专利名称：对炎症介导感染的抗炎症治疗的制作方法HIV感染周期起始于病毒进入靶细胞。据信人CD4是T细胞上HIV识别的主要受体。HIV包膜糖蛋白(env)与CD4受体结合导致病毒与细胞膜的融合，进而促进病毒进入宿主。evn在HIV感染的宿主细胞表面上的最终表达使该细胞与未被感染的CD-4阳性细胞融合，从而病毒蔓延。但HVI也能进入其他细胞如单核细胞、B细胞和树状细胞，虽然它们不表达CD4，但可作为病毒的储存地。已知细胞因子影响着HIV的复制。前炎症性细胞因子可促进HIV复制(Fauci，Nature 384529-534，1996)，而β-趋化因子则抑制专性利用CCR5的病毒的复制(Moore，等人，J.Viorl.70551-562，1996)，并提高利用CXCR4的病毒分离物的复制(Dolei等人，AIDS 12183-190，1998)。在胸腺依赖性体液免疫发展中，体内辅助T细胞和B细胞之间的物理性接触(受到例如CD4、T细胞受体和MHC II类分子的介导)是必须的。CD40与CD40配体之间的相互作用是免疫发展和维持的中心。CD40是一种45kDa的透膜糖蛋白，它是与神经生长因子受体、TNF受体、Fas、CD17和CD30的胞内结构域同源的表面分子家族中的成员(Armitage等人，Nature 35780-82，1992)。已在未成熟和成熟B淋巴细胞上鉴定出了CD40，当与抗体交联时其诱导单核细胞、树状细胞、胸腺上皮细胞上的B细胞增殖(Vall等人，Eur.J.Immunol.191464-1467，1989)。抗原提呈细胞(APC)上的CD40的功能是促进抗原特异性T细胞活化的协同刺激受体(综述见Clark等人，Adv.Immunol.6343-68，1996)。还从分子上鉴定了CD40的配体(也称为gp39、CD40配体或CD40L)(Armitage等人，1992，同上)，并发现其在活化的CD4+Th细胞上表达(Spriggs等人，J.Exp.Med.1761543-1550，1992)。表达gp39蛋白质的细胞能引发B细胞增殖，且能通过其他刺激信号诱导抗体增生(Armitage等人，1992，同上)。还有报道说CD40L与CD40的接合将提高CD80和CD86的表达以及前炎症性细胞因子的分泌。正常肠道的特点是有低水平的轻度炎症，其是由基础水平局部分泌的趋化因子和细胞因子所支持的(Shanahan和Anton，Gut Peptides，J.Walsh编辑(RavenPress，Ltd，New York，1994，第851页；Schreiber等人，Gastroenterology1011020(1991)；MacDermott等人，Inflammatory Bowel Diseases 4，54(1998)；Luster，N.Engl.J.Med.338436(1998))。对健康的对照而言，已知肠胃淋巴细胞与外周血淋巴细胞在功能和表型上有所不同(Allison等人，Gastroenterology99421(1990)；Jarry等人，Eur.J.Immunol.201097(1990)；McGowan等人，Neuroimmunomodulation 470(1997))。实际上，所有粘膜CD4+淋巴细胞都表达活化标记，且都是CD45RO+记忆亚组(Schieferdecker等人，J.Virol.1492816(1992))。在HIV感染过程中，所描述的肠T淋巴细胞的各种表型异常常与CD4+淋巴细胞的缺失相关(Schnieder等人，Clin.Exp.Immunol.95430(1994))。如果没有有效的疫苗，受HIV感染的人数将持续增加。另外，由于缺少有效的治疗方法，大部分受HIV感染的个体都将发展为获得性免疫缺陷综合症(AIDS)，且都将死于机会感染或免疫系统衰竭所致的恶性肿瘤。虽然现已有一些抗HIV药能减缓疾病的发展，但依旧迫切需要更有效的治疗方法和药物组合。发明概述本发明的基础是发现逆转录病毒(如人免疫缺陷病毒(HIV))引发一种炎症状态，这与以前认为HIV是一种静态的或进行性的免疫缺陷状态的观点相反。这种炎症状态通过在含有HIV感染所需受体的炎症部位补充其他炎性细胞，以及通过活化受感染的炎性细胞(产生病毒颗粒)而有利于HIV感染扩散。在一实施例中，本发明提供了一种抑制粘膜组织的炎症介导性感染的方法，即通过使该组织与抑制有效量的抗炎药或与抗病毒药联合接触。炎症介导的感染可能是由病毒，如逆转录病毒(如慢病毒(lentivirus)，如选自1型人免疫缺陷病毒(HIV)、2型HIV和猿猴免疫缺陷病毒(SIV)的免疫缺陷病毒)所引起。使粘膜组织与抗炎药单独或与抗病毒药联合接触可以在体内、体外或活体外。粘膜组织通常是哺乳动物的，较佳地是人的粘膜组织。这种粘膜组织的例子包括泌尿生殖组织(如阴道组织)、肠胃组织、下肠胃道组织、和鼻-咽组织等。抗炎药可局部或全身给予，如分别通过局部给药、静脉内给药、口服或肠胃外给药。当抗炎药与抗病毒药联用时，可在给予抗病毒药之前、同时或之后给予。抗炎药可以是任何抗炎药，如能减少炎性细胞补充、减少趋化因子的产生、减少前炎症细胞因子的产生、或抑制趋化因子或细胞因子受体与其配体相互作用的那些抗炎药。这些抗炎药可单独给予也可联合给予，还可与其他抗病毒化合物单独给予或联用。在另一实施例中，本发明提供了一种通过使受病毒感染的细胞与抑制病毒活化剂量的抗炎药单独接触或与抗病毒药联合接触来抑制逆转录病毒活化的方法。通过前炎症调节剂的自分泌和旁分泌作用活化炎性细胞将导致炎症部位炎性细胞转录调节的变化。通过这种过程激活炎性细胞将导致活化潜伏性感染的逆转录病毒。这些逆转录病毒包括慢病毒如1型免疫缺陷病毒HIV、2型HIV和猿猴免疫缺陷病毒(SIV)。使细胞与抗炎药单独或与抗病毒药联合接触可以在体内、体外或活体外。当抗炎药与抗病毒药联用时，可在给予抗病毒药之前、同时或之后给予。细胞可以是粘膜细胞，通常是哺乳动物的，较佳地是人的粘膜组织。这些粘膜细胞的例子包括泌尿生殖组织(如阴道组织)、肠胃组织、下肠胃道组织、口-颊组织和鼻-咽组织等的粘膜细胞。在另一实施例中，本发明提供了一种通过使患者与有效量的抗炎药单独或与抗病毒药联合接触来抑制对象中炎症介导的粘膜感染的方法。所述的炎症介导的粘膜感染可以由病毒或其他病原所引起。病毒可以是逆转录病毒，如慢病毒如1型免疫缺陷病毒HIV、2型HIV、猿猴免疫缺陷病毒(SIV)。当这种接触在体内时，可以通过局部或全身(如分别通过局部给药、静脉内、口服或肠胃外给药)给予抗炎药。当与抗病毒药联用时，抗炎药可以在给予抗病毒药之前、同时或之后给予。给药的对象通常为哺乳动物，较佳地是人。
在另一实施例中，本发明提供了一种抑制炎症介导的粘膜感染从患有或可能患有炎症介导的粘膜感染的对象传播给另一对象的方法，通过使患有或可能患有炎症介导的粘膜感染的对象与有效量的抗炎药单独或与抗病毒药联合接触，从而抑制炎症介导的粘膜感染传播给其他对象。所述的炎症介导的粘膜感染可以由病毒或其他病原所引起。所述的病毒可以是逆转录病毒，如慢病毒如1型免疫缺陷病毒、2型HIV和猿猴免疫缺陷病毒(SIV)。当患有或可能患有炎症介导的粘膜感染的对象接触药物是在体内时，可以通过局部或全身(如分别通过局部给药、静脉内、口服或肠胃外给药)给予抗炎药。当与抗病毒药联用时，抗炎药可以在给予抗病毒药之前、同时和之后给予。患有或可能患有炎症介导的粘膜感染的给药对象通常为哺乳动物，较佳地是人。
