专利名称：T细胞受体的Vβ－Dβ－Jβ序列及其检测方法按照来自国立卫生研究院的拨款号NS36140，美国政府可以拥有本发明中的权利。1.发明领域本发明总的来讲涉及治疗自身免疫病的领域，所述自身免疫病例如多发性硬化(MS)。更详细地讲，本发明涉及一种在某些MS患者中发现的T细胞受体序列以及检测它的方法。2.相关技术的描述在人和其它哺乳动物中，在T细胞上发现了T细胞受体。T细胞受体包括α链和β链；β链从N-末端至C-末端包含下面区域Vβ-Dβ-Jβ-Cβ。在Vβ-Dβ-Jβ区域中，T细胞受体由天然的变化。当由呈递抗原细胞(APC)呈递一抗原给T细胞时，具有偶然发生的、识别该抗原的可变区域(包括Vβ-Dβ-Jβ)的T细胞受体结合所述APC上的该抗原。然后，具有该T细胞受体的T细胞受到活化(克隆扩充)。人们认为许多自身免疫病的发病机理在于自身免疫T细胞对由所述有机体正常呈递的抗原的反应。这样的疾病的一个实例是多发性硬化(MS)；认为MS是由于T细胞对髓磷脂抗原且尤其是对髓磷脂碱性蛋白(MBP)的反应而引起的。人们发现MBP反应性T细胞在体内受到活化，且与对照个体不同，MBP反应性T细胞在MS病人血液和脑脊髓液中以较高的前体频率出现。这些MBP反应性T细胞产生Th1细胞因子，例如IL-2、TNF、以及γ-干扰素。这些Th1细胞因子促进炎性细胞移动到中枢神经系统中去，并使MS中的髓磷脂破坏性的炎性反应加剧。在MS的治疗方面，可以利用许多调节机制。一种这样的机制是用数目有限的具有胞外域的T细胞膜结合肽中一种或更多种接种。Vandenbark的美国专利5,614,192公开了利用至少包含T细胞受体第二互补性决定区(CDR2)的一部分的15至30个氨基酸的免疫源性T细胞受体肽来治疗自身免疫病。Zhang的同时待审的美国专利申请(60/099,102)公开了利用免疫源性T细胞受体肽和免疫源性T细胞活化标记肽来联合治疗自身免疫病。可以改善用T细胞受体肽接种的一个领域是靠确定哪一些共同基序(如果有的话)存在于例如MS的自身免疫病患者的T细胞受体中。如果发现这样的基序，那么，为了便于治疗，可以用和所述基序等同的肽接种该患者。因此，最好是有在自身免疫病患者的T细胞受体中发现的共同基序的氨基酸序列。同样，最好是能够用一种方便的方法例如PCR在患者的样品中很快检测出这样的基序。另外，最理想的是用与所检测出的基序等同的肽来治疗患有该自身免疫病的患者。本发明公开了在Vβ13.1 T细胞亚群的T细胞受体中发现的这样的共同基序以及一种用PCR快速检测它的方法；所述共同基序即“LGRAGLTY”基序，该基序具有Leu Gly Arg Ala Gly Leu Thr Tyr(SEQID NO3)的氨基酸序列。在识别MBP的83-99号氨基酸(在下文为“MBP83-99”)的某些T细胞的一些T细胞受体中发现了这种基序。在下文中，可将在这种Vβ13.1 T细胞亚群环境(context)中的所述基序称为“Vβ13.1-LGRAGLTY”。为了治疗或预防与Vβ13.1-LGRAGLTY有关的自身免疫病，可以用和该基序等同的肽来给患者接种。一种这样的自身免疫病是多发性硬化(MS)。
在一系列另外的实施方案中，可以将该寡核苷酸用于扩增或检测在Vβ13.1-LGRAGLTY T细胞中发现的核酸序列。在这样的实施方案的一个亚系列中，将所述寡核苷酸用于一种引物对中，该引物对包括或衍生自(a)第一引物，它是长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，且包括SEQ ID NO1的至少10个邻接核苷酸或与其互补的一种序列，以及(b)第二引物，它为长度约15至30个核苷酸且不包括序列(a)的寡核苷酸，并且所述第二引物序列可以发现于T细胞受体T细胞中Vβ13.1基因的Vβ至Jβ的区域(SEQ ID NO2)中，其中，序列(a)和序列(b)不存在于所述T细胞受体基因的同一条链上。
所述第一引物优选为一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该种寡核苷酸包括SEQ ID NO1的11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个邻接核苷酸、或者与其互补的序列。最优选一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该种寡核苷酸包括SEQID NO1的核苷酸序列或与其互补的序列。
在这样的实施方案的另一个亚系列中，将所述寡核苷酸用作寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包括(a)长度约为15至30个核苷酸的寡核苷酸，且该寡核苷酸包括SEQID NO1的至少10个邻接核苷酸或与其互补的一种序列，以及(b)一个标记部分。
所述寡核苷酸最好是长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，且该种寡核苷酸包括SEQ ID NO1的11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个邻接核苷酸、或者与其互补的一种序列。最优选的是一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该种寡核苷酸包括SEQ ID NO1的核苷酸序列或与其互补的序列。最好所述标记部分选自32P或地高辛配基。
在另一个实施方案中，本发明涉及检测表达LGRAGLTY基序的MBP83-99Vβ13.1 T细胞的方法，所述方法包括(i)从MBP83-99Vβ13.1 T细胞中获得核酸样品；(ii)使所述核酸样品与一种引物对接触，所述引物对选自或衍生自(a)包含长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸的第一引物，且所述第一引物包括SEQ ID NO1的至少10个邻接核苷酸或与其互补的一种序列或由其衍生的一种序列，以及(b)包含长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸的第二引物，所述寡核苷酸不包含序列(a)，且发现于Vβ13.1 T细胞的Vβ13.1基因的Vβ至Jβ的区域(SEQ ID NO2)中，其中，序列(a)和序列(b)不存在于Vβ13.1基因的同一条链上；以及，(iii)检测编码LGRAGLTY基序的核酸的存在。
