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淋巴细胞基因重排克隆性检测试剂盒及其检测方法

  • 专利名称
    淋巴细胞基因重排克隆性检测试剂盒及其检测方法
  • 发明者
    何妙侠, 倪灿荣, 曹欢欢, 王建军, 白辰光, 赵静, 郑建明, 马大烈
  • 公开日
    2012年7月25日
  • 申请日期
    2012年3月19日
  • 优先权日
    2012年3月19日
  • 申请人
    中国人民解放军第二军医大学
  • 文档编号
    C12Q1/68GK102605070SQ20121007269
  • 关键字
  • 权利要求
    1.一种用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒,所述的试剂盒包含容器及容器内所含以下引物组合体1SEQ ID NO 1所示的正向引物+SEQ ID NO 2所示的反向引物2SEQ ID NO 3所示的正向引物+SEQ ID NO 4所示的反向引物3SEQ ID NO 5所示的正向引物+SEQ ID NO 6所示的反向引物4SEQ ID NO 7所示的正向引物+SEQ ID NO 8所示的反向引物5SEQ ID NO 9所示的正向引物+SEQ ID NO 10所示的反向引物;6SEQ ID NO 11所示的正向引物+SEQ ID NO 12所示的反向引物7SEQ ID NO 13所示的正向引物+SEQ ID NO 14所示的反向引物8SEQ ID NO 15所示的正向引物+SEQ ID NO 16所示的反向引物9SEQ ID NO 17所示的正向引物+SEQ ID NO 18所示的反向引物组合体组合体组合体组合体组合体组合体组合体组合体组合体组合体组合体组合体组合体组合体10SEQ ID NO 19所示的正向引物+SEQ ID NO 20所示的反向引物11SEQ ID NO 21所示的正向引物+SEQ ID NO 22所示的反向引物12SEQ ID NO 23所示的正向引物+SEQ ID NO 24所示的反向引物13SEQ ID NO 25所示的正向引物+SEQ ID NO . 26所示的反向引物;14SEQ ID NO 27所示的正向引物+SEQ ID NO 28所示的反向引物2.根据权利要求I所述的一种用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒,其特征在于,组合体中两种引物的比例为I 3-3 1,浓度为10pmol/ul3.—种如权利要求I所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法, 包括以下步骤A、以待测淋巴组织活检或手术标本基因组DNA为模板,使用组合体I至14中任一或两者以上的组合的引物分别进行PCR反应;B、检测对应于各组合体I至14的PCR反应产物的凝胶电泳条带判断基因重排的克隆组合体I的PCR反应产物大小范围310-360bp 组合体2的PCR反应产物大小范围250-290bp 组合体3的PCR反应产物大小范围100-170bp 组合体4的PCR反应产物大小范围110-290bp ;390_420bp 组合体5的PCR反应产物大小范围100-130bp组合体6的PCR反应产物大小范围120-160bp ;190-210bp ;260-300bp ;组合体7的PCR反应产物大小范围210-250bp ;270-300bp ;350-390bp ;组合体8的PCR反应产物大小范围140-165bp 组合体9的PCR反应产物大小范围145-255bp 组合体10的PCR反应产物大小范围80-220bp 组合体11的PCR反应产物大小范围245-285bp 组合体12的PCR反应产物大小范围245-285bp 组合体13的PCR反应产物大小范围170-210bp ;285_325bp 组合体14的PCR反应产物大小范围120-280bp 当PCR反应产物的凝胶电泳条带为对应于目的片段的单一条带,带宽在Imm左右,亮度强,边缘清晰整齐,则判断该组织淋巴细胞基因重排为单克隆性;当PCR反应产物的凝胶电泳条带为在非目的片段位置出现条带,或带宽大于1mm,亮度弱,也可强,边缘模糊不整齐,均判断为非特异性杂带,则该组织淋巴细胞基因重排为多克隆性;当PCR反应产物的凝胶电泳条带为涂抹状,或无明显条带出现则该组织淋巴细胞基因重排为多克隆性;当PCR反应产物的凝胶电泳无引物二聚体出现,也无明显内对照基因目的片段条带出现,则为PCR反应失败4.根据权利要求3所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤A中PCR反应的反应体系如下预变性 95 °C Imm变性 95 °C 45s退火 55-60°C 45s延伸 72 0C1.30min循环35 cycles延伸 72 0C10min4 0C保存5.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤B中凝胶电泳为聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶电泳6.