在另一实施例中，本发明提供了一种通过使患者与有效量的抗炎药单独或与抗病毒药联合接触来抑制对象中炎症介导的粘膜感染发展的方法。所述的炎症介导的粘膜感染可以由病毒或其他病原所引起，或与病毒或其他病原的感染相关。病毒可以是逆转录病毒，如慢病毒如1型免疫缺陷病毒HIV、2型HIV、猿猴免疫缺陷病毒(SIV)。当这种接触在体内时，可以通过局部或全身(例如分别通过局部给药、静脉内、口服或肠胃外给药)给予抗炎药。当与抗病毒药联用时，抗炎药可以在给予抗病毒药之前、同时或之后给予。给药对象通常为哺乳动物，较佳地是人。
在另一实施例中，本发明提供了一种预防或减少对象被人免疫缺陷病毒感染的可能性，通过单独给予可能有HIV感染的对象预防有效量的抗炎药或与抗病毒药联用，通过减少指定组织(如泌尿生殖组织、肠胃或其他粘膜组织)中存在的炎性细胞的数量，来抑制HIV的复制、活化或发展。
在另一实施例中，本发明提供了一种预防或降低将人免疫缺陷病毒从被HIV感染的对象传播给另一对象的可能性，通过单独给予已感染对象有效量的抗炎药或与抗病毒药联用，通过减少指定组织(如泌尿生殖组织、肠胃或其他粘膜组织)中存在的炎性细胞的数量来抑制HIV的复制、活化或发展，从而预防或减少HIV从感染对象传播给其他对象的可能性。
还提供了一种药物组合物，其在设计用于向粘膜组织送递药学上可接受的载体中含有至少一个剂量的治疗有效量的抗炎药，该剂量是能有效抑制或减少免疫缺陷病毒发展、感染或传播可能性的量。
在另一实施例中，本发明提供了一种制品，包括至少一种抗炎药和该药物在抑制免疫缺陷病毒感染中的使用说明书。该制品可包括至少一种抗炎药(单独)，或与抗病毒药组合。这种制品包括例如阴茎套、卫生棉、隔膜、子宫帽、阴道环、栓剂和灌肠剂。使用说明可以包括在该制品中，例如预防免疫缺陷病毒感染的使用说明，或预防或抑制免疫缺陷病毒从一个对象传播给另一对象的使用说明。
在以下的附图和描述中列出了本发明的一个或多个实施例的详述。本发明的其他特征、目的和优点可以从本文的叙述、附图和权利要求中显见。
附图简述

图1显示了血液和肠粘液CD+4淋巴细胞上表达的CCR5受体。流式细胞计量术散射图显示其代表性对象血液(A)和肠(B)中表达CCR5和/或CD4的细胞的定量百分比的淋巴细胞亚组分析。各图右上象限的数量表示该对象中表达CCR5的CD4+淋巴细胞的百分比。(C)各个数据点代表六个对象，数据来自各对象的血液和肠。所有6个对象的肠样品与血液相比具有较高的CCR5+CD4+细胞百分比(P＝0.03)；差异范围2.0-5.4倍。
图2显示了血液和肠粘液CD4+淋巴细胞上每个细胞的CCR5受体数量。流式计数频率曲线显示6个对象之一的CD4+淋巴细胞上CCR5表达的量，(A)表示血液和(B)表示肠。CCR5+CD4+粘膜细胞中平均荧光指数的右移表明每个CD4+淋巴细胞的CCR5受体数量增加。A和B柱上的数值表示该个体血液和肠中每个CCR5+CD4+淋巴细胞表达的CCR5的分子数量。(C)所有六个对象的肠样品与与血液相比具有较高的CCR5表达(P＝0.03)；差异范围为1.4-3.5倍。每个人的符号与图1中所用的相同。
图3显示了血液和肠粘液CD4+淋巴细胞上的CXCR4受体的表达。流式细胞计量术散射图显示其代表性患者血液(A)和肠(B)中表达CXCR4和/或CD4的细胞的定量百分比的淋巴细胞亚组分析。各图右上象限的数量表示该对象中表达CXCR4的CD4+淋巴细胞的百分比。(C)各个数据点代表六个对象。两组参数之间的百分比没有差异(P＝0.3)。每个人的符号与图1中所用的相同。
图4显示了用HIVSX和HIVNL4-3感染后，MMC和PBMC产生的p24的微微克量。线形图表示用M-向性HIVSX(A)或T-向性HIVNL4-3(B)感染3小时后，在第18、72和130小时p24的产量(每104个CD4+淋巴细胞，微微克)。72和130小时后，存在20IU/ml IL-2(●)的MMC培养上清液比有(○)或没有(?)20IU/ml IL-2的PBMC培养上清液含有更高浓度的p24。培养的粘膜细胞产生更多的p24表明它们比PBMC更易复制M-或T-向性的HIV-1。
图5显示了与常规的胶原酶/分散酶消化相比，分离的粘膜单核细胞的3天/IL-2培养物产生了数量增加的CD45+、CD3+、CD4+和CD8+细胞。用各方法分离的单核细胞群在它们的T细胞亚组组成中没有表现出明显差异。
图6显示了预扩增处理活检组织样品导致5-10％RNA丧失。血清反应阴性样品用250份提取前的标准LTR序列点样(左)平行样品为提取后样品(右)。数字化定量32P发射表明提取前和提取后加入相同量LTR RNA存在5-10％差异。标准品显示试验灵敏度为10份拷贝。
图7显示了在相同周长水平(30cm)的结肠的不同部位得到的样品之间的内部一致性。每份样品一式两份跑电泳。各个体样品之间的差异平均为0.2log SD。所有对象血浆中都未检测到病毒。
图8显示了直肠活检组织中HIV的定量测定。从未检测到血浆HIV RNA的对象的一式两份活检组织中提取了DNA。进行了HIV LTR序列的qPCR，并且精确检测了各登记对象的2份样品的拷贝数(下图)。(4个不同对象分别标记为“样品#1-4”)。对每个的对象的2份样品一式三份进行β-珠蛋白定量测定和绘制了标准曲线(仅显示了一个活检组织的结果在上图中)。HIV DNA拷贝的计算值以每2×106个β-珠蛋白拷贝(1×106个细胞)报告。
图9显示了此分离方法不改变相关受体的表达。如水平轴和垂直轴所示，上图为直接用CD4、CD8、CCR5或CXCR4抗体染色的外周血单核细胞(PBMC)的流式图。下图显示在接触用于粘膜单核细胞分离步骤后对同一个体PBMC平行染色的结果。
图10显示了与血液相比CCR5受体在明显更高百分比的粘膜CD4+T细胞上表达。染色健康的血清反应阴性对照(n＝6)样品的CD4和CCR5粘膜样品的初始开启阀门CD45与侧散射)。右上象限中的数值表示表达CCR5受体的CD4T细胞的百分比。
图11显示了在与图10所示的同一对象样品中，与血液CD4T细胞相比，粘膜CD4T细胞上每个细胞的CCR5受体数量明显增加。矩形图显示与粘膜制备物中每个细胞受体数量增加相关的平均通道荧光量显著右移。
图12显示在正常的炎症性和HIV感染的样品中检测到粘膜CD4+细胞的CCR5表达比血液CD4+T细胞表达增加。显示了血清反应阴性健康对照(n＝6)、炎性对照(n＝4)和HIV感染(n＝8)者的CD4+和CCR5+双染色细胞的平均百分比。对象组x轴下的P值表示临床组中血液和肠细胞之间的显著性差异。图上部的P值表示临床组之间粘膜表达CCR5的CD4T细胞之间的显著水平。
图13A和13B显示了在IBD和HIV中(A)血液和(B)肠中CCR5+CD4CD8比例下降。左图显示健康者、血清反应阴性对照、血清反应阴性炎症对照者和HIV感染对象血液中CCR5的相对表达。图下方框中显示的是表达CCR5的CD4+T细胞与表达CCR5的CD8+T细胞的比例。(A)中显示了粘膜淋巴细胞的类似图形。
图14显示了与外周血单核细胞(PBMC)相比，粘膜单核细胞(MMC)中p24(HIV产生的指标)的量明显较高。
图15A和15B显示了HIV感染患者结肠中CD8+细胞增加。活检组织来自(A)HIV(-)和(B)HIV(+)结肠。CD8+细胞呈棕色(在黑白照片中呈暗色)。
图16A和16B显示了HIV感染患者结肠中CCR5+细胞的增加。活检组织来自(A)HIV(-)和(B)HIV(+)结肠。CCR5+细胞呈棕色(在黑白照片中呈暗色)。