所述第一引物最好是长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该种寡核苷酸包括SEQ ID NO的11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个邻接核苷酸、或者与其互补的一种序列。最优选的是一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该种寡核苷酸包括SEQ ID NO1的核苷酸序列或与其互补的序列。
而在另一个实施方案中，本发明涉及治疗自身免疫病的一种方法，所述方法包括(a)从一个人获得MBP83-99Vβ13.1 T细胞；(b)用上述方法检测编码LGRAGLTY基序的核酸的存在；且如果检测出该核酸，则(c)将一种Leu Gly Arg Ala Gly Leu Thr Tyr(SEQ ID NO3)肽给予所述的人。
在再一个实施方案中，本发明涉及监测自身免疫病的一种方法，所述方法包括(a)从一个人获得MBP83-99Vβ13.1 T细胞；(b)用上述方法检测编码LGRAGLTY基序的核酸的存在；且如果检测出该核酸，则(c)定量测定定该核酸。


图1显示了用于PBMC衍生出的PCR产物的克隆及测序的实验步骤。用5’Vβ13.1引物和3’Jβ引物从表达LGRAGLTY基序的四个阳性PBMC样品扩增衍生自PBMC样品的cDNA，并将其连接到TA克隆载体pCR2.1中，且将其转化到大肠杆菌中。运用一种M13引物及LGRAGLTY特异性引物，通过PCR，筛选质粒DNA。测定通过PCR显示出明显扩增的阳性质粒的序列，以证实存在带有一个Vβ13.1引物的Vβ-Dβ-Jβ序列。
图2表明了两种MBP83-99 T细胞克隆对具有单个丙氨酸取代的类似肽的反应方式。在[3H]-胸苷掺入分析中，检查了显示出完全相同的Vβ13.1重排(对于MS7-E2.6和MS27-C3.1)和一种类似的Vα-Jα连接序列(对于MS7-E2.6和MS7-E3.1)的两对MBP83-99 T细胞克隆对于对一组丙氨酸取代的肽的反应性。将表达DRB1*1501的一种小鼠成纤维细胞细胞系用作呈递抗原细胞之源。在72小时后，测定所述克隆对每种类似肽的增殖反应，并以掺入的CPM的形式描述结果。影线框意味着由于对类似肽的反应而T细胞克隆的增殖减少＞50％。
图3显示了CDR3寡核苷酸对原始T细胞克隆和不相关的T细胞克隆的特异性的交叉检查。检查了对TCR VDJ区域特异性的一组寡核苷酸在检测在原始MBP83-99 T细胞克隆中以及在得自同一个体和不同个体的不相关MBP83-99 T细胞克隆中存在的已知靶DNA序列方面的特异性。用CDR3-特异性寡核苷酸作为正向引物且用3’-Cβ引物作为反向引物，进行PCR反应。实心框表示存在于原始T细胞克隆中或者存在于分享相同CDR3序列之T细胞克隆中的DNA序列的阳性检测。也检查了所有引物与具有不相关CDR3序列的、随机选择的T细胞克隆之DNA产物的结合(影线框)。
图4显示了在随机选择的得自MS患者的PBMC样品中、互补于基序Vβ13.1-LGRAGLTY的靶DNA序列的检测。首先在RT-PCR中用一种5’-Vβ13.1特异性引物及一种3’-Cβ引物来扩增由PBMC样品制备的cDNA，所述PBMC样品来自随机挑选的MS患者(n＝48)，而且随后，使所述扩增的PCR产物与一种地高辛配基标记的、LGRAGLTY基序特异性寡核苷酸探针杂交。将原始MBP83-99克隆(MS7-E2.6)和一种不相关的T细胞克隆(MS32-B9.8)相应地分别用作阳性对照与阴性对照。MS-7和MS-27是从中得到克隆MS7-E2.6(表1中的MS-7)和克隆MS27-C3.1(表1中的MS-27)的原始PBMC样品。星号表示DRB1*1501的阳性表达。
图5显示了得自正常受实验者的、随机选择的PBMC样品中Vβ13.1-LGRAGLTY基序的检测。在与图4的说明中描述的条件相同的条件下，分析了得自20个正常受实验者(NS)的PBMC样品。将原始克隆(MS7-E2.6)和一种不相关的T细胞克隆(MS32-B9.8)相应地分别用作阳性对照和阴性对照。星号表示DRB1*1501的阳性表达。
图6显示了得自MS患者与正常受实验者的PBMC样品中LGRAGLTY基序表达的半定量比较。通过半定量PCR，分析在得自MS个体和正常个体的PBMC的每种cDNA中相对于所述Cβ表达的基序Vβ13.1-LGRAGLTY的表达。以(LGRAGLTY基序的表达/Cβ的表达)x100％的形式来计算相对表达水平。
图7显示了在得自MS患者的短时(short-term)MBP83-99 T细胞系中检测到Vβ13.1-LGRAGLTY基序。使用一种MBP的合成83-99肽，从5位MS患者产生一组独立的短时MBP83-99 T细胞系。进一步证实所有这些T细胞系对MBP83-99肽的特异性反应(对MBP83-99应答的CPM/对照的CPM＞5)。在PCR中，用一种5’-Vβ13.1特异性引物和一种3’-Cβ引物来扩增cDNA产物。随后在DNA印迹分析中，将所述扩增的PCR产物与地高辛配基标记的、对应于Vβ13.1-LGRAGLTY基序的寡核苷酸探针杂交。将得自所述原始MBP83-99克隆(MS7-E2.6)的cDNA产物以及得自一种不相的T细胞克隆(MS32-B9.8)的cDNA产物分别用作阳性对照和阴性对照。
“PCR”意指聚合酶链式反应。例如，如在美国专利第4,683,202号(1987年7月28日授予Mullins)中一般地描述的，该专利通过引用结合到本文中。PCR是一种扩增技术，其中，在存在一种聚合剂(例如聚合酶)和四种核苷三磷酸的情况下，使选定寡核苷酸或引物杂交到核酸模板上，并从所述引物形成延伸的产物。然后，将这些产物变性，并在一个扩增所存在的核酸数目和数量的循环反应中(将变性产物)用作模板，从而便于这些产物的随后的检测。各种各样的PCR技术都是可用的，并且可将其与按照本发明的方法一起使用。
“引物”意指能够用作DNA合成起始点的、在互补于模板分子上一段特定DNA序列的寡核苷酸；所述寡核苷酸或者是天然的，或者是合成的。
