否为特定品种，其特征在于，
[0019]将相当于水稻品种日本晴的第3染色体中的第31，521，442号SNP(单核苷酸多态性)的SNP (水稻品种越光中为A，水稻品种哈巴达克中为C)作为DNA标记Ml ；
[0020]将相当于水稻品种日本晴的第3染色体中的第31，689，690号SNP的SNP(水稻品种越光中为C，水稻品种哈巴达克中为T)作为DNA标记M2 ；
[0021]将相当于水稻品种日本晴的第3染色体中的第32，208, 924号SNP的SNP(水稻品种越光中为A，水稻品种哈巴达克中为G)作为DNA标记M3 ；
[0022]将相当于水稻品种日本晴的第3染色体中的第32，298，686号SNP的SNP(水稻品种越光中为G，水稻品种哈巴达克中为C)作为DNA标记M4;
[0023]将相当于水稻品种日本晴的第3染色体中的第32，363，157号SNP的SNP(水稻品种越光中为A，水稻品种哈巴达克中为T)作为DNA标记M5 ；
[0024]通过该水稻个体的基因组分析，将选自由上述DNA标记Ml?M5所组成的组中的一种以上的DNA标记进行分型；
[0025]当得到的分型结果与水稻品种越光籽6号(Oryza sativa L.cultivarKoshihikar1-kazusa6gou)或水稻品种越光 H5 号(Oryza sativa L.cultivarKoshihikar1-eich5gou)的结果一致时,鉴定该水稻个体为水稻品种越光籽6号或水稻品种越光H5号；
[0026](4) 一种水稻品种的鉴别方法，该方法用于鉴别某种水稻个体是否为特定品种，其特征在于，
[0027]将相当于水稻品种日本晴的第6染色体中的第8，757，818号SNP的SNP (水稻品种越光中为C，水稻品种哈巴达克中为T)作为DNA标记Ml ；
[0028]将相当于水稻品种日本晴的第6染色体中的第8，940, 503号SNP的SNP (水稻品种越光中为A，水稻品种哈巴达克中为G)作为DNA标记M2 ；
[0029]将相当于水稻品种日本晴的第6染色体中的第9，325，062号SNP的SNP (水稻品种越光中为C，水稻品种哈巴达克中为G)作为DNA标记M3 ；[0030]将相当于水稻品种日本晴的第6染色体中的第9，533，057号SNP的SNP (水稻品种越光中为G，水稻品种哈巴达克中为C)作为DNA标记M4;
[0031]将相当于水稻品种日本晴的第6染色体中的第9，777，196号SNP的SNP (水稻品种越光中为A，水稻品种哈巴达克中为T)作为DNA标记M5 ；
[0032]通过该水稻个体的基因组分析，将选自由上述DNA标记Ml?M5所组成的组中的一种以上的DNA标记进行分型；
[0033]当得到的分型结果与水稻品种越光籽6号(Oryza sativa L.cultivarKoshihikar1-kazusa6gou)或水稻品种越光 H3 号(Oryza sativa L.cultivarKoshihikar1-eich3gou)的结果一致时,鉴定该水稻个体为水稻品种越光籽6号或水稻品种越光H3号；
[0034](5) 一种使水稻个体早熟的方法，其特征在于，将水稻个体的第3染色体中的与水稻品种日本晴的第3染色体中包含第31，720，064号碱基?第31，724，043号碱基的区域相当的区域置换为水稻品种越光籽6号或水稻品种哈巴达克的该区域构成的染色体片段；
[0035](6)根据上述(5)所述的使水稻个体早熟的方法，其特征在于，置换所述染色体片段，使该染色体片段的上游端位于与水稻品种日本晴的第3染色体中包含第31，689，691号碱基?第31，720，064号碱基的区域相当的区域，并且该染色体片段的下游端位于与水稻品种日本晴的第3染色体中包含第31，724，043号碱基?第32，298，685号碱基的区域相当的区域；