图17A到17D显示了在未感染者、粘膜病毒低量的HIV(+)和粘膜病毒高量的HIV(+)患者中(A)RANTES、(B)IFNγ和(C)THF的量。(D)显示了活化CD4细胞数量的增加(由于HIV诱导了前炎症性细胞因子的增加而至HLA-DR增加所示)。y轴表示活化的CD4细胞％，x轴表示病毒的量。
图18显示了由粘膜细胞(MMC)与血细胞(PBMC)产生的病毒(Nlegfp)量的增加，如Nlegfp在细胞中复制时绿色荧光蛋白质表达增加所显示。
图19显示了Asacol(氨水杨酸)对HIV复制的影响。用所示量的5-ASA或AZT处理受HIV感染的培养细胞。用发光光度计定量荧光素酶的表达(其表示HIV复制的量)。所示的数据代表9次独立的试验。
发明详述必需注意到，除非特别指出，本文及所附权利要求中的单数形式“一”、“和”和“该”包括复数。所以，例如“一种细胞”也包括许多这种细胞。
除非特别指出，本文所用的所有技术和科学术语都与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的含义相同。虽然与本文所述相类似的任何方法、装置和材料也可用于实施或测试本发明，但这里描述优选方法、装置和材料。
出于描述和公开细胞系、抗体和方法学的目的，本文将所有引用的出版物都纳入作为参考，这些出版物中所述的可能与本发明描述的相结合使用。若有冲突时，以本发明的说明书包括定义为对照。上述及本文中所述的出版物都是单独提供在本申请提出前它们所公开的内容。本文不能解释为允许发明者有权把已有发明所公开的日期说得比实际早。
本文所用的术语“抑制”或“抑制性”指以可测定量减低活性、功能或特性，如减少至少30％或以上。当存在多种不同可能被抑制的活性时(如防止细胞补充、前炎症性调节剂的产生、细胞或病毒活化、病毒复制、或病毒发展或增殖)，任何单种活性(有或无其他活性)的降低都足以包括在本发明的定义范围中。另外，当给予一种或多种药物来抑制活性时，由一种药物引起的任何单种活性的降低或由药物组合引起的任何单种活性的降低都足以包括在本发明的定义范围中。“炎症抑制量”指能调节、抑制或压制炎症反应或症状所需的抗炎药的量。
本文所用的术语“活化”(当用于病毒时)指全身或局部病毒颗粒或病毒量的增加，或细胞中病毒蛋白质或核酸合成的增加。这种增加通常是由感染细胞转录状态的变化所诱导的，导致细胞产生病毒的增加。这种增加也可能不依赖于转录状态的这种变化而发生。感染细胞转录状态的变化可能由细胞因子、趋化因子和/或其他调节细胞增殖、分化或活动(趋化性)的分子所诱导。感染细胞转录状态的变化也可能由病毒或其他病原(细菌、真菌、分枝杆菌等)所诱导，或者由于接触免疫调节性抗原(如LPS)诱导。通常活化将导致病毒量增加进而可导致受病毒感染的细胞数量增加，也称为“病毒扩散”。
本文所用的术语“炎症介导的”当用于感染、疾病、紊乱或病症时，指对象对炎症应答的反应中使感染、疾病、紊乱或病症发展或扩散、或加速或恶化。在逆转录病毒(如HIV)感染的例子中，可能发生病情发展，如通过靶(未感染)细胞迁移到感染细胞和病毒存在的炎症部位。补充的细胞为病毒感染提供了新的靶细胞，从而导致病毒扩散使感染发展。炎症介导的情况还包括当感染的细胞(如处于潜伏状态的)与免疫调节分子或其他信号分子(如前炎症细胞因子或其他增强炎症应答的分子)接触时，调节细胞转录状态，从而刺激或增加细胞产生病毒的量。
本文所用的术语“粘膜组织”指任何能找到粘膜细胞的组织，例如包括胃-肠组织(如胃、小肠、大肠、直肠)、泌尿生殖组织(如阴道组织、阴茎组织、尿道)、鼻-喉组织(如鼻组织、喉组织)、口(颊组织)等。其他粘膜组织是已知的，且本领域技术人员不难确定。
本发明的发明者发现逆转录病毒感染(如免疫缺陷病毒感染如HIV感染)是对象组织(如粘膜组织)中存在的一种炎症。许多报道强调这是一种粘膜中淋巴细胞减少或“抗炎症”状态与感染者的血液中进行所见相似。因为在健康未感染个体的粘膜组织中存在着数量增加的活化的、记忆性、表达共同受体的CD4+细胞，通过这些组织的易感染性非常高。在对感染的典型应答中，粘膜免疫细胞(大部分如CD8+T淋巴细胞和巨噬细胞)分泌前炎症性趋化因子和细胞因子的水平提高而补充其他T-淋巴细胞到粘膜感染的部位。这种升高的应答或“炎症应答”(虽然企图是限制感染)起着向感染提供数量明显增加的新的靶细胞作用，而有利于病毒的扩散。所以，本发明涉及处理多范围的逆转录病毒的感染、逆转录相关的疾病和紊乱，通过单用抗炎药或与抗病毒药联用，以预防或抑制其他易感细胞补充入对象的发炎组织，从而预防炎性细胞通过发炎机制活化炎性细胞，和通过抑制这些途径的其他前炎症介质以及预防其他对象(如未感染的或感染的)与粘膜组织接触的传播。能用本发明的方法治疗的逆转录病毒感染包括由许多逆转录病毒造成的逆转录病毒紊乱。
例如，在SIV感染的猕猴中，肠胃道是早期CD4+淋巴细胞缺失和病毒复制的主要部位，从而提示SIV感染可能主要是一种粘膜免疫系统疾病(Veazey等人，Science 280427(1998)；MacDonald和Spencer，“肠胃和肝免疫学”，R.H.Heatley编辑(Cambridge University Press，1994)。对人而言，HIV感染也包括粘膜免疫系统，从粘膜样品中直接回收到感染性病毒颗粒，原位研究已显示固有层T淋巴细胞属于首先受感染的细胞(Koteler等人，Am.J.Pathol.139823(1991)；Heise等人，J.Infect.Dis.1691116(1994)；Heise等人，Am.J.Pathol.1421759(1993)；SmitMcBride等人，J.Virol.726646(1998)；Clayton等人，Gastroenterology 103919(1992)；Ellakay等人，Am.J.Clin，.Pathol.，153481(1998)。另外，在肛门插入性性交过程中直肠乙状结肠的粘膜内壁是病毒引入的主要部位(Patterson等人，Am.J.Pathol.153481(1998))。
炎症炎症是由许多由前炎症性介质(包括细胞因子、前列腺素、白细胞三烯、趋化因子、粘附分子(如LFA-1)和本领域技术人员已知的其他介质)引起的许多单一反应或相关级连反应造成的。例如，趋化因子受体在允许病毒进入CD4+细胞中起着关键作用。这些受体的配体(称为趋化因子)也非常重要。这些趋化因子与前炎症性细胞因子都是细胞的主要刺激剂，但也在炎症级联反应的扩大中起着其他作用。这些可溶性炎症介质主要从CD8+细胞产生的。一旦产生它们就可以旁泌性或自分泌方式起作用进一步激活它们附近的细胞和募集其他T细胞到炎症部位。这些补充的淋巴细胞自身已被激活，从而扩大了炎症级联反应。
炎症导致刺激淋巴细胞和巨噬细胞(CD4+细胞)。那些包藏HIV的炎性细胞受刺激时将诱导产生大量的病毒。肠中(即使是健康的未感染HIV的患者)维持着一种低水平的生理性炎症状态，这是保护肠内壁免受其表面接触的潜在病原体侵入所必需的。构成这种渗透表达的大部分淋巴细胞和巨噬细胞是激活的。HIV的主要靶细胞(在其中病毒能最有效地复制)是激活的CD4+细胞。这种类型的细胞充满肠胃粘膜。病毒复制的增加导致HIV通过粘膜更大扩散和更高的粘膜HIV病毒负荷量。抗HIV治疗的主要目的是减少HIV复制的能力，从而减少其在CD4+细胞(最终被病毒破坏)间的扩散。当HIV复制被有效地减少以致使病毒不能在其遗传物质中产生导致对抗病毒药物耐受的突变。本文所用的免疫抑制活性指抑制或降低B和T细胞的反应能力而不被募集到炎症部位或成为活化细胞。NSAID能减少前列腺素(PG)的合成。PG是细胞静止剂。