在术语“衍生自…的引物或探针”的范围里，“衍生自”意指该引物或探针不限于所列举的核苷酸序列，而是也包括所列举的核苷酸序列的变异，所述变异包括核苷酸的添加、缺失、或取代，所述变异达到这样的程度，以至对所列举序列的变异保留在编码该Vβ13.1-LGRAGLTY序列即Leu Gly Arg Ala Gly Leu Thr Tyr(SEQ ID NO3)的T细胞受体DNA的检测中作为引物的能力。
当将“免疫原性的”用来描述一种肽时，“免疫原性的”意指该肽能够诱发一种免疫应答；该免疫应答或者是T细胞介导的，或是抗体的，或者是上述两者介导的。“抗原性的”意指该肽能以游离形式被抗体识别；且在抗原特异性T细胞的情况下，则意指在MHC分子的环境中。
“免疫相关疾病”意指在该病的发病机理方面与免疫系统有关的疾病。免疫相关疾病的一个亚类是自身免疫病。本发明考虑的自身免疫病包括但不限于类风湿性关节炎、重症肌无力、多发性硬化、系统性红斑狼疮、自身免疫性甲状腺炎(Hashimoto’s甲状腺炎)、格雷夫斯氏(Graves’)病、炎性肠病、自身免疫性眼色素层视网膜炎、多肌炎、以及某些类型的糖尿病。根据本说明书，本领域技术熟练人员可很快地察觉能用本发明组合物和方法治疗的其它自身免疫病。“T细胞介导的疾病”意指在有机体中由于T细胞识别在该有机体中正常存在的肽而导致的疾病。
当涉及保护动物免受一种疾病时，“治疗”或“医治”意指预防、压制、或抑制该疾病。预防该疾病涉及在该疾病诱发之前将本发明的一种组合物给予动物。压制该疾病涉及在该疾病诱发之后但在其临床显露之前将本发明的一种组合物给予动物。抑制该疾病涉及在该疾病临床显露之后将本发明的一种组合物给予动物。人们将意识到在人类医学方面，人们不能总是知道将在疾病诱导过程中的什么时候给予本发明的一种组合物。
在一个方面，本发明涉及包括下述引物的序列或衍生自下述引物的引物对(a)第一引物，它是长度约为15至30个核苷酸的寡核苷酸，且包括SEQ ID NO1的至少10个邻接核苷酸或与其互补的核酸序列；以及(b)第二引物，它是长度约15至30个核苷酸且不包括序列(a)的寡核苷酸，并且发现于Vβ13.1 T细胞T细胞受体基因的Vβ至Jβ的区域中，其中，序列(a)和序列(b)不存在于T细胞受体基因的同一条链上。
所述第一引物优选为一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该种寡核苷酸包括SEQ ID NO1的11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个邻接核苷酸、或者与其互补的一种序列。最优选的是一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该种寡核苷酸包括SEQ ID NO1的核苷酸序列或与其互补的序列。
设计根据本发明的引物，来扩增编码人Vβ13.1 T细胞的T细胞受体的基因片段；该片段包含一种氨基酸基序Leu Gly Arg Ala Gly LeuThr Tyr(SEQ ID NO3)。已将来自Vβ13.1 T细胞、编码所述包含LGRAGLTY基序的T细胞受体的基因提交给GenBank，登记号为AF117132。在本文中，将来自Vβ13.1 T细胞、编码所述包含LGRAGLTY基序的T细胞受体的基因序列作为SEQ ID NO2而提出。在按照本发明的方法中，用两种引物扩增来自Vβ13.1 T细胞的、大约400bp的T细胞受基因的片段；其中，所述第一引物在CDR3区中，而所述第二引物在Cβ区中。所述T细胞受体基因的Vβ-Dβ-Jβ区域将在该CDR3区和Cβ区之间，并且包括CDR3区和Cβ区。在一个优选的实施方案中，所述引物为上面描述的引物对。
按照本发明的引物也包括衍生自引物(a)-(b)的寡核苷酸。如果一种序列具有或包含与所述引物的一种序列基本上相同的序列、且保留了选择性地退火到与上述大致相同的来自Vβ13.1 T细胞的T细胞受体基因之Vβ-Dβ-Jβ区域的CDR3区或Cβ区的能力，则这一种序列衍生自引物(a)或(b)。更详细地讲，只要该引物保留对来自Vβ13.1 T细胞的T细胞受体基因之Vβ-Dβ-Jβ区域的识别区域的选择性，则在长度上该引物可以不同于引物(a)或(b)，或者在沿着该序列的一个或更多个的位置上，由于核酸的种类而不同于引物(a)或(b)。例如，该引物可以是一种至少具有15个核苷酸的寡核苷酸，其中，所述15个核苷酸与选自或衍生自引物(a)-(b)的一种序列的一系列15个邻接的核酸等同。所述引物也可以是约30个核苷酸或更少核苷酸的、包含一个具有选自或衍生自引物(a)-(b)的任一种序列之区段的任一寡核苷酸。该引物的核苷酸数应该大到足以保持选择性，而又要小到足以保留在引物合成和该PCR步骤中的功效和可操作性。所述引物可以具有各种变异，所述变异包括核苷酸的缺失、添加或取代，所述变异达到这样程度，以至这些相对于引物(a)-(b)之序列的变异保留在Vβ13.1-LGRAGLTY检测中作为引物的能力。
在检测样品中任何Vβ13.1-LGRAGLTY存在的一个步骤中，按照本发明的Vβ13.1-LGRAGLTY检测方法使用一对上述的引物。待测定Vβ13.1-LGRAGLTY存在的样品是一种核酸，最好是DNA。该DNA可以是基因组DNA、cDNA、预先通过PCR扩增的DNA、或任何其它形式的DNA。可以直接或间接地从表达T细胞受体β链基因的任何动物或人机体组织中分离该样品。一种优选的机体组织为外周血单核细胞(PBMC)。如果该样品为基因组DNA，则可以直接从机体组织中分离它。如果该样品是cDNA，则可以通过直接从该机体组织中分离的mRNA的逆转录，来间接地分离它。如果该样品是预先通过PCR扩增的DNA，则通过基因组DNA、cDNA、或任何其它形式DNA的扩增，来间接地分离它。
在一个优选的实施方案中，将来自Vβ13.1 T细胞的T细胞受体基因的一部分即包括编码LGRAGLTY基序的一段序列的部分扩增，从而增强检测Vβ13.1-LGRAGLTY(5’-CTAGGGCGGGCGGGACTCACCTAC-3’(SEQ ID NO1)存在的能力。运用提供样品中所述部分的灵敏、选择性及快速扩增的任一特定的PCR技术或设备，可以通过一个聚合酶链式反应而进行所述的扩增。
