专利名称：猿腺病毒核酸和氨基酸序列，包含其的载体及其用途的制作方法猿腺病毒核酸和氨基酸序列，包含其的载体及其用途本发明涉及具有改进的血清阳性率的新腺病毒毒株。在一个方面，本发明涉及腺病毒衣壳蛋白例如六邻体、五邻体和纤维蛋白的分离的多肽及其片段和编码其的多核苷酸。也提供了包含根据本发明的分离的多核苷酸的载体和包含根据本发明的分离的多核苷酸或多肽的腺病毒和包含所述载体、腺病毒、多肽和/或多核苷酸的药物组合物。本发明还涉及分离的多核苷酸、分离的多肽、载体、腺病毒和/或药物组合物用于疾病的治疗或预防的用途。腺病毒(Ad)包括在两栖动物、鸟类和哺乳动物中发现的具有无囊膜二十面体衣壳结构的双链 DNA 病毒大家族(Straus, Adenovirus infections in humans； The Adenoviruses, 451—498， 1984; Hierholzer 等人，J. Infect. Dis. , 158 : 804-813, 1988; Schnurr 禾口 Dondero, Intervirology. , 36: 79-83, 1993 ； Jong 等人， J. Clin. Microbiol. , 37 : 3940-3945: 1999)。与逆转录病毒相比，腺病毒可以转导若干哺乳动物物种的许多细胞类型，包括分裂和不分裂细胞，并且不整合至宿主细胞的基因组。一般而言，腺病毒DNA通常非常稳定和保持游离型(例如染色体外的)，除非发生转化或肿瘤发生。此外，腺病毒载体可在良好确定的生产系统中增殖至高产量，所述生产系统易于临床级组合物的制药规模生产。这些特征和其表征良好的分子遗传学使重组腺病毒载体成为用作疫苗载体的有力候选者。重组腺病毒载体的产生可依赖于使用能够补充已被删除或被改造为无功能的腺病毒基因产物功能的包装细胞系。目前，广泛使用2种表征良好的人C亚群腺病毒血清型(即hAd2和hAd5)作为用于基因治疗的大多数腺病毒载体的病毒骨架来源。还已检验了复制缺陷的人腺病毒载体作为疫苗载体用于递送来源于多种感染原(infectiuos agent)的多种免疫原。在实验动物(例如啮齿类、犬类和非人灵长类)中进行的研究表明携带编码免疫原和其他抗原的转基因的重组复制缺陷的人腺病毒载体引起针对转基因产物的体液和细胞介导的免疫应答。一般而言，研究者已报导了使用人腺病毒作为疫苗载体在非人实验系统中的成功，其通过使用利用高剂量的预计可引起免疫应答的重组腺病毒载体的免疫方案，或通过使用利用相继施用来源于不同血清型但携带相同的转基因产物的腺病毒载体用于加强免疫的免疫方案 (Mastrangeli 等人，Human Gene Therapy, 7: 79-87 (1996)。已开发了基于人5型腺病毒(Ad5)的病毒载体用于不同的基因治疗和疫苗应用。 尽管基于Ad5的载体在动物模型中极其有效，在临床试验中已证明了在人中存在的针对 Ad5野生型病毒的先存(pre-existing)免疫力，以降低基因转导的效率。特别是在参与基于Ad5载体的疫苗临床试验的受试者中证明了免疫效率的明确降低，这些受试者具有超过 200的中和抗体滴度。在Merck进行的HIV疫苗STEP试验(Moore JP等人kience. 2008 May 9; 320(5877):753-5)中得到以Ad5为载体的疫苗的最全面表征。所述疫苗研究基于在具有HIV感染高风险的受试者中共注射3个表达不同HIV抗原的Ad5载体作为概念研究的证据。令人惊讶地，数据显示在具有抗_Ad5先存免疫力的接种的受试者中HIV感染率提高而不是具有保护作用。尽管此矛盾的观察的机制尚不清楚，所述结果对基于人源腺病毒的疫苗在健康受试者中的疫苗应用的安全性和效率提出了另外的问题。综合考虑目前在不同疫苗和基因治疗临床试验例如使用Ad5载体的试验中得到的全部结果提高了对以在人中具有极低的或缺乏先存免疫力为特征的腺病毒的需要。发明概述在第一个方面，本发明提供了分离的多核苷酸，其编码腺病毒纤维蛋白或其功能性衍生物，并且所述多核苷酸选自(a)多核苷酸，其编码具有根据SEQID NO: 14_19、50和53中任意氨基酸序列的多肽，(b)多核苷酸，其编码根据SEQID NO: 14-19、50和53中任意多肽的功能性衍生物，其中所述功能性衍生物包含一个或多个氨基酸残基的缺失、插入和/或置换，和(c)多核苷酸，其编码在全长上与SEQID NO: 14-19,50和53中任意氨基酸序列具有至少85%相同的氨基酸序列的功能性衍生物。在另一个方面，本发明涉及分离的多核苷酸，其编码腺病毒六邻体蛋白或其功能性衍生物，并且所述多核苷酸选自(a)多核苷酸，其编码具有根据SEQID NO: 20_25、51和M中任意氨基酸序列的多肽，(b)多核苷酸，其编码根据SEQID NO: 20-25、51和讨中任意多肽的功能性衍生物，其中所述功能性衍生物包含一个或多个氨基酸残基的缺失、插入和/或置换，和(c)多核苷酸，其编码具有在全长上与SEQID N0: 20-25、51和讨中任意氨基酸序列至少95%相同的氨基酸序列的功能性衍生物。也提供了分离的多核苷酸，其编码腺病毒五邻体蛋白或其功能性衍生物，并且所述多核苷酸选自
(a)多核苷酸，其编码具有根据SEQID N0:沈_31、52和55中任意氨基酸序列的多肽，
(b)多核苷酸，其编码根据SEQID N0:沈_31、52和55中任意多肽的功能性衍生物，其中所述功能性衍生物包含一个或多个氨基酸残基的缺失、插入和/或置换，和