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤A中选择组合体1+组合体2+组合体3+组合体6+组合体7进行PCR 反应7.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤A中选择组合体4+组合体5+组合体8进行PCR反应8.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤A中选择组合体9+组合体11+组合体12进行PCR反应9.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤A中选择组合体10+组合体13+组合体14进行PCR反应10.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤A中选择组合体14进行PCR反应11.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方2 X ABI Master Mix 12.5 ul 2 ul 2 ul 2-3 ul 加至25ul;正向引物反向引物模板DNA H2OPCR反应的反应条件如下法,其特征在于,步骤A中选择组合体2+组合体6+组合体7+组合体9+组合体10进行PCR反应12.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤A中选择组合体1+组合体3+组合体4+组合体11+组合体12进行 PCR反应13.根据权利要求3或4所述的用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒的检测方法,其特征在于,步骤A中选择组合体5+组合体8+组合体13+组合体14进行PCR反应
  • 技术领域
    本发明属于生物试剂技术领域,具体涉及一种淋巴细胞基因重排克隆性的检测试剂盒及其检测方法
  • 背景技术
  • 专利详情
  • 全文pdf
  • 权力要求
  • 说明书
  • 法律状态
专利名称:淋巴细胞基因重排克隆性检测试剂盒及其检测方法淋巴瘤(lymphoma)是淋巴组织增生导致的常见恶性肿瘤,近年来随着工业化程度的普及和环境污染的加重,尤其是室内外装潢污染的加重,其发病率逐年升高,严重威胁人类身体健康和生活质量。虽然近年来淋巴瘤的治疗取得了一些进展,但因早期诊断上的困难,以及淋巴瘤类型的复杂性,其生存率的问题仍然没有根本性的改善,很多病人在确定诊断时已经处于疾病的晚期,失去了最佳治疗机会。淋巴组织由T、B、NK淋巴细胞等免疫活性细胞组成。淋巴细胞表面具有与抗体或抗原特异性结合的受体分子,包括B淋巴细胞产生的免疫球蛋白(Immunoglobin, IG),以及 T淋巴细胞产生的T细胞受体(T Cell Receptor, TCR)。淋巴细胞在未分化状态时,IG和 TCR基因的胚系形式是V、D、J、C基因从5’端到3’端呈线状不连续排列在DNA单链上;当淋巴细胞发育到一定阶段,在特殊的重组酶作用下,选择性将V、D、J、C区基因按不同顺序连接起来,即发生基因重排。只有发生基因重排才可能形成一个有表达功能的基因,淋巴细胞从母细胞分化到成熟细胞需要经过多次基因重排。正常B和T淋巴细胞呈多克隆的IG 和TCR基因重排而出现大小不同的重排DNA片段。淋巴组织恶性肿瘤的发生被认为是B或 T淋巴细胞被阻断在其分化过程中某一阶段而造成淋巴细胞的单克隆性增生,使其特殊的基因重排形式占一定的数量优势,出现单克隆性的IG或TCR基因重排所致。来源于B、T淋巴细胞的淋巴瘤分别出现IG和TCR的单克隆性重排,来源于NK细胞和NK/T细胞淋巴瘤则无IG和TCR单克隆性重排,而正常淋巴组织和反应性淋巴组织增生呈IG基因及TCR基因的多克隆性重排。这便是淋巴组织肿瘤基因诊断的理论基础。淋巴组织结构特殊,受到抗原刺激时能产生不同程度的反应性增生,正常结构出现紊乱,仅凭形态学观察很难确定其良恶性。实质上大多数淋巴瘤的早期表现就是淋巴组织非特异性增生,给早期诊断带来了困难。虽然多数淋巴组织增生性病变通过组织形态学观察及免疫表型分析能够明确诊断,但仍有较多病例需要通过基因水平的克隆性分析来协助确定病变性质,特别是在T细胞淋巴瘤的诊断上,仅凭免疫表型分析仍难定其良恶性。再加上实际工作中存在的病理形态变化的复杂性,免疫组化本身的不稳定性等原因,运用基因重排分析其克隆性则具有重要价值。基因重排检测技术为早期、疑难或微量淋巴组织标本确定诊断提供了可能,是对形态学检查和免疫组化方法的重要补充,其意义在于(I)确定淋巴组织增生性疾病良恶性,区分淋巴组织反应性增生和淋巴瘤。(2)确定淋巴瘤肿瘤细胞的起源。(3)治疗监控,帮助检查微小残余灶,确定肿瘤是否复发等。目前,检测淋巴细胞基因重排克隆性的方法主要采用PCR方法对IG及TCR基因进行克隆性检测,有相对高的敏感性。但是PCR方法的敏感性和特异性受到多种因素的影响, 其中引物的覆盖面一直是制约PCR检测阳性率的主要瓶颈。由于IG和TCR基因重排过程的复杂性、多样性和过去采用引物设计的局限性,假阴性和假阳性率均较高,使其应用受到一定限制。