例如，所述PCR扩增可以采用一种方法，其中，制备一种包括下面成分的反应混合物5μl 10×PCR缓冲液II(100mM Tris-HCl，pH 8.3，500mM KCl)、3μl 25mM MgCl2、1μl 10mM dNTP混合物、0.3μlTaq聚合酶(5U/μl)(AmpliTaq Gold，Perkin Elmer，Norwalk，CT)、30pmol的引物A、以及30pmol的引物B。根据本说明书，为了用PCR来扩增来自Vβ13.1 T细胞的T细胞受体基因的所述部分，技术人员将能够选择合适的引物A和引物B。上述混合物对于扩增1μl的DNA样品是合适的。在下文中，可以把待扩增的DNA称为“模板”。
一旦将样品DNA加入到上述反应混合物中，就可以以一种扩增分布型(profile)来进行所述PCR反应，所述扩增分布型即每个循环为在95℃ 1分钟(变性)、在56℃ 20秒(退火)、以及在72℃ 40秒(延伸)，循环的总数为35次。
在所述PCR反应中，可加热变性该模板，并退火到两种寡核苷酸引物上。所述寡核苷酸给打算扩增的核酸序列区域装上“托架”。在该反应混合物中，包括一种热稳定性DNA聚合酶。通过加入合适的互补核苷酸，该聚合酶使退火到互补DNA的所述引物延长。优选的聚合酶具有在至少95℃的温度下稳定的特性、具有50-60的持续合成能力以及具有大于每分钟50个核苷酸的延伸速率。
在一个典型的PCR扩增反应中，大约运用40次PCR循环。然而，某些PCR反应可以同少以15到20次的循环或多达50次的循环运行。每个循环包括一个解链步骤，在该步骤中将所述模板加热到超过大约95℃的温度。
然后，使该PCR反应的温度降低，以让所述引物退火至该模板。在这个退火步骤中，将该反应的温度调节到大约55℃至72℃之间达大约20秒；可以根据具体的反应而进行较长的时间或较短的时间。
然后，使该PCR反应的温度升高，以允许由该聚合酶引起的所述引物的最大延伸。在这个延伸步骤中，将该反应的温度调节到大约70℃至75℃之间达大约40秒。可以根据具体的反应而使用较高或较低的温度和/或较长或较短的时间。
另外，在开始第一次循环之前，可以使该反应混合物在大约5分钟至15分钟的期间里经受初次变性。类似地，在完成最后的循环之后，可以使该反应混合物在大约5分钟至10分钟的期间里经受最后的延伸。
可以用两步PCR来完成扩增。在这种技术方面，为了扩增比一个目的区域大的、且包括目的区域的第一区域，进行第一个PCR扩增反应。然后，用该第一区域作为模板，进行第二个PCR扩增反应，以扩增目的区域。如果来自所述第一个PCR扩增反应的任一引物可被用于第二个PCR反应，则所述第二个PCR反应是“半嵌套式的”。如果来自所述第一个PCR扩增反应的引物没有一个可被用于第二个PCR反应，则所述第二个PCR反应是“嵌套式的”。
在使用本发明方法的一种优选方式中，通过两步PCR来扩增Vβ13.1-LGRAGLTY基序。在第一个PCR反应中，使用该反应混合物和上面公开的分布型，用退火到所述T细胞受体基因的Vβ区的第一引物和退火到所述T细胞受体基因的Cβ区的第二引物扩增该样品。所述第一个PCR反应扩增大约为600bp的第一区域，且从Vβ经过Vβ-Dβ-Jβ连接，延伸至Cβ。所述第二个PCR反应是嵌套式的或半嵌套式的；用引物对(a)-(b)部分地扩增该第一区域的一部分。所述第二个PCR反应扩增目的区域。
在扩增了所述样品中任何编码Vβ13.1-LGRAGLTY的DNA之后，检测这种扩增的产物。可以用许多方法完成这种检测。例如，可以将扩增产物的一份等分试样加样到电泳凝胶上，对该凝胶施加一个电场，从而按大小分离DNA分子。在另一个方法中，把扩增产物的一份等分试样加样到用SYBR绿、溴化乙锭、或将结合到DNA上并发出一种可检测信号之另一种分子染色的电泳凝胶上。例如，溴化乙锭结合到DNA上，且当用紫外光照射时，发出可见光。一块干的凝胶可两者择一地包含互补于所扩增的模板序列一部分的放射性标记或化学标记的寡核苷酸(在下文可将其称为“寡核苷酸探针”)；通过把所述凝胶对胶片曝光，由该凝胶记录下放射自显影。
在另一个实施方案中，本发明涉及寡核苷酸探针，其包括(a)一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含SEQ ID NO1的至少10个邻接核苷酸或与其互补的核酸序列；以及
(b)一个标记的部分。
“(a)”最好是一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该寡核苷酸包括SEQ ID NO1的11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个邻接核苷酸、或与其互补的序列。最优选的是一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该寡核苷酸包括SEQID NO1的核苷酸序列或与其互补的序列。最好所述标记部分选自32P或地高辛配基。
可用于检测用本发明引物产生的扩增产物的典型的放射性标记的寡核苷酸取自所述Vβ-Dβ-Jβ区域。如果用上面公开的、其中运用一种对应于编码LGRAGLTY基序的序列的引物的、半嵌套两步PCR来扩增Vβ13.1-LGRAGLTY区域，则可以使用互补于扩增的Vβ13.1-LGRAGLTY区域之任一条链的一部分的大约10个或更多个核苷酸、优选约18个或更多个核苷酸的任何寡核苷酸。更优选地是，把寡核苷酸5’-CTAGGGCGGGCGGGACTCACCTAC-3’(SEQ ID NO1)或与其互补的核酸序列用作探针。
本发明也包括一种测试试剂盒，所述试剂盒包括长度约15至30个核苷酸的、包含SEQ ID NO1的至少10个邻接核苷酸的第一引物(a)、或与其互补的核酸序列。
在一个优选的实施方案中，所述测试试剂盒还包括第二引物(b)，其中，所述第二引物是一种长度约15至30个核苷酸、不包含(a)的序列且发现于T细胞中的Vβ13.1 T细胞受体基因之Vβ至Jβ区域的核酸序列；其中，(a)的序列和(b)的序列不存在于所述T细胞受体基因的同一条链上。
更优选所述的第一引物为一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该寡核苷酸包括SEQ ID NO1的11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、或23个邻接核苷酸、或与其互补的序列。最优选的是一种长度约15至30个核苷酸的寡核苷酸，该寡核苷酸包括SEQ ID NO1的核苷酸序列或与其互补的序列。