[0036](7) 一种使水稻个体早熟的方法，其特征在于，将水稻个体的第3染色体中的与水稻品种日本晴的第3染色体中包含第31，689，690号碱基?第32，298，686号碱基的区域相当的区域置换为水稻品种越光籽6号或水稻品种哈巴达克的该区域构成的染色体片段；
[0037](8)根据上述(7)所 述的使水稻个体早熟的方法，其特征在于，置换所述染色体片段，使该染色体片段的上游端位于与水稻品种日本晴的第3染色体中包含第31，521，443号碱基?第31，689，690号碱基的区域相当的区域，并且该染色体片段的下游端位于与水稻品种日本晴的第3染色体中包含第32，298，686号碱基?第32，363，156号碱基的区域相当的区域；
[0038](9) 一种水稻品种，该水稻品种是通过上述(5)?(8)中任意一项所述的使水稻个体早熟的方法培育得到的；
[0039](10) 一种后代个体，其是选自由上述(9)所述品种的个体与上述(9)所述品种的个体的后代个体所组成的组中的两个个体杂交得到的；
[0040](11) 一种水稻的栽培方法，其特征在于，在北纬38.5度以北，栽培选自由下述水稻个体所组成的组中的一种以上，所述水稻个体为将水稻个体的第6染色体中的与水稻品种日本晴的第6染色体中包含第8，940，503号碱基?第9，533，057号碱基的区域相当的区域置换为水稻品种越光籽6号、水稻品种越光H3号或水稻品种哈巴达克的由该区域构成的染色体片段而成的水稻个体、水稻品种越光籽6号的水稻个体或水稻品种越光H3号的水稻个体。
[0041]发明效果
[0042]本发明的新品种水稻品种越光籽6号，比越光更早熟，且能够在北纬38.5度以北的地域栽培，并可收获稻米。另外，水稻品种越光籽6号是一种品质、产量等收获期以外的特性几乎与水稻品种越光相同的新品种。
[0043]另外，通过本发明的水稻品种的鉴别方法，能够鉴别水稻品种越光籽6号。
[0044]另外，通过本发明的使水稻个体早熟的方法，能够使水稻个体比原品种更早熟。



[0045]图1是表示原品种的染色体G上的目标区域T、置换后的源自外源品种的染色体片段L及DNA标记Ml?M5的图。
[0046]图2是示意性地表示越光及越光H5号的基因组的图。
[0047]图3是表示在千叶县调查越光及越光H5号的出穗期的结果的图。
[0048]图4是表示在北海道调查越光及越光H5号的出穗期的结果的图。
[0049]图5是示意性地表示越光H3号的基因组的图。
[0050]图6是表示在千叶县调查越光及越光H3号的出穗期的结果的图。
[0051]图7是表示在北海道调查越光及越光H3号的出穗期的结果的图。
[0052]图8是示意性地表示越光籽6号的基因组的图。
[0053]图9是同时表示在千叶县调查越光籽6号的出穗期的结果和越光、越光H5号及越光H3号的结果的图。
[0054]图10是同时表示在北海道调查越光籽6号的出穗期的结果和越光、越光H5号及越光H3号的结果的图。

[0055]本发明中，所谓染色体片段置换系是指仅将原品种染色体的一部分置换成源自外源品种的染色体片段的体系。这里，外源品种为原品种以外的品种即可，没有特别限定，可以是与原品种同种的植物品种，也可以是与原品种不同种的植物品种，还可以是动物等除植物以外的品种。这里，本发明中所谓品种是指，属于同种植物，但由于基因结构不同而在某种性状上明显区别于同种内的其他品种的群体。
[0056]在本发明中，DNA标记只要能识别出源自原品种的染色体与源自外源品种的染色体，能检测出染色体上的DNA序列差异即可，没有特别限制，可以使用在基因分析领域中常用的DNA标记。作为该DNA标记，例如可以是能检测出SNP (Single NucleotidePolymorphism,单核苷酸多态性)、SSR (Simple Sequence Repeats,简单重复序列)的不同重复数等的基因多态性的标记，也可以是RFLP (Restriction Fragment LengthPolymorphism,限制酶片段长度多态性)标记。