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皱纹盘鲍基因组dna的无损伤提取方法

  • 专利名称
    皱纹盘鲍基因组dna的无损伤提取方法
  • 发明者
    刘小林, 刘明泰, 常亚青, 张艳, 李丹, 李旭光, 李杨, 许淑芬
  • 公开日
    2012年10月24日
  • 申请日期
    2012年7月24日
  • 优先权日
    2012年7月24日
  • 申请人
    大连海宝渔业有限公司
  • 文档编号
    C12N15/10GK102747069SQ20121025667
  • 关键字
  • 权利要求
    1.一种皱纹盘鲍基因组DNA的无损伤提取方法,其特征在于包括以下步骤 a、使用沾有70%-75%酒精的棉球对皱纹盘鲍的外套膜进行消毒和刺激,将处理后的皱纹盘鲍腹面朝上静置,待分泌粘液后,刮取0. 1-0. 2g粘液和表皮组织碎片的混合物,将该混合物中加入无水乙醇固定,冰上静置5-10分钟后,离心分离,取沉淀; b、所得沉淀中加入细胞裂解液,震荡混匀;C、在上步中获得的混合样品中加入6iil-20iil,5mg/ml-10mg/ml的蛋白酶K,在65°C的条件下消化3-5小时,且每15分钟震荡一次,消化完成后在4°C条件下冷却10-20分钟; d、在冷却后的样品中加入7.5M/L的NH4Ac,加入的体积为样品总体积的-,冰上静置5-10分钟后,4°C条件下离心,取上清液; e、在所得的上清液中加入与其体积相同的异丙醇,充分震荡混匀,冰上静置2-5分钟后,离心取沉淀; f、所得沉淀用70%-75%的乙醇洗涤两次,室温下晒置5-10分钟,获得皱纹盘鲍基因组DNA
  • 技术领域
    本发明涉及一种基因组DNA的提取方法,特别是一种皱纹盘鲍基因组DNA的无损伤提取方法
  • 背景技术
  • 具体实施例方式
    下面说明本发明的
  • 专利详情
  • 全文pdf
  • 权力要求
  • 说明书
  • 法律状态
专利名称:皱纹盘鲍基因组dna的无损伤提取方法皱纹盘鲍(Haliotisdiscus hannai)属于软体动物门腹足纲、前鳃亚纲、原始腹足目,是鲍科贝类分布于我国北方的唯一种,也是辽宁和山东沿海海水养殖的重要对象。利用现代分子生物学技术,对皱纹盘鲍进行群体遗传结构分析和遗传改良等操作,均必须对皱纹盘鲍的基因组DNA进行提取。传统的动物基因组提取方法主要是以肌肉组织或外周血细胞为DNA提取对象,这些方法都会不可避免地导致皱纹盘鲍处于应激状态,造成永久性损伤甚至死亡,无法使试验对象继续应用于生产。目前,国际贝类育种已开始流行基于亲权鉴定的Walk-back选择法,而采用此种方法必须在选择前对子代贝类的家系归属进行鉴定,因此现在需要采用一种无损伤的DNA提取方法,以免影响鲍的存活能力和生产性能。
本发明是为了解决现有技术所存在的上述不足,提出一种简单、高效、便捷,且不会对皱纹盘鲍造成损伤,不影响其存活能力和生产性能的皱纹盘鲍基因组DNA无损伤提取方法。本发明的技术解决方案是一种皱纹盘鲍基因组DNA的无损伤提取方法,其特征在于包括以下步骤 a、使用沾有70%-75%酒精的棉球对皱纹盘鲍的外套膜进行消毒和刺激,将处理后的皱纹盘鲍腹面朝上静置,待分泌粘液后,刮取0. 1-0. 2g粘液和表皮组织碎片的混合物,将该混合物中加入无水乙醇固定,冰上静置5-10分钟后,离心分离,取沉淀; b、所得沉淀中加入细胞裂解液,震荡混匀; C、在上步中获得的混合样品中加入6iil-20iil,5mg/ml-10mg/ml的蛋白酶K,在65°C的条件下消化3-5小时,且每15分钟震荡一次,消化完成后在4°C条件下冷却10-20分钟; d、在冷却后的样品中加入7.5M/L的NH4Ac,加入的体积为样品总体积的,冰上静置5-10分钟后,4°C条件下离心,取上清液;
e、在所得的上清液中加入与其体积相同的异丙醇,充分震荡混匀,冰上静置2-5分钟后,离心取沉淀;
f、所得沉淀用70%-75%的乙醇洗涤两次,室温下晒置5-10分钟,获得皱纹盘鲍基因组
DNA。本发明同现有技术相比,具有如下优点
本发明与传统的动物基因组DNA提取方法的主要区别是,通过75%的乙醇刺激皱纹盘鲍的外套膜,使其分泌粘液,并通过处理粘液即挂取粘液时一同获得的表皮组织碎片进而、提取基因组DNA。本方法的优点是首先,保护了取样个体的组织完整性,没有造成任何机械性损伤,通过不长的恢复期个体即可从应激状态中恢复过来,可以长期多次取样;其次,通过75%乙醇清洗,起到了消毒杀菌和减少外源DNA干扰的作用,有利于获得高质量的DNA。本方法所得DNA可广泛应用于皱纹盘鲍的种群遗传结构分析、系统进化和分子标记辅助育种等方面,也为利用分子手段连续监测特定个体的生长发育情况奠定了基础。同时本方法还可以应用于其它贝类如九孔鲍、栉孔扇贝等的育种上。因此可以说这种DNA提取方法具备了多种优点,特别适合于在本领域中推广应用,其市场和科研前景十分广阔。