在这个实施方案中，所述测试试剂盒还包括至少一种可用于如上描述的用PCR技术扩增Vβ13.1-LGRAGLTY DNA的试剂。该试剂盒中可包括的示范性试剂包括但不限于缓冲液、脱氧核苷三磷酸、例如Taq聚合酶的热稳定性DNA聚合酶、作为阳性对照的Vβ13.1-LGRAGLTY DNA、以及作为阴性对照的非Vβ13.1-LGRAGLTYDNA。对于本领域技术熟练人员而言，该测试试剂盒中可包括的其它试剂是已知的。
在另一个优选的实施方案中，所述测试试剂盒还包括一种标记部分。该标记部分最好是32P或地高辛配基。
本发明也包括一种治疗自身免疫疾病的方法。所述自身免疫疾病是在至少某些患者的Vβ13.1 T细胞上发现包含LGRAGLTY的T细胞受体的疾病。该患者可以存在其它类型的T细胞、和/或没有包含所述LGRAGLTY基序的T细胞受体之Vβ13.1 T细胞。
治疗所述自身免疫疾病的该方法包括(a)从一个人获得MBP83-99Vβ13.1 T细胞；(b)用上面公开的方法，检测所述T细胞中编码LGRAGLTY基序的核酸的存在；且如果检测出该核酸，则(c)给予该人一种Leu Gly Arg Ala Gly Leu Thr Tyr(SEQ ID NO3)肽。
所述自身免疫疾病可以是任一种在Vβ13.1 T细胞上发现包含LGRAGLTY基序的T细胞受体的自身免疫疾病。本发明考虑的自身免疫疾病包括但不限于类风湿性关节炎、重症肌无力、多发性硬化、系统性红斑狼疮、自身免疫性甲状腺炎(Hashimoto’s甲状腺炎)、格雷夫斯氏(Graves’)病、炎性肠病、自身免疫性眼色素层视网膜炎、多肌炎、以及某些类型的糖尿病。一种优选的自身免疫疾病是多发性硬化(MS)。
如果用上面公开的方法检测出编码LGRAGLTY基序的核酸，则可以通过给予一种包含Leu Gly Arg Ala Gly Leu Thr Tyr(SEQ ID NO3)的肽来治疗该自身免疫疾病。可单独地给予该肽，或者可将该肽与一种T细胞活化标记联合给予。最好是按照Zhang的美国专利申请60/099,102的说明书，将该肽与一种T细胞活化标记肽联合给予；该专利申请通过引用结合到本文中。给予该肽可导致一种免疫应答，其中，该患者将产生识别并结合在Vβ13.1 T细胞上发现的T细胞受体之LGRAGLTY基序的抗体和T细胞受体。
因为Vβ13.1-LGRAGLTY既可以存在于MS患者体中，又可以存在于没有患这种疾病的正常个体中，所以预计既可以将Leu Gly ArgAla Gly Leu Thr Tyr(SEQ ID NO3)肽给予MS患者，又可以将其给予正常的个体。
在一个可供选择的实施方案中，如果用上面公开的方法检测到编码一种LGRAGLTY基序的核酸，则通过定量测定该核酸，可监测该自身免疫疾病。存在于一个样品(例如PBMC)中的所述核酸量越大，则Vβ13.1 T细胞数越大，且该自身免疫疾病症状的严重性可能越大。而且，根据呈现升高的Vβ13.1 T细胞水平与出现症状之间的时间，临床医师可得到一个机会，以应用所计划的治疗，而将该症状的严重性减小到最低和/或在该症状出现之前治疗该病。
为了证实本发明优选的实施方案，包括了下面的实施例。本领域技术熟练人员应该意识到在接下来的实施例中公开的技术代表由本发明人发现的、在实施本发明方面十分有效的技术；且因此可认为这些技术构成了用于本发明实施的优选模式。然而，根据本说明书，本领域技术熟练人员应该意识到在公开的具体实施方案中，可以在不偏离本发明的精神和范围的情况下进行许多变化而仍然获得同样的或类似的结果。
实施例实施例1T细胞受体Vβ-Dβ-JβDNA序列以及由来源于不同MS患者的MBP83-99特异性T细胞克隆分享的序列基序由七个MS患者产生出20个一组的独立CD4+T细胞克隆。通过把用DRB1*1501转染的鼠成纤维细胞(L细胞)用作呈递抗原细胞测定，所有的T细胞克隆均识别在HLA-DR2环境中的髓磷脂碱性蛋白的83-99肽(MBP83-99)。用Vα-特异性寡核苷酸引物和Vβ-特异性寡核苷酸引物，在反转录PCR(RT-PCR)中特定鉴定所述T细胞克隆的TCR V基因重排，并且随后对Vα-Jα和Vβ-Dβ-Jβ连接区测序。在表1和表2中显示了该连接区的序列。
表1概括了用一组共20个独立MBP83-99特异性T细胞克隆的分析结果，所述T细胞克隆已运用一组对Vα基因家族特异性的寡核苷酸引物(所用独特引物的序列通过在对应于每个克隆的所述DNA序列下划线来表明)通过反转录PCR、按照T细胞克隆的Vα基因用法进行了表征。在表1中如下表明每个克隆的“Vα”、“n”、“Jα”、及“Cα”部分的氨基酸序列在所述“n”部分下划线；所述“Vα”序列和“Jα”序列在所述“n”序列的相应一侧用粗体表示所述“Vα”序列和“Jα”序列；以及用正常无下划线的字体表示所述“Cα”序列。使扩增的PCR产物与地高辛配基标记的CαcDNA探针杂交，且随后对扩增的PCR产物的DNA序列进行序列分析。
表2概括了一组共20个独立的MBP83-99特异性T细胞克隆的分析结果。用一组对26个Vβ基因家族特异性的寡核苷酸引物(每个克隆的特定引物的序列通过在相应的所述DNA序列下划线来表明)，通过反转录PCR，对所述克隆作Vβ基因用法的分析。在表2中如下表明每个克隆的“Vβ”、“D”、“Jβ”、以及“Cβ”部分在所述“D”部分下划线；所述“Vβ”序列和“Jβ”序列在所述“D”序列的相应一侧用粗体表示；且用正常字体显示剩下的序列“Cβ”(无下划线或粗体标记)。使所扩增的PCR产物与地高辛配基标记的Cβ cDNA探针杂交，且随后对扩增的PCR产物的DNA序列进行序列分析。
表1对MBP83-99肽特异性的TCRVα基因序列
表2对MBP83-99肽特异性的TCRVβ基因序列
虽然所述的Vα和Vβ重排在各个MBP83-99 T细胞克隆之间不同，但起源于一种特定个体的许多这些独立的T细胞克隆分享相同的、具有相同Vα-Jα和Vβ-Dβ-Jβ连接区序列的Vα链和Vβ链。这个发现和先前报道的在特定MS患者体内的MBP83-99特异性T细胞之克隆扩充(Vandevyver 1995，Wucherpfenning 1994)是一致的。
有趣地是，正如在表1和表2中表明的，起源于一个患者(MS-1)的一个独立的T细胞克隆(克隆E2.6)与得自另一个患者(MS-2)的4个T细胞克隆中的3个(克隆C3.1、D7.16和F3.4)分享相同的Vβ13.1和Vα17。这些T细胞克隆的Vβ13.1分享一种在Vβ-Dβ-Jβ连接区内的完全相同的DNA序列。