这里,使用这些DNA标记对源自原品种的等位基因与源自外源品种的等位基因进行识别时，可以通过常规方法进行。例如，以从各个体中提取的DNA为模型，使用能与特定的SNP或SSR进行特异性杂交的弓I物等进行PCR，然后，使用电泳方法等检测有无PCR产物，从而能够识别各多态性。并且，将从各个体中提取的DNA经限制酶处理后，用电泳方法等检测DNA片段的图案，同样能够识别各多态性。这里，能与特定的SNP或SSR进行特异性杂交的引物等可以根据SNP或SSR的碱基序列，采用通用的引物设计工具等，以常规方法来设计。此外，可以使用在本【技术领域】中已知的任意方法合成设计出的引物等。
[0057]这些DNA标记可以适当使用公知的DNA标记。此外，也可以为新制备的DNA标记。作为公知的DNA标记，例如，关于水稻，可以使用国际公开第2003/070934号小册子等中公开的 SNP 标记，由水稻基因组(Rice Genome Research Program) (RGP:http://rgp.dna.affrc.g0.jp/publicdata.Html)公开的 DNA 标记。
[0058]这里，各品种的基因彳目息等，例如可以在国际喊基序列数据库NCBI (Nationalcenter for Biotechnology Information)和 DDBJ (DNA Data Bank of Japan,日本 DNA数据库)等中获得。特别是水稻各品种的基因信息，可以在KOME (Knowledge-based OryzaMolecular biological Encyclopedia,水稻的生物分子数据库,http://cdna01.dna.affrc.g0.jp/cDNA/)等中获得。
[0059]本发明以及本申请说明书中的“水稻品种日本晴的染色体的第X号的碱基第Y号的碱基的区域”，是根据RGB中公开的水稻品种日本晴的基因组DNA的碱基序列(版本4 ；IRGSP-build4-06/04/21)而决定的区域。
[0060]此外，本发明以及本申请说明书中的“与水稻品种日本晴的染色体的第X号碱基?第Y号碱基的区域相当的区域”，是指水稻个体的染色体中与水稻品种日本晴的染色体中的该区域同源性高的区域，可以通过对水稻品种日本晴的公知的基因组DNA和该水稻个体的基因组DNA的碱基序列进行对位排列使同源性达到最高来确定。此外，水稻品种日本晴以外的水稻个体中的“相当于水稻品种日本晴的SNP的SNP”，是指在含有该SNP的区域中，在对水稻品种日本晴的公知的基因组DNA和该水稻个体的基因组DNA的喊基序列进打对位排列使同源性达到最高的情况下，位于与该SNP对应的位置上的碱基。
[0061]为了培育也能够在比以往品种的培育地区更北的地域栽培的新品种，本发明的发明人首先关于出穗期，将水稻品种哈巴达克与水稻品种越光杂交，在分离群体中进行了 QTL(Quantitative Trait Locus,数量性状基因座)分析。结果表明，在水稻品种哈巴达克的第3染色体长臂的QTS14区(与水稻品种日本晴的第3染色体的第31，720，064号碱基?第31，724，043号碱基的区域相当的区域)上，存在提前出穗期，促使早熟的QTL。因此，本发明人培育了将越光的该区域所包含的基`因置换成源自哈巴达克的基因而成的新品种。可以推测该新品种是比原品种越光更加早熟的水稻。
[0062]在通过非基因重组法进行植物品种改良的情况下，被导入的源自外源品种的染色体片段过大时，存在大量导入目标性状基因以外的功能不明的其他基因的危险，也存在损害原品种具有的优良性状的危险。因此，本发明人为了控制导入的源自外源品种的染色体片段置换区域，不改变原品种具有的优良性状，选育出具有目标性状的新品种，通过专利文献2所记载的方法进行了新品种的培育。