实施例一
皱纹盘鲍基因组DNA的无损伤提取方法,它包括以下步骤首先取鲜活皱纹盘鲍,用无菌人工海水反复冲洗3遍,使其腹面朝上,室温下静置5分钟。使用沾有70%酒精的棉球对皱纹盘鲍的外套膜进行消毒和刺激,将处理后的皱纹盘鲍腹面朝上静置5分钟,待分泌粘液后,刮取0. Ig粘液和表皮组织碎片的混合物,并将混合物放入离心管内,向离心管中加A 600微升无水乙醇进行样品固定,固定后的样品于冰上静置8分钟后,上离心机分离,取沉淀物;
在所得的沉淀物中加入细胞裂解液600微升,这里的细胞裂解液推荐选用Tris-Cl100 mM, EDTA 50 mM, 1% SDS, pH 8.0,并震荡混匀;
混勻后的样品中加入I的蛋白酶K(其浓度为10mg/ml),并在65°C条件下消化3小时,每15分钟震荡一次,消化完成后在4°C条件下冷却10分钟;
在冷却后的样品中加入7. 5M/L的NH4Ac,加入的体积为样品总体积的三分之一,在冰上静置5分钟后,4°C条件下离心,取上清液;
在获得的上清液中加入等体积的异丙醇,充分震荡混匀,在冰上静置2分钟后,离心取沉淀;
将所得的沉淀用70%的乙醇洗涤两次,并在室温下晒置5分钟,便获得皱纹盘鲍基因组DNA ;将基因组DNA在4°C的条件下保存在无水乙醇中,或溶解于适量的无菌水中备用即可。实施例二
皱纹盘鲍基因组DNA的无损伤提取方法,它包括以下步骤首先取鲜活皱纹盘鲍,用无菌人工海水反复冲洗3遍,使其腹面朝上,室温下静置5分钟。使用沾有72%酒精的棉球对皱纹盘鲍的外套膜进行消毒和刺激,将处理后的皱纹盘鲍腹面朝上静置5分钟,待分泌粘液后,刮取0. 15g粘液和表皮组织碎片的混合物,并将混合物放入离心管内,向离心管中加A 600微升无水乙醇进行样品固定,固定后的样品于冰上静置5分钟后,上离心机分离,取沉淀物;
在所得的沉淀物中加入细胞裂解液600微升,这里的细胞裂解液推荐选用Tris-Cl100 mM, EDTA 50 mM, 1% SDS, pH 8.0,并震荡混匀;
混勻后的样品中加入12ii I的蛋白酶K(其浓度为8mg/ml),并在65°C条件下消化4小时,每15分钟震荡一次,消化完成后在4°C条件下冷却15分钟;
在冷却后的样品中加入7. 5M/L的NH4Ac,加入的体积为样品总体积的三分之一,在冰上静置8分钟后,4°C条件下离心,取上清液;
在获得的上清液中加入等体积的异丙醇,充分震荡混匀,在冰上静置3分钟后,离心取沉淀;
将所得的沉淀用73%的乙醇洗涤两次,并在室温下晒置8分钟,便获得皱纹盘鲍基因组DNA ;将基因组DNA在4°C的条件下保存在无水乙醇中,或溶解于适量的无菌水中备用即可。实施例三
皱纹盘鲍基因组DNA的无损伤提取方法,它包括以下步骤首先取鲜活皱纹盘鲍,用无菌人工海水反复冲洗3遍,使其腹面朝上,室温下静置5分钟。使用沾有75%酒精的棉球对皱纹盘鲍的外套膜进行消毒和刺激,将处理后的皱纹盘鲍腹面朝上静置5分钟,待分泌粘液后,刮取0. 2g粘液和表皮组织碎片的混合物,并将混合物放入离心管内,向离心管中加入600微升无水乙醇进行样品固定,固定后的样品于冰上静置10分钟后,上离心机分离,取沉淀物;
在所得的沉淀物中加入细胞裂解液600微升,这里的细胞裂解液推荐选用Tris-Cl100 mM, EDTA 50 mM, 1% SDS, pH 8.0,并震荡混匀;
混勻后的样品中加入20 ii I的蛋白酶K(其浓度为5mg/ml),并在65°C条件下消化5小时,每15分钟震荡一次,消化完成后在4°C条件下冷却20分钟;
在冷却后的样品中加入7. 5M/L的NH4Ac,加入的体积为样品总体积的三分之一,在冰上静置10分钟后,4°C条件下离心,取上清液;
在获得的上清液中加入等体积的异丙醇,充分震荡混匀,在冰上静置5分钟后,离心取沉淀;
将所得的沉淀用75%的乙醇洗涤两次,并在室温下晒置10分钟,便获得皱纹盘鲍基因组DNA ;将基因组DNA在4°C的条件下保存在无水乙醇中,或溶解于适量的无菌水中备用即
可。

本发明公开一种皱纹盘鲍基因组DNA的无损伤提取方法,包括以下步骤用75%酒精对皱纹盘鲍的外套膜进行消毒和刺激,刮取粘液和表皮组织碎片的混合物,并对该混合物经过处理后离心分离取沉淀;在沉淀中加入细胞裂解液;蛋白酶K,经消化、震荡后冷却一段时间;并在样品中加入NH4Ac,离心取上清液;在上清液中加入异丙醇,震荡混匀后离心取沉淀;所得沉淀用乙醇洗涤,并室温下晒置5分钟,便获得皱纹盘鲍基因组DNA。这是一种简单、高效、便捷,且不会对皱纹盘鲍造成损伤,不影响其存活能力和生产性能的皱纹盘鲍基因组DNA无损伤提取方法。



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