实施例2Vβ-Dβ-Jβ-特异性寡核苷酸引物在检测存在于原始MBP83-99 T细胞克隆中以及存在于包含原始MBP83-99 T细胞的PBMC中的、相应的DNA序列方面是高度特异性的和高度灵敏的根据在独立的MBP83-99 T细胞克隆的Vβ-Dβ-Jβ连接区内的DNA序列，合成了一组共14种寡核苷酸引物；且随后在RT-PCR中，检查其特异性。在表3中显示了这些寡核苷酸引物的DNA序列。
表3 Vβ-Dβ-Jβ-特异性寡核苷酸引物的DNA序列T细胞克隆 DNA序列 SEQ ID NOMS1-E3.1 AGCAGCCAAGATCGTTTTTGG SEQ ID NO68MS1-E2.6 CTAGGGCGGGCGGGACTCACCTACSEQ ID NO69MS2-C3.1 CTAGGGCGGGCGGGACTCACCTACSEQ ID NO70MS2-D4.4MS3-F5.12 TACTCGATTAGGGGACAGGGTAACSEQ ID NO71MS3-B9.8MS4-D9.3 CAAGATCGGGTTGCGCCA SEQ ID NO72MS4-B9.1 ACCCGGCAAGGACCTCAAGAGACCSEQ ID NO73MS5-D2.7 AGCTTAGGACAGGGGGCT SEQ ID NO74MS5-D1.3MS6-D8.1 GCCAGCCGGGACAGGTCC SEQ ID NO75MS6-D1.2 GAGTAGATTGGTACGGGA SEQ ID NO76MS7-C.26MS8-C7.2 TACATCTGAAGTGCTATAGAC SEQ ID NO77
这些Vβ-Dβ-Jβ-特异性引物仅结合到存在于原始MBP83-99 T细胞克隆中的DNA序列上，而不结合到得自不相关MBP83-99 T细胞克隆的所述序列上(图2)；这暗示了它们对于原始Vβ-Dβ-Jβ序列的高度特异性。注意到有关克隆MS1-E2.6和克隆MS2-C3.1的唯一例外，其中，结合到一种Vβ-Dβ-Jβ连接DNA序列上的同样引物由两种T细胞克隆分享。
已知所述Vβ-Dβ-Jβ寡核苷酸引物的特异性及PCR检测系统的高度灵敏性，则我们问这种运用5’Vβ引物和Vβ-Dβ-Jβ-特异性的寡核苷酸引物的两步PCR检测系统是否可被用来检测存在于所述MBP83-99 T细胞克隆所起源的外周血单核细胞(PBMC)样品中的相应DNA序列。两个独立实验的结果显示在原始PBMC样品中的Vβ-Dβ-Jβ序列的阳性检测。因此，所述研究的结果证明其中Vβ-Dβ-Jβ序列用作指纹的该PCR检测系统在通过探查完全相同的DNA序列而追踪存在于外周血单核细胞中的MBP83-99 T细胞方面是特异性的和灵敏的。
实施例3在得自不同MS患者和健康个体的PBMC样品中检测一种共同Vβ-Dβ-JβDNA序列接着，我们检查在随机选自一组MS患者和健康个体的PBMC样品中是否可以检测到对应于所述MBP83-99 T细胞克隆的Vβ-Dβ-Jβ连接区的DNA序列。使用采用对相应Vβ家族之特异性引物(在所述第一个PCR中)和Vβ-Dβ-Jβ序列之特异性引物(在所述第二个半嵌套式PCR中)的相同PCR扩增系统。使所述的PCR扩增系统与用相应的Vβ-Dβ-Jβ探针进行杂交的DNA印迹分析相结合。已知所述两步PCR检测系统的具体需要和Vβ-Dβ-Jβ引物及探针的特异性，因此所鉴定的DNA序列将起源于特定的TCR Vβ链，且代表与目的Vβ-Dβ-Jβ序列或者等同或者相似。
结果表明只有一种Vβ-Dβ-Jβ寡核苷酸引物(MS1-E2.6，Vβ13.1-LGRAGLTY)在得自不同MS患者的48个PBMC样品里的15个样品(31％)中检测出互补的TCR Vβ13.1 DNA序列。因此，这个研究结果表明在这些MS患者体内存在表达Vβ13.1-LGRAGLTY的MBP83-99 T细胞。在类似的实验条件下，所述的同一引物在得自健康个体的20个PBMC样品里的5个样品(25％)中也检测出相应的DNA序列。剩下的13种Vβ-Dβ-Jβ引物在同一组PBMC样品中没能鉴定出任何序列信号。这些结果在三个独立的实验中是可以再现的。E2.6引物扩增的所鉴定的DNA产物起源于表达Vβ13.1的T细胞，因为为了扩增而在第一个PCR中使用了一种Vβ13.1特异性引物。
此外，也在产生自5个其PBMC样品被证明包含所鉴定的Vβ13.1-LGRAGLTY序列的MS(MS-35、MS36和MS39)患者的24个短时MBP83-99 T细胞系里的13个细胞系中，扩增了所述Vβ13.1-LGRAGLTY序列。因此，这些结果证实了在所述PBMC样品中检测出的该Vβ13.1-LGRAGLTY DNA序列起源于识别MBP83-99的T细胞。这个发现也暗示表达该Vβ13.1-LGRAGLTY序列的MBP83-99 T细胞代表了在某些MS患者中发现的全部或大多数的MBP83-99 T细胞系。
一种将Vβ-Dβ-Jβ序列用作指纹的联合PCR-DNA杂交检测系统，在通过检测等同的Vβ-Dβ-Jβ连接序列而追踪抗原特异性T细胞方面提供了一种强有力的手段。所述检测系统的高特异性和高灵敏性允许在外周血T细胞中鉴定特异性的Vβ-Dβ-Jβ序列。本研究首次证明在大约30％MS患者中，存在一个识别MBP的免疫显性83-99肽且一致表达一种相同Vβ-Dβ-Jβ序列的Vβ13.1 T细胞的共同亚群。基于在本文中描述的分段实验获得了所述的结论。第一，在得自不同患者的、独立的MBP83-99 T细胞克隆之中，找到所述相同的DNA序列(Vβ13.1-LGRAGLTY)。第二，在由得自不同MS患者的PBMC样品的TCR Vβ13.1所扩增的cDNA产物中，鉴别出该序列。第三，在产生自被证明包含该Vβ13.1-LGRAGLTY序列的PBMC样品的独立的短时MBP83-99 T细胞系中，检测到该DNA序列。表达该Vβ13.1-LGRAGLTY序列的MBP83-99T细胞似乎代表了全部或大多数的产生自某些MS患者的MBP83-99 T细胞系。最后，通过重组DNA克隆和直接的DNA序列分析，证实PBMC样品中Vβ13.1-LGRAGLTY序列的存在。
而且，表达所述共同Vβ13.1-LGRAGLTY序列的MBP83-99 T细胞也存在于某些健康的个体中不是意想不到的。迄今所报道的研究表明MBP反应性T细胞，包括识别所述免疫显性83-99肽的T细胞，也存在于某些健康的个体中(Zhang 1994，Ota 1990)。然而，与健康个体不同的是在MS患者中有一种功能上差异，即这些T细胞经历体内的活化和克隆扩充(Zhang 1994)。