[0063]专利文献2所记载的新品种的培育方法，具体如下所述。首先，根据公知的水稻基因信息，设定图1所示位置关系的5种DNA标记。即，在包含目标区域T的上游侧末端或其上游设定DNA标记M2，在DNA标记M2的上游设定DNA标记M1，在目标区域T的下游侧末端或其下游设定DNA标记M4，在DNA标记M4的下游设定DNA标记M5，在目标区域T中设定DNA标记M3。接着，在越光染色体中，对仅包含目标区域T的一部分置换为源自哈巴达克的染色体片段的染色体片段置换系进行回交，根据所述5种DNA标记Ml?M5，从所得的杂交群体中筛选令人满意的个体。然后，对该个体进行适当自交或回交，同样根据DNA标记Ml?M5筛选令人满意的个体，如此适当地反复，从而能够得到源自哈巴达克的染色体片段所置换的区域的上游侧末端位于DNA标记Ml与M2之间，该区域的下游侧末端位于DNA标记M4与M5之间的后代个体。如图1所示，该后代个体的DNA标记Ml和M5与原品种是相同类型，DNA标记M2、M3和M4与外源品种(在本发明中为哈巴达克)是相同类型。
[0064]这里，通过专利文献2所记载的新品种培育方法，若DNA标记Ml与M2之间的距离dl延长，则源自外源品种的染色体片段(本申请中，为源自哈巴达克的染色体片段)L的上游侧末端可存在的范围扩大，难以确定被导入的源自哈巴达克的染色体片段L的长度。另一方面，若距离dl缩短，则源自哈巴达克的染色体片段L的上游侧末端可存在的范围缩小，容易确定被导入的源自哈巴达克的染色体片段L的长度。同样地，若DNA标记M4与M5之间的距离d3延长，则源自哈巴达克的染色体片段L的下游侧末端可存在的范围扩大，难以确定被导入的源自哈巴达克的染色体片段L的长度，若距离d3缩短，则源自哈巴达克的染色体片段L的下游侧末端可存在的范围缩小，容易确定被导入的源自哈巴达克的染色体片段L的长度。
[0065]具体地，表I所示DNA标记Ml?M5组，即，将与水稻品种日本晴的第3染色体的第31，521，442号SNP (单核苷酸多态性)相当的SNP (水稻品种越光中为A，水稻品种哈巴达克中为C)设定为DNA标记Ml (DNA标记Ml-Ac (QTS14))，将与水稻品种日本晴的第3染色体的第31，689，690号SNP相当的SNP (水稻品种越光中为C，水稻品种哈巴达克中为T)设定为DNA标记M2 (DNA标记M2_Ct (QTS14))，将与水稻品种日本晴的第3染色体的第32，208，924号SNP相当的SNP(水稻品种越光中为A，水稻品种哈巴达克中为G)设定为DNA标记M3 (DNA标记M3-Ag (QTS14))，将与水稻品种日本晴的第3染色体的第32，298，686号SNP相当的SNP (水稻品种越光中为G，水稻品种哈巴达克中为C)设定为DNA标记M4 (DNA标记M4-Gc (QTS14))，将与水稻品种日本晴的第3染色体的第32，363，157号SNP相当的SNP (水稻品种越光中为A，水稻品种哈巴达克中为T)设定为DNA标记M5 (DNA标记M5_At(QTS14))，通过专利文献2所述的培育方法选育出了新品种。从这些结果可以看出，可以选育出将水稻个体的第3染色体中包含DNA标记M2-Ct (QTS14)至DNA标记M4_Gc (QTS14)的区域(即，与水稻品种日本晴的第3染色体中第31，689，690号碱基?第32，298，686号碱基的区域相当的区域)的区域置换为源自哈巴达克的染色体片段的新品种。在该新品种中，源自哈巴达克的染色体 片段的上游端位于比DNA标记Ml-Ac (QTS14)更下游至DNA标记M2-Ct (QTS14)的区域(即，与水稻品种日本晴的第3染色体中包含第31，521，443号碱基?第31，689，690号碱基的区域相当的区域)，该染色体片段的下游端位于DNA标记M4-Gc(QTS14)至DNA标记M5-At (QTS14)更上游的区域(即，与水稻品种日本晴的第3染色体中包含第32，298，686号碱基?第32，363，156号碱基的区域相当的区域)。
[0066][表 I]