其他活化炎性细胞的信号包括粘附受体如LFA-1(CD11a和CD18)结合于其配对受体如ICAM-1(CD54)(Staunton等人，1990，Cell 61243-254)。如果第二信号被封阻，则抗原特异性T细胞将通过细胞程序死亡而死亡，或进入细胞无反应性状态。用LFA-1和ICAM-1的单克隆抗体阻断这种相互作用将增加接受心脏异体移植小鼠的存活时间(Isobe等人，1992，Science 255I 125-1 127)。
肠胃粘膜是淋巴组织的一组成部分，增长的证据提示在疾病所有阶段HIV都牵连到粘膜。肠胃道不仅是大部分患者疾病传播的路径，也是最大的淋巴组织。如上所述，肠胃粘膜的特征是低水平的生理炎症状态，且它的大部分淋巴细胞是活化的。存在于粘膜中的天然高浓度的前炎症细胞因子看来增加了该部位HIV的复制，导致粘膜HIV病毒量高且连续感染新的肠胃靶CD4+细胞。
本发明者发现大部分肠胃CD4+细胞表达HIV进入所必需的趋化因子受体。肠胃粘膜的绝大部分淋巴细胞表达CCR5和CXCR4。对CCR5而言，似乎粘膜单核细胞(MMC)表达该受体的水平比血液衍生的单核细胞高(以每个细胞计算)。本发明者还发现体外粘膜细胞比外周血细胞更易受HIV感染。
可在大部分HIV感染的个体的粘膜中找到HIV核酸；Kotler等人用gag特异性引物通过PCR在其所研究的70％患者(20名)中检测到HIV DNA。本发明者发现即使是血浆中未检测到病毒的患者在它们的粘膜中也有正复制的病毒。无论猕猴是通过肠或通过肠胃外途径感染，都在肠胃粘膜中发现大量SIV，这表明粘膜先天性高度易受HIV感染。感染后，这些猕猴表现出早期(在7-21天内)肠胃粘膜CD4+细胞严重丧失。在其他淋巴组织部位未观察到如此旺盛的HIV活性信号。在人类，已有人描述在慢性感染的早期无症状阶段和临床AIDS发病后，结肠和十二指肠中粘膜CD4+细胞的缺失。
本发明者发现逆转录病毒感染，如与免疫缺陷病毒相关的感染，尤其是HIV伴有的炎症状态。炎症可以是细胞性、可溶性或两者。炎症可以发生在任何数量易受病毒感染的组织(如粘膜组织)中。证实炎症过程与HIV感染有关及与趋化因子和趋化因子受体(其功能是HIV的共同受体)的作用有关提供了一种新型的治疗这种由免疫缺陷相关病毒(如HIV-1/2)引起的逆转录病毒感染的方法。
在粘膜炎症区域中发现的炎性细胞(包括大部分CD4-阳性T淋巴细胞)是活化的、记忆表型、表达高水平HIV必需的共同受体的细胞，是HIV的优选靶细胞。包括趋化因子受体等的共同受体(如β-趋化因子的受体)是内源性炎症免疫应答功能的一个正常部分。当活化时这些趋化因子及其受体引发循环性炎性细胞显著补充到粘膜部位，导致细胞性可溶性炎症。通过用抗炎药抑制粘膜组织感染(由于存在炎症而增强)将提供一种有效的方法来减少这种粘膜组织疾病的活化、发展和扩散。
因此，采用抗炎药提供了一种有用的方法来缓和、控制或降低逆转录病毒感染造成的炎症应答。由于炎症常通过前炎症介质(包括，但不限制于前列腺素、白细胞三烯、细胞因子、趋化因子和本领域技术人员已知的其他介质)导致其他炎性细胞的补充和活化，因此减少这种补充和活化将能减少HIV感染可用的CD-4阳性细胞的数量。
所以，可用于本发明的抗炎药包括那些能减少炎性细胞补充、降低趋化因子和前炎症细胞因子(维持炎症级联反应)产生的药物，和抑制趋化因子或细胞因子受体(如通过抑制趋化因子受体与其配体的相互作用)来预防炎症信号传播的药物。这些药物包括“抗炎症抗体”，它们能结合于上述抗体所识别的蛋白质分子并抑制其生物活性。这些抗体包括所设计的能与细胞因子、细胞因子受体、趋化因子、趋化因子受体反应的抗体，设计它们来降低或预防炎症应答或提供给患者(例如人)。
本发明还考虑了各种药物组合物，它们能阻断逆转录和免疫缺陷病毒的复制或在对免疫缺陷病毒复制的反应中阻断细胞因子的分泌。本发明的药物组合物可以通过将抗体、分离的肽、核酸序列或其他抗炎药或本发明的药物，用载体、赋形剂和添加剂或辅助剂制备成适合给予对象的形式(如药学上可接受的载体)。通常使用的载体或辅助剂包括碳酸镁、二氧化钛、乳糖、甘露醇和其他糖、滑石粉、乳蛋白、明胶、淀粉、维生素、纤维素及其衍生物、动物和植物油、聚乙二醇和溶剂(如无菌水、醇、甘油和多元醇)。静脉内载体包括液体和营养补充剂。防腐剂包括抗菌药、抗氧化剂、鳌合剂和惰性气体。其他药学上可接受的载体包括水溶液、无毒赋形剂，包括盐、防腐剂、缓冲剂等，参见Remington’sPharmaceutical Sciences，第15版，EastonMack Publishing Co.，1405-1412，1416-1487，1975和The National Formulary XIV，第14版，WashingtonAmerican Pharmaceutical Association，1975，本文将它们的内容纳入作为参考。按本领域的常规技术调节药物组合物中各种成分的pH和精确浓度。参见Goodman和Gilman的The Pharmacological Basis for Therapeutics，第7版。这些药物组合物可包括一种或多种抗炎药和联合一种或多种抗病毒药。
在另一实施例中，本发明涉及阻断或抑制免疫缺陷病毒复制或扩散，或在对免疫缺陷病毒的反应中阻断或抑制细胞因子分泌的方法。该方法包括给予对象治疗有效量的含有本发明化合物和药学上可接受的载体的药物组合物。“给予”本发明的药物组合物可以通过本领域技术人员已知的任何方法实现。“对象”指任何哺乳动物，尤其指人。
较佳地制备好药物组合物并以剂量单位给予。固体剂量单位是片剂、胶囊和栓剂。对于治疗患者而言，根据化合物的活性、给药方式、疾病的性质和严重程度、患者的年龄和体重，需要不同的日剂量。而在某些情况中，较高或较低的日剂量可能是适当的。日剂量的给予，可以单剂量形式单次给予或分成几次较少的剂量，以特定间隔时间多次给予。
剂量不能大到引起不良副作用，如不良的交叉反应、过敏反应等。通常，剂量应按患者的年龄、病症、性别和疾病或感染的程度而不同，可由本领域技术人员确定。如果有禁忌症时可由病人的医生调节剂量，这无需过多试验就可确定。任何情况下，治疗的有效性可通过例如监测免疫缺陷病毒感染患者炎症部位(如粘膜组织)的HIV RNA水平或DNA病毒负荷量来确定，或通过其他方法包括测定炎症介质、细胞因子、趋化因子和/或CD4+细胞来确定。组织中CD4+细胞的相对数量、细胞因子、前炎症介质或趋化因子水平的减少或稳定应与个体或组织中的炎症水平相关。
本发明的药物组合物通常以局部、静脉内、口服或肠胃外方式给予，或植入。直肠和阴道给药证明更有效，因为通常它们是首先接触病毒和粘膜组织发炎的部位。药物可以接触这些部位以预防或抑制感染或传播。合适的固态或液态药物制剂形式如颗粒、粉末、药片、糖衣片、微胶束、栓剂、糖浆、乳剂、悬浮剂、乳膏、凝胶、气雾剂、滴液或安瓿形式的注射溶液，也可制备成缓释的活性化合物，制备中如上所述通常使用赋形剂、调节剂和/或辅助剂如崩解剂、结合剂、涂层剂、膨胀剂、润滑剂、调味剂、甜味剂或增溶剂。该药物组合物适合用各种药物送递系统。已有药物送递的方法的简短综述参见Langer，Science，2491527-1533，1990，本文将其纳入作为参考。