(c)多核苷酸，其编码具有在全长上与SEQID NO: 26-31,52和55中任意氨基酸序列至少85%相同的氨基酸序列的功能性衍生物。本发明也涉及包含至少一种如上概述的根据本发明的分离的多核苷酸的多核苷酸。本发明还提供了由根据本发明的分离的多核苷酸编码的分离的腺病毒衣壳多肽或其功能性衍生物。在另一个方面，本发明提供了包含根据本发明的分离的多核苷酸的载体。也提供了重组腺病毒，优选不能复制的腺病毒，其包含根据本发明的分离的多核苷酸和/或至少一种根据本发明的分离的腺病毒衣壳多肽。本发明的另一个方面是包含佐剂和以下(i)至(iv)中至少一种物质的组合物
(i)一种或多种根据本发明的分离的腺病毒衣壳多肽；
(ii)根据本发明的分离的多核苷酸；
(iii)根据本发明的载体；
(iv)根据本发明的重组腺病毒； 和任选地，药学上可接受的赋形剂。本发明还涉及包含以下至少一种的细胞(i)一种或多种根据本发明的分离的腺病毒衣壳多肽；
(ii)根据本发明的分离的多核苷酸；
(iii)根据本发明的载体；
(iv)根据本发明的重组腺病毒。本发明的另一个方面涉及根据本发明的分离的腺病毒衣壳多肽、根据本发明的分离的多核苷酸、根据本发明的载体、根据本发明的重组腺病毒和/或根据本发明的组合物用于疾病的治疗或预防的用途。发明详述
在以下详细描述本发明以前，应当理解本发明不受限于本文描述的特定方法、方案和试剂，因为这些可以变化。还应当理解本文使用的术语仅为了描述特定实施方案的目的，无意限制本发明的范围，本发明仅受限于所附权利要求书。除非另外定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本领域普通技术人员通常理解的相同的含义。优选地，本文使用的术语如"A multilingual glossary of biotechnological terms: (IUPAC Recommendations)", Leuenberger, H. G. W, Nage 1, B.禾口 Klbl, H.编 (1995)，Helvetica Chimica Acta, CH-4010 Basel, Switzerland)中所描述的以及 Axel Kleemann 禾口 Jurgen Engel 的〃Pharmaceutical Substances: Syntheses, Patents, Applications" , Thieme Medical Publishing, 1999； "Merck Index: An Encyclopedia of Chemicals, Drugs, and Biologicals〃， Susan Budavari ^AIS, CRC Press, 1996, 禾口United States Pharmcopeial Convention, Inc. , Rockville Md. , 2001 出版的United States Pharmacopeia-25/National Formulary-20 巾Mffii^白勺胃|。在本说明书和后面的权利要求书通篇中，除非上下文另有需要，否则词语“包含 (comprise)”和变体例如“包含(comprises)”和“包含(comprising)”应当被理解为指包含所述的特征、整体(integer)或步骤或多个特征、整体或步骤的组但不排除任意其他特征、 整体或步骤或多个整体或步骤的组。在后面的段落中更详细地定义了本发明的不同方面。 除非明确指出有相反的意思，这样定义的每个方面可与任意其他方面或多个方面组合。特别地，指示为优选的或有利的任意特征可与指示为优选的或有利的任意其他特征或多个特征组合。在本说明书正文通篇中引用了一些文件。本文引用的每个文件(包括所有专利、 专利申请、科学出版物、制造商的说明书、指示等)，不管在上文或下文中，在此以其整体引入作为参考。不应将本文的任何内容解释为承认本发明无权先于因先前发明所作的此类公开。下面提供了在本说明书中经常使用的一些术语的定义。这些术语在其每次使用时在说明书的其余部分具有分别定义的含义和优选的含义。一般而言，腺病毒基因组是被良好地表征的。就具有类似位置的特定开放阅读框而言，在腺病毒基因组的总体组织中具有一般的保守性，例如每个病毒的E1A、E1B、E2A、 E2B、E3、E4、Li、L2、L3、L4和L5基因的位置。腺病毒基因组的每个末端包含被称为反向末端重复(ITR)的序列，其对病毒复制是必需的。病毒也包含病毒编码的蛋白酶，其对加工某些产生感染性病毒粒子所需的结构蛋白是必需的。根据宿主细胞转导后表达的病毒基因的顺序描述腺病毒基因组的结构。更具体地，根据转录是否在DNA复制开始前或后发生将病毒基因称为早期(E)或晚期(L)基因。在转导的早期，腺病毒的E1A、E1B、E2A、E2B、E3和 E4基因被表达以制备适于病毒复制的宿主细胞。在感染的晚期，激活晚期基因L1-L5的表达，其编码病毒颗粒的结构成分。
下表1提供了本文涉及的序列的概述 表

本发明涉及具有改进的血清阳性率的新腺病毒毒株。在一个方面，本发明涉及腺病毒衣壳蛋白例如六邻体、五邻体和纤维蛋白的分离的多肽及其片段和编码其的多核苷酸。也提供了包含根据本发明的分离的多核苷酸的载体和包含根据本发明的分离的多核苷酸或多肽的腺病毒和包含所述载体、腺病毒、多肽和/或多核苷酸的药物组合物。本发明还涉及分离的多核苷酸、分离的多肽、载体、腺病毒和/或药物组合物用于疾病的治疗或预防的用途。