分享所述共同的Vβ-Dβ-Jβ序列的这些Vβ13.1 MBP83-99 T细胞可能代表在某些MS患者中所发现的MBP83-99 T细胞的相当大的一部分。这种可能性得到以下观察的支持该Vβ13.1-LGRAGLTY序列存在于40％的、在两次刺激循环后产生自MS患者的短时MBP83-99 T细胞系中性。
在一个定量PCR检测系统中，为了监测体内的克隆扩充和与该疾病潜在相关的体内活性，可以将所鉴定的共同Vβ-Dβ-Jβ序列用作一种特异性标记，以检测在一大组MS患者的血液及脑脊髓液中的MBP83-99 T细胞的共同亚群。这种方法将优于基于细胞培养物的常规分析，因为MBP反应性T细胞的体外选择和扩展常常被细胞培养物中固有的各种各样的抑制因子所阻碍。这与最近的研究是一致的，在所述的研究中，当用直接的离体分析来测定MBP反应性T细胞的数量时，发现MBP反应性T细胞的频率在MS患者中是惊人地高的(Hafler为最后的作者JEM1997)。
此外，已表明对应于所述T细胞受体的合成肽在MS患者体内诱导对MBP反应性T细胞的抗独特型T细胞应答(Chou等，J.I.)。因此，在一组其MBP83-99 T细胞具有共同的CDR3序列基序的患者体内激发抗独特型T细胞以抑制MBP反应性T细胞特定亚群方面，包含一种共同CDR3序列的T细胞受体肽可具有巨大的潜力。在MS患者方面，作为一种潜在的治疗方法，用这样的共同CDR3肽的免疫法会优于用CDR2肽或个体相关CDR3肽的免疫法(Vandenbark 1996)。
根据本说明书，可以获得及实施在本文中公开且要求保护的所有组合物和/或方法，而不需过分地试验。虽然已借助优选的实施方案描述了本发明的组合物及方法，但对于本领域技术熟练人员，显而易见的将是在本文描述方法的步骤中、或步骤顺序方面，可以在不偏离本发明的概念、精神和范围的情况下对所述组合物和/或方法进行多种改变。更具体地讲，显而易见的将是可以用某些不但在化学上、而且在生理学上相关的试剂代替本文描述的试剂，能够得到同样结果或相似结果。认为对本领域技术熟练人员显而易见的所有这样的取代以及修改在由所附的权利要求所限定的本发明的精神、范围和概念内。
序列表<110>Jingwu，Zhang Z.<120>T细胞受体VB-DB-JB序列及其检测方法<130>BCOL003<140><141><160>77<170>PatentIn Ver.2.1<210>1<211>24<212>DNA<213>合成的<400>1ctagggcggg cgggactcac ctac 24<210>2<211>400<212>DNA<213>人类(Homo sapiens)<400>2catgtctccg ataacccaga ggatttcccg ctcaggctgc tgtcggctgc tccctcccag 60acatctgtgt acttctgtgc cagcagccta gggcgggcgg gactcaccta cgagcagtac 120ttcgggccgg gcaccaggct cacggtcaca gaggacctga aaaacgtgtt cccacccgag 180gtcgctgtgt ttgagccatc agaagcagag atctcccaca cccaaaaggc cacactggta 240tgcctggcca caggcttcta ccccgaccac gtggagctga gctggtgggt gaatgggaag 300gaggtgcaca gtggggtcag cacagacccg cagcccctca aggagcagcc cgccctcaat 360gactccagat actgcctgag cagccgcctg agggtctcgg 400<210>3<211>8<212>PRT<213>人类<400>3Leu Gly Arg Ala Gly Leu Thr Tyr1 5<210>4<211>30<212>PRT<213>人类<400>4Tyr Phe Cys Ala Leu Ser Arg Gly Gly Ser Asn Tyr Lys Leu Thr Phe1 5 10 15Gly Lys Gly Thr Leu Leu Thr Val Asn Pro Asn Ile Gln Asn20 25 30<210>5<211>90<212>DNA<213>人类<400>5tacttctgtg ctctgagtag gggaggtagc aactataaac tgacatttgg aaaaggaact 60ctcttaaccg tgaatccaaa tatccagaac 90<210>6<211>30<212>PRT<213>人类<400>6Tyr Tyr Cys Ala Leu Lys Arg Asn Phe Gly Asn Glu Lys Leu Thr Phe1 5 10 15Gly Thr Gly Thr Arg Leu Thr Ile Ile Pro Asn Ile Gln Asn20 25 30<210>7<211>90<212>DNA<213>人类<400>7tattactgtg ctctaaaaag aaactttgga aatgagaaat taacctttgg gactggaaca 60agactcacca tcatacccaa tatccagaac 90<210>8<211>30<212>PRT<213>人类<400>8Tyr Phe Cys Ala Ala Ser Pro Gly Gly Ser Asn Tyr Lys Leu Thr Phe1 5 10 15Gly Lys Gly Thr Leu Leu Thr Val Asn Pro Asn Ile Gln Asn20 25 30<210>9<211>90<212>DNA<213>人类<400>9tacttctgtg cagcaagccc cggaggtagc aactataaac tgacatttgg aaaaggaact 60ctcttaaccg tgaatccaaa tatccagaac 90<210>10<211>30<212>PRT<213>人类<400>10Tyr Phe Cys Ala Ala Met Gly Asp Phe Gly Asn Glu Lys Leu Thr Phe1 5 10 15Gly Thr Gly Thr Arg Leu Thr Ile Ile Pro Asn Ile