本发明的药物组合物可以局部或全身给予。“治疗有效剂量”指预防或治疗或至少部分制止或减少疾病症状及其并发症所必需的本发明化合物的量。如此使用的有效量当然取决于疾病或感染的严重程度和对象的体重和总体状况。通常，体外使用的剂量可提供原位给予该药物组合物有用量的指南，动物模型可用于确定治疗特定紊乱的有效剂量。已描述了各种要考虑的因素，如Gilman等人编辑的Goodman和Gilman的“the Pharmacological Bases of Therapeutics”第8版，Pergamon Press，1990；和Remington’s Pharmaceutical Science，第17版，Mack Publishing Co.，Easton，Pa，1990，本文将它们分别纳入作为参考。通过确定免疫缺陷病毒感染患者的炎症部位(如粘膜组织)的HIV RNA或DNA水平或病毒负荷量；通过与感染相关的一种或多种症状的减少；或通过其他方法包括用本领域普通技术人员熟知的方法测定炎症介质、细胞因子、趋化因子和/或CD4+细胞的量，来监测剂量的有效性。
本发明的免疫治疗方法包括对处在被免疫缺陷病毒感染危险者进行预防的方法。例如，用于对处于HIV感染危险的人的方法。抗炎药的“预防有效”量指通过减少、抑制或预防炎症应答能抑制HIV复制、活化或发展的量。HIV传播通过至少三种已知的路径性交、输血(血产品)和胎盘。通过血液的感染包括静脉内药物使用者之间的传播。由于接触HIV不一定导致有症状的感染(如血清转变所测定)，所有人都有潜在的危险，所以用本发明治疗方法作预防性治疗是值得考虑的。
本发明的抗炎性组合物可用于预防活性或预防传播，包括如涂有抗炎药或以抗炎药润滑的阴茎套；包括胶囊的阴茎套，胶囊用于破裂后释放出抗炎药；阴道用品，包括隔膜、子宫帽、卫生棉、涂有或以抗炎药润滑的环；阴道冲洗液、乳膏、凝胶润滑剂、栓剂、泡沫、或含有抗炎药的杀精凝胶和本领域技术人员已知的将抗炎药局部送递给性交时接触的粘膜组织的其他组合物和制品。这些制品可用于预防或抑制患者传染给他人，或用于预防或抑制受感染者传播给其他人。
本文所述和在本发明方法中使用的组合物可以是在受免疫缺陷病毒之前(即预防性地)、或在如下所述的任何阶段、和初期感染之后给予患者，或在感染后给予以预防随后的传播。例如，HIV感染可以分为如下过程(1)约15％感染者具有急性病，特征为发烧、皮疹、和淋巴结肿大和接触HIV六周内发生脑膜炎。这种急性感染后，这些个体变成无症状。
(2)其余的HIV感染者可以没有症状几年。
(3)某些个体发生持续性全身性淋巴腺病(PLG)，特征为颈部、腹股沟和腋窝淋巴结肿胀。5-10％PGL的个体将回复成无症状。
(4)任何这些个体可能发展成AIDS相关综合症(ARC)，ARC患者不能回复成无病症状态。
(5)ARC和PGL患者以及无症状者最终(数月或几年后)都将发展成AIDS，而必然导致死亡。
抗炎药本文所用的“抗炎药”指能减少、预防或调节炎症反应的药物，如通过减少炎性细胞的补充；减少趋化因子的产生；减少前炎症趋化因子的产生；减少前炎症细胞因子的产生；或抑制趋化因子或细胞因子与其受体的相互作用。这些药物包括如抗炎抗体(如抗细胞因子、抗受体的抗体)、肽(如炎症介质的促效剂或拮抗剂，细胞因子如IL-1、或受体如IL-1受体的拮抗剂，或可溶性TNF受体)、核酸(如编码抗炎药、抗炎肽、核糖酶或反义分子的核酸)、类固醇(如强的松)、非甾类抗炎药(如阿司匹林)、5-ASA产物、通常使用的抗炎药和它们的组合。
用于本发明的抗炎抗体的例子包括细胞因子及其受体的抗体，如抗白细胞介素受体的抗体、抗细胞因子的抗体(如抗THF的抗体，如Centocor制造的REMICAD?)、抗趋化因子抗体(参见Olson等人，J.of Virol.73(5)4145-4155(1999)，本文将其纳入作为参考)抗趋化因子受体的抗体(如抗CCR5或抗CXCR4受体抗体)和它们的组合。其他抗体包括针对产生前炎症介质的酶通路的酶的抗体，如美国专利No.5,767,249中所述的1型磷酸酯酶A2的抗体，本文将该专利纳入作为参考)。
用于本发明的抗炎症核酸的例子包括编码抗炎症肽的核酸、切割编码前炎症多肽(如细胞因子或趋化因子)的RNA的核糖酶、能与编码前炎症介质(如细胞因子、细胞因子受体、趋化因子、趋化因子受体、本文所公开的其他炎性肽或受体)的核酸序列杂交的反义分子和它们的组合，或本领域技术人员不难鉴定的反义分子。
抗炎症肽的例子包括LFA粘附分子拮抗剂、细胞因子受体拮抗剂、转录因子、可溶性THF-α受体多肽。其他抗炎症肽包括例如转录因子如NF-卡巴B(Schottelius AJ等人，Int J Colorectal Dis 1999 Feb；14(1)18-28)、血小板因子4的肽(美国专利No.5,776,892，本文将其纳入作为参考)、和基于美国专利No.5,766,593(本文将其纳入作为参考)所公开的CD14的肽。
抗炎症细胞因子的例子包括如细胞因子和转录因子。抗炎症细胞因子包括如IL-13(Watson ML，Am J Respir Cell Mol Biol 1999年5月1日；20(5)1007-1012)；IL-4和IL-10(Jarvelainen HA等人，Hepatology 1999年5月；29(5)1503-10)、IL-6(Klimiuk PA等人，J Immunol.1999年4月1162(7)429-4299)和其他本领域技术人员已知的抗炎症细胞因子。
用于本发明的抗炎药的例子包括各种甾类、非甾类、水杨酸水溶性和水不溶性药物和它们的酸加成盐或金属盐。只要抗炎药保持其药用价值，也可采用其有机和无机盐。抗炎药可选自广泛范围的治疗剂和治疗剂的混合物(可以缓释或持续作用形式给予)。
非甾类抗炎药(NASID)包括各种多样的化学结构的化合物。据信如果不是全部其大部分都具有共同的作用机制，几乎所有的都是有机弱酸。这一大类化合物可分为2组，羧酸(R-COOH)和烯醇酸(R-COH)。还可按化学结构进一步分组。烯醇酸的主要分组是吡唑啉酮如苯基保泰松、羟保泰松、安乃近和异吡林碱，以及包括吡罗昔康和米罗昔康(miloxicam)的昔康(xicam)。羧酸亚组包括水杨酸酯，如乙酰水杨酸(阿司匹林)；丙酸如布洛芬和萘普生；氨茴酸如甲氯灭酸；苯基乙酸如醋氨酚；氨基烟酸如氟氨烟酸(flunixin)；和二氢吲哚如吲哚美辛。
就那些作用机制已知的NASID而言，已发现大部分通过抑制环氧合酶和脂肪氧合酶通路来抑制花生四烯酸代谢产物的形成，从而降低这些代谢产物介导的炎症。环氧合酶将花生四烯酸转化成环形内过氧化物、PGG2和PGH2(也称为PGs)。通过其他特异性酶的作用，这些化合物转化成炎症介质家族其包括PGE2和PGI2的不同成员-类二十烷酸。然而，不同组织中环氧合酶的结构各不相同，且NASID与这些酶联合的能力也各不相同，这就解释了效力和品种应答间的差异。