为解决引物覆盖率低的问题,欧洲七国血液病理等组成的专家小组2007年开发了 BI0MED-2基因重排引物检测系统及其试剂盒,有效地解决单一通用引物及半巢式PCR引物覆盖率低的问题。但是带来的问题是(l)BI0MED-2基因重排引物检测系统引物系统庞大,试剂盒非常昂贵;(2)该检测体系对反应体系如DNA聚合酶的要求较高,必需使用高质量的酶体系;(3)目前国内基因重排的收费标准较低,不能匹配该检测系统;(4)该系统推荐结果分析系统需要基因扫描,相关仪器设备非常昂贵。所以在国内,目前只有1-2家大型医院用于科研及临床诊断,大部分医院无法在临床上用于患者的诊断,临床普及难度很大。因此,现阶段国内迫切需要开发一种引物覆盖面全、成本低、操作简便及设备要求低的淋巴组织基因重排检测技术,能够在一般医院普及,来改变基因重排检测领域的现有状况,从而满足临床诊断的需要,为病人争取早期诊断,早期治疗的机会。
本发明的目的在于提供一种可用于检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒。本发明的目的还在于提供一种引物覆盖面全、成本低、操作简便及设备要求低,能够在一般医院普及的淋巴细胞基因重排克隆性检测的方法。本发明人针对目前国内现有对淋巴细胞基因重排克隆性的检测技术中存在的引物覆盖范围不全,假阴性和假阳性率高,现有试剂盒费用高,检测系统成本高,难以在国内普通医院普及推广等问题,经过广泛而深入的研究,并经过反复实验设计一套组合型引物体系,通过普通的PCR技术快速简捷地检出淋巴细胞基因重排的克隆性,确定淋巴组织增生性病变的良恶性。本发明的试剂盒和检测方法的基本原理是PCR技术,且以组合型引物体系为基础,覆盖面广,再加上科学的组合,PCR扩增时,只要有单克隆性基因重排存在就可以检测出来,从而实现对淋巴组织增生性病变的良恶性的确定。本发明人根据有关的淋巴细胞基因重排相关文献(van Dongen JJ, Langerak Aff, Briiggemann M,et al. Design and standardization of PCR primers and protocols for detection of clonal immunoglobulin and T cell receptor gene recombinations in suspect lymphoproliferations report of the Biomed—2 concerted action BMH4-C98-3936. Leukemia 2003 ;17 :2257-2317 ;van Krieken JH,Langerak AWiMacintyre EA, Improved reliability of lymphoma diagnostics via PCR—based clonality testing report of the BI0MED-2 Concerted Action BHM4-CT98-3936. Leukemia. 2007 ; 21 (2) :201-206 ;Briiggemann M,White HiGaulard P Powerful strategy for polymerase chain reaction-based clonality assessment in T-cell malignancies Report of the BI0MED-2 Concerted Action BHM4 CT98-3936. Leukemia. 2007 ;21 (2) :215-221 ;Evans PA, Port Ch, Groenen PJ, Significantly improved PCR—based clonality testing in B—cell malignancies by use of multiple immunoglobulin gene targets. Report of the BI0MED-2 Concerted Action BHM4-CT98-3936. Leukemia. 2007 ;21 (2) :207-214.)以及本发明人及其研究团队前期工作基础(倪灿荣,张太明,何妙侠等.基因重排检测技术操作体会及注意事项.临床与实验病理学杂志,2007 ;23 (4) :485-486.),结合常见的淋巴组织基因重排模式将引物的涵盖面扩大到最大范围,构成本检测试剂盒的组合引物体系来检测淋巴细胞基因重排的克隆性。具体基因重排引物组合相关信息见表I。表I淋巴细胞基因重排主要引物组合体及其检测对象和产物片段大小本发明属生物试剂技术领域。涉及与淋巴组织肿瘤诊断相关基因重排克隆性的检测。临床迫切需要开发一种引物覆盖面全、成本低、操作简便及能够在一般医院普及的淋巴组织基因重排检测试剂盒。本发明公开了一种检测淋巴细胞基因重排克隆性的试剂盒,该试剂盒是以含有组合性引物为基础的全液体型试剂,本发明还提供了相关的检测方法及分层优选方案。本发明的试剂盒用于检测淋巴细胞基因重排的克隆性,检测准确度可达到99%以上,且检测方法步骤简单,总成本低,有很高的临床推广价值。

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