Gln Asn20 25 30<210>11<211>90<212>DNA<213>人类<400>11tacttctgtg cagcaatggg ggactttgga aatgagaaat taacctttgg gactggaaca 60agactcacca tcatacccaa tatccagaac 90<210>12<211>30<212>PRT<213>人类<400>12Tyr Phe Cys Ala Ala Met Gly Asp Phe Gly Asn Glu Lys Leu Thr Phe1 5 10 15Gly Thr Gly Thr Arg Leu Thr Ile Ile Pro Asn Ile Gln Asn20 25 30<210>13<211>90<212>DNA<213>人类<400>13tacttctgtg cagcaatggg ggactttgga aatgagaaat taacctttgg gactggaaca 60agactcacca tcatacccaa tatccagaac 90<210>14<211>30<212>PRT<213>人类<400>14Tyr Phe Cys Ala Ala Met Gly Asp Phe Gly Asn Glu Lys Leu Thr Phe1 5 10 15Gly Thr Gly Thr Arg Leu Thr Ile Ile Pro Asn Ile Gln Asn20 25 30<210>15<211>90<212>DNA<213>人类<400>15tacttctgtg cagcaatggg ggactttgga aatgagaaat taacctttgg gactggaaca 60agactcacca tcatacccaa tatccagaac 90<210>16<211>32<212>PRT<213>人类<400>16Tyr Phe Cys Ala Leu Ser Val Ala Gly Gly Thr Ser Tyr Gly Lys Leu1 5 10 15Thr Phe Gly Gln Gly Thr Ile Leu Thr Val His Pro Asn Ile Gln Asn20 25 30<210>17<211>96<212>DNA<213>人类<400>17tacttctgtg ctctgagcgt tgctggtggt actagctatg gaaagctgac atttggacaa 60gggaccatct tgactgtcca tccaaatatc cagaac 96<210>18<211>33<212>PRT<213>人类<400>18Tyr Tyr Cys Leu Val Gly Asp Ala Val Arg Pro Gly Gly Gly Asn Lys1 5 10 15Leu Thr Phe Gly Thr Gly Thr Gln Leu Lys Val Glu Leu Asn Ile Gln
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20 2530<210>65<211>93<212>DNA<213>人类<400>65tacttctgtg ccatcagtga ggggtccagc tctggaaaca ccatatattt tggagaggga 60agttggctca ctgttgtaga ggacctgaac aag 93<210>66<211>26<212>PRT<213>人类<400>66Phe Tyr Ile Cys Ser Ala Ile Asp Gly Tyr Thr Phe Gly Ser Gly Thr1 5 10 15Arg Leu Thr Val Val Glu Asp Leu Asn Lys20 25<210>67<211>78<212>DNA<213>人类<400>67ttctacatct gcagtgctat agacggctac accttcggtt cggggaccag gttaaccgtt 60gtagaggacc tgaacaag 78<210>68<211>21<212>DNA<213>人类<400>68agcagccaag atcgtttttg g 21<210>69<211>24<212>DNA<213>人类<400>69ctagggcggg cgggactcac ctac24<210>70<211>24<212>DNA<213>人类<400>70ctagggcggg cgggactcac ctac 24<210>71<211>24<212>DNA<213>人类<400>71tactcgatta ggggacaggg taac 24<210>72<211>18<212>DNA<213>人类<400>72caagatcggg ttgcgcca18<210>73<211>24<212>DNA<213>人类<400>73acccggcaag gacctcaaga gacc 24<210>74<211>18<212>DNA<213>人类<400>74agcttaggac agggggct 18<210>75<211>18<212>DNA<213>人类<400>75gccagccggg acaggtcc 18<210>76<211>18<212>DNA<213>人类<400>76gagtagattg gtacggga 18<210>77<211>21<212>DNA<213>人类<400>77tacatctgaa gtgctataga c 2

在一个实施方案中,本发明涉及第一寡核苷酸,所述第一寡核苷酸包括序列5’－CTAGGGCGGGCGGGACTCACCTAC－3’或衍生自它的序列或与其互补的核酸序列。可以将所述第一寡核苷酸与长度在15至30个核苷酸之间、不包含该第一寡核苷酸序列、且在Vβ13.1T细胞的Vβ13.1基因的Vβ至Jβ区域中发现的核酸一起使用,来扩增该Vβ13.1基因的一部分,其中,该寡核苷酸序列和所述核酸序列不存在于Vβ13.1基因对的同一条链上。用另一种方法,可以将所述第一寡核苷酸与一种标记部分一起用于检测发现于Vβ13.1T细胞的T细胞受体中的LGRAGLTY基序的方法中。这种基序与自身免疫病有关,所述自身免疫病例如多发性硬化(MS)。一旦检测出该基序,就可以治疗该自身免疫病或监测其发展。通过给予包含LGRAGLTY基序的肽,可以治疗所述的自身免疫病。