非甾类抗炎药(具有商标名、一般名称、剂量的标准量和化学结构)的非限制性说明例子，包括如下药物布洛芬(如MOTRIN?300、400、600、800mg，ADVIL?200mg)(±)-2-(对-异丁基苯基)丙酸；托美丁(TOLECTIN?)5-(对-甲苯酰)-1-甲基吡咯-2-乙酸；萘普生(如ALEVE?、ANAPRFX?或NAPROSYN?)250、375和500mg，6-甲氧基-α-甲基-2-萘乙酸，(+)；氟比洛芬(ANSAID?)，50mg和100mg，2-氟-α-甲基-[1，1’-二苯基]-4-乙酸，(±)；舒林酸(CLINORN?)150和250mg，5-氟-2-甲基-1-[[对-(甲基亚磺酰)苯基]-亚甲基]-1H-茚-3-乙酸；二氟尼柳(FLOVACIL?)250和500mg，2’，4’-二氟-4-羟基-[1，1’-二苯基)-3-羧酸；吡罗昔康(FELDENE?)4-羟基-2-甲基-N-2-吡啶基-2H-1，2-苯并噻嗪-3-甲酰胺1，1-二氧化物；吲哚美辛(INDOCIN?)25和50mg，1-(4-氯苯甲酰)-5-甲氧基-2-甲基-1H-吲哚-3-乙酸；依托度酸(ULTRADOL?)1，8-脱乙基-1，3，4，9-四氢吡喃-[3，4-b]吲哚-1-乙酸；甲氯灭酸钠(MECLOMEN?)50和100mg，N-(2，6-二氯-M-甲苯基)氨茴酸钠盐，一水合物；非诺洛芬和非诺洛芬钙(NALFON?)作为二水合物，200mg和300mg，芳基乙酸的衍生物，α-甲基-3-苯氧基苯乙酸；酮咯酸氨丁三醇；酮洛芬(ORUDIS?)，25、50和75mg，2-(3-苯甲酰基苯基)-丙酸；甲氯芬钠酸钠；甲芬那酸(BONABOL?)N-(2，3-二甲苯基)氨茴酸；萘丁美酮；酮咯酸氨丁三醇；双氯芬酸钠(PROPHENATIN?)2-[(2，6-二氯苯基)氨基]苯乙酸单钠盐；溴芬酸钠；保泰松(BUTAZOLIDIN?)100mg，4-丁基-1，2-二苯基-3，5-吡咯烷二酮；其他COX-2抑制剂如赛罗可比(celocoxib)、美洛昔康、尼美舒利和罗非可比(rofecoxib)；舒洛芬；芬布洛芬(fenbuprofen)；氟洛芬；Midol-PMS、醋氨酚，500mg；Tylenol Extra Strength，醋氨酚，500mg；酞胺哌啶酮；噁丙嗪；含水杨酸酯化合物和月见草油(含有约72％亚油酸和约9％γ-亚油酸)，其单异构体和它们的组合。
水杨酸酯抗炎药的非限制性具体实例包括以下药物水杨酸亚铋；双水杨酯；水杨酸和水杨酸衍生物，如硫代水杨酸钠、胆碱水杨酸酯、水杨酸镁、二氟尼柳、布洛芬、甲氧萘丙酸、舒林酸、二氟尼柳、水杨酰水杨酸、胆碱三水杨酸镁、乙酰基水杨酸、双水杨酯、水杨酸钠和它们的组合；5-氨基水杨酸(5-ASA)和含有5-ASA的产物或化合物，如口服氨水杨酸(由Procter & GamblePharmaceuticals制造的ASACOL?，Roberts Pharmaceuticals制造的PENTASA?)、氨水杨酸直肠灌肠剂或泡沫或栓剂、硫氮磺胺吡啶、巴柳氮、伊普柳氮和奥撒拉嗪(Pharmacia Upjohn制造的DEPENTUM?)和它们的混合物。
甾类抗炎药包括糖皮质激素。甾类抗炎药的非限制性具体实例包括以下药物氟尼缩松、曲安西龙、丙酮曲安西龙、二丙酸倍氯米松、二丙酸倍他米松、氢化可的松、可的松、地塞米松、丁地去炎松、泼尼松、甲泼尼龙、泼尼龙，这些化合物的酯和它们的组合。抗炎药的其他非限制性实例包括沙利度胺(由Celgene制造)。
逆转录病毒逆转录病毒是一种RNA病毒，即病毒的基因组是RNA。当宿主细胞被逆转录病毒感染时，其基因组RNA逆转录为DNA中间产物，此DNA产物高效地整合入被感染细胞的染色体DNA中。被整合的DNA中间产物称为原病毒。逆转录病毒家族包括单链包膜RNA病毒，通常感染哺乳动物如牛、猴、羊和人。逆转录病毒在RNA病毒中非常独特的，因为它们的复制包括合成RNA的DNA拷贝，随后将其整合如被感染细胞的基因组中。
逆转录病毒家族由三类组成泡沫病毒(或泡沫状病毒)例如人泡沫病毒(HFV)；慢病毒如绵羊脱髓鞘性脑白质炎病毒；和致癌病毒(虽然该组中不是所有病毒都是致癌的)。本文所用的术语“慢病毒”其常规意义用于描述含有逆转录酶的一个病毒属。慢病毒包括“免疫缺陷病毒”，其包括1型和2型人免疫缺陷病毒(HIV)和猿猴免疫缺陷病毒(SIV)。在缺乏有效的治疗方法时，大部分感染人免疫缺陷病毒的个体将发展成获得性免疫缺陷综合症(AIDS)并死于机会性感染和由于免疫系统损坏或病毒的直接作用而致的恶性肿瘤。致癌病毒可根据颗粒的形态(如病毒成熟过程中在电子显微镜下所见)进一步分成A类、B类、C类和D类。A类颗粒为被感染细胞的细胞质中所见的B-和D-型病毒的不成熟颗粒。这些颗粒没有感染性。B类颗粒作为成熟的病毒粒子，由胞质内的A类颗粒包裹着胞质膜从膜上出芽。在膜上它们具有一个75mm的环形核心，一个长的糖蛋白钉状物由此突起。出芽后，B类颗粒含有一位于偏心位置的密电子核心。原型B类病毒是小鼠乳腺肿瘤病毒(MMTV)。在C类病毒感染的细胞中没有观察到胞浆内颗粒。相反，成熟颗粒通过月牙状‘C’形凝聚从细胞表面直接出芽，然后自身闭合，被胞质膜包围。包膜糖蛋白突起物与均匀的密电子核心一起可以看见。出芽可能从表面的胞质膜上发生或直接进入细胞内的液泡。C类病毒是最普遍研究的，包括许多禽类和鼠类白血病病毒。牛白血病病毒(BLV)和I和II型人T-细胞白血病病毒(HTL-I/II)因它们自细胞表面出芽的形态，类似地归类为C类颗粒。但它们也具有规则的六角形形态，且比原型C类病毒(如鼠白血病病毒(MLV))具有更复杂的基因组结构。D型颗粒与B型颗粒类似，因为它们在被感染的细胞中呈环状结构(自细胞表面出芽)，但病毒颗粒掺入了短的表面糖蛋白突起。颗粒中密电子核心也位于偏心位置。麦菲猿猴病毒(MPMV)是原型D类病毒。
逆转录病毒是根据它们复制遗传物质的方式定义的。在复制过程中，RNA转化成DNA。细胞感染后，由携带在病毒颗粒中的2分子DNA，通过称为逆转录的分子加工，生成DNA的双链分子。DNA形式作为原病毒共价整合入宿主细胞基因组中，借助细胞内因子和/或病毒因子表达病毒RNA。表达的病毒RNA被包装成颗粒，并作为传染性病毒颗粒释放。
逆转录病毒颗粒由两种相同的RNA分子构成。各基因组是正义单链RNA分子，其在5端加帽并在3’端有聚酰苷酸化尾。二倍体病毒颗粒含有与gag蛋白复合的2条RNA链、病毒酶(pol基因产物)和宿主tRNA分子(在gag蛋白的‘核心’结构中)。环绕和保护此衣壳的是一脂双层，其产生自宿主细胞膜并含有病毒包膜蛋白。包膜蛋白结合于病毒的细胞受体，病毒颗粒通常通过受体介导的胞吞作用和/或膜融合而进入宿主细胞。
当外包膜被屏蔽后，通过逆转录病毒RNA被拷贝成DNA。这是由pol区域所编码的逆转录酶催化的，并利用包装入病毒颗粒的宿主细胞tRNA作为DNA合成的引物。由此RNA基因组转变成DNA基因组。
在整合入宿主细胞基因组之前，逆转录产生的双链线性DNA可能也可能不需要在细胞核中环化。此时原病毒在各端具有2个相同的重复序列，称为长末端重复序列(LTR)。两个接合的LTR序列之间的连接产生了pol产物(催化整合的整合酶蛋白)识别的位点，从而原病毒总是结合于宿主DNA的LTR端的2个碱基对(bp)。可在这两个LTR的末端可以看到一式两份的细胞序列，使人联想到转座遗传元件的整合模式。据信整合基本是在靶细胞基因组中随机发生的。
整合的病毒DNA的转录、RNA剪接和翻译是由宿主细胞蛋白质所介导的。产生各种剪接转录物。对人逆转录病毒HIV-1/2和HTLV-I/II而言，病毒蛋白质也用于调节基因的表达。细胞和病毒因子之间的相互作用对控制病毒的潜伏状态和时序序列(其中有病毒基因表达)是重要的。
逆转录病毒可水平和垂直性传播。逆转录病毒的有效传染性传播需要其受体在靶细胞(其特异性识别病毒的包膜蛋白)上的表达，虽然病毒可以用受体非依赖性非特异性途径进入(效率较低)。另外，当病毒结合和渗透后(病毒的核酸进入细胞)，靶细胞的类型必需能够支持复制周期的所有阶段。当病毒的基因组整合入宿主的种系时，发生垂直性传播。虽然原病毒是细胞内基因，但其将一代传一代。因此，内源性原病毒确立了，其通常是潜伏的，但当宿主与适当因子接触时可活化。本发明组合物和方法中所用抗病毒药可靶向病毒生命周期中的任何阶段。
已将致癌病毒(通常称为RNA肿瘤病毒)再分为以下两类病原，称为急性转化和慢性转化的逆转录病毒。
急性转化的逆转录病毒能转化培养的细胞并迅速导致易感动物疾病。这些病毒在病毒基因组中通常携带有一癌基因(v-onc)，其直接负责它们的致肿瘤性，且各类病毒中各不相同。已从获得病毒的细胞基因衍生得到病毒癌基因，可能是病毒颗粒中包含细胞RNA的结果。随后在逆转录期间病毒和细胞RNA之间发生重组使细胞的序列掺入病毒基因组中，并将此新的单元送递入宿主细胞的DNA中。如果转导的基因通常在控制细胞生长和分化中起中心作用，编码序列和/或表达控制(其经历了掺入病毒基因组)的变化可能赋予其致癌性。通过置于新的决定病毒转录的控制(定量和时序)下和/或通过对编码序列作持久的关键性突变，这些细胞的原型癌基因(c-onc)可能变成癌基因。然而，完全的细胞转化通常需要表达v-onc并联合以靶细胞中的其他遗传和后成性改变。
慢性转化逆转录病毒通常不含有‘经典’的癌基因。据信转化机制包括原病毒插入到细胞原型癌基因的编码区域中或附近，称为插入性诱变。病毒LTR中的强启动子和增强子序列可以从距原癌基因几千个碱基对的距离发挥转录作用。细胞基因表达的正常调节被破坏，且过量表达或不适当时间的表达可能导致转化。
HTLV-I是一种慢性转化病毒，通常与成人T细胞白血病(ATL)相关，但它可能通过不同的途径(涉及病毒编码的调节蛋白，尤其是p40tax，其反式激活细胞原癌基因的表达)促进T细胞转化。也已指出HIV-1和2二者直接和间接促进各种类型的恶性肿瘤(如Kaposi肉瘤)，这些肿瘤在AIDS患者中发生的频率比普通人群中高得多。然而，HIV在恶性肿瘤转化中的直接作用依旧令人怀疑，因为许多因其他感染或治疗(如移植接受者)而致免疫抑制的患者产生肿瘤的比率增加。
虽然MPMV最初与猕猴的乳腺肿瘤相关，但D类病毒与恶性肿瘤没有病因学关系。D类病毒通过未知的机制导致灵长类猿的免疫抑制。免疫抑制也是慢病毒(如HIV和SIV)和猫白血病病毒(FeLV)变异菌株感染的一种特征。被HIV和FeLV感染(n)后，已观察到大量未整合的原病毒DNA，这可能与发病机理相关。
包括HIV-1/2和绵羊脱脊鞘性脑白质炎病毒的慢病毒与导致免疫抑制和神经紊乱的慢性进行性疾病相关。HIV是获得性免疫缺陷综合症(AIDS)的广为人知的致病因子。
本发明的药物组合物和方法包括单用抗炎药(抗体、肽、模拟肽(peptidomimetic)、化学组合物等)或与抗病毒药(如抗体、肽、病毒蛋白、酶抑制剂等)联用，来治疗患有或有危险患免疫缺陷病毒(如HIV)相关疾病，或传播或可能传播HIV相关疾病的人。AIDS和ARC是这些疾病的具体例子。已认识到HIV相关疾病主要见于“危险”人群包括同性恋活跃的男性、静脉药物使用者、血液或血制品接受者和中非和加勒比海地区的某些人群。该综合症还在所有“危险”人群的异性恋伴侣和受感染母亲的婴儿中发现。
逆转录病毒与许多疾病相关，包括贫血、神经紊乱、免疫抑制和恶性肿瘤。例如HTLV-I与热带痉挛性下身轻瘫有关，这是一种在某些方面与多发性硬化症类似的疾病。
抗病毒药本文所用的“抗病毒药”指能够抑制、减少、预防或调节病毒感染或病毒生命周期的各步骤或阶段产生病毒的药物，例如通过抑制、减少、预防病毒感染的起始步骤，如病毒通过细胞表面的受体或不依赖于细胞表面受体融合于细胞，随后病毒核酸进入细胞(“进入抑制剂”)；病毒核酸的逆转录(“逆转录酶抑制剂”)；逆转录的病毒核酸整合入细胞的基因组(“整合抑制剂”)；原病毒核酸转录或复制；成熟病毒蛋白质的翻译或形成；传染性病毒颗粒的形成/装配；减少成熟的病毒颗粒从细胞出芽或释放；和减少与病毒融合或感染、复制、成熟或从细胞出芽或释放相关的酶的活性和数量。
抗病毒药的例子包括多肽或其功能性模拟物，如结合病毒的可溶性细胞表面受体肽、细胞表面受体的配体、结合细胞表面受体或病毒颗粒的抗体或抗体片断，从而防止病毒和细胞上存在的细胞表面受体之间的结合。对抗病毒药靶向性特别有吸引力的病毒蛋白质包括包膜多肽gp120或pg41。对抗病毒药靶向性尤其有吸引力细胞表面受体包括X4和R5受体。
本文所用的术语“功能性模拟物”指经过化学或结构修饰的分子，但其具有一种或多种未修饰分子的活性(即功能)或甚至活性提高。所以，就抗病毒药的功能性模拟物而言，该模拟物保留了该抗病毒药的一种或多种抗病毒活性。功能性模拟物的具体类型是多肽或肽模拟物(“肽模拟物”)，它是一种模拟肽三维结构的化合物，模拟意即模仿。通过三维计算机模型方法可以辅助肽模拟物的设计，可将其设计成具有其他特性(提高治疗应用)。例如，可将反义分子设计成含有非天然核苷酸或进行化学修饰，以抑制体内核酸酶消化该反义分子。
抗病毒药的其他例子是抑制对病毒生命周期重要的细胞或病毒酶，如病毒蛋白酶、逆转录酶或整合酶。抗病毒药的具体例子包括例如病毒融合抑制剂如T20和T20模拟物(Trimeris，Inc.)；进入抑制剂；整合酶抑制剂；蛋白酶抑制剂(如沙奎那韦、利托那韦、印地那韦、那非那韦、安泼那韦)；核苷逆转录抑制剂(如齐多夫定(AZT)、斯塔夫定(d4T)、拉米夫定(larnivudine)(3TC)、双脱氧胞苷(DDI)、扎西他宾(ddC)、阿巴卡韦(abacavir))；非核苷逆转录抑制剂(如奈韦拉平、地拉夫定、埃法韦兹(efavirenz))；抑制病毒成熟成为传染性病毒的抑制剂(如“锌指注射剂(zinc finger iniectors)”，一类抑制适当病毒α核壳体蛋白质装配的抑制剂，从而防止传染性病毒颗粒的形成)；和它们的混合物。用抑制病毒成熟或病毒蛋白质成熟的药物可抑制病毒出芽或从细胞释放。
粘膜炎症的控制大部分感染HIV的患者使用的高活性抗病毒治疗(HAART)使感染HIV的患者预期寿命延长。但不幸的是，尽管血浆病毒量降低至不能测得的水平，但许多研究表明淋巴器官中HIV依旧在不断复制。研究显示88％病人血浆病毒负荷量不能检查到但在他们的肠胃粘膜中有可定量的HIV核酸。
所以，虽然HARRT将血浆病毒负荷量降低至不能检查水平，但当治疗停止时绝大部分患者血浆病毒血症反弹性升高，推测是由于血液外存在着病毒储存。已在淋巴组织中发现这种病毒储存，其中居留着机体的大部分(98％)淋巴细胞。由于肠胃粘膜含有机体的大部分淋巴细胞(40-65％)，其很可能代表HIV的最大储存，并因此是抗HIV治疗的主要靶标。鉴于HIV疾病中粘膜炎症状态升高，本发明具体方法的一个重点就是减少粘膜炎症。通过治疗降低粘膜区室中前炎症细胞因子和趋化因子水平能预防病毒增强的复制也可能预防病毒产生耐药性突变。另外，降低可溶性炎症还能减弱新的CD4+细胞补充入HIV感染的粘膜，从而预防或抑制HIV在机体淋巴细胞群中的潜伏扩散。
鉴定抗炎药的有效性可采用本领域技术人员已知的许多方法来评估体外以及体内抗炎药对抑制、治疗或减少粘膜细胞、组织和对象中逆转录病毒的活化或发展的影响。这些方法适用于广泛范围的抗炎药和粘膜细胞感染。例如，用如下所述的方法，本领域技术人员可以评估抗炎药对粘膜组织中HIV感染和对象的粘膜组织的作用。仅为了说明，以下概括了对含有沙利度胺和5-ASA化合物或制品作用的评估方法，但这些实施例仅起说明的作用对本发明的范围没有任何限制。还显示了用氨水杨酸(Asacol)抑制细胞中HIV复制的资料。
沙利度胺沙利度胺是一种强抗炎药。它的免疫调节作用大部分取决于其下调TNFα产生的能力，看来它影响到炎症级联反义的多个位点。其他公认的抗炎机制包括减弱T细胞增殖，下调淋巴细胞活化的水平、抑制淋巴细胞趋化作用和调节前炎症细胞因子的水平。通过降低HIV在全身和在肠胃粘膜中的复制，沙利度胺证明是一种有益于HIV治疗的成分。由此看来，沙利度胺可作为HAART的辅助剂给予血浆病毒负荷量检查不到的患者。
用沙利度胺治疗能使在有利于HIV复制的淋巴环境中的HIV复制能力降低，这可由接受治疗的对象具有较低的HIV RNA组织水平所证明。
在体外就沙利度胺对细胞受HIV感染的作用进行了研究。鉴定并召集患有中度或严重活动性回肠炎病并开始用沙利度胺治疗的患者，来协助区分非特异性炎症反应与感染的作用。采用这些对象的粘膜和血细胞来评估沙利度胺降低感染性的能力。
HIV感染的存在增加了炎症状态，特征是前炎症细胞因子和趋化因子的水平升高。这些可溶性介质在将携带趋化因子受体的CD4+细胞趋化性吸引到粘膜中起着非常重要的作用。在粘膜环境中HIV的这些靶细胞被可溶性介质进一步活化，从而增加HIV的复制。为了进一步明确粘膜的炎症状态，测定了许多前炎症趋化因子(TNFα、IL-1、IL-6、γ-IFN)和趋化因子(MIP 1a、MIP 1b、RANTES)。
召集了血浆病毒负荷阴性的HIV血清反应阳性患者，但他们的粘膜病毒负荷量阳性。这些对象病情稳定，CD4细胞计数大于250，没有显著的粘膜炎症或消化系统症状。将这些对象视为内窥镜评估的基线。由这些患者得到标准水平(30cm)的经内窥镜的活检组织。将粘膜活检组织用于粘膜单核细胞(MMC)的分离、RNA酶保护试验(RPA)、HIV RNA和原病毒DNA的PCR以及定量性图像分析(QIA)。流式细胞术要染色MMC测定CD45、CD4、CD8、HLA-DR、CD45RO、CXCR4、CCR5、LFA-1和ICAM-1。
对自粘膜分离的MMC和自血液分离的PBMC进行流式细胞术分析，以测定这些区室中淋巴细胞群的基线组成。要关注淋巴细胞的活化状态和记忆状态，以及趋化因子受体和粘附标记物的表达。用沙利度胺治疗后将分析这些基线参数。
用多个探针RPA(Riboquant，Pharmingen)来定量测定β-趋化因子和细胞因子。这种敏感和特异的试验可以定量测定从冰冻的活检组织提取的RNA中的趋化因子和细胞因子的mRNA。将各种mRNA的数量与GADPH(作为持家基因)进行比较。如果趋化因子和细胞因子不能用PRA定量测定，则可以用ELISA测定受刺激培养的MMC上清液中的趋化因子和细胞因子。
QIA用免疫组织化学染色石蜡包埋的组织来精确测定活检组织中携带CD4、CD8、CD38、HLA-DR、CD45RO CXCR4和CCR5的淋巴细胞的数量和解剖位置。另外，它可以测定活检组织中那些细胞产生细胞因子和β-趋化因子，以及这些因子的组织浓度。在HIV血清反应阳性的活检组织中，可以测定p24的组织水平。可得到计算机成像分析仪和专用软件来评估整个组织区域中的染色细胞、趋化因子、细胞因子和p24水平。
结果证明对HIV的粘膜应答反应的特征为组织趋化因子和细胞因子水平增加。这将导致粘膜炎性浸润的中度增加。通过观察趋化因子和细胞因子，通过简单的检验细胞指数将证实“可溶性”炎症可忽略。
用沙利度胺(一种强免疫调节剂)治疗，将减少HIV感染者的粘膜感染。这很可能表现为HIV在此最大的淋巴器官中复制能力减弱。由沙利度胺引起病毒在粘膜中和可能全身性复制的减少，可能预防抗病毒药耐药性HIV突变的产生和改善HAART的长期效果。作为HAART治疗的一种辅助剂，沙利度胺能进一步改善全球受此病毒感染的数百万患者的预期寿命。
血浆不能检测到HIV的且经历基线活检组织检测的对象，以每天200克沙利度胺的剂量口服治疗16周。治疗4和16周后，给这些对象进行重复内窥镜活检组织检查和重复静脉放血，得到PBMC，并如上所述进行相同的生物分子实验。另外，将每一时间点采集活检组织用于分析患者的粘膜病毒负荷量，并将每一时间点静脉放血得到的血浆用Roche超灵敏试验(检测水平＝40个HIVRNA拷贝)进行分析。进行RT-和DNA-PCR以分析基线和治疗后粘膜和血浆病毒负荷量之间的变化。对统计学评估而言，效力的唯一指数是粘膜HIV病毒负荷量的减少，而没有血浆病毒负荷量相伴随的增加。
另外，检查了用沙利度胺治疗前和后，沙利度胺治疗对分离自局限性回肠炎患者的MMC和PBMC体外对M-向性和T-向性HIV易感性的影响。该研究可以评估沙利度胺体外对HIV感染得自其他炎症性粘膜疾病的淋巴细胞能力的影响。该数据将更好地与流式细胞术的发现相关联，其涉及趋化因子的表达和活化水平以及粘膜病毒负荷量的变化。对于感染性试验而言，将已知滴定度的M向性HIVsx和T向性的HIVNL4-3与基线处和沙利度胺治疗4和16周时获得的MMC和PBMC一起培养。收集上清液作ELISA来定量测定0小时、36小时、3天和7天的p24。在治疗之前和之后进行配对T检验来分析IBD患者的MMC易感性的变化。
用沙利度胺治疗HIV患者将改变肠胃粘膜的炎症环境，导致可溶性炎症介质(即前炎症细胞因子、趋化因子)的减少，进而降低HIV可以感染的免疫细胞的补充。用沙利度胺治疗降低炎症将影响体外感染实验中PBMC和MMC的p24产生。预期沙利度胺治疗的主要好处是由于减弱了粘膜中可溶性炎症介质，通过减少携带有共同受体的CD4+T细胞(病毒的靶)的补充而致，但也可能是粘附分子表达减少所起的作用。
5-ASA化合物或产物氨水杨酸(如Asacol)是一种以口服或通过灌肠、泡沫或栓剂(可用于局部治疗)给药的粘膜抗炎药。通过减少肠胃粘膜中HIV的复制，其是一种有益于HIV治疗的成分。用氨水杨酸努力使粘膜炎症最小化，可通过减少粘膜区室中前炎症细胞因子和趋化因子的浓度并因此减少HIV靶细胞的补充和活化，而有益于治疗。通过减少复制性HIV的浓度和活性，可延缓HIV产生对常用抗病毒药的耐药性。所以氨水杨酸可能是一种强效有局部活性的辅助剂，用于治疗、抑制HIV对象中的病毒增殖/扩散，以及抑制或预防处于感染危险中的对象的感染HIV，和抑制或预防HIV感染者将病毒传播给另一对象(未感染或感染的)。
将研究那些根据临床、内窥镜和组织检查具有已知中度活动性感染的，但未接受氨水杨酸或其他5-ASA药物4周治疗，且未接受免疫调节药物或甾类(口服或局部)3个月治疗的患者。无结肠炎的对照患者与结肠炎患者(它们的结肠没有症状并且内窥镜检查无炎症)进行年龄匹配。结肠炎患者在治疗前一周和治疗开始时进行2次基线内窥镜评价。无结肠炎对照患者要进行2次内窥镜检查，相隔1周。比较溃疡性结肠炎和无结肠炎对照粘膜样品的可溶性和细胞性炎症状态。
从每个患者获得15份自标准水平(30cm)的内窥镜活检组织(3.3mm OD)。这些活检组织中，12份用于MMC分离；1份用于RPA；2份用于QIA。用于流式细胞术的MMC作染色测定CD45、CD4、CD8、CD38、HLA-DR、CD45RO、CCR5、和CXCR4。
用ELISA定量测定了在含IL-2的培养基中培养MMC和PBMC后获得的上清液中的β-趋化因子和细胞因子。采用6孔板每1ml培养液1万个细胞。培养18小时后，取出